BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-350N23
Chromosome8 (Build37)
Map Location 42,400,572 - 42,526,406
singlet/doubletdoublet
Overlap genePcm1, Asah1, Frg1
Upstream gene2900075B16Rik, Zdhhc2, Cnot7, Vps37a, Mtmr7, LOC100039179, Adam24, LOC667019, LOC100039170, LOC436137, Adam25, EG667041, LOC667052, LOC384806, Adam39, LOC384808, EG667077, Slc7a2, Pdgfrl, Mtus1, Fgl1
Downstream geneLOC100039376, Gm1815, LOC671994, Zfp353, EG620772, LOC628212
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-350N23.bB6Ng01-350N23.g
ACCGA131415GA131416
length1,1821,159
definitionB6Ng01-350N23.b B6Ng01-350N23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,400,572 - 42,401,758)(42,525,243 - 42,526,406)
sequence
gaattcctaggacaccataccacagtaactcttacaagagaaaacattta
attgagggcatgcttacagttttagatggatagtccaccatcatcattat
atagtggaatttgatgataggcatggaagacatggcaggcatggtgctgg
agtagtttgagagttctgacccataggcagagagatactgggcatggcat
gggcttttgaaacctcaaagccccattccttatagcactcttctcccaca
aggccatgcttcctaaactgtctaatctcaccaaagagttttaccccctg
gggtctaagcattcaactgtatgacttgctggggccattcttattcaatc
cacaacagatagagaaggaaatcggtagaaggtgggtaagagtttaagag
taattgagattaactgaactacaagcaagaagatagtcagcatgcataac
tcttcttactacagaagggaagtgatgaagagtatgggaacaggaaattt
gttttattggtcattttctggtgtgtgggttaaaatcaccaaacctttta
gtgtgttatactatagagattggctacgcttaccagtgaatcttcctaat
ctttatcacacaaatgcaagagaaacaaatttcaagttgtgtagattaat
attttttaaataatagataagtttatatcctaacctactaggattttttt
aggagcacatggatgaagtgtgttcgtctcagcttctcacttcagtaaga
cgtatggtcttgacccttacccagcagaatgatgagagcaaagagtttgt
gaagttctttcataaacaactaggaagtatattgcaggtaagagtttatt
tttgtatgagttacctatattccatttgttagggatcttaccattttctg
gtattatagaagtgattcagtaatccatcctgatattcagtttagatggc
attttaatattatctcttttagttaacaagtatagaggactttttgtatt
ttcgttaatatggcatctcagcgactatccaacttcaataaaatattatt
ggttaaggaactggagggatggctcagctgtagagcccttgctgctcttt
ctgagactgggtttggttctcagtacccacgtcaggtggactcatacctg
ctggtgaacctccagcctccaagggccttggg
gaattccatttgctaatattttgttcaggactcttgtgtttgtccttttt
cgttgcctactaattttcagtaagagtgccctctctgagtgctctatcta
cacatacacctgcataccagacagaagagggcattaggtcacattataaa
aggttgtgagccaccatgtggttactgggattaaactcatgacctatgga
ggagcagccagggctcttaactggtgagccatctctccagccccaagagt
gccctatttagaggtgagatttgggtgtatgttcatgcgggggtgtgtcc
atgtgtgtatatatacatgcatggaagctggccatcaactatgggtgcaa
tccctcagaaacatccaccttagtgtttgatgtagtatctctcattgaga
tcttctggtcagcaagctcaagaaagcctcctatgtctgccttccctgct
ctgggattacaagtacaaaccaccatgcccaacatgctgttttagattta
ttttaggggtaagactgttttgcctacatgtctatatatgtgttcctggt
aactgtggtgttcagaagagggtgtcagatctcctggaactggagttaga
aatggttatgaactaccatgttggagcagcaagtacaaccagatcctctg
caagagcaacaagggctcctaaccgctaagccaactctccagtccctcag
acagaactttttgcctggatactagggctcaaactcaagtcttcttggtt
acagggcaagcacttctctacagccgtctccccaggtcctttgtttgact
ttttattttttcaatttgactgatcgttattttagaattcttttctgtgt
ttacgccagagcctgcaaggggatgccaatgaagacaatttgaaattcaa
ctcccacctttaggttttgtttagctatttaccagcccggagtgtgattt
gagatcaccaacttacctaaagccatctggtggtttacaccttatagatg
atcgttgtccttcccttcccagtcaaaagcaaattacatttttattactg
ccccttgtcatgagattttatgttctcaaccaatacatgaagccatagtt
cttcgtctatataagagccttctaggagtcagcctggacttgcttttatt
ctaaggcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_42400572_42401758
seq2: B6Ng01-350N23.b_49_1230

seq1  GAATTCCTAGGACACCATACCACAGTAACTCTTACAAGAGAAAACATTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAGGACACCATACCACAGTAACTCTTACAAGAGAAAACATTTA  50

seq1  ATTGAGGGCATGCTTACAGTTTTAGATGGATAGTCCACCATCATCATTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGGGCATGCTTACAGTTTTAGATGGATAGTCCACCATCATCATTAT  100

seq1  ATAGTGGAATTTGATGATAGGCATGGAAGACATGGCAGGCATGGTGCTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGGAATTTGATGATAGGCATGGAAGACATGGCAGGCATGGTGCTGG  150

seq1  AGTAGTTTGAGAGTTCTGACCCATAGGCAGAGAGATACTGGGCATGGCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTTTGAGAGTTCTGACCCATAGGCAGAGAGATACTGGGCATGGCAT  200

seq1  GGGCTTTTGAAACCTCAAAGCCCCATTCCTTATAGCACTCTTCTCCCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTTTGAAACCTCAAAGCCCCATTCCTTATAGCACTCTTCTCCCACA  250

seq1  AGGCCATGCTTCCTAAACTGTCTAATCTCACCAAAGAGTTTTACCCCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCATGCTTCCTAAACTGTCTAATCTCACCAAAGAGTTTTACCCCCTG  300

seq1  GGGTCTAAGCATTCAACTGTATGACTTGCTGGGGCCATTCTTATTCAATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTAAGCATTCAACTGTATGACTTGCTGGGGCCATTCTTATTCAATC  350

seq1  CACAACAGATAGAGAAGGAAATCGGTAGAAGGTGGGTAAGAGTTTAAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACAGATAGAGAAGGAAATCGGTAGAAGGTGGGTAAGAGTTTAAGAG  400

seq1  TAATTGAGATTAACTGAACTACAAGCAAGAAGATAGTCAGCATGCATAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGAGATTAACTGAACTACAAGCAAGAAGATAGTCAGCATGCATAAC  450

seq1  TCTTCTTACTACAGAAGGGAAGTGATGAAGAGTATGGGAACAGGAAATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTACTACAGAAGGGAAGTGATGAAGAGTATGGGAACAGGAAATTT  500

seq1  GTTTTATTGGTCATTTTCTGGTGTGTGGGTTAAAATCACCAAACCTTTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTATTGGTCATTTTCTGGTGTGTGGGTTAAAATCACCAAACCTTTTA  550

seq1  GTGTGTTATACTATAGAGATTGGCTACGCTTACCAGTGAATCTTCCTAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTTATACTATAGAGATTGGCTACGCTTACCAGTGAATCTTCCTAAT  600

seq1  CTTTATCACACAAATGCAAGAGAAACAAATTTCAAGTTGTGTAGATTAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATCACACAAATGCAAGAGAAACAAATTTCAAGTTGTGTAGATTAAT  650

seq1  ATTTTTTAAATAATAGATAAGTTTATATCCTAACCTACTAGGATTTTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTAAATAATAGATAAGTTTATATCCTAACCTACTAGGATTTTTTT  700

seq1  AGGAGCACATGGATGAAGTGTGTTCGTCTCAGCTTCTCACTTCAGTAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCACATGGATGAAGTGTGTTCGTCTCAGCTTCTCACTTCAGTAAGA  750

seq1  CGTATGGTCTTGACCCTTACCCAGCAGAATGATGAGAGCAAAGAGTTTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTATGGTCTTGACCCTTACCCAGCAGAATGATGAGAGCAAAGAGTTTGT  800

seq1  GAAGTTCTTTCATAAACAACTAGGAAGTATATTGCAGGTAAGAGTTTATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTCTTTCATAAACAACTAGGAAGTATATTGCAGGTAAGAGTTTATT  850

seq1  TTTGTATGAGTTACCTATATTCCATTTGTTAGGGATCTTACCATTTTCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATGAGTTACCTATATTCCATTTGTTAGGGATCTTACCATTTTCTG  900

seq1  GTATTATAGAAGTGATTCAGTAATCCATCCTGATATTCAGTTTAGATGGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTATAGAAGTGATTCAGTAATCCATCCTGATATTCAGTTTAGATGGC  950

seq1  ATTTTAATATTATCTCTTTTAGTTAACAAGTATAAGAGGACTTTTTGTAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATTTTAATATTATCTCTTTTAGTTAACAAGTAT-AGAGGACTTTTTGTAT  999

seq1  TTTCGTTTAATATGGCCATCTCCAGCGACTATCCCAACTTCAATAAAATA  1050
      ||||| ||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTTCG-TTAATATGG-CATCT-CAGCGACTAT-CCAACTTCAATAAAATA  1045

seq1  TTATTGGTTTAAAGGAACTGGAGGGATGGCTCAGCTGTTAAGAGCACTTG  1100
      |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||
seq2  TTATTGGTT--AAGGAACTGGAGGGATGGCTCAGCTGT--AGAGCCCTTG  1091

seq1  CTGCTC-TTCTGAAGGACCTGGGTTTGGTTCTCAGTACCCACGTCAGGTG  1149
      |||||| ||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTTTCTGA--GA-CTGGGTTTGGTTCTCAGTACCCACGTCAGGTG  1138

seq1  G-CTCATAACTGCCTGTGA--CTCCAG-CTCCA--GGGCTTGGG  1187
      | |||||| ||||  ||||  |||||| |||||  || ||||||
seq2  GACTCATACCTGCTGGTGAACCTCCAGCCTCCAAGGGCCTTGGG  1182

seq1: chr8_42525243_42526406
seq2: B6Ng01-350N23.g_67_1225 (reverse)

seq1  GTGCCTTAG-ATAAAAGCAGTCCCAGGCTGGACTCCTTTAGAAGGGGCTC  49
      ||||||||| |||||||||   ||||||| ||||||  |||||  |||||
seq2  GTGCCTTAGAATAAAAGCAAGTCCAGGCT-GACTCC--TAGAA--GGCTC  45

seq1  TTTATATAGACGAAGAACTAT-GCTTCCAATGTATTGGGTGAG-ACAT-A  96
       |||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| |||| |||| |
seq2  -TTATATAGACGAAGAACTATGGCTTC--ATGTATTGGTTGAGAACATAA  92

seq1  AATCTCATTGAACAAAGGGGCAGTAAT-AAAATGTAATTTGCCTTTGACT  145
      ||||||| |||   ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  AATCTCA-TGA--CAAGGGGCAGTAATAAAAATGTAATTTGCTTTTGACT  139

seq1  TGGGAGGGAAGGACAACGATCATCTATAAGGTGT-AACCACCAGATGGCT  194
       || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GGGAAGGGAAGGACAACGATCATCTATAAGGTGTAAACCACCAGATGGCT  189

seq1  TTAGGTAAGTTGGTGATCTCAAATCACACTCCGGGCTGGTAAATAGCTAA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTAAGTTGGTGATCTCAAATCACACTCCGGGCTGGTAAATAGCTAA  239

seq1  ACAAAACCTAAAGGTGGGAGTTGAATTTCAAATTGTCTTCATTGGCATCC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACCTAAAGGTGGGAGTTGAATTTCAAATTGTCTTCATTGGCATCC  289

seq1  CCTTGCAGGCTCTGGCGTAAACACAGAAAAGAATTCTAAAATAACGATCA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCAGGCTCTGGCGTAAACACAGAAAAGAATTCTAAAATAACGATCA  339

seq1  GTCAAATTGAAAAAATAAAAAGTCAAACAAAGGACCTGGGGAGACGGCTG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAATTGAAAAAATAAAAAGTCAAACAAAGGACCTGGGGAGACGGCTG  389

seq1  TAGAGAAGTGCTTGCCCTGTAACCAAGAAGACTTGAGTTTGAGCCCTAGT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAAGTGCTTGCCCTGTAACCAAGAAGACTTGAGTTTGAGCCCTAGT  439

seq1  ATCCAGGCAAAAAGTTCTGTCTGAGGGACTGGAGAGTTGGCTTAGCGGTT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGGCAAAAAGTTCTGTCTGAGGGACTGGAGAGTTGGCTTAGCGGTT  489

seq1  AGGAGCCCTTGTTGCTCTTGCAGAGGATCTGGTTGTACTTGCTGCTCCAA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCCCTTGTTGCTCTTGCAGAGGATCTGGTTGTACTTGCTGCTCCAA  539

seq1  CATGGTAGTTCATAACCATTTCTAACTCCAGTTCCAGGAGATCTGACACC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTAGTTCATAACCATTTCTAACTCCAGTTCCAGGAGATCTGACACC  589

seq1  CTCTTCTGAACACCACAGTTACCAGGAACACATATATAGACATGTAGGCA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTGAACACCACAGTTACCAGGAACACATATATAGACATGTAGGCA  639

seq1  AAACAGTCTTACCCCTAAAATAAATCTAAAACAGCATGTTGGGCATGGTG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGTCTTACCCCTAAAATAAATCTAAAACAGCATGTTGGGCATGGTG  689

seq1  GTTTGTACTTGTAATCCCAGAGCAGGGAAGGCAGACATAGGAGGCTTTCT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTACTTGTAATCCCAGAGCAGGGAAGGCAGACATAGGAGGCTTTCT  739

seq1  TGAGCTTGCTGACCAGAAGATCTCAATGAGAGATACTACATCAAACACTA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTTGCTGACCAGAAGATCTCAATGAGAGATACTACATCAAACACTA  789

seq1  AGGTGGATGTTTCTGAGGGATTGCACCCATAGTTGATGGCCAGCTTCCAT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGATGTTTCTGAGGGATTGCACCCATAGTTGATGGCCAGCTTCCAT  839

seq1  GCATGTATATATACACACATGGACACACCCCCGCATGAACATACACCCAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTATATATACACACATGGACACACCCCCGCATGAACATACACCCAA  889

seq1  ATCTCACCTCTAAATAGGGCACTCTTGGGGCTGGAGAGATGGCTCACCAG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCACCTCTAAATAGGGCACTCTTGGGGCTGGAGAGATGGCTCACCAG  939

seq1  TTAAGAGCCCTGGCTGCTCCTCCATAGGTCATGAGTTTAATCCCAGTAAC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAGCCCTGGCTGCTCCTCCATAGGTCATGAGTTTAATCCCAGTAAC  989

seq1  CACATGGTGGCTCACAACCTTTTATAATGTGACCTAATGCCCTCTTCTGT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGGTGGCTCACAACCTTTTATAATGTGACCTAATGCCCTCTTCTGT  1039

seq1  CTGGTATGCAGGTGTATGTGTAGATAGAGCACTCAGAGAGGGCACTCTTA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTATGCAGGTGTATGTGTAGATAGAGCACTCAGAGAGGGCACTCTTA  1089

seq1  CTGAAAATTAGTAGGCAACGAAAAAGGACAAACACAAGAGTCCTGAACAA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAATTAGTAGGCAACGAAAAAGGACAAACACAAGAGTCCTGAACAA  1139

seq1  AATATTAGCAAATGGAATTC  1164
      ||||||||||||||||||||
seq2  AATATTAGCAAATGGAATTC  1159