BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-346J11
Chromosome8 (Build37)
Map Location 16,817,610 - 16,981,423
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCsmd1
Upstream geneLOC634008
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-346J11.bB6Ng01-346J11.g
ACCGA128445GA128446
length1,1771,144
definitionB6Ng01-346J11.b B6Ng01-346J11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,980,256 - 16,981,423)(16,817,610 - 16,818,757)
sequence
gaattctaatgccatatatatatatatatatatatatatatatatatata
cttatatcatgactcgttatagtcctatgccgctaaagtagtcttacaag
tggaatccacggacctctgcatgtgtatacacacacccatgtttaaggat
ggcttggcaatattttggtctatgcttttagagtgaacaaggctagaagc
cccttcactgagcagcactgactcatgcttctgattctccatgacactcc
aagctagggattataagtttagtctgagcagatgcttactttctcttact
gcacggcccaattagggaaccatcgacttttaatagataggaagtgagca
gtcagtttatgtagctagctccatagccacttctaaaaccactgaagtgc
ctgtccccttactatccaatgtctggcaatgctatatcctgagaaagcac
cttggtcaaggttgtcgggaatgggctttcagaagttgaagcttggatgg
gctgaacttgaatgtgccttagaatgatcttcaggttacaaaggatagaa
aattgctttcaggcaacctcataggtgagttcaaaactatgggaggtgga
gaattaccatactagcagaataaccctttgcagtgtggacagtgctacag
atacaaaagggctctgcaatcagctaatcccactggtacttgcaagaaga
tggagacagtgcatcatcatctcacagggatgataatggtccctacccac
cacagattaattttgggtaaaacaacttttgaactctctctttcctggcg
cagttgctgccaaccaaatgaaccagaattaaatgtgagtcactgtggtg
gtttaaatgagaacatctcctatatctgaatacttggtcccagttggtgg
ggctgttaagaaaagataaataagtgtgggccttgatggaggaggaatgt
cagtgaggattggctttaattttcaagactggtatcttttccagatctct
ctcttttctcttgctttgcactgccatgctccctgcattatggttataga
tttaacactcagaaactctctagccccttataaacttctttattccatag
tcctctttggtcatgatgtctcttgcaccaaacaatagaaaaggtacctc
attcaagttaccagacagggagccatg
gaattcaaagctagccttggatactgagacctagtctcaaaagacaataa
aactcatatggaaaagtacctgacatcaaacagatcgaattaaccagtta
aacacagagaaataaaagatctatgtccatttgcttctaaggcattggac
agtagctgccagctgccaaagcaggtgtcttgcctccaatacaactagaa
aatgtttgtacttcatcggtgagtcactggagcacagctgcttaagcttt
ctctattgaaacaaagctacaaggtaaattggaagaaaatgaaaagccac
atgaaaaattcatcaggttgacttgggctgcgtgcctttgtgaagtatac
actctcctgaaaatggaaaagccatttcaaaaatagtgtctcagttcact
ttgtgggtaaggttgaatggaacaacatgttctataagtgatttgggata
tgaatctgcaaaatcaacagtcagcctccggaccttggcaacgagattgg
agcaaggatccaaatatgagggaagaaaggggagttggcacaggctgacc
tgttccactctcctgagtagcccacaagcacacagggacacaggggcatg
tcactgagagctcaggtgggaaaacacctgctttccagagtttccaggaa
agcttttgtgtattgatctcaatacacaaaaccaaaatcagaggctgaga
gatagctcagtggctaagaacactggctactcttctagaggacccaagtt
caattcccagtactcatatggtagctcacaaccactcataactctactta
atgctctcctctggcttccatgttcattgcacatgtcgtatgtaaacaca
catgtaagctaaacacttatacacataagatttttttaaagggggggggg
caaaaattaaaataaagtggtagtgtattttatagtcagatattgtacag
agtttgataacagttagtaacacaatggtggttgaatactataggtagaa
gttaatgttggaaattttacgatgtgtaatactgacagtatcttaaggaa
acaagtgtgtataattatttcttttgcttgatcagacttgcccagtggta
agtagtcactgtgtaaccttgtgaccttagtgtgagctagaacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_16980256_16981423
seq2: B6Ng01-346J11.b_42_1218 (reverse)

seq1  CATGGCT-CCTGTCTTGGTGAC-TGACTGAGTTA-CTTTTCTATTGTT--  45
      ||||||| |||||| |||| || ||| |||| || |||||||||||||  
seq2  CATGGCTCCCTGTC-TGGTAACTTGAATGAGGTACCTTTTCTATTGTTTG  49

seq1  GTGC-AGAGACATCATGACC-AAGAGAACTTATGGAATAAAG-AGTTTAT  92
      |||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| |||||||
seq2  GTGCAAGAGACATCATGACCAAAGAGGAC-TATGGAATAAAGAAGTTTAT  98

seq1  -AGGGGCT-TAGAGTTTCTGAGTGTT-AATCTATAACCATAATGGCAGGG  139
       |||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  AAGGGGCTAGAGAGTTTCTGAGTGTTAAATCTATAACCATAAT-GCAGGG  147

seq1  AGCATGGCAGTGCAAAGCAAGAG-AAAGAGAGAGATCTGGAAAAGATACC  188
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGGCAGTGCAAAGCAAGAGAAAAGAGAGAGATCTGGAAAAGATACC  197

seq1  AGTCTTTGAAAATTAAAGCCAATCCTCACTGACATTCCTCCTCCATCAAG  238
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTC-TTGAAAATTAAAGCCAATCCTCACTGACATTCCTCCTCCATCAAG  246

seq1  G-CCACACTTATTAATCTTTTCTTAACAGCCCCACCAACTGGGACCAAGT  287
      | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACACTTATTTATCTTTTCTTAACAGCCCCACCAACTGGGACCAAGT  296

seq1  ATTCAGATATAGGAGATGTTCTCATTTAAACCACCACAGTGACTCACATT  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGATATAGGAGATGTTCTCATTTAAACCACCACAGTGACTCACATT  346

seq1  TAATTCTGGTTCATTTGGTTGGCAGCAACTGCGCCAGGAAAGAGAGAGTT  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCTGGTTCATTTGGTTGGCAGCAACTGCGCCAGGAAAGAGAGAGTT  396

seq1  CAAAAGTTGTTTTACCCAAAATTAATCTGTGGTGGGTAGGGACCATTATC  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGTTGTTTTACCCAAAATTAATCTGTGGTGGGTAGGGACCATTATC  446

seq1  ATCCCTGTGAGATGATGATGCACTGTCTCCATCTTCTTGCAAGTACCAGT  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTGTGAGATGATGATGCACTGTCTCCATCTTCTTGCAAGTACCAGT  496

seq1  GGGATTAGCTGATTGCAGAGCCCTTTTGTATCTGTAGCACTGTCCACACT  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTAGCTGATTGCAGAGCCCTTTTGTATCTGTAGCACTGTCCACACT  546

seq1  GCAAAGGGTTATTCTGCTAGTATGGTAATTCTCCACCTCCCATAGTTTTG  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGGGTTATTCTGCTAGTATGGTAATTCTCCACCTCCCATAGTTTTG  596

seq1  AACTCACCTATGAGGTTGCCTGAAAGCAATTTTCTATCCTTTGTAACCTG  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCACCTATGAGGTTGCCTGAAAGCAATTTTCTATCCTTTGTAACCTG  646

seq1  AAGATCATTCTAAGGCACATTCAAGTTCAGCCCATCCAAGCTTCAACTTC  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCATTCTAAGGCACATTCAAGTTCAGCCCATCCAAGCTTCAACTTC  696

seq1  TGAAAGCCCATTCCCGACAACCTTGACCAAGGTGCTTTCTCAGGATATAG  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGCCCATTCCCGACAACCTTGACCAAGGTGCTTTCTCAGGATATAG  746

seq1  CATTGCCAGACATTGGATAGTAAGGGGACAGGCACTTCAGTGGTTTTAGA  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCCAGACATTGGATAGTAAGGGGACAGGCACTTCAGTGGTTTTAGA  796

seq1  AGTGGCTATGGAGCTAGCTACATAAACTGACTGCTCACTTCCTATCTATT  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCTATGGAGCTAGCTACATAAACTGACTGCTCACTTCCTATCTATT  846

seq1  AAAAGTCGATGGTTCCCTAATTGGGCCGTGCAGTAAGAGAAAGTAAGCAT  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCGATGGTTCCCTAATTGGGCCGTGCAGTAAGAGAAAGTAAGCAT  896

seq1  CTGCTCAGACTAAACTTATAATCCCTAGCTTGGAGTGTCATGGAGAATCA  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCAGACTAAACTTATAATCCCTAGCTTGGAGTGTCATGGAGAATCA  946

seq1  GAAGCATGAGTCAGTGCTGCTCAGTGAAGGGGCTTCTAGCCTTGTTCACT  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCATGAGTCAGTGCTGCTCAGTGAAGGGGCTTCTAGCCTTGTTCACT  996

seq1  CTAAAAGCATAGACCAAAATATTGCCAAGCCATCCTTAAACATGGGTGTG  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAGCATAGACCAAAATATTGCCAAGCCATCCTTAAACATGGGTGTG  1046

seq1  TGTATACACATGCAGAGGTCCGTGGATTCCACTTGTAAGACTACTTTAGC  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATACACATGCAGAGGTCCGTGGATTCCACTTGTAAGACTACTTTAGC  1096

seq1  GGCATAGGACTATAACGAGTCATGATATAAGTATATATATATATATATAT  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATAGGACTATAACGAGTCATGATATAAGTATATATATATATATATAT  1146

seq1  ATATATATATATATATATGGCATTAGAATTC  1168
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATGGCATTAGAATTC  1177

seq1: chr8_16817610_16818757
seq2: B6Ng01-346J11.g_70_1213

seq1  GAATTCAAAGCTAGCCTTGGATACTGAGACCTAGTCTCAAAAGACAATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGCTAGCCTTGGATACTGAGACCTAGTCTCAAAAGACAATAA  50

seq1  AACTCATATGGAAAAGTACCTGACATCAAACAGATCGAATTAACCAGTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCATATGGAAAAGTACCTGACATCAAACAGATCGAATTAACCAGTTA  100

seq1  AACACAGAGAAATAAAAGATCTATGTCCATTTGCTTCTAAGGCATTGGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAGAGAAATAAAAGATCTATGTCCATTTGCTTCTAAGGCATTGGAC  150

seq1  AGTAGCTGCCAGCTGCCAAAGCAGGTGTCTTGCCTCCAATACAACTAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCTGCCAGCTGCCAAAGCAGGTGTCTTGCCTCCAATACAACTAGAA  200

seq1  AATGTTTGTACTTCATCGGTGAGTCACTGGAGCACAGCTGCTTAAGCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTGTACTTCATCGGTGAGTCACTGGAGCACAGCTGCTTAAGCTTT  250

seq1  CTCTATTGAAACAAAGCTACAAGGTAAATTGGAAGAAAATGAAAAGCCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATTGAAACAAAGCTACAAGGTAAATTGGAAGAAAATGAAAAGCCAC  300

seq1  ATGAAAAATTCATCAGGTTGACTTGGGCTGCGTGCCTTTGTGAAGTATAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAAATTCATCAGGTTGACTTGGGCTGCGTGCCTTTGTGAAGTATAC  350

seq1  ACTCTCCTGAAAATGGAAAAGCCATTTCAAAAATAGTGTCTCAGTTCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCCTGAAAATGGAAAAGCCATTTCAAAAATAGTGTCTCAGTTCACT  400

seq1  TTGTGGGTAAGGTTGAATGGAACAACATGTTCTATAAGTGATTTGGGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGGTAAGGTTGAATGGAACAACATGTTCTATAAGTGATTTGGGATA  450

seq1  TGAATCTGCAAAATCAACAGTCAGCCTCCGGACCTTGGCAACGAGATTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCTGCAAAATCAACAGTCAGCCTCCGGACCTTGGCAACGAGATTGG  500

seq1  AGCAAGGATCCAAATATGAGGGAAGAAAGGGGAGTTGGCACAGGCTGACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGGATCCAAATATGAGGGAAGAAAGGGGAGTTGGCACAGGCTGACC  550

seq1  TGTTCCACTCTCCTGAGTAGCCCACAAGCACACAGGGACACAGGGGCATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCACTCTCCTGAGTAGCCCACAAGCACACAGGGACACAGGGGCATG  600

seq1  TCACTGAGAGCTCAGGTGGGAAAACACCTGCTTTCCAGAGTTTCCAGGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGAGAGCTCAGGTGGGAAAACACCTGCTTTCCAGAGTTTCCAGGAA  650

seq1  AGCTTTTGTGTATTGATCTCAATACACAAAACCAAAATCAGAGGCTGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTTGTGTATTGATCTCAATACACAAAACCAAAATCAGAGGCTGAGA  700

seq1  GATAGCTCAGTGGCTAAGAACACTGGCTACTCTTCTAGAGGACCCAAGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCTCAGTGGCTAAGAACACTGGCTACTCTTCTAGAGGACCCAAGTT  750

seq1  CAATTCCCAGTACTCATATGGTAGCTCACAACCACTCATAACTCTACTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCCCAGTACTCATATGGTAGCTCACAACCACTCATAACTCTACTTA  800

seq1  ATGCTCTCCTCTGGCTTCCATGTTCATTGCACATGTCGTATGTAAACACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCTCCTCTGGCTTCCATGTTCATTGCACATGTCGTATGTAAACACA  850

seq1  CATGTAAGCTAAACACTTATACACATAAGATTTTTTTAAA-GGGGGGGGG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CATGTAAGCTAAACACTTATACACATAAGATTTTTTTAAAGGGGGGGGGG  900

seq1  CAAAAATTAAAATAAAGTGGTAGTGTATTTTATAGTCAGATA-TGTACAG  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CAAAAATTAAAATAAAGTGGTAGTGTATTTTATAGTCAGATATTGTACAG  950

seq1  AGTTTGATAACAGTTAGTAACACAATGGTGGTTGAATACTATAGGTAGAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGATAACAGTTAGTAACACAATGGTGGTTGAATACTATAGGTAGAA  1000

seq1  GTTAATGTTGGAAATTTTAACGATGTGT-ATACTGACAGTAATCTTAAAG  1047
      |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| |
seq2  GTTAATGTTGGAAATTTT-ACGATGTGTAATACTGACAGT-ATCTTAAGG  1048

seq1  AAACAAGTGTATA-AATTATTTCTTTTGGCCTGATCAGAC-TGCCCAGTG  1095
      |||||||||| || ||||||||||||| || ||||||||| |||||||| 
seq2  AAACAAGTGTGTATAATTATTTCTTTT-GCTTGATCAGACTTGCCCAGT-  1096

seq1  GGTAAAGTTAGTCACTGTGTAAACCTGGTGACCTAAGTGTGAGCCTTAGA  1145
      |||||   |||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||  ||||
seq2  GGTAA--GTAGTCACTGTGT-AACCTTGTGACCTTAGTGTGAGC--TAGA  1141

seq1  ACC  1148
      |||
seq2  ACC  1144