BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-346F05
Chromosome8 (Build37)
Map Location 63,305,014 - 63,401,797
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2700029M09Rik, Clcn3
Upstream geneAadat, Mfap3l, LOC100040679
Downstream geneB230317F23Rik, Nek1, Sh3rf1, EG664975, Cbr4, Palld, LOC100040872
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-346F05.bB6Ng01-346F05.g
ACCGA128256GA128257
length1,1411,179
definitionB6Ng01-346F05.b B6Ng01-346F05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,400,654 - 63,401,797)(63,305,014 - 63,306,235)
sequence
gaattcactcatacaaccctggctgctgatgttatgagacctcgaagaag
tgaccctcccttagctgttttgacacaggacaatatgacagtagatgaca
tagaaaacatgattaatgaaaccagctataatggctttcctgttataatg
tcaaaagaatctcagagattagtgggatttgccctcagaagagacctgac
tattgcaataggtacggcttttaaaaacaacttcatgaatgtatatgtct
tgtatgtaatacattttaggaggagaaaaagcaatgatgtttaattggtt
gggttttcaggggcaagtggtgttagtttaagtcttgtgttctgtaggag
tgtatgcttcagtgattatctttctgccctgtgatgggaaggccagtaag
aattttaatctttgtcagcaactctaaatgtccttcctcatgatgtcaga
ggtgagaaagagactcattaagccattgatctgctattccctagattttt
gggtagtaccttgagctagaaatgtcaaacaatcctcaggtgtcacaatc
cttcctgttttctagggttgctgctagtcaccagcccaagaaaaaggaaa
gaggtcttaaggagctttgaaattcctaaagacagggaaaggaatggcca
gggtttgaagccatgatgcatttagtaattcatattcctacctgctgtag
agagatactgacttcaacttttgtcacttgacagagagactgttgcacag
gaaataatgttggtttagaggaatatacgagaaatatcaagatgtggcat
cagaaatcttccatcacaggatgacttttgaacatatcttaaatatttgc
cagtatatcttctgtaaacttaaaaaaatttattgaaaaatcagttctgt
atagtatagtatatatatatgtccatgctcagcaaaatatatttgaaata
ccacagaacgttttgagcccaggctggcttcctcaaaatctctatgtagc
tgagatgacttaattcttgatcatcccccctccacctccacttcttaaat
gaccatgtaggcatagaggcttgacgtccactctgctacttctgtcacac
aaaggcattcgaaaagtgtgcgccttttatttctcttagat
gaattccctgagcacacttattcatgagctatactggattctttggcttc
caaccttaccaagcaggccaccagagactgctgaagaagatgagctaaat
cctatgataactagagtggcaggtaattagaaatgtaagtcgtgggggtg
caggagtgacagatgatgcattgtacattaaacataagtgatacttgcag
tgcacacgccctggtttatgctctctggctggagtctgagagcttccaat
gcatatataaatactgctcctgtcagagatctgccctcaatgataatgtc
tactcttcatcgagcaccttggccctgccatttatctcattccctgttca
tctcaattgctcagggagtattctgtgtccatttagtaaacaaggaaagt
gagccttggagagatttggaaatctgtccaaagacacagaaataagaagc
tctatgaccaggtccagtctagggctgtcaacatcaaagtctatgcatct
tcaacaatgaagctaatggctagtgtttgtcacagagtgatgtcaatgac
atatttttttaaaaaacattacaagtttaacccctatgtcatgacttatg
tgtcatggtcccagcacttgggaggcaaaggcaagaggatctttgtgaat
ttgaggacagcttattctacatactatagtccaggccagccaaagctaca
ctgtgagaccctgtccaaaaacaacatgaaaagacaagtgaagtgttatt
tactttgttgattagaaatctggtgtgatgtttcaacgacttcaggggga
ttctcttaaaaaaattttattacttattaattgtacattataaagagttt
cactatggcattcgcacacctgcattattataccttgtgtgtgttgactt
gtgggttggaactatgtagggaataagtgcttagagctacatactaactc
tgctcaaagtatttagaaggctataattgtattaaatattcatatattgt
attttatttgaaaatacaaaatgtgaaatgggaccaggattagtcttttg
taggagactggacatgattattctcctgatccgtggccattttctctaca
gccgagccttctcaccctggcatagagaactgcagctcatgtgcccgctg
ctctctagaacaattttacagtcttcttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_63400654_63401797
seq2: B6Ng01-346F05.b_48_1188 (reverse)

seq1  ATCTAAG---AAAAAAAGGCGCAC-TTTTTCGAATGCCCTTGTGTGACAG  46
      |||||||   || |||||||||||  |||||||||||| |||||||||||
seq2  ATCTAAGAGAAATAAAAGGCGCACACTTTTCGAATGCCTTTGTGTGACAG  50

seq1  AAGGTAGCAGAAGTGGACGTCCAGCCTCTATGCCTTACATGGGTCATTTT  96
      || ||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| |||
seq2  AA-GTAGCAG-AGTGGACGTCAAGCCTCTATGCC-TACAT-GGTCA-TTT  95

seq1  AAGAAGTGGAGGTGGAGGGGGGATGATCAAGAATTAAGTCATCCTCAGCT  146
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAGAAGTGGAGGTGGAGGGGGGATGATCAAGAATTAAGTCAT-CTCAGCT  144

seq1  ACATAGAGATTTTTGAGGAAGCCAGCCTGGGCTCAAAACGTTCTGTGGTA  196
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGAGA-TTTTGAGGAAGCCAGCCTGGGCTCAAAACGTTCTGTGGTA  193

seq1  TTTCAAATATATTTTGCTGAGCATGGACATATATATATACTATACTATAC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAATATATTTTGCTGAGCATGGACATATATATATACTATACTATAC  243

seq1  AGAACTGATTTTTCAATAAATTTTTTTAAGTTTACAGAAGATATACTGGC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTGATTTTTCAATAAATTTTTTTAAGTTTACAGAAGATATACTGGC  293

seq1  AAATATTTAAGATATGTTCAAAAGTCATCCTGTGATGGAAGATTTCTGAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTAAGATATGTTCAAAAGTCATCCTGTGATGGAAGATTTCTGAT  343

seq1  GCCACATCTTGATATTTCTCGTATATTCCTCTAAACCAACATTATTTCCT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACATCTTGATATTTCTCGTATATTCCTCTAAACCAACATTATTTCCT  393

seq1  GTGCAACAGTCTCTCTGTCAAGTGACAAAAGTTGAAGTCAGTATCTCTCT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAACAGTCTCTCTGTCAAGTGACAAAAGTTGAAGTCAGTATCTCTCT  443

seq1  ACAGCAGGTAGGAATATGAATTACTAAATGCATCATGGCTTCAAACCCTG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGGTAGGAATATGAATTACTAAATGCATCATGGCTTCAAACCCTG  493

seq1  GCCATTCCTTTCCCTGTCTTTAGGAATTTCAAAGCTCCTTAAGACCTCTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTCCTTTCCCTGTCTTTAGGAATTTCAAAGCTCCTTAAGACCTCTT  543

seq1  TCCTTTTTCTTGGGCTGGTGACTAGCAGCAACCCTAGAAAACAGGAAGGA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTTCTTGGGCTGGTGACTAGCAGCAACCCTAGAAAACAGGAAGGA  593

seq1  TTGTGACACCTGAGGATTGTTTGACATTTCTAGCTCAAGGTACTACCCAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGACACCTGAGGATTGTTTGACATTTCTAGCTCAAGGTACTACCCAA  643

seq1  AAATCTAGGGAATAGCAGATCAATGGCTTAATGAGTCTCTTTCTCACCTC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTAGGGAATAGCAGATCAATGGCTTAATGAGTCTCTTTCTCACCTC  693

seq1  TGACATCATGAGGAAGGACATTTAGAGTTGCTGACAAAGATTAAAATTCT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATCATGAGGAAGGACATTTAGAGTTGCTGACAAAGATTAAAATTCT  743

seq1  TACTGGCCTTCCCATCACAGGGCAGAAAGATAATCACTGAAGCATACACT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGCCTTCCCATCACAGGGCAGAAAGATAATCACTGAAGCATACACT  793

seq1  CCTACAGAACACAAGACTTAAACTAACACCACTTGCCCCTGAAAACCCAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAGAACACAAGACTTAAACTAACACCACTTGCCCCTGAAAACCCAA  843

seq1  CCAATTAAACATCATTGCTTTTTCTCCTCCTAAAATGTATTACATACAAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTAAACATCATTGCTTTTTCTCCTCCTAAAATGTATTACATACAAG  893

seq1  ACATATACATTCATGAAGTTGTTTTTAAAAGCCGTACCTATTGCAATAGT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATACATTCATGAAGTTGTTTTTAAAAGCCGTACCTATTGCAATAGT  943

seq1  CAGGTCTCTTCTGAGGGCAAATCCCACTAATCTCTGAGATTCTTTTGACA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTCTCTTCTGAGGGCAAATCCCACTAATCTCTGAGATTCTTTTGACA  993

seq1  TTATAACAGGAAAGCCATTATAGCTGGTTTCATTAATCATGTTTTCTATG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAACAGGAAAGCCATTATAGCTGGTTTCATTAATCATGTTTTCTATG  1043

seq1  TCATCTACTGTCATATTGTCCTGTGTCAAAACAGCTAAGGGAGGGTCACT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTACTGTCATATTGTCCTGTGTCAAAACAGCTAAGGGAGGGTCACT  1093

seq1  TCTTCGAGGTCTCATAACATCAGCAGCCAGGGTTGTATGAGTGAATTC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCGAGGTCTCATAACATCAGCAGCCAGGGTTGTATGAGTGAATTC  1141

seq1: chr8_63305014_63306235
seq2: B6Ng01-346F05.g_69_1247

seq1  GAATTCCCTGAGCACACTTATTCATGAGCTATACTGGATTCTTTGGCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTGAGCACACTTATTCATGAGCTATACTGGATTCTTTGGCTTC  50

seq1  CAACCTTACCAAGCAGGCCACCAGAGACTGCTGAAGAAGATGAGCTAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTTACCAAGCAGGCCACCAGAGACTGCTGAAGAAGATGAGCTAAAT  100

seq1  CCTATGATAACTAGAGTGGCAGGTAATTAGAAATGTAAGTCGTGGGGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGATAACTAGAGTGGCAGGTAATTAGAAATGTAAGTCGTGGGGGTG  150

seq1  CAGGAGTGACAGATGATGCATTGTACATTAAACATAAGTGATACTTGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGTGACAGATGATGCATTGTACATTAAACATAAGTGATACTTGCAG  200

seq1  TGCACACGCCCTGGTTTATGCTCTCTGGCTGGAGTCTGAGAGCTTCCAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACGCCCTGGTTTATGCTCTCTGGCTGGAGTCTGAGAGCTTCCAAT  250

seq1  GCATATATAAATACTGCTCCTGTCAGAGATCTGCCCTCAATGATAATGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATATAAATACTGCTCCTGTCAGAGATCTGCCCTCAATGATAATGTC  300

seq1  TACTCTTCATCGAGCACCTTGGCCCTGCCATTTATCTCATTCCCTGTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTTCATCGAGCACCTTGGCCCTGCCATTTATCTCATTCCCTGTTCA  350

seq1  TCTCAATTGCTCAGGGAGTATTCTGTGTCCATTTAGTAAACAAGGAAAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAATTGCTCAGGGAGTATTCTGTGTCCATTTAGTAAACAAGGAAAGT  400

seq1  GAGCCTTGGAGAGATTTGGAAATCTGTCCAAAGACACAGAAATAAGAAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTTGGAGAGATTTGGAAATCTGTCCAAAGACACAGAAATAAGAAGC  450

seq1  TCTATGACCAGGTCCAGTCTAGGGCTGTCAACATCAAAGTCTATGCATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGACCAGGTCCAGTCTAGGGCTGTCAACATCAAAGTCTATGCATCT  500

seq1  TCAACAATGAAGCTAATGGCTAGTGTTTGTCACAGAGTGATGTCAATGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAATGAAGCTAATGGCTAGTGTTTGTCACAGAGTGATGTCAATGAC  550

seq1  ATATTTTTTTAAAAAACATTACAAGTTTAACCCCTATGTCATGACTTATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTTTTAAAAAACATTACAAGTTTAACCCCTATGTCATGACTTATG  600

seq1  TGTCATGGTCCCAGCACTTGGGAGGCAAAGGCAAGAGGATCTTTGTGAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATGGTCCCAGCACTTGGGAGGCAAAGGCAAGAGGATCTTTGTGAAT  650

seq1  TTGAGGACAGCTTATTCTACATACTATAGTCCAGGCCAGCCAAAGCTACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGACAGCTTATTCTACATACTATAGTCCAGGCCAGCCAAAGCTACA  700

seq1  CTGTGAGACCCTGTCCAAAAACAACATGAAAAGACAAGTGAAGTGTTATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAGACCCTGTCCAAAAACAACATGAAAAGACAAGTGAAGTGTTATT  750

seq1  TACTTTGTTGATTAGAAATCTGGTGTGATGTTTCAACGACTTCAGGGGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTGTTGATTAGAAATCTGGTGTGATGTTTCAACGACTTCAGGGGGA  800

seq1  TTCTCTTAAAAAAATTTTATTACTTATTAATTGTACATTATAAAGAGTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTAAAAAAATTTTATTACTTATTAATTGTACATTATAAAGAGTTT  850

seq1  CACTATGGCATTCGCACACCTGCATTTATTATACCTTGTGTGTGTTGACT  900
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATGGCATTCGCACACCTGCA-TTATTATACCTTGTGTGTGTTGACT  899

seq1  TGTGGGTTGGAACTATGTAGGGAATAAGTGCTTAAGAGCTACATACTAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGTGGGTTGGAACTATGTAGGGAATAAGTGCTT-AGAGCTACATACTAAC  948

seq1  TCCTGCTCAAAAGTATTTTAGAAGGCTATAAATTGTATTAAAATATTCAT  1000
      | |||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  T-CTGCTC-AAAGTA-TTTAGAAGGCTAT-AATTGTATT-AAATATTCAT  993

seq1  ATAATTGTATTTTTAATTTGAAAAATACAAAAATTGTTGAAATTGGGAAC  1050
      || ||||||||||  ||||| |||||||||||  || ||||||  || ||
seq2  AT-ATTGTATTTT--ATTTG-AAAATACAAAA--TG-TGAAAT--GGGAC  1034

seq1  CAAGGGATTAGTTCTTTTGTTAAGGAGACTTGGGACAATGATTTAATTTC  1100
      ||  ||||||| ||||||||  ||||||||  |||| ||||||  |||  
seq2  CA--GGATTAG-TCTTTTGT--AGGAGACT--GGAC-ATGATT--ATT--  1072

seq1  CTTCTTGATCCCGTGGCCCCATTTTCTCTCTACACAGCAGAGCCTTCCTC  1150
        || |||| ||||||  |||||||||||    ||||| |||||||    
seq2  -CTCCTGAT-CCGTGG--CCATTTTCTCT----ACAGCCGAGCCTT----  1110

seq1  CACCCCCTGGTCATAGAAGACTGCAGCTCATGTGCCCCGCTGGCTCTCTA  1200
      | | |||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||| ||||||||
seq2  CTCACCCTGG-CATAGAGAACTGCAGCTCATGTG-CCCGCT-GCTCTCTA  1157

seq1  GGACCAATTTTACAGTC-TCTTG  1222
       || ||||||||||||| |||||
seq2  -GAACAATTTTACAGTCTTCTTG  1179