BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-335A18
Chromosome8 (Build37)
Map Location 107,935,455 - 108,047,087
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKctd19, Lrrc36, 2700055K07Rik, Zdhhc1, LOC667837, Hsd11b2
Upstream geneDync1li2, Ccdc79, Appbp1, Car7, LOC628007, 4833426J09Rik, Cdh16, Rrad, 1110019N10Rik, EG637550, LOC382052, LOC100041473, Ces6, LOC628050, 4932416K20Rik, BC015286, Matr3-ps2, Ces2, LOC667754, LOC667760, Ces5, 2310038E17Rik, 2210023G05Rik, LOC436058, EG436059, Es31, EG13909, LOC667774, BC026374, LOC100042408, Cbfb, D230025D16Rik, C76566, Tradd, Fbxl8, Hsf4, Nol3, 4931428F04Rik, Exoc3l, E2f4, Elmo3, Lrrc29, Hspc171, Fhod1, Slc9a5, Plekhg4
Downstream geneAtp6v0d1, Agrp, EG667846, 2310066E14Rik, LOC546100, Ctcf, EG546101, D130029J02Rik, Acd, Pard6a, E130303B06Rik, 4933405L10Rik, Gfod2, Ranbp10, Tsnaxip1, Cenpt, LOC100041617, Thap11, Nutf2, Edc4, Nrn1l, Pskh1, Ctrl, Psmb10, Lcat, Slc12a4, Dpep3, Dpep2, Ddx28, Dus2l, Nfatc3, Rbm35b, Lypla3, Slc7a6, Slc7a6os, Prmt7, Smpd3, Zfp90, 6030452D12Rik, Cdh3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-335A18.bB6Ng01-335A18.g
ACCGA120397GA120398
length1,1131,167
definitionB6Ng01-335A18.b B6Ng01-335A18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,935,455 - 107,936,569)(108,045,898 - 108,047,087)
sequence
gaattctaaatcaggggctggcaagatagctcagcgggtaagaacaccga
ctgctcttccgaaagtcctgagttcaaatcccagcaaccacatggtggct
cacaaccacccataacaaaatctgacaccctcttctggtgtgtctgaagg
catacagtatacttatgtataataataataaataaataaatctttaaaaa
aaagaaaacaaagaattctaaatcagcatgccatagatttatttgcatat
ccatgtttattactgcattattcacaatagccaagacatggaaccaacag
atagattttttttttaatgtggtagagacacacaatggaattttatgcag
ctgtaaagaatgaaattctgacatttgtgagaaagtggatggaactggag
ataagtaagctagaatcatgtttccttaatatgtggaatatagattttca
cagatctacatatgatatgaaaggagagaggggccatgagagtggaagaa
gagccccaaaggaaggggaagcgagagagaatagtggactataggggcat
aaaagcagaggatgggactacttaagggaacagtggctcatcagaacaaa
gaagaaggctgtatgtgtttgaaaatgtcacagtgaatcccactagttgg
tatgctaactaaaaaaatgaactcaaaattgcttaagaatggtggcagtg
ggaacaagactattaaagttcaagaaaggaaatgcctcctcttccatcca
aaacccacatctcttattctgagtcaggaaaatagatccttgtatcaaac
aagagggacacttcttctatagtaagccctgtctaaatgtctgaaatcaa
gaggagctattagacatgccactttaagactagaagaacactgggtggtc
aagaagagaaagaacagattatgaaatggattaatggctcagcagcagaa
ctggaaaagctaatccaatgtcattgagtcctggggccttttaaatgtga
cgtaggctgggcatgataaacatggtactacggttcccaccttataccaa
agcacagattatacaggattgatttttgaatctgatttcttaaggttaca
tagctggatgaaa
gaattcaggaactgcccgtgcacgtgctcaatgtagtcttcaccataggc
ctggagcagctctctaggaatgttggccagcagcagttgcttgcgtttct
cccagaggttcacattagtcactgcatctgaggaaggggtgacaaggtca
ggaagcagcagccagaagagcccaaaggccattaatctatttaatgtaaa
ccacgcctgtaaaccaagccacactctatcctcagaccacacgtccctgc
tgcatgggtgtcccaccccaaacctgaaccctcacctgtcttgaagcagc
caggcttgataatgctgaccttgataccccagggaagcagctcacagccg
aatgtgtccataagcagtgctattgctgccttggaggtgccgtaggctgc
caagcaggggtatggcatgtctcctgtggattgcacgggatgctcagcct
cagcctgggattcctcaaatcattcttcacccgatagcagctcctttacc
gctttgtctctgagtggaagagcacttacctgctgggctgccaacggtca
caatacgtcccctcgagtgacgcaagagtggcaggaggcccttggtcagc
tcaagtgcaccaaagaagttcacctccatgcacttgcggaaagtcgccac
tggagacagttccacgtcagccactacgatattgaggccagcgttgttaa
ccagaccccacaggcctggaggcataaaagcaggagggaaggttcaggtg
atcctgacagcaaacatgcagtcccttcctccctcgtacccacccagccc
tgcccacccctaatggagacacatctgctgaccagtgctggccgtgtggg
ccttggtgatttccagaacacggctgatgtcctctgccttggtcagatcc
atctgcagcagcttcaggcgaggagacagaggtcacgcagttctagggca
ccagggctattcaaatccaacactgtgccagcaccgtgaagcccatggca
tccagtttcttagctgtctcctgccaaccagtgtcacacctagccaggta
gagaccatggattcagccaggacaagccgagaccacctagtctggggaga
tctagcctccggacacctcagccctccccttcttctacatgggtgttata
ccgtgccctccttgaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_107935455_107936569
seq2: B6Ng01-335A18.b_50_1162

seq1  GAATTCTAAATCAGGGGCTGGCAAGATAGCTCAGCGGGTAAGAACACCGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAATCAGGGGCTGGCAAGATAGCTCAGCGGGTAAGAACACCGA  50

seq1  CTGCTCTTCCGAAAGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTTCCGAAAGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCT  100

seq1  CACAACCACCCATAACAAAATCTGACACCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACCACCCATAACAAAATCTGACACCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGG  150

seq1  CATACAGTATACTTATGTATAATAATAATAAATAAATAAATCTTTAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAGTATACTTATGTATAATAATAATAAATAAATAAATCTTTAAAAA  200

seq1  AAAGAAAACAAAGAATTCTAAATCAGCATGCCATAGATTTATTTGCATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAACAAAGAATTCTAAATCAGCATGCCATAGATTTATTTGCATAT  250

seq1  CCATGTTTATTACTGCATTATTCACAATAGCCAAGACATGGAACCAACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTTTATTACTGCATTATTCACAATAGCCAAGACATGGAACCAACAG  300

seq1  ATAGATTTTTTTTTTAATGTGGTAGAGACACACAATGGAATTTTATGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATTTTTTTTTTAATGTGGTAGAGACACACAATGGAATTTTATGCAG  350

seq1  CTGTAAAGAATGAAATTCTGACATTTGTGAGAAAGTGGATGGAACTGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAAGAATGAAATTCTGACATTTGTGAGAAAGTGGATGGAACTGGAG  400

seq1  ATAAGTAAGCTAGAATCATGTTTCCTTAATATGTGGAATATAGATTTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTAAGCTAGAATCATGTTTCCTTAATATGTGGAATATAGATTTTCA  450

seq1  CAGATCTACATATGATATGAAAGGAGAGAGGGGCCATGAGAGTGGAAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTACATATGATATGAAAGGAGAGAGGGGCCATGAGAGTGGAAGAA  500

seq1  GAGCCCCAAAGGAAGGGGAAGCGAGAGAGAATAGTGGACTATAGGGGCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCCAAAGGAAGGGGAAGCGAGAGAGAATAGTGGACTATAGGGGCAT  550

seq1  AAAAGCAGAGGATGGGACTACTTAAGGGAACAGTGGCTCATCAGAACAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCAGAGGATGGGACTACTTAAGGGAACAGTGGCTCATCAGAACAAA  600

seq1  GAAGAAGGCTGTATGTGTTTGAAAATGTCACAGTGAATCCCACTAGTTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAGGCTGTATGTGTTTGAAAATGTCACAGTGAATCCCACTAGTTGG  650

seq1  TATGCTAACTAAAAAAATGAACTCAAAATTGCTTAAGAATGGTGGCAGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTAACTAAAAAAATGAACTCAAAATTGCTTAAGAATGGTGGCAGTG  700

seq1  GGAACAAGACTATTAAAGTTCAAGAAAGGAAATGCCTCCTCTTCCATCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAAGACTATTAAAGTTCAAGAAAGGAAATGCCTCCTCTTCCATCCA  750

seq1  AAACCCACATCTCTTATTCTGAGTCAGGAAAATAGATCCTTGTATCAAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCACATCTCTTATTCTGAGTCAGGAAAATAGATCCTTGTATCAAAC  800

seq1  AAGAGGGACACTTCTTCTATAGTAAGCCCTGTCTAAATGTCTGAAATCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGGACACTTCTTCTATAGTAAGCCCTGTCTAAATGTCTGAAATCAA  850

seq1  GAGGAGCTATTAGACATGCCACTTTAAGACTAGAAGAACACTGGGTGGTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGCTATTAGACATGCCACTTTAAGACTAGAAGAACACTGGGTGGTC  900

seq1  AAGAAGAGAAAGAAACAGATTATGAAATGGATTAATGGCTCAGCAGCAGA  950
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGAGAAAG-AACAGATTATGAAATGGATTAATGGCTCAGCAGCAGA  949

seq1  ACTGGAAAAGCTAATCCAATGTCATTGAGTCCT-GGGCCTTTTAAATGTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ACTGGAAAAGCTAATCCAATGTCATTGAGTCCTGGGGCCTTTTAAATGTG  999

seq1  ACGTAGGCTGGGCATGATAAACATGGTAACTAACGGTCCCACC-TATACC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||||||| ||||||
seq2  ACGTAGGCTGGGCATGATAAACATGGT-ACTACGGTTCCCACCTTATACC  1048

seq1  AAAAGCACAGA-TATACAAGGATTTGATTTTTG-ATCTGATTTCTTTAAA  1096
       |||||||||| ||||| |||| |||||||||| |||||||||| |||| 
seq2  -AAAGCACAGATTATAC-AGGA-TTGATTTTTGAATCTGATTTC-TTAAG  1094

seq1  GGTACATAGCTGGTTGAAA  1115
      | ||||||||||| |||||
seq2  GTTACATAGCTGGATGAAA  1113

seq1: chr8_108045898_108047087
seq2: B6Ng01-335A18.g_67_1233 (reverse)

seq1  GTTCAGTCAGGAGGGCCAACGTATAACACACATTTGTAAGGAAGAA-GGG  49
      |||||   ||||||| ||  ||||||||| ||  ||||  |||||| |||
seq2  GTTCA---AGGAGGG-CACGGTATAACACCCA--TGTA--GAAGAAGGGG  42

seq1  AGGGCTGA-GTGTCCCGGAGGCTAGATTCCTCCCAGACCTTAGTGGTCTT  98
      |||||||| |||| |||||||||||| ||  |||||| ||  |||||| |
seq2  AGGGCTGAGGTGT-CCGGAGGCTAGA-TCTCCCCAGA-CTAGGTGGTC-T  88

seq1  CGGCTTGTCTTGGGCTGGAAATCCATTGGTTCTCCTACCCTGGCTAGGTT  148
      ||||||||| | |||||  |||||||  | ||| ||| |||||||||| |
seq2  CGGCTTGTCCT-GGCTG--AATCCAT--GGTCT-CTA-CCTGGCTAGG-T  130

seq1  GTGACACTGGTTTTGGCAAGGAGACAGCTAAGAAACTGGATGCCATGGGC  198
      ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACACTGG--TTGGC-AGGAGACAGCTAAGAAACTGGATGCCATGGGC  177

seq1  TTCACGGTGCTGGCCACAGTGTTGGATTTGAATAGCCCTGGTGCCCTAGA  248
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACGGTGCTGG-CACAGTGTTGGATTTGAATAGCCCTGGTGCCCTAGA  226

seq1  ACTGCGTGACCTCTGTTCTCCTCGCCTGAAGCTGCTGCAGATGGATCTGA  298
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCGTGACCTCTG-TCTCCTCGCCTGAAGCTGCTGCAGATGGATCTGA  275

seq1  CCAAGGCAGAGGACATCAGCCGTGTTCTGGAAATCACCAAGGCCCACACG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGCAGAGGACATCAGCCGTGTTCTGGAAATCACCAAGGCCCACACG  325

seq1  GCCAGCACTGGTCAGCAGATGTGTCTCCATTAGGGGTGGGCAGGGCTGGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCACTGGTCAGCAGATGTGTCTCCATTAGGGGTGGGCAGGGCTGGG  375

seq1  TGGGTACGAGGGAGGAAGGGACTGCATGTTTGCTGTCAGGATCACCTGAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTACGAGGGAGGAAGGGACTGCATGTTTGCTGTCAGGATCACCTGAA  425

seq1  CCTTCCCTCCTGCTTTTATGCCTCCAGGCCTGTGGGGTCTGGTTAACAAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCCTCCTGCTTTTATGCCTCCAGGCCTGTGGGGTCTGGTTAACAAC  475

seq1  GCTGGCCTCAATATCGTAGTGGCTGACGTGGAACTGTCTCCAGTGGCGAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCCTCAATATCGTAGTGGCTGACGTGGAACTGTCTCCAGTGGCGAC  525

seq1  TTTCCGCAAGTGCATGGAGGTGAACTTCTTTGGTGCACTTGAGCTGACCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCGCAAGTGCATGGAGGTGAACTTCTTTGGTGCACTTGAGCTGACCA  575

seq1  AGGGCCTCCTGCCACTCTTGCGTCACTCGAGGGGACGTATTGTGACCGTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCTCCTGCCACTCTTGCGTCACTCGAGGGGACGTATTGTGACCGTT  625

seq1  GGCAGCCCAGCAGGTAAGTGCTCTTCCACTCAGAGACAAAGCGGTAAAGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCCCAGCAGGTAAGTGCTCTTCCACTCAGAGACAAAGCGGTAAAGG  675

seq1  AGCTGCTATCGGGTGAAGAATGATTTGAGGAATCCCAGGCTGAGGCTGAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCTATCGGGTGAAGAATGATTTGAGGAATCCCAGGCTGAGGCTGAG  725

seq1  CATCCCGTGCAATCCACAGGAGACATGCCATACCCCTGCTTGGCAGCCTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCGTGCAATCCACAGGAGACATGCCATACCCCTGCTTGGCAGCCTA  775

seq1  CGGCACCTCCAAGGCAGCAATAGCACTGCTTATGGACACATTCGGCTGTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCACCTCCAAGGCAGCAATAGCACTGCTTATGGACACATTCGGCTGTG  825

seq1  AGCTGCTTCCCTGGGGTATCAAGGTCAGCATTATCAAGCCTGGCTGCTTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCTTCCCTGGGGTATCAAGGTCAGCATTATCAAGCCTGGCTGCTTC  875

seq1  AAGACAGGTGAGGGTTCAGGTTTGGGGTGGGACACCCATGCAGCAGGGAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAGGTGAGGGTTCAGGTTTGGGGTGGGACACCCATGCAGCAGGGAC  925

seq1  GTGTGGTCTGAGGATAGAGTGTGGCTTGGTTTACAGGCGTGGTTTACATT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGTCTGAGGATAGAGTGTGGCTTGGTTTACAGGCGTGGTTTACATT  975

seq1  AAATAGATTAATGGCCTTTGGGCTCTTCTGGCTGCTGCTTCCTGACCTTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGATTAATGGCCTTTGGGCTCTTCTGGCTGCTGCTTCCTGACCTTG  1025

seq1  TCACCCCTTCCTCAGATGCAGTGACTAATGTGAACCTCTGGGAGAAACGC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCCTTCCTCAGATGCAGTGACTAATGTGAACCTCTGGGAGAAACGC  1075

seq1  AAGCAACTGCTGCTGGCCAACATTCCTAGAGAGCTGCTCCAGGCCTATGG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAACTGCTGCTGGCCAACATTCCTAGAGAGCTGCTCCAGGCCTATGG  1125

seq1  TGAAGACTACATTGAGCACGTGCACGGGCAGTTCCTGAATTC  1190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGACTACATTGAGCACGTGCACGGGCAGTTCCTGAATTC  1167