BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-335E23
Chromosome8 (Build37)
Map Location 27,836,871 - 27,872,337
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneBag4, Lsm1, Star, Ash2l, Kcnu1, Hgsnat, 4930444A02Rik, Fnta, Hook3, 1700047A11Rik, Rnf170, Thap1
Downstream geneZfp703, Erlin2, Prosc, Gpr124, Brf2, Rab11fip1, Got1l1, Adrb3, Eif4ebp1, LOC732482, Tex24, Chrnb3, Chrna6, 4921537P18Rik, Gm1698
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-335E23.bB6Ng01-335E23.g
ACCGA120580GA120581
length944906
definitionB6Ng01-335E23.b B6Ng01-335E23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,871,398 - 27,872,337)(27,836,871 - 27,837,776)
sequence
gaattctcagctcctcctgctctgtgcctgcctggacactgccatgcttc
tgccttgatgataatggtctgaacctctgaacctgtaagccatgatgcta
ctcaactgaacctctgaacctgtaagccagcccaattataagagttgtct
tggtcatggtatctgttcacagcagaaaaaccctaactaagacaatattc
ctgcctgagttcctgctctgacttccttctatgctggatgaggatgtgaa
gtgtaagccaaataaatcttttcttccccaagttgtgtgtggtcatggtg
ttttatcacagcaacagaaagcaattaaaactctgtaagaggattgttgg
ctccagaatccagagctctgatgctagtatctggtgtcatgagccaggac
tttacaaccttgggtaattgtactgtctctaaggtcgcagctcaggctgt
gtggagtctctctgggactggacgttccatgttccaagtccatcatttct
gctgttttggagacagaggaagactgaaggctggagttcgcaccagctca
tgatgaagaagtggtaggtggagtgacagaataaagagataggctctcta
ggaactgccagcggccttcagttccctctcctgatagaggcaaagcagct
gactagtgtcatcagtcaggaaccaagatggggtgattttcagagcctct
tctttcctttccaggagtgctttcttccagaagaagtttgcctcatgtgg
tggtggtttgaataggaatgtctcccgtacataggctcatatatttgaat
gctttctcattaggtaatggcactacttgtgaggatgaaggggtgtgtcc
ttggtggagtgggtgtgtccttgctggagtaggtgtgtcctttgttggag
taagttgtgtccttgggtggagtgggtgtgtcccttgtaggagt
gaattcagttagatcacatgatgacatttaggaaagatctaaccactagt
aggtgctgactgcatctcacttcccgaatcctctgaatccatgtgtgcct
cttatattttctatggacaaagcatgggctcaagtcaagaataaaggatg
gaggttcaagtcccagatttacaatgtctgagaaatttttaagctttatt
ttcttgttcttattttcttaccatataacctcccgaacttcccacatatc
tcaagggaaatatctggctttctcaaaaatattatttccttaagcatgtt
ttaagacacctgtagttcctgtggatggacccagactattttctaagtgt
catttgtattgcttcctttaccagacctaactgtcatcatctcaagagat
gctcacctgcagtaccattttcagccaaacagaaaattcgttctctgtac
ttcattgccctagtcaataaaagctaggtctaagatgtctgtagagttgg
agtcactcagtctatgttagagaaaaggaaaggtggggagactggtgggg
gccctccaaggtgatcaggttcctccgaggagtctgagaagagaatctgc
agaaattactccattacactcgacatttaagtgtgaagacctgagcttgg
atccccagtgctcacatatatgccaggtaggtacagtggcttgtgatcca
agcgcctgggagacagagacaaagaatgccctggaatcaaatcatcaagg
gctggcttcaagtgagaggccctgccttgagctataatgtagagagtgtc
aaggaagacacctaatgtcaatatctatactcacacatacacacgtgccc
acacacacacacacacatgcacacagagctaaaaaagaagagggggagga
agagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_27871398_27872337
seq2: B6Ng01-335E23.b_46_989 (reverse)

seq1  ACTCCAACAA-GGACACACCCACTCCA-CCAAGGACAC-ACTTACTCCAA  47
      ||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  ACTCCTACAAGGGACACACCCACTCCACCCAAGGACACAACTTACTCCAA  50

seq1  C-AAGGACACACCTACTCCAGCAAGGACACACCCACTCCACCAAGGACAC  96
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGACACACCTACTCCAGCAAGGACACACCCACTCCACCAAGGACAC  100

seq1  ACCCCTTCATCCTCACAAGTAGTGCCATTACCTAATGAGAAAGCATTCAA  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTTCATCCTCACAAGTAGTGCCATTACCTAATGAGAAAGCATTCAA  150

seq1  ATATATGAGCCTATGTACGGGAGACATTCCTATTCAAACCACCACCACAT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGAGCCTATGTACGGGAGACATTCCTATTCAAACCACCACCACAT  200

seq1  GAGGCAAACTTCTTCTGGAAGAAAGCACTCCTGGAAAGGAAAGAAGAGGC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAAACTTCTTCTGGAAGAAAGCACTCCTGGAAAGGAAAGAAGAGGC  250

seq1  TCTGAAAATCACCCCATCTTGGTTCCTGACTGATGACACTAGTCAGCTGC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAAATCACCCCATCTTGGTTCCTGACTGATGACACTAGTCAGCTGC  300

seq1  TTTGCCTCTATCAGGAGAGGGAACTGAAGGCCGCTGGCAGTTCCTAGAGA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTCTATCAGGAGAGGGAACTGAAGGCCGCTGGCAGTTCCTAGAGA  350

seq1  GCCTATCTCTTTATTCTGTCACTCCACCTACCACTTCTTCATCATGAGCT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATCTCTTTATTCTGTCACTCCACCTACCACTTCTTCATCATGAGCT  400

seq1  GGTGCGAACTCCAGCCTTCAGTCTTCCTCTGTCTCCAAAACAGCAGAAAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCGAACTCCAGCCTTCAGTCTTCCTCTGTCTCCAAAACAGCAGAAAT  450

seq1  GATGGACTTGGAACATGGAACGTCCAGTCCCAGAGAGACTCCACACAGCC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGACTTGGAACATGGAACGTCCAGTCCCAGAGAGACTCCACACAGCC  500

seq1  TGAGCTGCGACCTTAGAGACAGTACAATTACCCAAGGTTGTAAAGTCCTG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTGCGACCTTAGAGACAGTACAATTACCCAAGGTTGTAAAGTCCTG  550

seq1  GCTCATGACACCAGATACTAGCATCAGAGCTCTGGATTCTGGAGCCAACA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATGACACCAGATACTAGCATCAGAGCTCTGGATTCTGGAGCCAACA  600

seq1  ATCCTCTTACAGAGTTTTAATTGCTTTCTGTTGCTGTGATAAAACACCAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCTTACAGAGTTTTAATTGCTTTCTGTTGCTGTGATAAAACACCAT  650

seq1  GACCACACACAACTTGGGGAAGAAAAGATTTATTTGGCTTACACTTCACA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACACACAACTTGGGGAAGAAAAGATTTATTTGGCTTACACTTCACA  700

seq1  TCCTCATCCAGCATAGAAGGAAGTCAGAGCAGGAACTCAGGCAGGAATAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCATCCAGCATAGAAGGAAGTCAGAGCAGGAACTCAGGCAGGAATAT  750

seq1  TGTCTTAGTTAGGGTTTTTCTGCTGTGAACAGATACCATGACCAAGACAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTAGTTAGGGTTTTTCTGCTGTGAACAGATACCATGACCAAGACAA  800

seq1  CTCTTATAATTGGGCTGGCTTACAGGTTCAGAGGTTCAGTTGAGTAGCAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTATAATTGGGCTGGCTTACAGGTTCAGAGGTTCAGTTGAGTAGCAT  850

seq1  CATGGCTTACAGGTTCAGAGGTTCAGACCATTATCATCAAGGCAGAAGCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCTTACAGGTTCAGAGGTTCAGACCATTATCATCAAGGCAGAAGCA  900

seq1  TGGCAGTGTCCAGGCAGGCACAGAGCAGGAGGAGCTGAGAATTC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGTGTCCAGGCAGGCACAGAGCAGGAGGAGCTGAGAATTC  944

seq1: chr8_27836871_27837776
seq2: B6Ng01-335E23.g_64_969

seq1  GAATTCAGTTAGATCACATGATGACATTTAGGAAAGATCTAACCACTAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTAGATCACATGATGACATTTAGGAAAGATCTAACCACTAGT  50

seq1  AGGTGCTGACTGCATCTCACTTCCCGAATCCTCTGAATCCATGTGTGCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCTGACTGCATCTCACTTCCCGAATCCTCTGAATCCATGTGTGCCT  100

seq1  CTTATATTTTCTATGGACAAAGCATGGGCTCAAGTCAAGAATAAAGGATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATATTTTCTATGGACAAAGCATGGGCTCAAGTCAAGAATAAAGGATG  150

seq1  GAGGTTCAAGTCCCAGATTTACAATGTCTGAGAAATTTTTAAGCTTTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTCAAGTCCCAGATTTACAATGTCTGAGAAATTTTTAAGCTTTATT  200

seq1  TTCTTGTTCTTATTTTCTTACCATATAACCTCCCGAACTTCCCACATATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTTCTTATTTTCTTACCATATAACCTCCCGAACTTCCCACATATC  250

seq1  TCAAGGGAAATATCTGGCTTTCTCAAAAATATTATTTCCTTAAGCATGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGGAAATATCTGGCTTTCTCAAAAATATTATTTCCTTAAGCATGTT  300

seq1  TTAAGACACCTGTAGTTCCTGTGGATGGACCCAGACTATTTTCTAAGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGACACCTGTAGTTCCTGTGGATGGACCCAGACTATTTTCTAAGTGT  350

seq1  CATTTGTATTGCTTCCTTTACCAGACCTAACTGTCATCATCTCAAGAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGTATTGCTTCCTTTACCAGACCTAACTGTCATCATCTCAAGAGAT  400

seq1  GCTCACCTGCAGTACCATTTTCAGCCAAACAGAAAATTCGTTCTCTGTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACCTGCAGTACCATTTTCAGCCAAACAGAAAATTCGTTCTCTGTAC  450

seq1  TTCATTGCCCTAGTCAATAAAAGCTAGGTCTAAGATGTCTGTAGAGTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTGCCCTAGTCAATAAAAGCTAGGTCTAAGATGTCTGTAGAGTTGG  500

seq1  AGTCACTCAGTCTATGTTAGAGAAAAGGAAAGGTGGGGAGACTGGTGGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACTCAGTCTATGTTAGAGAAAAGGAAAGGTGGGGAGACTGGTGGGG  550

seq1  GCCCTCCAAGGTGATCAGGTTCCTCCGAGGAGTCTGAGAAGAGAATCTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCCAAGGTGATCAGGTTCCTCCGAGGAGTCTGAGAAGAGAATCTGC  600

seq1  AGAAATTACTCCATTACACTCGACATTTAAGTGTGAAGACCTGAGCTTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATTACTCCATTACACTCGACATTTAAGTGTGAAGACCTGAGCTTGG  650

seq1  ATCCCCAGTGCTCACATATATGCCAGGTAGGTACAGTGGCTTGTGATCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCAGTGCTCACATATATGCCAGGTAGGTACAGTGGCTTGTGATCCA  700

seq1  AGCGCCTGGGAGACAGAGACAAAGAATGCCCTGGAATCAAATCATCAAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGCCTGGGAGACAGAGACAAAGAATGCCCTGGAATCAAATCATCAAGG  750

seq1  GCTGGCTTCAAGTGAGAGGCCCTGCCTTGAGCTATAATGTAGAGAGTGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCTTCAAGTGAGAGGCCCTGCCTTGAGCTATAATGTAGAGAGTGTC  800

seq1  AAGGAAGACACCTAATGTCAATATCTATACTCACACATACACACGTGCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGACACCTAATGTCAATATCTATACTCACACATACACACGTGCCC  850

seq1  ACACACACACACACACATGCACACAGAGCTAAAAAAGAAGAGGGGGAGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACATGCACACAGAGCTAAAAAAGAAGAGGGGGAGGA  900

seq1  AGAGGA  906
      ||||||
seq2  AGAGGA  906