Query= MSMg01no301_n04.b1 MSMg01no301_n04.b1 CHROMAT_FILE:
MSMg01no301_n04.b1 PHD_FILE: MSMg01no301_n04.b1.phd.1 CHEM: term DYE:
big TIME: Tue May 17 21:39:19 2005
(200 letters)
>mm_chr8_69498520_69499119
Length = 600
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Identities = 150/153 (98%), Gaps = 2/153 (1%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6 gaattcatttctgttcctcactgcttcctagtttaagatgcatacatcatggagagtgag 65
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 311 gaattcatttctgtttctcactgcttcctagtttaagatgcatacatcatggagagtgag 252
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct: 251 tttccttaaggtctctgtgtaggactcatataccaattctgctgtcat-tcatatatata 193
Query: 125 tatatatatatatatatatatatatatatatat 157
|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 192 tatatatatatatatatatatatatatatatat 160
Score = 81.9 bits (42), Expect = 2e-20
Identities = 42/42 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 112 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 153
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 160 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 201
Score = 81.9 bits (42), Expect = 2e-20
Identities = 42/42 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 114 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 155
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 160 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 201
Score = 81.9 bits (42), Expect = 2e-20
Identities = 42/42 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 116 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 157
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Sbjct: 160 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 201
Score = 81.9 bits (42), Expect = 2e-20
Identities = 42/42 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 118 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 159
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Query: 120 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 161
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Query: 122 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 163
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Query: 124 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 165
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Query: 126 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 167
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Query: 128 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 169
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Query: 130 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 171
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Query: 136 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 177
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Query: 138 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 179
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Sbjct: 160 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 201
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Query: 140 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 181
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 160 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 201
Score = 81.9 bits (42), Expect = 2e-20
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Query: 142 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 183
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Sbjct: 160 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 201
Score = 81.9 bits (42), Expect = 2e-20
Identities = 42/42 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 144 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 185
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 160 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 201
Score = 80.0 bits (41), Expect = 9e-20
Identities = 41/41 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 146 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 186
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 160 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 200
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Identities = 41/42 (97%)
Strand = Plus / Plus
Query: 150 atatatatatatatatatatatatatatatatatatagatat 191
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct: 160 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 201
Score = 74.2 bits (38), Expect = 5e-18
Identities = 41/42 (97%)
Strand = Plus / Plus
Query: 152 atatatatatatatatatatatatatatatatatagatatat 193
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Sbjct: 160 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 201
Score = 74.2 bits (38), Expect = 5e-18
Identities = 41/42 (97%)
Strand = Plus / Plus
Query: 154 atatatatatatatatatatatatatatatatagatatatat 195
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Sbjct: 160 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 201
Score = 74.2 bits (38), Expect = 5e-18
Identities = 41/42 (97%)
Strand = Plus / Plus
Query: 156 atatatatatatatatatatatatatatatagatatatatat 197
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct: 160 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 201
Score = 74.2 bits (38), Expect = 5e-18
Identities = 41/42 (97%)
Strand = Plus / Plus
Query: 158 atatatatatatatatatatatatatatagatatatatatat 199
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct: 160 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 201
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.34 0.600 1.10
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 2, Extension: 1
Number of Sequences: 1
Number of Hits to DB: 152
Number of extensions: 62
Number of successful extensions: 62
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's gapped: 54
Number of HSP's successfully gapped: 26
Length of query: 200
Length of database: 600
Length adjustment: 8
Effective length of query: 192
Effective length of database: 592
Effective search space: 113664
Effective search space used: 113664
X1: 7 (13.9 bits)
X2: 517 (999.5 bits)
X3: 517 (999.5 bits)
S1: 7 (14.4 bits)
S2: 7 (14.3 bits)
| Query= MSMg01no301_n04.g1 MSMg01no301_n04.g1 CHROMAT_FILE:
MSMg01no301_n04.g1 PHD_FILE: MSMg01no301_n04.g1.phd.1 CHEM: term DYE:
big TIME: Tue May 17 21:39:19 2005
(314 letters)
>mm_chr8_69403838_69404551
Length = 714
Score = 600 bits (310), Expect = e-176
Identities = 313/314 (99%)
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Query: 1 agtagccatgtccacgggaccctttttaccctcttagtggataactatgcttgtctgtgc 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct: 201 agtagccatgtccacgggaccctttttaccctcttagtggataactatgcttgtctatgc 260
Query: 61 ttaatgtgaaaaccacacactttgcccagtaagtaaagtaattctgaacctcttaaattc 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 261 ttaatgtgaaaaccacacactttgcccagtaagtaaagtaattctgaacctcttaaattc 320
Query: 121 aagagcttaagtactacgtaagtgttcatttttgatttaaacacgctgagtaatgtgttt 180
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Sbjct: 321 aagagcttaagtactacgtaagtgttcatttttgatttaaacacgctgagtaatgtgttt 380
Query: 181 aaatcaaaaatgtatttaagatataaagatgcttgtagggggctcaaagtaaatgtctca 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 381 aaatcaaaaatgtatttaagatataaagatgcttgtagggggctcaaagtaaatgtctca 440
Query: 241 gttcttattctaaactttgctttttatgctattctgacactgtaaattttcttttgtttt 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 441 gttcttattctaaactttgctttttatgctattctgacactgtaaattttcttttgtttt 500
Query: 301 aatttcacattagg 314
||||||||||||||
Sbjct: 501 aatttcacattagg 514
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.34 0.600 1.10
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 2, Extension: 1
Number of Sequences: 1
Number of Hits to DB: 17
Number of extensions: 1
Number of successful extensions: 1
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's gapped: 1
Number of HSP's successfully gapped: 1
Length of query: 314
Length of database: 714
Length adjustment: 9
Effective length of query: 305
Effective length of database: 705
Effective search space: 215025
Effective search space used: 215025
X1: 8 (15.9 bits)
X2: 517 (999.5 bits)
X3: 517 (999.5 bits)
S1: 8 (16.4 bits)
S2: 8 (16.2 bits)
|
