BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-339P11
Chromosome8 (Build37)
Map Location 6,936,346 - 7,013,462
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG665127
Upstream geneLOC100040360
Downstream geneEG546032
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-339P11.bB6Ng01-339P11.g
ACCGA123815GA123816
length1,0411,101
definitionB6Ng01-339P11.b B6Ng01-339P11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,936,346 - 6,937,387)(7,012,363 - 7,013,462)
sequence
gaattctgtgtggcctctaacttgctatgagttatcatatgcaaactgct
ctgctgtgtacagaaagcactacctctacaatattgtgttttttctctag
tgtatctgtggggtataagagaatgtttggaagggtaaatggaatgggac
agatgtaatatactataatcttaaaaattaaatattgtagcatataaact
gctctggactgatgaaatacctttatgaaaattacatatcttggtatgtt
gaagaaatcactgcttatgcatctagtgtttctggacacaacatcatcag
aaaatcttatacaatataacatagcatgtacagatgtagtattctttata
acgaatcagtaatgttgaagaaaggaggtaggaaatgaaccttgacatca
gaatgcaggtgaagcattacatgaaatggcatggtaatactatctgggaa
cttggagattcatgccagaatattttctacatcttaaaaggaaatatcaa
ctcaatagtgagtataatttgatttaaaggttcatatgtataatcactgc
ttgtcaaacttcattgagttttattgtcatgacaagcacatttgtgcctt
tatacaaactgagaatgtattgaatagcaataaattcacgagctgtggca
tattcatctgtagcaacttaccagttttttatcatttttggtaactgtcc
ttttattgtcaagataaacagtaatattgactatcagatcatacatacta
cattacataataacatgtttctataaaggtgtgtataggttacaaaagat
ctgcaaggtgttatataggcaatgctatctaagaggtacagactggaaga
aaataataaaagtttctgtggttaagataagcatcaaactttgtctctgt
aactccttccatgtgtgttttgttcccaaattctaagaaggggcaagtgt
ccacaactttggtctacgttcttctttgagcttcatgagtttgcaaattg
tacttatattcctggttattctagttcttgggctactatcc

gaattccatcaagggcaggcagtgaactcacgatttctctgtcatagctg
agaagcaatggtcaattaaggctgctagggaggatgcactggaagctccc
tatgcatagtgaatggtcgtatgtctaagcacatagaggtagcactatgt
agacttcccaggtttaggagacgtcgcagtgaaaaggagaaaaggaagga
aggaagcaactggacacgtgaaggtatgagcagaaatgtgtggtgaggta
acacactgctggagttggagggaaagaatagtggcctgaattttatcaag
tttgcatacaggtgtaattatcaattaagcaaataaagaaaggacagaga
ggagattggcaagaacaatgagtagatccttgtgaaacatgaatctacac
aaaacagattctctgaggcagtggttcttgacttgtaggtcatgacctct
ttagctaacctttatgtgtaaaaaaatatatctgcatcatgattcaaaac
agtaccaaaattacagttaggaagtagcactgaaaataattttattgctg
gaagtcaccacacaacatgatgagctgtattaaagggccatagcattagg
gaggttgagaaccactgctctaatgtctccttttctgaccattgacaatg
tttgttgatcaaaggcaaggaaagagtcacacagccagattttacagaca
aaaatttagaatgttcctggtaaaattctttctgcttaaatcaggtgaga
tcaccttcaaaagaagttaaatgccatctttacttaatgatgtcaagtag
ggtcatcattccaaggctgtcagcttttggtgttgccagcctaactctga
catatgtgcagccagctaggcaagaaggatccatgcaatttgatccactt
tgactgtctgaagaatccatttcactctgcttataaatgacagcatgagt
ataatagctcattttggatacaagaaaatctaagtttagctcacagtctg
ggagaacaaaaatggattttgacatgagccctaaaaataaggacatctgg
tttggcaggcagaaatagtaatgaattatgatcacatcaaccgtgtgatg
t
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_6936346_6937387
seq2: B6Ng01-339P11.b_47_1087

seq1  GAATTCTGTGTGGCCTCTAACTTGCTATGAGTTATCATATGCAAACTGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGTGGCCTCTAACTTGCTATGAGTTATCATATGCAAACTGCT  50

seq1  CTGCTGTGTACAGAAAGCACTACCTCTACAATATTGTGTTTTTTCTCTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTGTACAGAAAGCACTACCTCTACAATATTGTGTTTTTTCTCTAG  100

seq1  TGTATCTGTGGGGTATAAGAGAATGTTTGGAAGGGTAAATGGAATGGGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCTGTGGGGTATAAGAGAATGTTTGGAAGGGTAAATGGAATGGGAC  150

seq1  AGATGTAATATACTATAATCTTAAAAATTAAATATTGTAGCATATAAACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTAATATACTATAATCTTAAAAATTAAATATTGTAGCATATAAACT  200

seq1  GCTCTGGACTGATGAAATACCTTTATGAAAATTACATATCTTGGTATGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGGACTGATGAAATACCTTTATGAAAATTACATATCTTGGTATGTT  250

seq1  GAAGAAATCACTGCTTATGCATCTAGTGTTTCTGGACACAACATCATCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAATCACTGCTTATGCATCTAGTGTTTCTGGACACAACATCATCAG  300

seq1  AAAATCTTATACAATATAACATAGCATGTACAGATGTAGTATTCTTTATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCTTATACAATATAACATAGCATGTACAGATGTAGTATTCTTTATA  350

seq1  ACGAATCAGTAATGTTGAAGAAAGGAGGTAGGAAATGAACCTTGACATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAATCAGTAATGTTGAAGAAAGGAGGTAGGAAATGAACCTTGACATCA  400

seq1  GAATGCAGGTGAAGCATTACATGAAATGGCATGGTAATACTATCTGGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCAGGTGAAGCATTACATGAAATGGCATGGTAATACTATCTGGGAA  450

seq1  CTTGGAGATTCATGCCAGAATATTTTCTACATCTTAAAAGGAAATATCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAGATTCATGCCAGAATATTTTCTACATCTTAAAAGGAAATATCAA  500

seq1  CTCAATAGTGAGTATAATTTGATTTAAAGGTTCATATGTATAATCACTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATAGTGAGTATAATTTGATTTAAAGGTTCATATGTATAATCACTGC  550

seq1  TTGTCAAACTTCATTGAGTTTTATTGTCATGACAAGCACATTTGTGCCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAAACTTCATTGAGTTTTATTGTCATGACAAGCACATTTGTGCCTT  600

seq1  TATACAAACTGAGAATGTATTGAATAGCAATAAATTCACGAGCTGTGGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAAACTGAGAATGTATTGAATAGCAATAAATTCACGAGCTGTGGCA  650

seq1  TATTCATCTGTAGCAACTTACCAGTTTTTTATCATTTTTGGTAACTGTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATCTGTAGCAACTTACCAGTTTTTTATCATTTTTGGTAACTGTCC  700

seq1  TTTTATTGTCAAGATAAACAGTAATATTGACTATCAGATCATACATACTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTGTCAAGATAAACAGTAATATTGACTATCAGATCATACATACTA  750

seq1  CATTACATAATAAACATGTTTCTATAAAGGTGTGTATAGGTTACAAAAGA  800
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACATAAT-AACATGTTTCTATAAAGGTGTGTATAGGTTACAAAAGA  799

seq1  TCTGCAAGGTGTTATATAGGCAATGCTATCTAAGAGGTACAGACTGGAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAAGGTGTTATATAGGCAATGCTATCTAAGAGGTACAGACTGGAAG  849

seq1  AAAATAATAAAAGTTTCTGTGGTTAAGATAAGCATCAAACTTTGTCTCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAATAAAAGTTTCTGTGGTTAAGATAAGCATCAAACTTTGTCTCTG  899

seq1  TAACTCCTTCCATGTGTGTTTTGTTCCC-AATTCTAAGAAGGGGCAAAGT  949
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  TAACTCCTTCCATGTGTGTTTTGTTCCCAAATTCTAAGAAGGGGC-AAGT  948

seq1  GTCCAC-ACTTTGGTCTACGTTCTTC-TTGAGTTTCATGAGTTTTGCAAA  997
      |||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||
seq2  GTCCACAACTTTGGTCTACGTTCTTCTTTGAGCTTCATGAG-TTTGCAAA  997

seq1  TTGTAACTTATA-TCTTGGGTATTCTAAGTTTCTGGGCTAATATCC  1042
      |||| ||||||| || ||| |||||| ||||  ||||||| |||||
seq2  TTGT-ACTTATATTCCTGGTTATTCT-AGTTCTTGGGCTACTATCC  1041


seq1: chr8_7012363_7013462
seq2: B6Ng01-339P11.g_65_1165 (reverse)

seq1  ACATCACACGGTGATGTTGGAACCATAAATCATTACTATTTCCTGCTGC-  49
      ||||||||||||  || ||  | ||||| |||||||||||||   |||| 
seq2  ACATCACACGGT--TGATGTGATCATAATTCATTACTATTTCTGCCTGCC  48

seq1  -AAACAGATGTTCTTATTTTTA-GGCTCATGTCAAAATTCA-TTTTGTTC  96
       || ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||
seq2  AAACCAGATGTCCTTATTTTTAGGGCTCATGTCAAAATCCATTTTTGTTC  98

seq1  TCCCAGACTGTGGAGCTAAACTTTAGATTTTCTTGTTATCAAAATGAGCT  146
      ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||
seq2  TCCCAGACTGT-GAGCTAAAC-TTAGATTTTCTTGTATCCAAAATGAGCT  146

seq1  ATTATACTCATGCTGTCATTTATAAGCAGAGTGAAATGGATTCTTCAGAC  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATACTCATGCTGTCATTTATAAGCAGAGTGAAATGGATTCTTCAGAC  196

seq1  AGTCAAAGTGGATCAAATTGCATGGATCCTTCTTGCCTAGCTGGCTGCAC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAAGTGGATCAAATTGCATGGATCCTTCTTGCCTAGCTGGCTGCAC  246

seq1  ATATGTCAGAGTTAGGCTGGCAACACC-AAAGCTGACAGCCTTGGAATGA  295
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTCAGAGTTAGGCTGGCAACACCAAAAGCTGACAGCCTTGGAATGA  296

seq1  TGACCCTACTTGACATCATTAAGTAAAGATGGCATTTAACTTCTTTTGAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCTACTTGACATCATTAAGTAAAGATGGCATTTAACTTCTTTTGAA  346

seq1  GGTGATCTCACCTGATTTAAGCAGAAAGAATTTTACCAGGAACATTCTAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATCTCACCTGATTTAAGCAGAAAGAATTTTACCAGGAACATTCTAA  396

seq1  ATTTTTGTCTGTAAAATCTGGCTGTGTGACTCTTTCCTTGCCTTTGATCA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTGTCTGTAAAATCTGGCTGTGTGACTCTTTCCTTGCCTTTGATCA  446

seq1  ACAAACATTGTCAATGGTCAGAAAAGGAGACATTAGAGCAGTGGTTCTCA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACATTGTCAATGGTCAGAAAAGGAGACATTAGAGCAGTGGTTCTCA  496

seq1  ACCTCCCTAATGCTATGGCCCTTTAATACAGCTCATCATGTTGTGTGGTG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCCTAATGCTATGGCCCTTTAATACAGCTCATCATGTTGTGTGGTG  546

seq1  ACTTCCAGCAATAAAATTATTTTCAGTGCTACTTCCTAACTGTAATTTTG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCAGCAATAAAATTATTTTCAGTGCTACTTCCTAACTGTAATTTTG  596

seq1  GTACTGTTTTGAATCATGATGCAGATATATTTTTTTACACATAAAGGTTA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGTTTTGAATCATGATGCAGATATATTTTTTTACACATAAAGGTTA  646

seq1  GCTAAAGAGGTCATGACCTACAAGTCAAGAACCACTGCCTCAGAGAATCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAAGAGGTCATGACCTACAAGTCAAGAACCACTGCCTCAGAGAATCT  696

seq1  GTTTTGTGTAGATTCATGTTTCACAAGGATCTACTCATTGTTCTTGCCAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTGTAGATTCATGTTTCACAAGGATCTACTCATTGTTCTTGCCAA  746

seq1  TCTCCTCTCTGTCCTTTCTTTATTTGCTTAATTGATAATTACACCTGTAT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTCTCTGTCCTTTCTTTATTTGCTTAATTGATAATTACACCTGTAT  796

seq1  GCAAACTTGATAAAATTCAGGCCACTATTCTTTCCCTCCAACTCCAGCAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACTTGATAAAATTCAGGCCACTATTCTTTCCCTCCAACTCCAGCAG  846

seq1  TGTGTTACCTCACCACACATTTCTGCTCATACCTTCACGTGTCCAGTTGC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTACCTCACCACACATTTCTGCTCATACCTTCACGTGTCCAGTTGC  896

seq1  TTCCTTCCTTCCTTTTCTCCTTTTCACTGCGACGTCTCCTAAACCTGGGA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCCTTCCTTTTCTCCTTTTCACTGCGACGTCTCCTAAACCTGGGA  946

seq1  AGTCTACATAGTGCTACCTCTATGTGCTTAGACATACGACCATTCACTAT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTACATAGTGCTACCTCTATGTGCTTAGACATACGACCATTCACTAT  996

seq1  GCATAGGGAGCTTCCAGTGCATCCTCCCTAGCAGCCTTAATTGACCATTG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGGGAGCTTCCAGTGCATCCTCCCTAGCAGCCTTAATTGACCATTG  1046

seq1  CTTCTCAGCTATGACAGAGAAATCGTGAGTTCACTGCCTGCCCTTGATGG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCAGCTATGACAGAGAAATCGTGAGTTCACTGCCTGCCCTTGATGG  1096

seq1  AATTC  1100
      |||||
seq2  AATTC  1101


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |