BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-346E21
Chromosome8 (Build37)
Map Location 40,403,479 - 40,535,864
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG621335
Upstream geneTusc3, LOC100038974, LOC632066
Downstream geneLOC434304, Msr1, EG621431, LOC100039072, LOC666959, EG632166, Fgf20, 2900075B16Rik, Zdhhc2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-346E21.bB6Ng01-346E21.g
ACCGA128240GA128241
length6231,129
definitionB6Ng01-346E21.b B6Ng01-346E21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,403,479 - 40,404,101)(40,534,742 - 40,535,864)
sequence
gaattctaggctaaaaacaagaagaaagacttttgtcatccttttaatag
tagttcagatatccattggcaataaaatgtatttttctctaaaaacagga
ggctggattaaaacttatttttaaacccagtcctcgagatggacttcttt
ggtgatcacaaaccagagattagttagcctaaaacaaaatactactggtc
tttaaaaaatatcaataaaatgactcctaatgatattctgctattcttgt
caattgataccttattcaaccaccatcagagaagcttcctcctacagaaa
ataggaacaaatgcagagacctagagccagatattacaacaaagacacac
acacacacagacacacaagcacacacagagagagagagagagagacagag
acagagagacacaaagagacacaaaaagagacacagacacagacagggac
agaaacatagagacagagacagaaacatatgtcttggaacactgagctaa
aatccctttatgtatccatgaaattttttccctcagagctcagggaacac
tagtgaaggaggagaaagaggaggaggaggaggaggaggaggcagaaaaa
gtatgagagtcagagaggataga
gaattccctagctgttattatattattacatatattgcatacttccttgt
taacagttcaaaagctaatgacttttctagatctccaaactcttaagggg
ctgattctttttatgaagttttcatttattctttacaattcaaaactgtg
aatagttgatcattccctcagtgactgagtattaacaagttagcataatt
taaatactgcaaaagttagccatgaaaacagtggaggtccctgggtcact
gagatggctcttagagtaaaggcacctgctactaagtccaaagatataag
tttcagtcctcagccccacatggtcataggacaaacccaactgacactag
ttgttatctgacattcacacaaggtgcacaacatatctgatataaataaa
tacataattaaataaataaatgtaattaaataattcaggtcctaccttca
agaggacttctcaaagaatatctatctatgaaattagagcaacaacaaat
tatcacctataactcaatgtaaatgcagataaataataattctgaaaggt
ataattatcaacattaaggtggcaccatagtggagaatcgctatatcagc
ataatgggttttattgcctataaatcagaagccagaaacatatgtacaga
aagctacaagtgatttctttctgggaatatttatatatcaaaagattaaa
acactttacagtattaatcttgccccaagtgctatgcaatggagattagt
catgaatctttctaattctggcacgaattacatgtgctattttagaatac
tatcatcgaagtagatgttgaaaatgtctatttgtcctcgggttatctca
actgcatccacatttaaaaggaataaattgatgaccatcagaggcaatat
tacattgagctgatgaattgggaatatgaatgtaaacccaacattgcagt
agagttttgttctgaaagggttcaccaggtacaagctcaactgcagtgag
acacaaaatggctttttttttctctcttactttctattagagttgaatga
cctttgctaacttaagattcttagtattttagaatttaggtcatgaatta
gtctgtcttttggtgctgttaatggaaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_40403479_40404101
seq2: B6Ng01-346E21.b_49_671

seq1  GAATTCTAGGCTAAAAACAAGAAGAAAGACTTTTGTCATCCTTTTAATAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGCTAAAAACAAGAAGAAAGACTTTTGTCATCCTTTTAATAG  50

seq1  TAGTTCAGATATCCATTGGCAATAAAATGTATTTTTCTCTAAAAACAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCAGATATCCATTGGCAATAAAATGTATTTTTCTCTAAAAACAGGA  100

seq1  GGCTGGATTAAAACTTATTTTTAAACCCAGTCCTCGAGATGGACTTCTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGATTAAAACTTATTTTTAAACCCAGTCCTCGAGATGGACTTCTTT  150

seq1  GGTGATCACAAACCAGAGATTAGTTAGCCTAAAACAAAATACTACTGGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATCACAAACCAGAGATTAGTTAGCCTAAAACAAAATACTACTGGTC  200

seq1  TTTAAAAAATATCAATAAAATGACTCCTAATGATATTCTGCTATTCTTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAAATATCAATAAAATGACTCCTAATGATATTCTGCTATTCTTGT  250

seq1  CAATTGATACCTTATTCAACCACCATCAGAGAAGCTTCCTCCTACAGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGATACCTTATTCAACCACCATCAGAGAAGCTTCCTCCTACAGAAA  300

seq1  ATAGGAACAAATGCAGAGACCTAGAGCCAGATATTACAACAAAGACACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAACAAATGCAGAGACCTAGAGCCAGATATTACAACAAAGACACAC  350

seq1  ACACACACAGACACACAAGCACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGACAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACAGACACACAAGCACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGACAGAG  400

seq1  ACAGAGAGACACAAAGAGACACAAAAAGAGACACAGACACAGACAGGGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAGACACAAAGAGACACAAAAAGAGACACAGACACAGACAGGGAC  450

seq1  AGAAACATAGAGACAGAGACAGAAACATATGTCTTGGAACACTGAGCTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACATAGAGACAGAGACAGAAACATATGTCTTGGAACACTGAGCTAA  500

seq1  AATCCCTTTATGTATCCATGAAATTTTTTCCCTCAGAGCTCAGGGAACAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCTTTATGTATCCATGAAATTTTTTCCCTCAGAGCTCAGGGAACAC  550

seq1  TAGTGAAGGAGGAGAAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGCAGAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAAGGAGGAGAAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGCAGAAAAA  600

seq1  GTATGAGAGTCAGAGAGGATAGA  623
      |||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAGAGTCAGAGAGGATAGA  623

seq1: chr8_40534742_40535864
seq2: B6Ng01-346E21.g_64_1192 (reverse)

seq1  GTTTTCATT-ACAGCAAC-AAAGACAGACTAATTCATGACCTAAATCTTA  48
      |||| |||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  GTTTCCATTAACAGCACCAAAAGACAGACTAATTCATGACCTAAATTCTA  50

seq1  AAATACTTAAGAATCTT-AGTTAGC-AAGGTCATTCCACTCTAATAGAAA  96
      |||||| |||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||
seq2  AAATAC-TAAGAATCTTAAGTTAGCAAAGGTCATTCAACTCTAATAGAAA  99

seq1  GTAAGAGAG-AAAAAAAAGCCATTTTGTGTCTCACTGCAGTTGAGCTTGT  145
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAGAGAAAAAAAAAGCCATTTTGTGTCTCACTGCAGTTGAGCTTGT  149

seq1  ACCTGGTGAACCC-TTCAGAACAAAACTCTACTGCAATGTTGGGTTTACA  194
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGTGAACCCTTTCAGAACAAAACTCTACTGCAATGTTGGGTTTACA  199

seq1  TTCATATT-CCAATTCATCAGCTCAATGTAATATTGCCTCTGATGGTCAT  243
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATTCCCAATTCATCAGCTCAATGTAATATTGCCTCTGATGGTCAT  249

seq1  CAATTTATTCCTTTTAAATGTGGATGCAGTTGAGATAACCCGAGGACAAA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTATTCCTTTTAAATGTGGATGCAGTTGAGATAACCCGAGGACAAA  299

seq1  TAGACATTTTCAACATCTACTTCGATGATAGTATTCTAAAATAGCACATG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACATTTTCAACATCTACTTCGATGATAGTATTCTAAAATAGCACATG  349

seq1  TAATTCGTGCCAGAATTAGAAAGATTCATGACTAATCTCCATTGCATAGC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCGTGCCAGAATTAGAAAGATTCATGACTAATCTCCATTGCATAGC  399

seq1  ACTTGGGGCAAGATTAATACTGTAAAGTGTTTTAATCTTTTGATATATAA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGGGCAAGATTAATACTGTAAAGTGTTTTAATCTTTTGATATATAA  449

seq1  ATATTCCCAGAAAGAAATCACTTGTAGCTTTCTGTACATATGTTTCTGGC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCCCAGAAAGAAATCACTTGTAGCTTTCTGTACATATGTTTCTGGC  499

seq1  TTCTGATTTATAGGCAATAAAACCCATTATGCTGATATAGCGATTCTCCA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGATTTATAGGCAATAAAACCCATTATGCTGATATAGCGATTCTCCA  549

seq1  CTATGGTGCCACCTTAATGTTGATAATTATACCTTTCAGAATTATTATTT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGTGCCACCTTAATGTTGATAATTATACCTTTCAGAATTATTATTT  599

seq1  ATCTGCATTTACATTGAGTTATAGGTGATAATTTGTTGTTGCTCTAATTT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCATTTACATTGAGTTATAGGTGATAATTTGTTGTTGCTCTAATTT  649

seq1  CATAGATAGATATTCTTTGAGAAGTCCTCTTGAAGGTAGGACCTGAATTA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGATAGATATTCTTTGAGAAGTCCTCTTGAAGGTAGGACCTGAATTA  699

seq1  TTTAATTACATTTATTTATTTAATTATGTATTTATTTATATCAGATATGT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTACATTTATTTATTTAATTATGTATTTATTTATATCAGATATGT  749

seq1  TGTGCACCTTGTGTGAATGTCAGATAACAACTAGTGTCAGTTGGGTTTGT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCACCTTGTGTGAATGTCAGATAACAACTAGTGTCAGTTGGGTTTGT  799

seq1  CCTATGACCATGTGGGGCTGAGGACTGAAACTTATATCTTTGGACTTAGT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGACCATGTGGGGCTGAGGACTGAAACTTATATCTTTGGACTTAGT  849

seq1  AGCAGGTGCCTTTACTCTAAGAGCCATCTCAGTGACCCAGGGACCTCCAC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGTGCCTTTACTCTAAGAGCCATCTCAGTGACCCAGGGACCTCCAC  899

seq1  TGTTTTCATGGCTAACTTTTGCAGTATTTAAATTATGCTAACTTGTTAAT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCATGGCTAACTTTTGCAGTATTTAAATTATGCTAACTTGTTAAT  949

seq1  ACTCAGTCACTGAGGGAATGATCAACTATTCACAGTTTTGAATTGTAAAG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGTCACTGAGGGAATGATCAACTATTCACAGTTTTGAATTGTAAAG  999

seq1  AATAAATGAAAACTTCATAAAAAGAATCAGCCCCTTAAGAGTTTGGAGAT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATGAAAACTTCATAAAAAGAATCAGCCCCTTAAGAGTTTGGAGAT  1049

seq1  CTAGAAAAGTCATTAGCTTTTGAACTGTTAACAAGGAAGTATGCAATATA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAAAGTCATTAGCTTTTGAACTGTTAACAAGGAAGTATGCAATATA  1099

seq1  TGTAATAATATAATAACAGCTAGGGAATTC  1123
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATAATATAATAACAGCTAGGGAATTC  1129