BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-333L13
Chromosome8 (Build37)
Map Location 111,944,995 - 112,098,520
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042829, Pmfbp1, Dhx38, Txnl4b
Upstream geneAtbf1, 4922502B01Rik, Gm1943
Downstream geneHp, Dhodh, Pkd1l3, 2400003C14Rik, 4930566A11Rik, D8Ertd587e, LOC668089, LOC672735, Ap1g1, Phlppl, Marveld3, LOC100041884, Tat, Chst4, Zfp612, Gm1467, Calb2, BC025546, Hydin, LOC672398
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-333L13.bB6Ng01-333L13.g
ACCGA119422GA119423
length1,1821,099
definitionB6Ng01-333L13.b B6Ng01-333L13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,944,995 - 111,946,189)(112,097,411 - 112,098,520)
sequence
gaattcttcagatatagccagggaggataatgagggaagagaacctttca
gagccacaaggagcaaccggtgaggaagcttaaccagagtgagcatggat
ccagtcagaaaatagcctctagccctgaggcccagttctatttccttcca
cagagatttcagaattgctgtgacccagtaacaggctaggatttctattc
tttcgccttgtaaatgaaaatgcctactgtggtcactctagagcatcttc
tgccttattttgaatatgtgggcacaagtaaataagctggacttcttagc
cctatgcccctaggtcagaagaaaccacccaagacccaggcttgagtctg
tggagagattacatgagactttagggtcttttccagagcaaagtgaaaat
actttacccataaaagaagaaagcacatgctgccatgaaagccggtggtg
gtgggtttcatgctgttctcagttgtttgctgggtcctggggaagttgat
aggtgttagacattctcacttgattccctgcccttgtcggtaagcaatgg
ctgctcttctgacacagagcacagttacacactttcttacaccagtgtaa
tatgtatgaaggtgatgtacagtttcccacagatgcttacaaagcatctc
atggcttcctccaccccatccccactgcagcatcttacccatctgaagac
ttgagcatcgctgaattaactcagagtctcagctgaagaaatgatggtta
tgaccttgactagctcatgggtatgatgagccataacacatataggtatt
tagatatatgtcagtgtcagccatattactaaaagggcctcccaacttta
tcttctgatatttggacattggaaataatggaatttttcactccaccttt
atgatttgtatcttctttcttgggctccaattttcttgcactttgttaaa
tgatgtcagtagaaactaaaggatataccacatgctgtttcgcatccttt
cactaaatccgcagtgtcattgagtattataatctggtcttctagaaagc
agattcatcagtgcattattagtacaaatctagacaattatgggggaaag
cataaataacctcaacacttggtgtgattattataacctgttcataatca
ggaatacaaaaacattcttcaccgttaaacag
gaattcaccctgctctggggttctaggcaagccacatgccttctacctcc
aagataaccgcatcttcagagtcactggtgtgtctccccagggtagagct
atgggacccagggagacaaggacagacattccagaaccagggagaaacca
gccagaaagtgagacagcaccatcacacactcacagcacctgacagcagg
tggcaggccactactatagaaaaatcagagacctttgggccctttctcca
ttactctgctcccctccccaccaatgcttctcccttcctgtacaaggacc
tcctcttctcccctcagagacctctctctgtccaggagtcatagctgcat
ggttcctagcactggacagggtatacaacacatgcttaataaggactgtg
gaagggcaagtaaccacgataggatctaaaacatgaatccagaccacaga
gcccctcccacccgtcctcatctacccctcaggaaggaagctgatagtat
ttgccctgtgtaagttctgagatcttgcttgcacctgagtgcctagattg
atggacagacaaccctgctgacagtgagttggacaaagaccttttattcc
accatagggatgtggaggaacatttattgttcacctaggacttcagtagc
attagggatctgactcttagaatctcgaagttttcatccacgtgtccagg
gtggctgccatagccccgtgcatcctaaggaggtggtgggaaaaggttct
ctgcccatccctgaagcagctctcagctttgggcagaggacacggaaaac
ccaaaccatcttctttctgcgccccgtctgccagattcaggtcgtggttt
cactttcccctaaggacaagcttagaaataagcagctgatgccagggttg
gccctgcctcctgcacacctgggcctctgctggcaacaaggcccttgctg
cccagcaggcacaagcggcctggtcacggcctcagctctgtactgctctc
atcagagcgacaggacgacactcccatccgataggctaagaaaaacacag
gtttctgaggttggtcaaattcttcaaaagccttggatgatcgcgaacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_111944995_111946189
seq2: B6Ng01-333L13.b_49_1230

seq1  GAATTCTTCAGATATAGCCAGGGAGGATAATGAGGGAAGAGAACCTTTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCAGATATAGCCAGGGAGGATAATGAGGGAAGAGAACCTTTCA  50

seq1  GAGCCACAAGGAGCAACCGGTGAGGAAGCTTAACCAGAGTGAGCATGGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCACAAGGAGCAACCGGTGAGGAAGCTTAACCAGAGTGAGCATGGAT  100

seq1  CCAGTCAGAAAATAGCCTCTAGCCCTGAGGCCCAGTTCTATTTCCTTCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCAGAAAATAGCCTCTAGCCCTGAGGCCCAGTTCTATTTCCTTCCA  150

seq1  CAGAGATTTCAGAATTGCTGTGACCCAGTAACAGGCTAGGATTTCTATTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATTTCAGAATTGCTGTGACCCAGTAACAGGCTAGGATTTCTATTC  200

seq1  TTTCGCCTTGTAAATGAAAATGCCTACTGTGGTCACTCTAGAGCATCTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGCCTTGTAAATGAAAATGCCTACTGTGGTCACTCTAGAGCATCTTC  250

seq1  TGCCTTATTTTGAATATGTGGGCACAAGTAAATAAGCTGGACTTCTTAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTATTTTGAATATGTGGGCACAAGTAAATAAGCTGGACTTCTTAGC  300

seq1  CCTATGCCCCTAGGTCAGAAGAAACCACCCAAGACCCAGGCTTGAGTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGCCCCTAGGTCAGAAGAAACCACCCAAGACCCAGGCTTGAGTCTG  350

seq1  TGGAGAGATTACATGAGACTTTAGGGTCTTTTCCAGAGCAAAGTGAAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAGATTACATGAGACTTTAGGGTCTTTTCCAGAGCAAAGTGAAAAT  400

seq1  ACTTTACCCATAAAAGAAGAAAGCACATGCTGCCATGAAAGCCGGTGGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTACCCATAAAAGAAGAAAGCACATGCTGCCATGAAAGCCGGTGGTG  450

seq1  GTGGGTTTCATGCTGTTCTCAGTTGTTTGCTGGGTCCTGGGGAAGTTGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTTTCATGCTGTTCTCAGTTGTTTGCTGGGTCCTGGGGAAGTTGAT  500

seq1  AGGTGTTAGACATTCTCACTTGATTCCCTGCCCTTGTCGGTAAGCAATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTTAGACATTCTCACTTGATTCCCTGCCCTTGTCGGTAAGCAATGG  550

seq1  CTGCTCTTCTGACACAGAGCACAGTTACACACTTTCTTACACCAGTGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTTCTGACACAGAGCACAGTTACACACTTTCTTACACCAGTGTAA  600

seq1  TATGTATGAAGGTGATGTACAGTTTCCCACAGATGCTTACAAAGCATCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATGAAGGTGATGTACAGTTTCCCACAGATGCTTACAAAGCATCTC  650

seq1  ATGGCTTCCTCCACCCCATCCCCACTGCAGCATCTTACCCATCTGAAGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTTCCTCCACCCCATCCCCACTGCAGCATCTTACCCATCTGAAGAC  700

seq1  TTGAGCATCGCTGAATTAACTCAGAGTCTCAGCTGAAGAAATGATGGTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCATCGCTGAATTAACTCAGAGTCTCAGCTGAAGAAATGATGGTTA  750

seq1  TGACCTTGACTAGCTCATGGGTATGATGAGCCATAACACATATAGGTATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTTGACTAGCTCATGGGTATGATGAGCCATAACACATATAGGTATT  800

seq1  TAGATATATGTCAGTGTCAGCCATATTACTAAAAGGGCCTCCCAACTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATATATGTCAGTGTCAGCCATATTACTAAAAGGGCCTCCCAACTTTA  850

seq1  TCTTCTGATATTTGGACATTGGAAATAATGGAATTTTTCACTCCACCTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGATATTTGGACATTGGAAATAATGGAATTTTTCACTCCACCTTT  900

seq1  ATGATTTGTATCTTCTTTCTTGGGCTCCAATTTTCTTGCACTTTGTTAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTTGTATCTTCTTTCTTGGGCTCCAATTTTCTTGCACTTTGTTAAA  950

seq1  TGATGTCAGTAGAAACTAAGGAATATTACCAACATGCTGTTTCGCATCCT  1000
      ||||||||||||||||||| | ||| |||| |||||||||||||||||||
seq2  TGATGTCAGTAGAAACTAAAGGATA-TACC-ACATGCTGTTTCGCATCCT  998

seq1  TTCACCTAAATCCGCAGTGTCATTGAGTA-TATAATCTGGTCTTCTAGGA  1049
      |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  TTCA-CTAAATCCGCAGTGTCATTGAGTATTATAATCTGGTCTTCTA-GA  1046

seq1  AAGCCAGGATTCATCAGTGCAATTATTAAGTACAAAACCAGACAAATAAG  1099
      ||||   ||||||||||||| |||||| |||||||| | |||||| ||  
seq2  AAGC--AGATTCATCAGTGC-ATTATT-AGTACAAATCTAGACAATTA--  1090

seq1  GGGGGGAAAGCATAAATAAACTCAACACTT-GTGTGATTAATTAATTAAA  1148
       |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||     |||| |
seq2  TGGGGGAAAGCATAAATAACCTCAACACTTGGTGTGATT-----ATTATA  1135

seq1  ACCTGTCAATAAACCAGGAATACAAAAACA-TCTTCACCGTAAAACAG  1195
      ||||||  || || |||||||||||||||| |||||||||| ||||||
seq2  ACCTGTTCAT-AATCAGGAATACAAAAACATTCTTCACCGTTAAACAG  1182

seq1: chr8_112097411_112098520
seq2: B6Ng01-333L13.g_69_1167 (reverse)

seq1  GGTTTGCGATTCCATCCAAGGGCTTTTGAAGAATGTGACCCAACCTCAGG  50
      |||| |||||  ||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||| |
seq2  GGTTCGCGAT--CATCCAA-GGCTTTTGAAGAATTTGA-CCAACCTCA-G  45

seq1  AAACTTGTGTTTCTCCTAAGCCT----TATGGGAGTGGTTGTCCCTGTCG  96
      |||| ||||||| | || |||||     |||||||| || || |||||||
seq2  AAACCTGTGTTT-TTCTTAGCCTATCGGATGGGAGT-GTCGT-CCTGTCG  92

seq1  CTCTGGAATGAGAGCAGGTACAGAGCTGGAGGGCCGTGGCCAGGCCGCTT  146
      |||||  ||||||||| |||||||||||   ||||||| |||||||||||
seq2  CTCTG--ATGAGAGCA-GTACAGAGCTG--AGGCCGTGACCAGGCCGCTT  137

seq1  GTGGCCTGCTGGGCAGCAAGGGCCTTGTTGCCAGCAGAGGCCCAGGTGTG  196
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GT-GCCTGCTGGGCAGCAAGGGCCTTGTTGCCAGCAGAGGCCCAGGTGTG  186

seq1  CAGGAGGCAGGGCCAACCCTGGCATCAGCTGCTTATTTCTAAGCTTGTCC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGGCAGGGCCAACCCTGGCATCAGCTGCTTATTTCTAAGCTTGTCC  236

seq1  TTTAGGGGAAAGTGAAACCACGACCTGAATCTGGCAGACGGGGCGCAGAA  296
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTAGGGGAAAGTGAAACCACGACCTGAATCTGGCAGACGGGGCGCAGAA  285

seq1  AGAAGATGGTTTGGGTTTTCCGTGTCCTCTGCCCAAAGCTGAGAGCTGCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGATGGTTTGGGTTTTCCGTGTCCTCTGCCCAAAGCTGAGAGCTGCT  335

seq1  TCAGGGATGGGCAGAGAACCTTTTCCCACCACCTCCTTAGGATGCACGGG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGATGGGCAGAGAACCTTTTCCCACCACCTCCTTAGGATGCACGGG  385

seq1  GCTATGGCAGCCACCCTGGACACGTGGATGAAAACTTCGAGATTCTAAGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGGCAGCCACCCTGGACACGTGGATGAAAACTTCGAGATTCTAAGA  435

seq1  GTCAGATCCCTAATGCTACTGAAGTCCTAGGTGAACAATAAATGTTCCTC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGATCCCTAATGCTACTGAAGTCCTAGGTGAACAATAAATGTTCCTC  485

seq1  CACATCCCTATGGTGGAATAAAAGGTCTTTGTCCAACTCACTGTCAGCAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCCCTATGGTGGAATAAAAGGTCTTTGTCCAACTCACTGTCAGCAG  535

seq1  GGTTGTCTGTCCATCAATCTAGGCACTCAGGTGCAAGCAAGATCTCAGAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTCTGTCCATCAATCTAGGCACTCAGGTGCAAGCAAGATCTCAGAA  585

seq1  CTTACACAGGGCAAATACTATCAGCTTCCTTCCTGAGGGGTAGATGAGGA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACACAGGGCAAATACTATCAGCTTCCTTCCTGAGGGGTAGATGAGGA  635

seq1  CGGGTGGGAGGGGCTCTGTGGTCTGGATTCATGTTTTAGATCCTATCGTG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGTGGGAGGGGCTCTGTGGTCTGGATTCATGTTTTAGATCCTATCGTG  685

seq1  GTTACTTGCCCTTCCACAGTCCTTATTAAGCATGTGTTGTATACCCTGTC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTTGCCCTTCCACAGTCCTTATTAAGCATGTGTTGTATACCCTGTC  735

seq1  CAGTGCTAGGAACCATGCAGCTATGACTCCTGGACAGAGAGAGGTCTCTG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCTAGGAACCATGCAGCTATGACTCCTGGACAGAGAGAGGTCTCTG  785

seq1  AGGGGAGAAGAGGAGGTCCTTGTACAGGAAGGGAGAAGCATTGGTGGGGA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAGAAGAGGAGGTCCTTGTACAGGAAGGGAGAAGCATTGGTGGGGA  835

seq1  GGGGAGCAGAGTAATGGAGAAAGGGCCCAAAGGTCTCTGATTTTTCTATA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGCAGAGTAATGGAGAAAGGGCCCAAAGGTCTCTGATTTTTCTATA  885

seq1  GTAGTGGCCTGCCACCTGCTGTCAGGTGCTGTGAGTGTGTGATGGTGCTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGGCCTGCCACCTGCTGTCAGGTGCTGTGAGTGTGTGATGGTGCTG  935

seq1  TCTCACTTTCTGGCTGGTTTCTCCCTGGTTCTGGAATGTCTGTCCTTGTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTTTCTGGCTGGTTTCTCCCTGGTTCTGGAATGTCTGTCCTTGTC  985

seq1  TCCCTGGGTCCCATAGCTCTACCCTGGGGAGACACACCAGTGACTCTGAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGGGTCCCATAGCTCTACCCTGGGGAGACACACCAGTGACTCTGAA  1035

seq1  GATGCGGTTATCTTGGAGGTAGAAGGCATGTGGCTTGCCTAGAACCCCAG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCGGTTATCTTGGAGGTAGAAGGCATGTGGCTTGCCTAGAACCCCAG  1085

seq1  AGCAGGGTGAATTC  1110
      ||||||||||||||
seq2  AGCAGGGTGAATTC  1099