BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-334E01
Chromosome8 (Build37)
Map Location 51,573,920 - 51,680,923
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039919, EG667495, LOC100039954
Downstream geneLOC100039966, LOC667517
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-334E01.bB6Ng01-334E01.g
ACCGA119802GA119803
length1,1871,142
definitionB6Ng01-334E01.b B6Ng01-334E01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,679,722 - 51,680,923)(51,573,920 - 51,575,065)
sequence
gaattctttaatcatctacaatggtctctaaaaagaaaaattaattttgt
taactagtattttaatttttttcaaataattacttaattataatttttgt
ttgacgagattattttccaaccatattaattgcgataatgacaggtaatt
ttatttttcttgctgaatttttttcctgtaaatgactagattgcactcaa
gctataagttattagaataaatgaaacaacaataaagattatttttaata
gtgtcctgttggtacatactacataagactgaaattattatctatgtaag
ataaattatttcatagaagtaatactataaatatatatatatatatatat
atatatatatatattgccagtatctctaagattcaagtgaaacttcaaaa
tttaaatctgcttttctaagtaatgagttgaactctagttaatgcaagaa
tgtacttttctttcacataataatctcagagaatgcttcattaagaggtt
gtttggggaaaagaaagggaatcatgggagaaagaggactctgtgacaca
tgcagtcctacagctcctgtctcttccaaatactcacaaaaccctgtgta
atcatctaccaggagaaccaggagctagagatgttcagatgcaaaaccta
taataagcaactgaagagatgaggtttctgtgttgcttttgtgttttatt
taagaattgatgtccttagagatggagagatagcttgaaaattaagggaa
tttgttcttctggaggagataagtctggtttctagcactcatattctgca
gctcaggttccgctataacttctgctcaaagcgacctgactccctgtctg
tcttccttggacagcttcacttatttgcaaatagccacacatggacatcc
ccggatatacaaaacacacaatcacagataaataaattgtagaattgatt
tttttttataagtctagaaatgaggagacaattcatgttatcttagacat
tttggtattaatatgtcatggcagcataagactgactttctggcctaagt
ctctcactaagtaaatattatttactgaattatgatgatgtaatttctct
tacacctactttgttcctcagcatgtcttatgccacacgtgtgggatagc
gagagcccacattgggcagatgctctaggtagttccc

gaattcattgtgagtgatcatccctaaatgggacatcttacctgcttggg
taatgtagtagaagttgataaggaggaaagaatctaaaagtatatgaggc
cgaagatagaaaggagagctatgaatcactatcttctgggtgtgatttgg
tcactgcgctcataaactcaacagatgcagagacaggcacaaattaaagt
ttcagtgtgaatgggagggatcactcttgcctgtgtaggaatagcaattg
gttggttattggagagaaagaaaaattcttgggggttctttcaattggta
agtttgttatgctccaccagtgtgtgtgccctcacaacatcaatgcattt
atgggaagcaatgtttggaattatgggattagaataaaaatagagatgca
aaaattgagtgagagatatttgggggcagcctgggcagagttggaatggg
aagcttaagtaggatgatatgaacacattccattccatatattacaagca
aacaaaggcctcttctcttatgcacattaatgctgattttctcccctgtg
cattgactaaactaaaatatgaaatcctatgaaagttagtgtacactgaa
ttttcctgtgccttttttgtgacttttgaatactttattttaattcatgt
tattgtatgtgtatatgcaaggacatgtgaatgtatgtgtgtgatggttt
atacaacgaatattctagaatccacagagtatatttcctctatcccaatt
actcatcttcagggaatcacagtaactacagacagacaaaaatgtaaccc
aaaacgttgtatctattccaggtaacagttaattaaagatttaggatctg
agttgtattatatatgcactgttatatattgccttgtctcaaggtatcta
ttttcccctctgaatcactgatgggattatattatatcttgtcaatgcta
ataaattgcacctttataaatagtgcttatacatacatacatatatgtat
atacatatatatatatacttatataattgcattatcaatacatgtataca
tatatatatctcctacttcacattgtaagacccttttctagcctgagagg
ttatatacgagcaagccagtgtacagttgtaatgggacattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_51679722_51680923
seq2: B6Ng01-334E01.b_43_1229 (reverse)

seq1  GGGAACTTACCTTGAGCA-CTGCCCATGTGTGGGCTCT-GCTATCCCACA  48
      |||||| ||||| ||||| |||||||  |||||||||| |||||||||||
seq2  GGGAAC-TACCTAGAGCATCTGCCCA-ATGTGGGCTCTCGCTATCCCACA  48

seq1  GTAGTGGCCAATAGACATTGCCTTGAGGAACAAAGTAAGTGT-AGAGATA  97
         |||| ||  ||||| |||  |||||||||||||| |||| ||||| |
seq2  CGTGTGG-CATAAGACA-TGC--TGAGGAACAAAGTAGGTGTAAGAGAAA  94

seq1  TTACATCCATCATAA-TCAGTATATATATTTTTAACTTAAGTGAGAAGAC  146
      |||||| |||||||| |||||| ||| || ||| |||| |||||| ||||
seq2  TTACAT-CATCATAATTCAGTAAATA-ATATTT-ACTT-AGTGAG-AGAC  139

seq1  TTAGGCCAGAAAGTCAGTCTTATGCTGCCATGGAACAATATTAAATACCA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| |||||||
seq2  TTAGGCCAGAAAGTCAGTCTTATGCTGCCATG--AC-ATATT-AATACCA  185

seq1  AAATGTCTAAGAT-ACATGAATTTGTCTCCTCATTTTCTAGACTTATAAA  245
      ||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AAATGTCTAAGATAACATGAA-TTGTCTCCTCA-TTTCTAGACTTATAAA  233

seq1  AAAAAATCAATTCTACAATTTTATTTTATCTGTGATTGTGTGTTTTTGTA  295
      |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAAAAATCAATTCTACAATTT--ATTTATCTGTGATTGTGTG-TTTTGTA  280

seq1  TATCCGGGGATGTCCATGTGTGGCTATTTGCAAATAAGTGAAGCTGTCCA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCGGGGATGTCCATGTGTGGCTATTTGCAAATAAGTGAAGCTGTCCA  330

seq1  AGGAAGACAGACAGGGAGTCAGGTCGCTTTGAGCAGAAGTTATAGCGGAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGACAGACAGGGAGTCAGGTCGCTTTGAGCAGAAGTTATAGCGGAA  380

seq1  CCTGAGCTGCAGAATATGAGTGCTAGAAACCAGACTTATCTCCTCCAGAA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGCTGCAGAATATGAGTGCTAGAAACCAGACTTATCTCCTCCAGAA  430

seq1  GAACAAATTCCCTTAATTTTCAAGCTATCTCTCCATCTCTAAGGACATCA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAATTCCCTTAATTTTCAAGCTATCTCTCCATCTCTAAGGACATCA  480

seq1  ATTCTTAAATAAAACACAAAAGCAACACAGAAACCTCATCTCTTCAGTTG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTAAATAAAACACAAAAGCAACACAGAAACCTCATCTCTTCAGTTG  530

seq1  CTTATTATAGGTTTTGCATCTGAACATCTCTAGCTCCTGGTTCTCCTGGT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTATAGGTTTTGCATCTGAACATCTCTAGCTCCTGGTTCTCCTGGT  580

seq1  AGATGATTACACAGGGTTTTGTGAGTATTTGGAAGAGACAGGAGCTGTAG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGATTACACAGGGTTTTGTGAGTATTTGGAAGAGACAGGAGCTGTAG  630

seq1  GACTGCATGTGTCACAGAGTCCTCTTTCTCCCATGATTCCCTTTCTTTTC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCATGTGTCACAGAGTCCTCTTTCTCCCATGATTCCCTTTCTTTTC  680

seq1  CCCAAACAACCTCTTAATGAAGCATTCTCTGAGATTATTATGTGAAAGAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAACAACCTCTTAATGAAGCATTCTCTGAGATTATTATGTGAAAGAA  730

seq1  AAGTACATTCTTGCATTAACTAGAGTTCAACTCATTACTTAGAAAAGCAG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACATTCTTGCATTAACTAGAGTTCAACTCATTACTTAGAAAAGCAG  780

seq1  ATTTAAATTTTGAAGTTTCACTTGAATCTTAGAGATACTGGCAATATATA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAATTTTGAAGTTTCACTTGAATCTTAGAGATACTGGCAATATATA  830

seq1  TATATATATATATATATATATATATATTTATAGTATTACTTCTATGAAAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATATATATATATATATATTTATAGTATTACTTCTATGAAAT  880

seq1  AATTTATCTTACATAGATAATAATTTCAGTCTTATGTAGTATGTACCAAC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATCTTACATAGATAATAATTTCAGTCTTATGTAGTATGTACCAAC  930

seq1  AGGACACTATTAAAAATAATCTTTATTGTTGTTTCATTTATTCTAATAAC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACACTATTAAAAATAATCTTTATTGTTGTTTCATTTATTCTAATAAC  980

seq1  TTATAGCTTGAGTGCAATCTAGTCATTTACAGGAAAAAAATTCAGCAAGA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGCTTGAGTGCAATCTAGTCATTTACAGGAAAAAAATTCAGCAAGA  1030

seq1  AAAATAAAATTACCTGTCATTATCGCAATTAATATGGTTGGAAAATAATC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAAATTACCTGTCATTATCGCAATTAATATGGTTGGAAAATAATC  1080

seq1  TCGTCAAACAAAAATTATAATTAAGTAATTATTTGAAAAAAATTAAAATA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTCAAACAAAAATTATAATTAAGTAATTATTTGAAAAAAATTAAAATA  1130

seq1  CTAGTTAACAAAATTAATTTTTCTTTTTAGAGACCATTGTAGATGATTAA  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTAACAAAATTAATTTTTCTTTTTAGAGACCATTGTAGATGATTAA  1180

seq1  AGAATTC  1202
      |||||||
seq2  AGAATTC  1187


seq1: chr8_51573920_51575065
seq2: B6Ng01-334E01.g_67_1208

seq1  GAATTCATTGTGAGTGATCATCCCTAAATGGGACATCTTACCTGCTTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGTGAGTGATCATCCCTAAATGGGACATCTTACCTGCTTGGG  50

seq1  TAATGTAGTAGAAGTTGATAAGGAGGAAAGAATCTAAAAGTATATGAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTAGTAGAAGTTGATAAGGAGGAAAGAATCTAAAAGTATATGAGGC  100

seq1  CGAAGATAGAAAGGAGAGCTATGAATCACTATCTTCTGGGTGTGATTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAGATAGAAAGGAGAGCTATGAATCACTATCTTCTGGGTGTGATTTGG  150

seq1  TCACTGCGCTCATAAACTCAACAGATGCAGAGACAGGCACAAATTAAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGCGCTCATAAACTCAACAGATGCAGAGACAGGCACAAATTAAAGT  200

seq1  TTCAGTGTGAATGGGAGGGATCACTCTTGCCTGTGTAGGAATAGCAATTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTGTGAATGGGAGGGATCACTCTTGCCTGTGTAGGAATAGCAATTG  250

seq1  GTTGGTTATTGGAGAGAAAGAAAAATTCTTGGGGGTTCTTTCAATTGGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTTATTGGAGAGAAAGAAAAATTCTTGGGGGTTCTTTCAATTGGTA  300

seq1  AGTTTGTTATGCTCCACCAGTGTGTGTGCCCTCACAACATCAATGCATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGTTATGCTCCACCAGTGTGTGTGCCCTCACAACATCAATGCATTT  350

seq1  ATGGGAAGCAATGTTTGGAATTATGGGATTAGAATAAAAATAGAGATGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAAGCAATGTTTGGAATTATGGGATTAGAATAAAAATAGAGATGCA  400

seq1  AAAATTGAGTGAGAGATATTTGGGGGCAGCCTGGGCAGAGTTGGAATGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGAGTGAGAGATATTTGGGGGCAGCCTGGGCAGAGTTGGAATGGG  450

seq1  AAGCTTAAGTAGGATGATATGAACACATTCCATTCCATATATTACAAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTAAGTAGGATGATATGAACACATTCCATTCCATATATTACAAGCA  500

seq1  AACAAAGGCCTCTTCTCTTATGCACATTAATGCTGATTTTCTCCCCTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGGCCTCTTCTCTTATGCACATTAATGCTGATTTTCTCCCCTGTG  550

seq1  CATTGACTAAACTAAAATATGAAATCCTATGAAAGTTAGTGTACACTGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGACTAAACTAAAATATGAAATCCTATGAAAGTTAGTGTACACTGAA  600

seq1  TTTTCCTGTGCCTTTTTTGTGACTTTTGAATACTTTATTTTAATTCATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTGTGCCTTTTTTGTGACTTTTGAATACTTTATTTTAATTCATGT  650

seq1  TATTGTATGTGTATATGCAAGGACATGTGAATGTATGTGTGTGATGGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTATGTGTATATGCAAGGACATGTGAATGTATGTGTGTGATGGTTT  700

seq1  ATACAACGAATATTCTAGAATCCACAGAGTATATTTCCTCTATCCCAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAACGAATATTCTAGAATCCACAGAGTATATTTCCTCTATCCCAATT  750

seq1  ACTCATCTTCAGGGAATCACAGTAACTACAGACAGACAAAAATGTAACCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATCTTCAGGGAATCACAGTAACTACAGACAGACAAAAATGTAACCC  800

seq1  AAAACGTTGTATCTATTCCAGGTAACAGTTAATTAAAGATTTAGGATCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACGTTGTATCTATTCCAGGTAACAGTTAATTAAAGATTTAGGATCTG  850

seq1  AGTTGTATTATATATGCACTGTTATATATTGCCTTGTCTCAAGGTATCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTATTATATATGCACTGTTATATATTGCCTTGTCTCAAGGTATCTA  900

seq1  TTTTCCCCTCTGAATCACTGATGGGATTATTATTTATATCTTTGTCAATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||
seq2  TTTTCCCCTCTGAATCACTGATGGGATTAT--ATTATATC-TTGTCAATG  947

seq1  CTAAATAAATTGCACCTTTATAAATTAGTGCTTATACATACATACATATA  1000
      || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CT-AATAAATTGCACCTTTATAAA-TAGTGCTTATACATACATACATATA  995

seq1  TGTATATACATATATATATATACTTATATAAATTTGCA-TATACATACAT  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||  ||||||
seq2  TGTATATACATATATATATATACTTATATAA--TTGCATTATCAATACAT  1043

seq1  GTATACATATATATATCTCCTAC-TCACA-TGT-AGACACCTTTCTTAGC  1096
      ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| |||||  ||||
seq2  GTATACATATATATATCTCCTACTTCACATTGTAAGAC-CCTTTTCTAGC  1092

seq1  TTGAGA-GTTATATACGAGCAAG-CAGTGGTACAGTTTGTAATGGGACAT  1144
       ||||| |||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||
seq2  CTGAGAGGTTATATACGAGCAAGCCAGT-GTACAG-TTGTAATGGGACAT  1140

seq1  TT  1146
      ||
seq2  TT  1142


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |