BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-350K10
Chromosome8 (Build37)
Map Location 130,097,085 - 130,222,816
singlet/doubletdoublet
Overlap genePard3
Upstream geneIrf2bp2, Tomm20, Rbm34, LOC100043368, Gabarapl2-ps8_1688.1, EG628847
Downstream geneNrp1, LOC668494, Itgb1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-350K10.bB6Ng01-350K10.g
ACCGA131260GA131261
length1,1021,134
definitionB6Ng01-350K10.b B6Ng01-350K10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(130,097,085 - 130,098,190)(130,221,673 - 130,222,816)
sequence
gaattctctcatttacatagtagagtatataaagcccttctacagtatgt
gaaatctcttgctattgaagtcaccatgaagagttgatactactgtgtta
ctacttatacaatccactgttactgtgccatggaaccaattccttgttga
gaaacagcccccccagcctcccagccctccagcccccaagcttcccacct
cctcccatccccccagcctcccattttaaccttgctctatgggaaaatcc
aatcttcactttaaactgtggtttctagaaacacattgtggtgaaaagtt
gagaatgctgtattttctaaatttgagttcacagcccttataaccttagt
tatgacttggcagggtggaaacagtatgtttgatgttgaaggtcatttag
tacataatttgagtgtggtctcaggtatgcaatgtaggtgaagaaatgac
gccataaacttaagtgttaagagttttaaaggattttgttgttgttgttt
tttaatgtggacaatttgtctccactttaaatcatgccaaagagtttgtt
ctttgaaatatggactaaagttgataaaaaccataagtttttctcttaaa
aaaacaaacaaacaaacaaaagaaacccaaagcctgctgtgtgcctattg
tagttgggggttatgttaccaatttacccatacaattttacagttcctac
taagacctaaagagagttcaaaagacttgtttggaaatcatttaactaat
ttgaagatatccagtcagttttttaaaaatctctttagggctggttctct
atctcatttggtaaagtgcttgcctagcacacttaaagtaatgggttcaa
tgcccagcagcatataggcggtatatgtctatacttcccagtactctgga
tgtggagggaggaggatgagggcttcaaggttactatcttatattagata
gtagattcaagggcatcctggtttatataagaccttgcctcaacagagaa
actcagaataatattcattgtcttaggaaatacaagattgaatgttcatt
ggttagttggacattgaagtcattgtgaaccatacttgagcccagagtga
ag

gaattcatagattcagagactagctggccatcaagctccagtggttcccc
agtactgagatcacaggcacacatcaacatgcttggctttctcacagggt
ttctcagaatccagaactctggtcaccatgcttgtgtgacaaaattaagc
cctgtccctagccctaggtgtgtatttgttgagactgtttcacctttccc
caataacctctatctatagatattcaattccatctgtggtaaaggatgta
agcagctgccaggattttttatgctgcagggcttctctctggccaactat
gactcaatcggtcttgagcaaaagacctggaacatccttcacttctggaa
gccaagcgcaggatggtggcgaggcactcgcttcccactctcactgcctg
tgttccaacaccacaaaagaagtaatgaccttctcttcagatgcacaaag
gcagtagctcagaaggactctggcatgccaaaagtcacagatttctgcac
cacagtgtctgttccctgtccctggagacaatcccaaattgcctctcacc
ttggcatctttggggggttctggagataggacaggaatgatgagaaattg
atgtagccaggcatcttgaatgtccttcagcacttccttgacttgacctg
atcttctgttgaatggtaaaaacagtctagcagcttgtgggcagtgtcta
gtacccaagtactctcttctgcatcctgttatggtaacaacacctatgag
tgagtcatttattacagaaaagacatctgttttaacgagtggttcttagt
gtatgctgctccatatattgaggaaggtggaggatgcagaagagaaggaa
agaagactaaactctcagaataggtgaagaaaacatgaagaagggtcatt
ctgtccctaaatgcctgtcctaccgcttgcaacatgagtacattgaggac
caggattgagcctggtggagaaaaccattatccaagagtgagtcattgag
tgagagacaggcacgtcttcttaaatattctttctggatcttgttcaaag
atcctctacaggggtagagatgctcattgagtaagtacttttcttgcaat
gctggcaactgcattatctcagagccattcaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_130097085_130098190
seq2: B6Ng01-350K10.b_47_1148

seq1  GAATTCTCTCATTTACATAGTAGAGTATATAAAGCCCTTCTACAGTATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCATTTACATAGTAGAGTATATAAAGCCCTTCTACAGTATGT  50

seq1  GAAATCTCTTGCTATTGAAGTCACCATGAAGAGTTGATACTACTGTGTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCTCTTGCTATTGAAGTCACCATGAAGAGTTGATACTACTGTGTTA  100

seq1  CTACTTATACAATCCACTGTTACTGTGCCATGGAACCAATTCCTTGTTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTATACAATCCACTGTTACTGTGCCATGGAACCAATTCCTTGTTGA  150

seq1  GAAACAGCCCCCCCAGCCTCCCAGCCCTCCAGCCCCCAAGCTTCCCACCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAGCCCCCCCAGCCTCCCAGCCCTCCAGCCCCCAAGCTTCCCACCT  200

seq1  CCTCCCATCCCCCCAGCCTCCCATTTTAACCTTGCTCTATGGGAAAATCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCATCCCCCCAGCCTCCCATTTTAACCTTGCTCTATGGGAAAATCC  250

seq1  AATCTTCACTTTAAACTGTGGTTTCTAGAAACACATTGTGGTGAAAAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTCACTTTAAACTGTGGTTTCTAGAAACACATTGTGGTGAAAAGTT  300

seq1  GAGAATGCTGTATTTTCTAAATTTGAGTTCACAGCCCTTATAACCTTAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATGCTGTATTTTCTAAATTTGAGTTCACAGCCCTTATAACCTTAGT  350

seq1  TATGACTTGGCAGGGTGGAAACAGTATGTTTGATGTTGAAGGTCATTTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACTTGGCAGGGTGGAAACAGTATGTTTGATGTTGAAGGTCATTTAG  400

seq1  TACATAATTTGAGTGTGGTCTCAGGTATGCAATGTAGGTGAAGAAATGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAATTTGAGTGTGGTCTCAGGTATGCAATGTAGGTGAAGAAATGAC  450

seq1  GCCATAAACTTAAGTGTTAAGAGTTTTAAAGGATTTTGTTGTTGTTGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATAAACTTAAGTGTTAAGAGTTTTAAAGGATTTTGTTGTTGTTGTTT  500

seq1  TTTAATGTGGACAATTTGTCTCCACTTTAAATCATGCCAAAGAGTTTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATGTGGACAATTTGTCTCCACTTTAAATCATGCCAAAGAGTTTGTT  550

seq1  CTTTGAAATATGGACTAAAGTTGATAAAAACCATAAGTTTTTCTCTTAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAAATATGGACTAAAGTTGATAAAAACCATAAGTTTTTCTCTTAAA  600

seq1  AAAACAAACAAACAAACAAAAGAAACCCAAAGCCTGCTGTGTGCCTATTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAACAAACAAACAAAAGAAACCCAAAGCCTGCTGTGTGCCTATTG  650

seq1  TAGTTGGGGGTTATGTTACCAATTTACCCATACAATTTTACAGTTCCTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGGGGGTTATGTTACCAATTTACCCATACAATTTTACAGTTCCTAC  700

seq1  TAAGACCTAAAGAGAGTTCAAAAGACTTGTTTGGAAATCATTTAACTAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACCTAAAGAGAGTTCAAAAGACTTGTTTGGAAATCATTTAACTAAT  750

seq1  TTGAAGATATCCAGTCAGTTTTTTAAAAATCTCTTTAGGGCTGGTTCTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGATATCCAGTCAGTTTTTTAAAAATCTCTTTAGGGCTGGTTCTCT  800

seq1  ATCTCATTTGGTAAAGTGCTTGCCTAGCACACTTAAAGTAATGGGTTCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCATTTGGTAAAGTGCTTGCCTAGCACACTTAAAGTAATGGGTTCAA  850

seq1  TGCCCAGCAGCATATAGGCGGTATATGTCTATACTTCCCAGTACTCTGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAGCAGCATATAGGCGGTATATGTCTATACTTCCCAGTACTCTGGA  900

seq1  TGTGGAGGGAGGAGGATGAGGGCTTCAAGGTTACTATCTTATATTAGATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAGGGAGGAGGATGAGGGCTTCAAGGTTACTATCTTATATTAGATA  950

seq1  GTAGATTCAAGGGCATCCTGGTATATATAAGACCTTGCCTCAACAAGAGA  1000
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTAGATTCAAGGGCATCCTGGTTTATATAAGACCTTGCCTCAAC-AGAGA  999

seq1  AACTCAGAATAATATTCATTGTCCTTAGGAAATACAAGATTTGAATGTTC  1050
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AACTCAGAATAATATTCATTGT-CTTAGGAAATACAAGA-TTGAATGTTC  1047

seq1  ATTGG-TAGGTGGACATTGAAGTCATTGTGACCCATAACCTGAGGCCCAG  1099
      ||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||| ||||||
seq2  ATTGGTTAGTTGGACATTGAAGTCATTGTGAACCAT-ACTTGA-GCCCAG  1095

seq1  AGTGAAG  1106
      |||||||
seq2  AGTGAAG  1102


seq1: chr8_130221673_130222816
seq2: B6Ng01-350K10.g_64_1197 (reverse)

seq1  TTTTGCATGGCTTCTGAGGATTAAATGCAGGTGCCCAGCATTGCAAGACA  50
      ||||| ||||| ||||| |||  ||||||| || |||||||||||||| |
seq2  TTTTGAATGGC-TCTGA-GAT--AATGCAGTTG-CCAGCATTGCAAGAAA  45

seq1  AGTACTTTACTCAATGAGCCATCTCTACCCCTGTAAGAGGATCTTTGAAA  100
      ||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||
seq2  AGTAC-TTACTCAATGAG-CATCTCTACCCCTGT-AGAGGATCTTTG-AA  91

seq1  CAAGATTCCAGAA--GATATTTTAGAAGACGTTCCCTGTCTCTCACTCAA  148
      ||||| |||||||   |||||| |||||||| | ||||||||||||||||
seq2  CAAGA-TCCAGAAAGAATATTTAAGAAGACG-TGCCTGTCTCTCACTCAA  139

seq1  TGACTCACTCCTTGGATATGGTTTTTCTCCACCAGGCTCAATCCTGGTCC  198
      ||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCACT-CTTGGATAATGGTTTTCTCCACCAGGCTCAATCCTGGTCC  188

seq1  TCAATGTACTCATGTTGCAAGCGGTAGGACAGGCATTTAGGGACAGAATG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGTACTCATGTTGCAAGCGGTAGGACAGGCATTTAGGGACAGAATG  238

seq1  ACCCTTCTTCATGTTTTCTTCACCTATTCTGAGAGTTTAGTCTTCTTTCC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTCTTCATGTTTTCTTCACCTATTCTGAGAGTTTAGTCTTCTTTCC  288

seq1  TTCTCTTCTGCATCCTCCACCTTCCTCAATATATGGAGCAGCATACACTA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTCTGCATCCTCCACCTTCCTCAATATATGGAGCAGCATACACTA  338

seq1  AGAACCACTCGTTAAAACAGATGTCTTTTCTGTAATAAATGACTCACTCA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCACTCGTTAAAACAGATGTCTTTTCTGTAATAAATGACTCACTCA  388

seq1  TAGGTGTTGTTACCATAACAGGATGCAGAAGAGAGTACTTGGGTACTAGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGTTGTTACCATAACAGGATGCAGAAGAGAGTACTTGGGTACTAGA  438

seq1  CACTGCCCACAAGCTGCTAGACTGTTTTTACCATTCAACAGAAGATCAGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCCCACAAGCTGCTAGACTGTTTTTACCATTCAACAGAAGATCAGG  488

seq1  TCAAGTCAAGGAAGTGCTGAAGGACATTCAAGATGCCTGGCTACATCAAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTCAAGGAAGTGCTGAAGGACATTCAAGATGCCTGGCTACATCAAT  538

seq1  TTCTCATCATTCCTGTCCTATCTCCAGAACCCCCCAAAGATGCCAAGGTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCATCATTCCTGTCCTATCTCCAGAACCCCCCAAAGATGCCAAGGTG  588

seq1  AGAGGCAATTTGGGATTGTCTCCAGGGACAGGGAACAGACACTGTGGTGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCAATTTGGGATTGTCTCCAGGGACAGGGAACAGACACTGTGGTGC  638

seq1  AGAAATCTGTGACTTTTGGCATGCCAGAGTCCTTCTGAGCTACTGCCTTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATCTGTGACTTTTGGCATGCCAGAGTCCTTCTGAGCTACTGCCTTT  688

seq1  GTGCATCTGAAGAGAAGGTCATTACTTCTTTTGTGGTGTTGGAACACAGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATCTGAAGAGAAGGTCATTACTTCTTTTGTGGTGTTGGAACACAGG  738

seq1  CAGTGAGAGTGGGAAGCGAGTGCCTCGCCACCATCCTGCGCTTGGCTTCC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAGAGTGGGAAGCGAGTGCCTCGCCACCATCCTGCGCTTGGCTTCC  788

seq1  AGAAGTGAAGGATGTTCCAGGTCTTTTGCTCAAGACCGATTGAGTCATAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTGAAGGATGTTCCAGGTCTTTTGCTCAAGACCGATTGAGTCATAG  838

seq1  TTGGCCAGAGAGAAGCCCTGCAGCATAAAAAATCCTGGCAGCTGCTTACA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCAGAGAGAAGCCCTGCAGCATAAAAAATCCTGGCAGCTGCTTACA  888

seq1  TCCTTTACCACAGATGGAATTGAATATCTATAGATAGAGGTTATTGGGGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTACCACAGATGGAATTGAATATCTATAGATAGAGGTTATTGGGGA  938

seq1  AAGGTGAAACAGTCTCAACAAATACACACCTAGGGCTAGGGACAGGGCTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGAAACAGTCTCAACAAATACACACCTAGGGCTAGGGACAGGGCTT  988

seq1  AATTTTGTCACACAAGCATGGTGACCAGAGTTCTGGATTCTGAGAAACCC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTGTCACACAAGCATGGTGACCAGAGTTCTGGATTCTGAGAAACCC  1038

seq1  TGTGAGAAAGCCAAGCATGTTGATGTGTGCCTGTGATCTCAGTACTGGGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGAAAGCCAAGCATGTTGATGTGTGCCTGTGATCTCAGTACTGGGG  1088

seq1  AACCACTGGAGCTTGATGGCCAGCTAGTCTCTGAATCTATGAATTC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACTGGAGCTTGATGGCCAGCTAGTCTCTGAATCTATGAATTC  1134


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |