BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-343P13
Chromosome8 (Build37)
Map Location 7,875,517 - 8,025,825
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG665127, EG546032
Downstream geneLOC100039836, Efnb2, 9430010O03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-343P13.bB6Ng01-343P13.g
ACCGA126599GA126600
length1,197195
definitionB6Ng01-343P13.b B6Ng01-343P13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,024,615 - 8,025,825)(7,875,517 - 7,875,711)
sequence
gaattcttcctttttattatgcagaaggtgtgcacacagtaggttatcaa
taaaagttttagttaattaaattaaatataatttcatatgcagcagttaa
taatttgagcatagcctatgaacacagagcccagctaaaaagactaaata
tgggaagattttcaaaattaggatgatttctgcttaaacatttttctcct
attctatagataatttgtatttgtcagagataacaaagaatgttaaatta
tggtgaggtttttaggagacaaatgaaagtgaataaaacaaagaacccta
gtattgaccttaatttctgagctatagacccacactcaaatgcttttgtt
ttttaacattgatggataagagttgaatcaaataaggccagatacctgct
cagtcttacatacctaggccactgcaaaggaatctattacttattaatat
ttaaggagctttcaagccaggaggcaaaacatcacttgatattgctaagg
ccaagctgacagtgtgatggtataaaagggtggagacaatccaaatcccc
taaatagaatatggccagaggctagataaagcctagcctttgaggtcaat
gtttccacgctcatgtcttcattagttaaagaataatataatgaatgcat
caaagagatgaaactattggctgtaacatatattcataaaactaatttcc
attcaataaatatgcatattgtgcctccatgcactatgtgttagcttctg
gggattaaatgatcacttctgtcttagttagggtttccattgctgtgaac
agataccttggccaaggtaactctaaggacaatatttaattgaggctagc
ttgcaggttcagagattcagcccattatcatcaaggtgggatcacagcag
tgtcctggccctatatgtggctggaggagctgagagttccacctattgtt
ctgaaggcagctagaagactggctctcacatggttagaagagggtcttaa
gcccatgcccacagtgacatacttcatccaacagaccacacctcaagtag
tgctatctctggcctagcatcttcaaactactacaggtcccaatctaaat
tatttttttgctcttgcaatgcccagaagcctcttaaaatgcattaaaaa
gaaaggacctgcttcctcatgcaattgagagtaacaagaaggatttt
caaggacacttactcatgacattcctaatttgtctagtttttctaaagtc
agactttatcaaaacattacagccatctgtttgatgatcctttaagtgag
gctgagcagactgattaatgtgattctgtaatggactcagcaggttgttt
ctataagtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_8024615_8025825
seq2: B6Ng01-343P13.b_51_1247 (reverse)

seq1  AAAATCCTTCTTGTTCACTTCTACAATTGGCATTGAGGGAAGCAAAGTTC  50
      ||||||||||||||| || ||| ||||| ||| ||| ||||||  || ||
seq2  AAAATCCTTCTTGTT-AC-TCT-CAATT-GCA-TGA-GGAAGC--AGGTC  42

seq1  CCTTCTTTTT-ATGCAATCTTTGAGAAGC-TCTTGGCCATGC-AGAGCCA  97
      | |||||||| |||||   ||| ||| || ||| |||  ||| ||||| |
seq2  CTTTCTTTTTAATGCA--TTTTAAGAGGCTTCTGGGCATTGCAAGAGCAA  90

seq1  AAAAATAATTTTAAGATGGGGATCTGTAGTAGTTTGAAGATGCTTAGGCC  147
      |||||||||||  |||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAAAATAATTT--AGATTGGGACCTGTAGTAGTTTGAAGATGC-TAGGCC  137

seq1  AGAGAATAGCACTACTTGGAGGTGTGGTCTTGTTGGATGAAGTATGTCAC  197
      |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGAG-ATAGCACTACTT-GAGGTGTGGTC-TGTTGGATGAAGTATGTCAC  184

seq1  TGTGGGCATGGGCTTTAAGACCCTCCTTCTAACCATGTGAGAGCCAGTCT  247
      ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGCATGGGC-TTAAGACCCT-CTTCTAACCATGTGAGAGCCAGTCT  232

seq1  TCTAGCTGCCTTCAGAACAATAGGTGGAACTCTCAGCTCCTCCAGCCACA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCTGCCTTCAGAACAATAGGTGGAACTCTCAGCTCCTCCAGCCACA  282

seq1  TATA-GGCCAGGACACTGCTGTGATCCCACCTTGATGATAATGGGCTGAA  346
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGGCCAGGACACTGCTGTGATCCCACCTTGATGATAATGGGCTGAA  332

seq1  TCTCTGAACCTGCAAGCTAGCCTCAATTAAATATTGTCCTTAGAGTTACC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGAACCTGCAAGCTAGCCTCAATTAAATATTGTCCTTAGAGTTACC  382

seq1  TTGGCCAAGGTATCTGTTCACAGCAATGGAAACCCTAACTAAGACAGAAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCAAGGTATCTGTTCACAGCAATGGAAACCCTAACTAAGACAGAAG  432

seq1  TGATCATTTAATCCCCAGAAGCTAACACATAGTGCATGGAGGCACAATAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCATTTAATCCCCAGAAGCTAACACATAGTGCATGGAGGCACAATAT  482

seq1  GCATATTTATTGAATGGAAATTAGTTTTATGAATATATGTTACAGCCAAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATTTATTGAATGGAAATTAGTTTTATGAATATATGTTACAGCCAAT  532

seq1  AGTTTCATCTCTTTGATGCATTCATTATATTATTCTTTAACTAATGAAGA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCATCTCTTTGATGCATTCATTATATTATTCTTTAACTAATGAAGA  582

seq1  CATGAGCGTGGAAACATTGACCTCAAAGGCTAGGCTTTATCTAGCCTCTG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGCGTGGAAACATTGACCTCAAAGGCTAGGCTTTATCTAGCCTCTG  632

seq1  GCCATATTCTATTTAGGGGATTTGGATTGTCTCCACCCTTTTATACCATC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATATTCTATTTAGGGGATTTGGATTGTCTCCACCCTTTTATACCATC  682

seq1  ACACTGTCAGCTTGGCCTTAGCAATATCAAGTGATGTTTTGCCTCCTGGC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGTCAGCTTGGCCTTAGCAATATCAAGTGATGTTTTGCCTCCTGGC  732

seq1  TTGAAAGCTCCTTAAATATTAATAAGTAATAGATTCCTTTGCAGTGGCCT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAGCTCCTTAAATATTAATAAGTAATAGATTCCTTTGCAGTGGCCT  782

seq1  AGGTATGTAAGACTGAGCAGGTATCTGGCCTTATTTGATTCAACTCTTAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATGTAAGACTGAGCAGGTATCTGGCCTTATTTGATTCAACTCTTAT  832

seq1  CCATCAATGTTAAAAAACAAAAGCATTTGAGTGTGGGTCTATAGCTCAGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCAATGTTAAAAAACAAAAGCATTTGAGTGTGGGTCTATAGCTCAGA  882

seq1  AATTAAGGTCAATACTAGGGTTCTTTGTTTTATTCACTTTCATTTGTCTC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAGGTCAATACTAGGGTTCTTTGTTTTATTCACTTTCATTTGTCTC  932

seq1  CTAAAAACCTCACCATAATTTAACATTCTTTGTTATCTCTGACAAATACA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAACCTCACCATAATTTAACATTCTTTGTTATCTCTGACAAATACA  982

seq1  AATTATCTATAGAATAGGAGAAAAATGTTTAAGCAGAAATCATCCTAATT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATCTATAGAATAGGAGAAAAATGTTTAAGCAGAAATCATCCTAATT  1032

seq1  TTGAAAATCTTCCCATATTTAGTCTTTTTAGCTGGGCTCTGTGTTCATAG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAATCTTCCCATATTTAGTCTTTTTAGCTGGGCTCTGTGTTCATAG  1082

seq1  GCTATGCTCAAATTATTAACTGCTGCATATGAAATTATATTTAATTTAAT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGCTCAAATTATTAACTGCTGCATATGAAATTATATTTAATTTAAT  1132

seq1  TAACTAAAACTTTTATTGATAACCTACTGTGTGCACACCTTCTGCATAAT  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTAAAACTTTTATTGATAACCTACTGTGTGCACACCTTCTGCATAAT  1182

seq1  AAAAAGGAAGAATTC  1211
      |||||||||||||||
seq2  AAAAAGGAAGAATTC  1197

seq1: chr8_7875517_7875711
seq2: B6Ng01-343P13.g_75_269

seq1  CAAGGACACTTACTCATGACATTCCTAATTTGTCTAGTTTTTCTAAAGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGACACTTACTCATGACATTCCTAATTTGTCTAGTTTTTCTAAAGTC  50

seq1  AGACTTTATCAAAACATTACAGCCATCTGTTTGATGATCCTTTAAGTGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTATCAAAACATTACAGCCATCTGTTTGATGATCCTTTAAGTGAG  100

seq1  GCTGAGCAGACTGATTAATGTGATTCTGTAATGGACTCAGCAGGTTGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGCAGACTGATTAATGTGATTCTGTAATGGACTCAGCAGGTTGTTT  150

seq1  CTATAAGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  195
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAAGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  195