BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-348B19
Chromosome8 (Build37)
Map Location 55,452,184 - 55,453,295
singlet/doubletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneAga, Neil3, LOC100040107, Vegfc
Downstream geneSpcs3, Asb5, Spata4, Wdr17, Gpm6a, LOC667624, LOC100040156, LOC100040382, LOC100040392, EG546212
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-348B19.bB6Ng01-348B19.g
ACCGA129504GA129505
length1,119138
definitionB6Ng01-348B19.b B6Ng01-348B19.g
singlet/doubletsinglet---
BLAST hituniqueno hit data
sequence
gaattccagcctcaaaacacaagctggagagcagtgtaagaagctatctg
ctatcagcctctatcttccacacctgcagcaacatgctgcaaccccccga
cacatgtttgtatatacatgtgtatattgcacacgcatgcacacacacac
acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacgtttta
taatgttaagttacttgactaaggctgcccacctacaggctgcagatttg
tggtctaacgatcacacaccttgtcccagtgttggggtgtcctatataaa
actagattgcctcctaccatctctatccgctgtcaactaatatgagaacc
gcgatattacagcacatgttttagatttcctccagagtcctggatcctaa
ttttctccccaagccaggctacagaaactagaatatcatttttcccaagg
gtaattatataaaggctaatctacctttgtctaagagtaaagcaaaaaac
cttcctccttccagaggattcttcctgacacctgggaacaaggagcactg
cacagagaggccaagaagagcctgggtagaatggccttgtcatttatgag
ttttccccatgaattctattcttcaatgaattctccataaaaattcctat
gggcaaagttccaagagtgtccattgggctgaatacatgggtacttggaa
gatggagcacaagagaggccagcaggcaactctgttcaacacctctggta
cttcatcctatgcaacctttccattgtatcctgatgtaataaccaggaaa
tgtctgttcttgacttccatgagccacttgaggaaagtaaccaaatatgt
ggtgggaattgtggtgacctcaatttataattgatacacagaaatattgg
taatgcaaagcttgagactggcatttgagcagcagaagcagagttttgat
agactgaaacaagacttgtagtatctaatgctgatcctgggtgataaata
tcaaaattgaattatattaagagaacaacagctgtgttggttgtcatgga
ttataccattgctaaagcatagaaccaaggtccaggaaatgtcttttgaa
atgtccaccataatcagcc

cattcccctaactgggctgccttgtctagccttaggagagaatgtgccta
accctgaagagacttgatgtgccagggttgggggatatgggaggtggtcc
taccctctcagaggagaaggggggaagtatggggggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_55452184_55453295
seq2: B6Ng01-348B19.b_47_1165

seq1  GAATTCCAGCCTCAAAACACAAGCTGGAGAGCAGTGTAAGAAGCTATCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCCTCAAAACACAAGCTGGAGAGCAGTGTAAGAAGCTATCTG  50

seq1  CTATCAGCCTCTATCTTCCACACCTGCAGCAACATGCTGCAACCCCCCGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCAGCCTCTATCTTCCACACCTGCAGCAACATGCTGCAACCCCCCGA  100

seq1  CACATGTTTGTATATACATGTGTATATTGCACACGCATGCACACACACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGTTTGTATATACATGTGTATATTGCACACGCATGCACACACACAC  150

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACGTTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACGTTTTA  200

seq1  TAATGTTAAGTTACTTGACTAAGGCTGCCCACCTACAGGCTGCAGATTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTTAAGTTACTTGACTAAGGCTGCCCACCTACAGGCTGCAGATTTG  250

seq1  TGGTCTAACGATCACACACCTTGTCCCAGTGTTGGGGTGTCCTATATAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTAACGATCACACACCTTGTCCCAGTGTTGGGGTGTCCTATATAAA  300

seq1  ACTAGATTGCCTCCTACCATCTCTATCCGCTGTCAACTAATATGAGAACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGATTGCCTCCTACCATCTCTATCCGCTGTCAACTAATATGAGAACC  350

seq1  GCGATATTACAGCACATGTTTTAGATTTCCTCCAGAGTCCTGGATCCTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGATATTACAGCACATGTTTTAGATTTCCTCCAGAGTCCTGGATCCTAA  400

seq1  TTTTCTCCCCAAGCCAGGCTACAGAAACTAGAATATCATTTTTCCCAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCCCCAAGCCAGGCTACAGAAACTAGAATATCATTTTTCCCAAGG  450

seq1  GTAATTATATAAAGGCTAATCTACCTTTGTCTAAGAGTAAAGCAAAAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTATATAAAGGCTAATCTACCTTTGTCTAAGAGTAAAGCAAAAAAC  500

seq1  CTTCCTCCTTCCAGAGGATTCTTCCTGACACCTGGGAACAAGGAGCACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCCTTCCAGAGGATTCTTCCTGACACCTGGGAACAAGGAGCACTG  550

seq1  CACAGAGAGGCCAAGAAGAGCCTGGGTAGAATGGCCTTGTCATTTATGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGAGGCCAAGAAGAGCCTGGGTAGAATGGCCTTGTCATTTATGAG  600

seq1  TTTTCCCCATGAATTCTATTCTTCAATGAATTCTCCATAAAAATTCCTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCCCATGAATTCTATTCTTCAATGAATTCTCCATAAAAATTCCTAT  650

seq1  GGGCAAAGTTCCAAGAGTGTCCATTGGGCTGAATACATGGGTACTTGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAAAGTTCCAAGAGTGTCCATTGGGCTGAATACATGGGTACTTGGAA  700

seq1  GATGGAGCACAAGAGAGGCCAGCAGGCAACTCTGTTCAACACCTCTGGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAGCACAAGAGAGGCCAGCAGGCAACTCTGTTCAACACCTCTGGTA  750

seq1  CTTCATCCTATGCAACCTTTCCATTGTATCCTGATGTAATAACCAGGAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATCCTATGCAACCTTTCCATTGTATCCTGATGTAATAACCAGGAAA  800

seq1  TGTCTGTTCTTGACTTCCATGAGCCACTTGAGGAAAGTAACCAAATATGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTTCTTGACTTCCATGAGCCACTTGAGGAAAGTAACCAAATATGT  850

seq1  GGTGGGAATTGTGGTGACCTCAATTTATAATTGATACACAGAAATATTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGAATTGTGGTGACCTCAATTTATAATTGATACACAGAAATATTGG  900

seq1  TAATGCAAAGCTTGAGACTGGCATTTGAGCAGCAGAAGCAGAGTTTTGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCAAAGCTTGAGACTGGCATTTGAGCAGCAGAAGCAGAGTTTTGAT  950

seq1  AGACTGAAACAAGACTTGTAGTATCTAATGCTGATCCTGGGTGGATAATA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||
seq2  AGACTGAAACAAGACTTGTAGTATCTAATGCTGATCCTGGGTGATAAATA  1000

seq1  TCAAAATTGAATTATATT-AGAGAACAACAAGCTGTGTTGGTTGTCATGG  1049
      |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATTGAATTATATTAAGAGAACAAC-AGCTGTGTTGGTTGTCATGG  1049

seq1  A-TATA-CATTGCTAAAGCATAG-ACCAA-GTCCAGG-AATGTC-TTTGA  1093
      | |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| |||||
seq2  ATTATACCATTGCTAAAGCATAGAACCAAGGTCCAGGAAATGTCTTTTGA  1099

seq1  AATGT-CACCATAATCAGCC  1112
      ||||| ||||||||||||||
seq2  AATGTCCACCATAATCAGCC  1119


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |