BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-339P13
Chromosome8 (Build37)
Map Location 17,552,320 - 17,660,607
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCsmd1
Downstream geneLOC665638, LOC100040466, Mcph1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-339P13.bB6Ng01-339P13.g
ACCGA123819GA123820
length1,141855
definitionB6Ng01-339P13.b B6Ng01-339P13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,552,320 - 17,553,455)(17,659,966 - 17,660,607)
sequence
gaattcattagattgccatcattatcacatgtgtatgtgaaatgtgtgtg
ttcccatgctcattcatggatatgttggtgcatgtccaattttaaagaag
ttagctaaaatgggaattcactagactattggcatgctcatgtatccata
tgaaatgtgtgtgtttgctcctccattcatggatgcttggtgcacatcca
atgttaaggaaggaagcaaaaatagaaagaaaaagagacagtgagagtgt
gctttattctctctgttaacataaggggaacaagaatgaacaagaggatg
gggtagaatccatactgggaggaacagcaatgctggtcctgtgcacacaa
gcccagatatattttcatcaccaaacacatgatggatggttgaataatgt
ctgaaatcttccatgaaatttgaggatacatgccgcataggcatcacact
tcagtagacatcatatcactgtgaaatagtagactcgtgctgcctctctg
agcatatgtacagaagtttggggtcccatgcttcagcgtaggcaggatgc
aggagaggaaatggaagagagtcaacactgtctgcatgatttgtagaccc
ctgtacacagtaaaaatgagacacttttcctgtaattgtgaagagcttaa
aaacaagaagaaggcattcaagtgagtgtggcacctctgcagaccacgct
cttgcagcttcgggagaagcaagcagaacaggcatcagatctgtgtagcc
agaaagatacccagagggaaagtggtttgagattcaaagaacagccagta
gctctgggcaccctgctttataagatgtagtggggcgattttcttgatct
cgatgcaaggaacagtttttgaaaaccaccaatgctttatcttgttgcta
acatcttacctaaaacttaggagggagaatctctcagtagagccagacac
tgcttagttgagcatgggtccaggcacttccccgggatttcactgaattt
ccaatagaaaagactgttttccttttgcaagccaagttaactaatgggca
cctccagatagtatgctggagggaatatcctgcttttaaatatttcacta
gcttacatcaatgagtgtcttccaatcacaattgacagagt
gaattccatagagtgatgtgattgtgttacccaggcacaaagcacaccca
ctgagtacaaatgagagagagtgaaaaatgtgtaaacttctaatattagt
ttagtgtctagattggttttaaaagaaactgagtcataagactataattt
gataaagatacttccgggggtgaaaggctaaccatcattgctgttttgtg
gcttttatttcaacagagcctcgagtgacttggtggcttttcatggctgt
agtgagagttaatagattactgtaaataggagattggcttatgcacatgg
ctttaagcttagcatctacggcttcagtgagaacttgtgttacagataat
gacacaaaaaaattctcaagtgtctctatagagaggtaggatgggcgaat
gttctgtggcaaccacattgcctctatcagctgagagggcctgaaagcag
agacagtcccagtcctcagcatatctaattaggagatcttgatttttatt
ctcttctgtaatgaaaatggcaaatgttccttggataagtcacagattat
gaggccaggaggttatctgcaaaagactatacaagggagtactaaaacaa
ccatctgaagctgaaacgatactatgggaacggactggaatgtacacggc
tttcactggccaaagctgggcctatttaggattcaggataactgataact
gcattagttacttttctaatgctatgctaagatggcatgaccaatagcaa
tttagagaaagaggcaaaaattggattagtgataccagaggaataagagt
ccatcacaacaaagaggcatggttgtaaatgacaggcgtgactgcaggag
caaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_17552320_17553455
seq2: B6Ng01-339P13.b_50_1190

seq1  GAATTCATTAGATTGCCATCATTATCACATGTGTATGTGAAATGTGTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTAGATTGCCATCATTATCACATGTGTATGTGAAATGTGTGTG  50

seq1  TTCCCATGCTCATTCATGGATATGTTGGTGCATGTCCAATTTTAAAGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCATGCTCATTCATGGATATGTTGGTGCATGTCCAATTTTAAAGAAG  100

seq1  TTAGCTAAAATGGGAATTCACTAGACTATTGGCATGCTCATGTATCCATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTAAAATGGGAATTCACTAGACTATTGGCATGCTCATGTATCCATA  150

seq1  TGAAATGTGTGTGTTTGCTCCTCCATTCATGGATGCTTGGTGCACATCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATGTGTGTGTTTGCTCCTCCATTCATGGATGCTTGGTGCACATCCA  200

seq1  ATGTTAAGGAAGGAAGCAAAAATAGAAAGAAAAAGAGACAGTGAGAGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAAGGAAGGAAGCAAAAATAGAAAGAAAAAGAGACAGTGAGAGTGT  250

seq1  GCTTTATTCTCTCTGTTAACATAAGGGGAACAAGAATGAACAAGAGGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTATTCTCTCTGTTAACATAAGGGGAACAAGAATGAACAAGAGGATG  300

seq1  GGGTAGAATCCATACTGGGAGGAACAGCAATGCTGGTCCTGTGCACACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAGAATCCATACTGGGAGGAACAGCAATGCTGGTCCTGTGCACACAA  350

seq1  GCCCAGATATATTTTCATCACCAAACACATGATGGATGGTTGAATAATGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGATATATTTTCATCACCAAACACATGATGGATGGTTGAATAATGT  400

seq1  CTGAAATCTTCCATGAAATTTGAGGATACATGCCGCATAGGCATCACACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAATCTTCCATGAAATTTGAGGATACATGCCGCATAGGCATCACACT  450

seq1  TCAGTAGACATCATATCACTGTGAAATAGTAGACTCGTGCTGCCTCTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAGACATCATATCACTGTGAAATAGTAGACTCGTGCTGCCTCTCTG  500

seq1  AGCATATGTACAGAAGTTTGGGGTCCCATGCTTCAGCGTAGGCAGGATGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATATGTACAGAAGTTTGGGGTCCCATGCTTCAGCGTAGGCAGGATGC  550

seq1  AGGAGAGGAAATGGAAGAGAGTCAACACTGTCTGCATGATTTGTAGACCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGGAAATGGAAGAGAGTCAACACTGTCTGCATGATTTGTAGACCC  600

seq1  CTGTACACAGTAAAAATGAGACACTTTTCCTGTAATTGTGAAGAGCTTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACACAGTAAAAATGAGACACTTTTCCTGTAATTGTGAAGAGCTTAA  650

seq1  AAACAAGAAGAAGGCATTCAAGTGAGTGTGGCACCTCTGCAGACCACGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAGAAGAAGGCATTCAAGTGAGTGTGGCACCTCTGCAGACCACGCT  700

seq1  CTTGCAGCTTCGGGAGAAGCAAGCAGAACAGGCATCAGATCTGTGTAGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCAGCTTCGGGAGAAGCAAGCAGAACAGGCATCAGATCTGTGTAGCC  750

seq1  AGAAAGATACCCAGAGGGAAAGTGGTTTGAGATTCAAAGAACAGCCAGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGATACCCAGAGGGAAAGTGGTTTGAGATTCAAAGAACAGCCAGTA  800

seq1  GCTCTGGGCACCCTGCTTTATAAGATGTAGTGGGGCGATTTTCTTGATCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGGGCACCCTGCTTTATAAGATGTAGTGGGGCGATTTTCTTGATCT  850

seq1  CGATGCAAGGAACAGTTTTTGAAAACCACCAATGCTTTATCTTGTTGCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATGCAAGGAACAGTTTTTGAAAACCACCAATGCTTTATCTTGTTGCTA  900

seq1  ACATCTTACCTAAAACTTAGGAGGGAGAATCTCTCAGTAGAGCCAGACAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTTACCTAAAACTTAGGAGGGAGAATCTCTCAGTAGAGCCAGACAC  950

seq1  TGCTTAGTTGAGCATGGGTCCAGGCACTTCCCC-GGATTTCACTGAATTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGCTTAGTTGAGCATGGGTCCAGGCACTTCCCCGGGATTTCACTGAATTT  1000

seq1  CCAATAG-AAAGACTG-TTTCCTTTTGCAAGCCCAAAGTAACT-ATGGGC  1046
      ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||  ||||| ||||||
seq2  CCAATAGAAAAGACTGTTTTCCTTTTGCAAG-CCAAGTTAACTAATGGGC  1049

seq1  A-CTCCAGATAGTATGCCTGAAGGAATTATCCCTGCTTTTAAAATATTTC  1095
      | |||||||||||||| ||| ||| | ||| ||||||||| |||||||||
seq2  ACCTCCAGATAGTATG-CTGGAGGGAATAT-CCTGCTTTT-AAATATTTC  1096

seq1  ACTAGC-TACATCATTGAGTGTCT---CATCACATCTAACAGAGT  1136
      |||||| ||||||| |||||||||    ||||||  | |||||||
seq2  ACTAGCTTACATCAATGAGTGTCTTCCAATCACAATTGACAGAGT  1141

seq1: chr8_17659966_17660607
seq2: B6Ng01-339P13.g_66_707 (reverse)

seq1  CATTCCAGTCCGTTCCCATAGTATCGTTTCAGCTTCAGATGGTTGTTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCAGTCCGTTCCCATAGTATCGTTTCAGCTTCAGATGGTTGTTTTA  50

seq1  GTACTCCCTTGTATAGTCTTTTGCAGATAACCTCCTGGCCTCATAATCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCCCTTGTATAGTCTTTTGCAGATAACCTCCTGGCCTCATAATCTG  100

seq1  TGACTTATCCAAGGAACATTTGCCATTTTCATTACAGAAGAGAATAAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTATCCAAGGAACATTTGCCATTTTCATTACAGAAGAGAATAAAAA  150

seq1  TCAAGATCTCCTAATTAGATATGCTGAGGACTGGGACTGTCTCTGCTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGATCTCCTAATTAGATATGCTGAGGACTGGGACTGTCTCTGCTTTC  200

seq1  AGGCCCTCTCAGCTGATAGAGGCAATGTGGTTGCCACAGAACATTCGCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCTCTCAGCTGATAGAGGCAATGTGGTTGCCACAGAACATTCGCCC  250

seq1  ATCCTACCTCTCTATAGAGACACTTGAGAATTTTTTTGTGTCATTATCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTACCTCTCTATAGAGACACTTGAGAATTTTTTTGTGTCATTATCTG  300

seq1  TAACACAAGTTCTCACTGAAGCCGTAGATGCTAAGCTTAAAGCCATGTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACAAGTTCTCACTGAAGCCGTAGATGCTAAGCTTAAAGCCATGTGC  350

seq1  ATAAGCCAATCTCCTATTTACAGTAATCTATTAACTCTCACTACAGCCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCCAATCTCCTATTTACAGTAATCTATTAACTCTCACTACAGCCAT  400

seq1  GAAAAGCCACCAAGTCACTCGAGGCTCTGTTGAAATAAAAGCCACAAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGCCACCAAGTCACTCGAGGCTCTGTTGAAATAAAAGCCACAAAAC  450

seq1  AGCAATGATGGTTAGCCTTTCACCCCCGGAAGTATCTTTATCAAATTATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGATGGTTAGCCTTTCACCCCCGGAAGTATCTTTATCAAATTATA  500

seq1  GTCTTATGACTCAGTTTCTTTTAAAACCAATCTAGACACTAAACTAATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTATGACTCAGTTTCTTTTAAAACCAATCTAGACACTAAACTAATAT  550

seq1  TAGAAGTTTACACATTTTTCACTCTCTCTCATTTGTACTCAGTGGGTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGTTTACACATTTTTCACTCTCTCTCATTTGTACTCAGTGGGTGTG  600

seq1  CTTTGTGCCTGGGTAACACAATCACATCACTCTATGGAATTC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGCCTGGGTAACACAATCACATCACTCTATGGAATTC  642