BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-341L24
Chromosome8 (Build37)
Map Location 64,966,572 - 65,067,280
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC384830, LOC100040804, LOC665267
Upstream geneCbr4, Palld, LOC100040872, BC013672, Anxa10, LOC100040775
Downstream geneSpock3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-341L24.bB6Ng01-341L24.g
ACCGA125044GA125045
length1,0601,149
definitionB6Ng01-341L24.b B6Ng01-341L24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,966,572 - 64,967,636)(65,066,126 - 65,067,280)
sequence
gaattcacacttttgaccttttgacatgttaataaaatatgggggattat
atcctctatcaaacttcatgtcttcaataatttctagctcatcattcagg
gtttttccatccctcactgtgatgacaccatttcttccaaccttttctca
ttgcatcagaaatgatgttcccaaagtctttgcctctatttgcagaaatt
gtagcaatctgggtaatttcttcaggggttgtcacaggtttagatcgttt
cttaagttgagcaattacagcactgacagccaacatcacccctctccgga
tttccagtggatttttccctttgctgatcttctcaaagtcattggcaata
gagcgtgccagaacagagacagtggtggtgccatccccagcctcttcatt
tgtattattggcaacaccctgaacaagtttagatctgatagttttgcatt
tatcctttaaatcaattggctttgtgacagtaacctcaccttttgttact
ttgggacttccctgactctgttcaataatcaatgttcttctctttggccc
cattgtagcagctacatcattggctgaaaggtttataccttgaaacacta
aagtttgaccacctgcaccaaattttacatctttggcctaggcctgaatg
agattaggagccagtgcatgggacactggtctcatctggggaaggactgt
ggatagtcgaagcatttctgagggacagcagcaggagagcacgagttgag
gcagactgtctatggctagtgaaggtaaatatctattctgtttagtgttc
ttccacaggtatggcctgacatgtaaggtcagcttgacagtggttatttt
tctgcaagtagaggctttaatacaacaataccacaaagctaataaggact
caaaacattgttaatctttcaaacacaagtatatataaataataggtgag
aggctagagatattgctcagctgttatatcaacatacgctcttcacagag
ggtctgagttctgtttctgtccggggctgatttctcataacaactgtagt
tcagctacaa

gaattcatatactgtatatctataatcaatccatctgggcttatcaccag
caaatatatccaaggaaattctgtattcttacctagaatttttcatttca
gaaaaatagtttgttcttaaaactgcctgcaatggtacacaaaatagagt
aagtacatattcaagcacactataaagcaattttcacaaaatgagctgat
atttgggtaagaagtctggctaggagtcagtggtacttaggtttagttaa
ctttgtctatgaataactgtaaatcacagacttttacctgattttctttt
aggaatacacactactttatagtccatttctattacttcccctgaagaag
taattttaaatagcaccaaggtccacatagctatagcttacactgcctta
tgcctacagtaatggagcttctacttgtaagctgaattctgctcgtgttt
ccatgtcacactttataaggcaaggaaatcgtgtaacagcaaatccaacg
agtcaccataaaccgtatttgtatacagactccggagaacacaaactgag
cacttgtgaacaaaacctggtatgtaaaagccacatttgttccctgagca
cttaagacaacagagtcccagaagtaaaatttacctaatagctaccctta
caaaaaacgatacagcctacattttaaggagaattgattcacttacttaa
gcacaaaatagacccatcttgagagttatctgtgtacaatttaagtagtt
taaatcctaagtagtctaggacaatatcttcacttccaatttttagcagc
tttaagtgaataaaccatgcccatttgctgactggtgatcttgtggcatg
ggattaccatcaagggtgtagttaccacatggtagctgatgaagaaatta
gatttttctatagctgggaacctgatgaatattttatgctcttgtatatt
tttgaatcaccagagatgtttctaatgtataattgtagatgagattgcta
agcctgggatacatggtcatcagtaccacattaggttgttaacaggttgt
ttaattgattgagaagtttttggaactgtccaaatacttcttaaattgct
cagttacagacagaataactgttaacattgctgtgattttttcccacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_64966572_64967636
seq2: B6Ng01-341L24.b_51_1110

seq1  GAATTCACACTTTTGACCTTTTGACATGTTAATAAAATATGGGGGATTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACTTTTGACCTTTTGACATGTTAATAAAATATGGGGGATTAT  50

seq1  ATCCTCTATCAAACTTCATGTCTTCAATAATTTCTAGCTCATCATTCAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCTATCAAACTTCATGTCTTCAATAATTTCTAGCTCATCATTCAGG  100

seq1  GTTTTTCCATCCCTCACTGTGATGACACCATTTCTTCCAACCTTTTCTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTCCATCCCTCACTGTGATGACACCATTTCTTCCAACCTTTTCTCA  150

seq1  TTGCATCAGAAATGATGTTCCCAAAGTCTTTGCCTCTATTTGCAGAAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATCAGAAATGATGTTCCCAAAGTCTTTGCCTCTATTTGCAGAAATT  200

seq1  GTAGCAATCTGGGTAATTTCTTCAGGGGTTGTCACAGGTTTAGATCGTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAATCTGGGTAATTTCTTCAGGGGTTGTCACAGGTTTAGATCGTTT  250

seq1  CTTAAGTTGAGCAATTACAGCACTGACAGCCAACATCACCCCTCTCCGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGTTGAGCAATTACAGCACTGACAGCCAACATCACCCCTCTCCGGA  300

seq1  TTTCCAGTGGATTTTTCCCTTTGCTGATCTTCTCAAAGTCATTGGCAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAGTGGATTTTTCCCTTTGCTGATCTTCTCAAAGTCATTGGCAATA  350

seq1  GAGCGTGCCAGAACAGAGACAGTGGTGGTGCCATCCCCAGCCTCTTCATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGTGCCAGAACAGAGACAGTGGTGGTGCCATCCCCAGCCTCTTCATT  400

seq1  TGTATTATTGGCAACACCCTGAACAAGTTTAGATCTGATAGTTTTGCATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTATTGGCAACACCCTGAACAAGTTTAGATCTGATAGTTTTGCATT  450

seq1  TATCCTTTAAATCAATTGGCTTTGTGACAGTAACCTCACCTTTTGTTACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTTTAAATCAATTGGCTTTGTGACAGTAACCTCACCTTTTGTTACT  500

seq1  TTGGGACTTCCCTGACTCTGTTCAATAATCAATGTTCTTCTCTTTGGCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGACTTCCCTGACTCTGTTCAATAATCAATGTTCTTCTCTTTGGCCC  550

seq1  CATTGTAGCAGCTACATCATTGGCTGAAAGGTTTATACCTTGAAACACTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTAGCAGCTACATCATTGGCTGAAAGGTTTATACCTTGAAACACTA  600

seq1  AAGTTTGACCACCTGCACCAAATTTTACATCTTTGGCCTAGGCCTGAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTGACCACCTGCACCAAATTTTACATCTTTGGCCTAGGCCTGAATG  650

seq1  AGATTAGGAGCCAGTGCATGGGACACTGGTCTCATCTGGGGAAGGACTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAGGAGCCAGTGCATGGGACACTGGTCTCATCTGGGGAAGGACTGT  700

seq1  GGATAGTCGAAGCATTTCTGAGGGACAGCAGCAGGAGAGCACGAGTTGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGTCGAAGCATTTCTGAGGGACAGCAGCAGGAGAGCACGAGTTGAG  750

seq1  GCAGACTGTCTATGGCTAGTGAAGGTAAATATCTATTCTGTTTAGTGTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACTGTCTATGGCTAGTGAAGGTAAATATCTATTCTGTTTAGTGTTC  800

seq1  TTCCACAGGTATGGCCTGACATGTAAGGTCAGCTTGACAGTGGTTATTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACAGGTATGGCCTGACATGTAAGGTCAGCTTGACAGTGGTTATTTT  850

seq1  TCTGCAAGTAGAGGCTTTAATACAACAATACCACAAAGCTAATAAGGACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAAGTAGAGGCTTTAATACAACAATACCACAAAGCTAATAAGGACT  900

seq1  CAAAACATTGTTAATCTTTCAAACACAAGTATATATAAATAAATAGGTGA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CAAAACATTGTTAATCTTTCAAACACAAGTATATATAAAT-AATAGGTGA  949

seq1  GAGGCTAGAGATATTGCTCAGCTGTTAATATC-ACATACGGCTC-TCACA  998
      |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||| |||||
seq2  GAGGCTAGAGATATTGCTCAGCTGTT-ATATCAACATAC-GCTCTTCACA  997

seq1  GAGGGTCTGAGTTCTGTTTCCTGTCCCGGGGCTGGATTTCTCATAACAAC  1048
      ||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAGGGTCTGAGTTCTGTTT-CTGT-CCGGGGCT-GATTTCTCATAACAAC  1044

seq1  TGTAGTTTCAGCTACAA  1065
      ||||| |||||||||||
seq2  TGTAG-TTCAGCTACAA  1060


seq1: chr8_65066126_65067280
seq2: B6Ng01-341L24.g_65_1213 (reverse)

seq1  TTGTGG---AAAAACTCAGCAATG-TAACAGTTATTTCTTGTCTGGTACT  46
      ||||||   |||| | |||||||| |||||||||||   ||||| |||  
seq2  TTGTGGGAAAAAATCACAGCAATGTTAACAGTTATT--CTGTCT-GTAAC  47

seq1  TGAGACAATT--AGAAGTATTTGCACAGTTTCAAAAACTTCTTCAAATCC  94
      |||| |||||  ||||||||||| |||||| |||||||||| ||||   |
seq2  TGAG-CAATTTAAGAAGTATTTGGACAGTTCCAAAAACTTC-TCAA--TC  93

seq1  AATTAAACAA-CTGTTAACAACCCTTATGTGGTTACCTGATGACCATGTA  143
      |||||||||| |||||||||| ||| |||||||   ||||||||||||||
seq2  AATTAAACAACCTGTTAACAA-CCTAATGTGGT--ACTGATGACCATGTA  140

seq1  TCCCAGGCCTTAGCAATTCCTCATTCTACAATTATACATTAGGAAACATC  193
      ||||||| |||||||||  |||| ||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCCCAGG-CTTAGCAAT--CTCA-TCTACAATTATACATTA-GAAACATC  185

seq1  TCTTGGTGATTCAAAAATATACAAGAGCATAAAATATTCATCAGGTT-CC  242
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TC-TGGTGATTCAAAAATATACAAGAGCATAAAATATTCATCAGGTTCCC  234

seq1  AGCTATAGAAAAATCTAATTTCTTCATCAGCTACCATGTGGTAACTACAC  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATAGAAAAATCTAATTTCTTCATCAGCTACCATGTGGTAACTACAC  284

seq1  CCTTGATGGTAATCCCATGCCACAAGATCACCAGTCAGCAAAT-GGCATG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCTTGATGGTAATCCCATGCCACAAGATCACCAGTCAGCAAATGGGCATG  334

seq1  GTTTATTCACTTAAAGCTGCT-AAAATTGGAAGTGAAGATATTGTCCTAG  390
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATTCACTTAAAGCTGCTAAAAATTGGAAGTGAAGATATTGTCCTAG  384

seq1  ACTACTTAGGATTTAAACTACTTAAATTGTACACAGATAACTCTCAAGAT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTTAGGATTTAAACTACTTAAATTGTACACAGATAACTCTCAAGAT  434

seq1  GGGTCTATTTTGTGCTTAAGTAAGTGAATCAATTCTCCTTAAAATGTAGG  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTATTTTGTGCTTAAGTAAGTGAATCAATTCTCCTTAAAATGTAGG  484

seq1  CTGTATCGTTTTTTGTAAGGGTAGCTATTAGGTAAATTTTACTTCTGGGA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATCGTTTTTTGTAAGGGTAGCTATTAGGTAAATTTTACTTCTGGGA  534

seq1  CTCTGTTGTCTTAAGTGCTCAGGGAACAAATGTGGCTTTTACATACCAGG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTTGTCTTAAGTGCTCAGGGAACAAATGTGGCTTTTACATACCAGG  584

seq1  TTTTGTTCACAAGTGCTCAGTTTGTGTTCTCCGGAGTCTGTATACAAATA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTCACAAGTGCTCAGTTTGTGTTCTCCGGAGTCTGTATACAAATA  634

seq1  CGGTTTATGGTGACTCGTTGGATTTGCTGTTACACGATTTCCTTGCCTTA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTTTATGGTGACTCGTTGGATTTGCTGTTACACGATTTCCTTGCCTTA  684

seq1  TAAAGTGTGACATGGAAACACGAGCAGAATTCAGCTTACAAGTAGAAGCT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTGTGACATGGAAACACGAGCAGAATTCAGCTTACAAGTAGAAGCT  734

seq1  CCATTACTGTAGGCATAAGGCAGTGTAAGCTATAGCTATGTGGACCTTGG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTACTGTAGGCATAAGGCAGTGTAAGCTATAGCTATGTGGACCTTGG  784

seq1  TGCTATTTAAAATTACTTCTTCAGGGGAAGTAATAGAAATGGACTATAAA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATTTAAAATTACTTCTTCAGGGGAAGTAATAGAAATGGACTATAAA  834

seq1  GTAGTGTGTATTCCTAAAAGAAAATCAGGTAAAAGTCTGTGATTTACAGT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGTGTATTCCTAAAAGAAAATCAGGTAAAAGTCTGTGATTTACAGT  884

seq1  TATTCATAGACAAAGTTAACTAAACCTAAGTACCACTGACTCCTAGCCAG  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATAGACAAAGTTAACTAAACCTAAGTACCACTGACTCCTAGCCAG  934

seq1  ACTTCTTACCCAAATATCAGCTCATTTTGTGAAAATTGCTTTATAGTGTG  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTTACCCAAATATCAGCTCATTTTGTGAAAATTGCTTTATAGTGTG  984

seq1  CTTGAATATGTACTTACTCTATTTTGTGTACCATTGCAGGCAGTTTTAAG  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAATATGTACTTACTCTATTTTGTGTACCATTGCAGGCAGTTTTAAG  1034

seq1  AACAAACTATTTTTCTGAAATGAAAAATTCTAGGTAAGAATACAGAATTT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACTATTTTTCTGAAATGAAAAATTCTAGGTAAGAATACAGAATTT  1084

seq1  CCTTGGATATATTTGCTGGTGATAAGCCCAGATGGATTGATTATAGATAT  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGATATATTTGCTGGTGATAAGCCCAGATGGATTGATTATAGATAT  1134

seq1  ACAGTATATGAATTC  1155
      |||||||||||||||
seq2  ACAGTATATGAATTC  1149


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |