BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-333B02
Chromosome8 (Build37)
Map Location 119,789,336 - 119,973,606
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4933407C03Rik
Upstream geneLOC384868, LOC668233, Dynlrb2, Cdyl2, LOC100043053, 2310061C15Rik, 2610510J17Rik, BC060631, 1700030J22Rik, Gcsh, Pkd1l2, Bcmo1, Gan
Downstream genePlcg2, 4632417N05Rik, Hsd17b2, Mphosph6, Cdh13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-333B02.bB6Ng01-333B02.g
ACCGA118984GA118985
length1,165562
definitionB6Ng01-333B02.b B6Ng01-333B02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(119,972,448 - 119,973,606)(119,789,336 - 119,789,903)
sequence
gaattcagggctgaagagatggctcagcagttaagagcactgactgctct
cccgaaggccatgagttcaaatccatgcaaccacacggtggctcgcaacc
atccataatgagatctgacgccctctggtgcgtctgaagacagctacaat
gtactttgatataataataaataaatctttaagttgtagtgagcggggct
gactaaagagagcttaaattcaaattcccagcaaccacatgatgatggct
cacaaccatgtacccatatacataaaataaattaaaaataatttaaaaaa
gaaaaaaaaagatgtcgaactctcagctcctcctgcaccatgcctgcctg
gatgctgcaatgttcccactttgataatggactgaacctctgaacctgca
agccaaccccaattaaatgtccttataagagttgccttgttcgtagtgtc
tgtcgacaacagtaaaaccctaactaaggcactctccctcttcatggctg
gctgctgtgtaccccaggatggaccagcccgacaccaaccagcagcttcc
tgtgggggaccctacgtaccatgctggcaaacagctccccgtcatcatca
caggccacccctccagggctgtagagctggaaccagccatccttgcctgc
ccgcacgctcagcagacaggagtggacctgtgggcagaggggacagacac
actgtcagttctaaacagtctcaggtatgaaggtagcatgaacggtgtcc
aagccaggcagccaggaaatacatgaacttcctttagcttcacactgcca
agtccagccacatgtcttcagctccctaggacagtcctgaggcctagctg
ggaaacactcacacatgcctacatatacacacccacacctaccccccacg
taccccccccacatacccacacacatatacacacaccacacctacccact
gtgatcccacacacgcataggcacatacacactcacacctacccactgtg
aaccgcccccataaaccacaccccacgtctatccactgtgacgccacaca
cgcaccacatatacacacagcttcagctaaggacaactggagaccaccag
ctggtgacattcctcactagcccttttctgctttcctcttcactgcatct
gagaaatggttgtaa
tctgtttctcagtctagctccctggctaggttgaatgaataaatgtattt
gttccaggcccagctggagaatctgtcagccagggctgactagctgtgta
atgagcagcccccactcccacccagaggcccactggcttcaggcaatggt
ggttgtttttttttttttttctcatcagggttccagaggtatctttgttg
ggccctgccccatttatctcttaggtacctggcctcctttgtattctgtt
ccaacttgggcctcctctaggtccgtcctctgtggggatggaggagcaag
agtcaaggaccacacctgagcccaggtgaggccaggaaatgtgagttaga
gatgtgtcttggagctgctgtggtggagtacaccgggagtctcagccctt
gggagtctgaggcaggaggatcatcagtttgaggccagcctggactgcac
tggaagggggtggggggtaggctagcttgagccacagagagatctaaatc
agattaacaaattaaactaaaccgtgcatggtgacgcacgcctttaatcc
cagcacgtggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_119972448_119973606
seq2: B6Ng01-333B02.b_51_1215 (reverse)

seq1  TTACAAACCATCT-TCAGATGCAGTTGAGA-GAAAGCAGAAA--GGCTAG  46
      |||| |||||| | |||||||||||  ||| |||||||||||  ||||||
seq2  TTAC-AACCATTTCTCAGATGCAGTGAAGAGGAAAGCAGAAAAGGGCTAG  49

seq1  TGAGGAAATGTCACCAGCT-GTGGTCT-CAGTTGTCCTTAAGCCTGAAGC  94
      ||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||   |||||||
seq2  TGAGG-AATGTCACCAGCTGGTGGTCTCCAGTTGTCCTTA--GCTGAAGC  96

seq1  TGTGTGTATATGT-GTGCGTGTGTGGCGTCACAGTGGATAGACGT-GGGT  142
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGTGTGTATATGTGGTGCGTGTGTGGCGTCACAGTGGATAGACGTGGGGT  146

seq1  GT-GTTTATGGGGGCGGTTCACAGTGGGTAGGTGTGAGTGTGTATGTGCC  191
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTTATGGGGGCGGTTCACAGTGGGTAGGTGTGAGTGTGTATGTGCC  196

seq1  TATGCGTGTGTGGGATCACAGTGGGTAGGTGTGGTGTGTGTATATGTGTG  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCGTGTGTGGGATCACAGTGGGTAGGTGTGGTGTGTGTATATGTGTG  246

seq1  TGGGTATGT-GGGGGGGTACGTGGGGGGTAGGTGTGGGTGTGTATATGTA  290
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTATGTGGGGGGGGTACGTGGGGGGTAGGTGTGGGTGTGTATATGTA  296

seq1  GGCATGTGTGAGTGTTTCCCAGCTAGGCCTCAGGACTGTCCTAGGGAGCT  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGTGTGAGTGTTTCCCAGCTAGGCCTCAGGACTGTCCTAGGGAGCT  346

seq1  GAAGACATGTGGCTGGACTTGGCAGTGTGAAGCTAAAGGAAGTTCATGTA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACATGTGGCTGGACTTGGCAGTGTGAAGCTAAAGGAAGTTCATGTA  396

seq1  TTTCCTGGCTGCCTGGCTTGGACACCGTTCATGCTACCTTCATACCTGAG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTGGCTGCCTGGCTTGGACACCGTTCATGCTACCTTCATACCTGAG  446

seq1  ACTGTTTAGAACTGACAGTGTGTCTGTCCCCTCTGCCCACAGGTCCACTC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTTAGAACTGACAGTGTGTCTGTCCCCTCTGCCCACAGGTCCACTC  496

seq1  CTGTCTGCTGAGCGTGCGGGCAGGCAAGGATGGCTGGTTCCAGCTCTACA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGCTGAGCGTGCGGGCAGGCAAGGATGGCTGGTTCCAGCTCTACA  546

seq1  GCCCTGGAGGGGTGGCCTGTGATGATGACGGGGAGCTGTTTGCCAGCATG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGGAGGGGTGGCCTGTGATGATGACGGGGAGCTGTTTGCCAGCATG  596

seq1  GTACGTAGGGTCCCCCACAGGAAGCTGCTGGTTGGTGTCGGGCTGGTCCA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACGTAGGGTCCCCCACAGGAAGCTGCTGGTTGGTGTCGGGCTGGTCCA  646

seq1  TCCTGGGGTACACAGCAGCCAGCCATGAAGAGGGAGAGTGCCTTAGTTAG  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGGTACACAGCAGCCAGCCATGAAGAGGGAGAGTGCCTTAGTTAG  696

seq1  GGTTTTACTGTTGTCGACAGACACTACGAACAAGGCAACTCTTATAAGGA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTACTGTTGTCGACAGACACTACGAACAAGGCAACTCTTATAAGGA  746

seq1  CATTTAATTGGGGTTGGCTTGCAGGTTCAGAGGTTCAGTCCATTATCAAA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAATTGGGGTTGGCTTGCAGGTTCAGAGGTTCAGTCCATTATCAAA  796

seq1  GTGGGAACATTGCAGCATCCAGGCAGGCATGGTGCAGGAGGAGCTGAGAG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAACATTGCAGCATCCAGGCAGGCATGGTGCAGGAGGAGCTGAGAG  846

seq1  TTCGACATCTTTTTTTTTCTTTTTTAAATTATTTTTAATTTATTTTATGT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGACATCTTTTTTTTTCTTTTTTAAATTATTTTTAATTTATTTTATGT  896

seq1  ATATGGGTACATGGTTGTGAGCCATCATCATGTGGTTGCTGGGAATTTGA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGGTACATGGTTGTGAGCCATCATCATGTGGTTGCTGGGAATTTGA  946

seq1  ATTTAAGCTCTCTTTAGTCAGCCCCGCTCACTACAACTTAAAGATTTATT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAGCTCTCTTTAGTCAGCCCCGCTCACTACAACTTAAAGATTTATT  996

seq1  TATTATTATATCAAAGTACATTGTAGCTGTCTTCAGACGCACCAGAGGGC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTATATCAAAGTACATTGTAGCTGTCTTCAGACGCACCAGAGGGC  1046

seq1  GTCAGATCTCATTATGGATGGTTGCGAGCCACCGTGTGGTTGCATGGATT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGATCTCATTATGGATGGTTGCGAGCCACCGTGTGGTTGCATGGATT  1096

seq1  TGAACTCATGGCCTTCGGGAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACTGCTGAGCCA  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTCATGGCCTTCGGGAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACTGCTGAGCCA  1146

seq1  TCTCTTCAGCCCTGAATTC  1159
      |||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCAGCCCTGAATTC  1165

seq1: chr8_119789336_119789903
seq2: B6Ng01-333B02.g_71_638

seq1  GAATTCTCTGTTTCTCAGTCTAGCTCCCTGGCTAGGTTGAATGAATAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGTTTCTCAGTCTAGCTCCCTGGCTAGGTTGAATGAATAAAT  50

seq1  GTATTTGTTCCAGGCCCAGCTGGAGAATCTGTCAGCCAGGGCTGACTAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTGTTCCAGGCCCAGCTGGAGAATCTGTCAGCCAGGGCTGACTAGC  100

seq1  TGTGTAATGAGCAGCCCCCACTCCCACCCAGAGGCCCACTGGCTTCAGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAATGAGCAGCCCCCACTCCCACCCAGAGGCCCACTGGCTTCAGGC  150

seq1  AATGGTGGTTGTTTTTTTTTTTTTTTCTCATCAGGGTTCCAGAGGTATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTGGTTGTTTTTTTTTTTTTTTCTCATCAGGGTTCCAGAGGTATCT  200

seq1  TTGTTGGGCCCTGCCCCATTTATCTCTTAGGTACCTGGCCTCCTTTGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGGGCCCTGCCCCATTTATCTCTTAGGTACCTGGCCTCCTTTGTAT  250

seq1  TCTGTTCCAACTTGGGCCTCCTCTAGGTCCGTCCTCTGTGGGGATGGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTCCAACTTGGGCCTCCTCTAGGTCCGTCCTCTGTGGGGATGGAGG  300

seq1  AGCAAGAGTCAAGGACCACACCTGAGCCCAGGTGAGGCCAGGAAATGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGAGTCAAGGACCACACCTGAGCCCAGGTGAGGCCAGGAAATGTGA  350

seq1  GTTAGAGATGTGTCTTGGAGCTGCTGTGGTGGAGTACACCGGGAGTCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGAGATGTGTCTTGGAGCTGCTGTGGTGGAGTACACCGGGAGTCTCA  400

seq1  GCCCTTGGGAGTCTGAGGCAGGAGGATCATCAGTTTGAGGCCAGCCTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTGGGAGTCTGAGGCAGGAGGATCATCAGTTTGAGGCCAGCCTGGA  450

seq1  CTGCACTGGAAGGGGGTGGGGGGTAGGCTAGCTTGAGCCACAGAGAGATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACTGGAAGGGGGTGGGGGGTAGGCTAGCTTGAGCCACAGAGAGATC  500

seq1  TAAATCAGATTAACAAATTAAACTAAACCGTGCATGGTGACGCACGCCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCAGATTAACAAATTAAACTAAACCGTGCATGGTGACGCACGCCTT  550

seq1  TAATCCCAGCACGTGGGA  568
      ||||||||||||||||||
seq2  TAATCCCAGCACGTGGGA  568