BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-003F13
Chromosome9 (Build37)
Map Location 45,746,623 - 45,875,693
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSidt2, Pafah1b2, 2610005M20Rik, BC033915
Upstream geneUbe4a, Cd3g, Cd3d, Cd3e, Eva1, A530065I17Rik, Amica1, Scn2b, Scn4b, Tmprss4, Il10ra, Tmprss13, Fxyd6, Fxyd2, Dscaml1, Cep164, LOC640094, Bace1, Rnf214, Pcsk7, Tagln
Downstream geneApoa1, Apoc3, Apoa4, Apoa5, Zfp259, Bud13, 4931429L15Rik, LOC100042722, EG667890, 2900052N01Rik, D930036J05
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-003F13.bB6Ng01-003F13.g
ACCDH841089DH841090
length1,1961,033
definitionDH841089|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003F13, 5' end.DH841090|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003F13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,874,511 - 45,875,693)(45,746,623 - 45,747,654)
sequence
gaattcttggtcactaagcatgttgtaaaagttgtctaattctccaaaca
ataaatgaaatttccctctacactgcctacctacagagtgggagactggc
tatgtagcttgaccactccaggtttcctgagaaattctgagtattaaact
aatctatacaggctgccttaagcagtgtgcccatgactctggtatctgat
tcctaaagttgacatcaggtcatcctgtgtaaacatacacacaccaaact
gatcaaactggattccaaatctcagaggtttaaaacaaacctgcctgaca
tactggtgtacacctttaatgccagcactcagaaggcagaggtagacaga
cctcactgaagtttcaggccagcctactagtctacataatgagttccagg
acagccaggactagagagagatcctgtcttattctttctttctaatataa
ggaaactagattggaaagtggtaagtgactgggaagggtcatacagcagg
ataggagcaagagctgagaagcaggggtcgtgacaggctctgttcagccc
cagacaaggagagcgccctactagtcaccagcactttccctccatctgcc
tatcctttagaacacacagctcctctctgttcttcacaatagtctgtgtg
gtaacaggcactaagtcatagtgaagggtcatttaccaagcatgatacaa
cactgcggcagaatgcccatgggaagcaagcagcaagacagtgtgagaaa
ataaaggctttattggggccacatgatgtgtgtctcacttccccactggc
cgcaggagctatcttagggcagaaattcttcaccctaaaatcaagtgtgg
tggtgccattaatatttggggttaatatctatagttattctccaagacct
ttaaattagtacaaaagacatacattcatttctatatcaaagtgtgtaca
atttaaatttaaacatcaactccagcatggaaagcactcactgttggtaa
tcccagcacttgagaaagctgaggaaagaggatcattcagtccagagcca
gcctgagcttactaaaacaacttgcttcagaaattaaaaacaaatttagt
ctggcgtaagtattactgaatcttttaatctcagcattcaggagcaagaa
cagagggtaagaaccttccaaaaaggagggaggaaggagagggaaa
gaattcagtccccgatcagaagactcaacttgggctggccctcactgctg
aagagccagctccaagcacaggtcagggaggagggtcgtacctaggcccc
ttgcaggccttagcaccgaaagcctggcaccagctggccagcccccaaag
tctcctacctgcatctgtcctggcaggtcagagtgggcagtgatagcagc
cagctacagacccagggagagcttaggtcctggtgatggacaaagaatca
ggcaccagactgtggtcctggacagagcatgggaagaagaaagggctgtg
tgtcctaagctgagaggagggaagggatgggcagaatgcaaggcatgaaa
tgggacaggacattgccttcccaccttcctctccaaagggacaaatggag
agccagtggataaacaagacagatggacagactagggtcctggggaggac
ccaacactgagaagaaagcagcaatttggccagtgtctggggaatgcgga
gcaggcctcctcctccgcagaggcaactccaaggctcagtgccaccagga
actatcctgagtcaggcctgggctggaatctcgctgtcttgccacgacat
ccaatgctgggcagcagagctgggactcatacccgtggtgttcttgtggc
aactggcaggtgatgcagaggcaggcgctaggcctgtgaggtgaagcctg
gaccacagatgctgctagaagacatagatcttgtcccgctgtactgtgtc
caagtcgtcatccaacgtcagcaaaacctaagggtgggtggagggtcaga
tcctgggaaggagaggctgtctgctctaccatcccctctgccctcaggcc
aggcacatcccacataccaggaaggacccaaacatggcaatggaggacag
gaagtgccagaatatcgtgtcatcaaagaagtcgaggaggatgcagtcgc
ggttgtgctccctggactctgcggggttttctggcaagggagagagcagc
agcctactgagtctgctctgagagaccagtttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_45874511_45875693
seq2: B6Ng01-003F13.b_44_1239 (reverse)

seq1  TTTCCCT---CCTCCTCCCTCCTTTTTGTGTAAG-TCTTACCCTTCTGTC  46
      |||||||   | |||||||||||||||| | | | |||||||| ||||| 
seq2  TTTCCCTCTCCTTCCTCCCTCCTTTTTG-GAAGGTTCTTACCC-TCTGTT  48

seq1  TTTGCTCCTGAATGCTGGGATT-ACAGA-TCAGTATTAC-TACGCCCAGC  93
       |||||||||||||||| |||| | ||| |||||| ||| ||||||   |
seq2  CTTGCTCCTGAATGCTGAGATTAAAAGATTCAGTAATACTTACGCCAGAC  98

seq1  TTATTTTGTTTTTGATTTCTGAAGCATGTTG-TTTAGT-AGCTCAGGCTG  141
      | | ||||||||| |||||||||||| |||| |||||| |||||||||||
seq2  TAAATTTGTTTTTAATTTCTGAAGCAAGTTGTTTTAGTAAGCTCAGGCTG  148

seq1  GCTCTGGACTGAATGATCCTCTTTCCTCAGC-TTCTCCAGTGCTGGGATT  190
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  GCTCTGGACTGAATGATCCTCTTTCCTCAGCTTTCTCAAGTGCTGGGATT  198

seq1  ACC-ACAGTGAGTGC-TTCCATGCTGGGGTTGATG-TTAATTTTAAATTG  237
      ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| |||||||||
seq2  ACCAACAGTGAGTGCTTTCCATGCTGGAGTTGATGTTTAAATTTAAATTG  248

seq1  TACACACTTTGATATAGAAATGAATGTATGTCTTTTGTACTAATTT-AAG  286
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TACACACTTTGATATAGAAATGAATGTATGTCTTTTGTACTAATTTAAAG  298

seq1  GTCTTGGAGAATAACTATAGATATTAACCCCAAATATTAATGGCACCACC  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGGAGAATAACTATAGATATTAACCCCAAATATTAATGGCACCACC  348

seq1  ACACTTGA-TTTAGGGTGAAGAATTTCTGCCCTAAGGTAGCTCCTGCGGC  385
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ACACTTGATTTTAGGGTGAAGAATTTCTGCCCTAAGATAGCTCCTGCGGC  398

seq1  CAGTGGGGAAGTGAGACACACATCATGTGGCCCCAATAAAGCCTTTATTT  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGGGAAGTGAGACACACATCATGTGGCCCCAATAAAGCCTTTATTT  448

seq1  TCTCACACTGTCTTGCTGCTTGCTTCCCATGGGCATTCTGCCGCAGTGTT  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACACTGTCTTGCTGCTTGCTTCCCATGGGCATTCTGCCGCAGTGTT  498

seq1  GTATCATGCTTGGTAAATGACCCTTCACTATGACTTAGTGCCTGTTACCA  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCATGCTTGGTAAATGACCCTTCACTATGACTTAGTGCCTGTTACCA  548

seq1  CACAGACTATTGTGAAGAACAGAGAGGAGCTGTGTGTTCTAAAGGATAGG  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGACTATTGTGAAGAACAGAGAGGAGCTGTGTGTTCTAAAGGATAGG  598

seq1  CAGATGGAGGGAAAGTGCTGGTGACTAGTAGGGCGCTCTCCTTGTCTGGG  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGGAGGGAAAGTGCTGGTGACTAGTAGGGCGCTCTCCTTGTCTGGG  648

seq1  GCTGAACAGAGCCTGTCACGACCCCTGCTTCTCAGCTCTTGCTCCTATCC  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAACAGAGCCTGTCACGACCCCTGCTTCTCAGCTCTTGCTCCTATCC  698

seq1  TGCTGTATGACCCTTCCCAGTCACTTACCACTTTCCAATCTAGTTTCCTT  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTATGACCCTTCCCAGTCACTTACCACTTTCCAATCTAGTTTCCTT  748

seq1  ATATTAGAAAGAAAGAATAAGACAGGATCTCTCTCTAGTCCTGGCTGTCC  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAGAAAGAAAGAATAAGACAGGATCTCTCTCTAGTCCTGGCTGTCC  798

seq1  TGGAACTCATTATGTAGACTAGTAGGCTGGCCTGAAACTTCAGTGAGGTC  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACTCATTATGTAGACTAGTAGGCTGGCCTGAAACTTCAGTGAGGTC  848

seq1  TGTCTACCTCTGCCTTCTGAGTGCTGGCATTAAAGGTGTACACCAGTATG  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTACCTCTGCCTTCTGAGTGCTGGCATTAAAGGTGTACACCAGTATG  898

seq1  TCAGGCAGGTTTGTTTTAAACCTCTGAGATTTGGAATCCAGTTTGATCAG  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCAGGTTTGTTTTAAACCTCTGAGATTTGGAATCCAGTTTGATCAG  948

seq1  TTTGGTGTGTGTATGTTTACACAGGATGACCTGATGTCAACTTTAGGAAT  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTGTGTGTATGTTTACACAGGATGACCTGATGTCAACTTTAGGAAT  998

seq1  CAGATACCAGAGTCATGGGCACACTGCTTAAGGCAGCCTGTATAGATTAG  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATACCAGAGTCATGGGCACACTGCTTAAGGCAGCCTGTATAGATTAG  1048

seq1  TTTAATACTCAGAATTTCTCAGGAAACCTGGAGTGGTCAAGCTACATAGC  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATACTCAGAATTTCTCAGGAAACCTGGAGTGGTCAAGCTACATAGC  1098

seq1  CAGTCTCCCACTCTGTAGGTAGGCAGTGTAGAGGGAAATTTCATTTATTG  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTCCCACTCTGTAGGTAGGCAGTGTAGAGGGAAATTTCATTTATTG  1148

seq1  TTTGGAGAATTAGACAACTTTTACAACATGCTTAGTGACCAAGAATTC  1183
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAGAATTAGACAACTTTTACAACATGCTTAGTGACCAAGAATTC  1196

seq1: chr9_45746623_45747654
seq2: B6Ng01-003F13.g_66_1094

seq1  GAATTCAGTCCCCGATCAGAAGACTCAACTTGGGCTGGCCCTCACTGCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCCCCGATCAGAAGACTCAACTTGGGCTGGCCCTCACTGCTG  50

seq1  AAGAGCCAGCTCCAAGCACAGGTCAGGGAGGAGGGTCGTACCTAGGCCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCCAGCTCCAAGCACAGGTCAGGGAGGAGGGTCGTACCTAGGCCCC  100

seq1  TTGCAGGCCTTAGCACCGAAAGCCTGGCACCAGCTGGCCAGCCCCCAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGGCCTTAGCACCGAAAGCCTGGCACCAGCTGGCCAGCCCCCAAAG  150

seq1  TCTCCTACCTGCATCTGTCCTGGCAGGTCAGAGTGGGCAGTGATAGCAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTACCTGCATCTGTCCTGGCAGGTCAGAGTGGGCAGTGATAGCAGC  200

seq1  CAGCTACAGACCCAGGGAGAGCTTAGGTCCTGGTGATGGACAAAGAATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTACAGACCCAGGGAGAGCTTAGGTCCTGGTGATGGACAAAGAATCA  250

seq1  GGCACCAGACTGTGGTCCTGGACAGAGCATGGGAAGAAGAAAGGGCTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACCAGACTGTGGTCCTGGACAGAGCATGGGAAGAAGAAAGGGCTGTG  300

seq1  TGTCCTAAGCTGAGAGGAGGGAAGGGATGGGCAGAATGCAAGGCATGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTAAGCTGAGAGGAGGGAAGGGATGGGCAGAATGCAAGGCATGAAA  350

seq1  TGGGACAGGACATTGCCTTCCCACCTTCCTCTCCAAAGGGACAAATGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACAGGACATTGCCTTCCCACCTTCCTCTCCAAAGGGACAAATGGAG  400

seq1  AGCCAGTGGATAAACAAGACAGATGGACAGACTAGGGTCCTGGGGAGGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGTGGATAAACAAGACAGATGGACAGACTAGGGTCCTGGGGAGGAC  450

seq1  CCAACACTGAGAAGAAAGCAGCAATTTGGCCAGTGTCTGGGGAATGCGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACACTGAGAAGAAAGCAGCAATTTGGCCAGTGTCTGGGGAATGCGGA  500

seq1  GCAGGCCTCCTCCTCCGCAGAGGCAACTCCAAGGCTCAGTGCCACCAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCCTCCTCCTCCGCAGAGGCAACTCCAAGGCTCAGTGCCACCAGGA  550

seq1  ACTATCCTGAGTCAGGCCTGGGCTGGAATCTCGCTGTCTTGCCACGACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATCCTGAGTCAGGCCTGGGCTGGAATCTCGCTGTCTTGCCACGACAT  600

seq1  CCAATGCTGGGCAGCAGAGCTGGGACTCATACCCGTGGTGTTCTTGTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGCTGGGCAGCAGAGCTGGGACTCATACCCGTGGTGTTCTTGTGGC  650

seq1  AACTGGCAGGTGATGCAGAGGCAGGCGCTAGGCCTGTGAGGTGAAGCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGCAGGTGATGCAGAGGCAGGCGCTAGGCCTGTGAGGTGAAGCCTG  700

seq1  GACCACAGATGCTGCTAGAAGACATAGATCTTGTCCCGCTGTACTGTGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACAGATGCTGCTAGAAGACATAGATCTTGTCCCGCTGTACTGTGTC  750

seq1  CAAGTCGTCATCCAACGTCAGCAAAACCTAAGGGTGGGTGGAGGGTCAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCGTCATCCAACGTCAGCAAAACCTAAGGGTGGGTGGAGGGTCAGA  800

seq1  TCCTGGGAAGGAGAGGCTGTCTGCTCTACCATCCCCTCTGCCCTCAGGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGAAGGAGAGGCTGTCTGCTCTACCATCCCCTCTGCCCTCAGGCC  850

seq1  AGGCACATCCCACATACCAGGAAGGACCCAAACATGGCAATGGAGGACAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACATCCCACATACCAGGAAGGACCCAAACATGGCAATGGAGGACAG  900

seq1  GAAGTGCCAG-ATATCGTGGTCATCAAAGAAGTCGAGGAGGATGCAGTCG  949
      |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGCCAGAATATCGT-GTCATCAAAGAAGTCGAGGAGGATGCAGTCG  949

seq1  CGGTTGTGCTCCCTGGACTCTGCGGGGGTTTTCTGGCAGGGGAGAGAGCC  999
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |
seq2  CGGTTGTGCTCCCTGGACTCTGC-GGGGTTTTCTGGCAAGGGAGAGAG-C  997

seq1  AGCAGCCTACTGAGTCTGCTCTGCAGAGACCAG  1032
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGCAGCCTACTGAGTCTGCTCTG-AGAGACCAG  1029