BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-003I10
Chromosome9 (Build37)
Map Location 28,268,767 - 28,403,479
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOpcml
Upstream geneLOC666440, LOC100041202
Downstream geneHnt, LOC625222
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-003I10.bB6Ng01-003I10.g
ACCDH841209DH841210
length763970
definitionDH841209|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003I10, 5' end.DH841210|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003I10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,402,718 - 28,403,479)(28,268,767 - 28,269,736)
sequence
gaattccctgcatcacacaatcacagaaaatatctgcaactagcaaaatc
atggacctaatagagcacaaggcaaatcatagtcaactgctgtggacgac
atgaagcagcccaatatcccacatcttgcgttaaaatgaaaacattttct
tataatatttctgtgggttttttttttaagaaaccaaaattccaaagttg
tcactacagtacagagtggcacccatggcatttgagtttaatgatttcag
atttacttaccaaaaaaataaaataaaaaaggcaactggggatgagacct
gcagcatcaagatcctttatgccaaagcctcgggacctgtggtccagcat
gccaaacacctcatcccaagaacccaatgagagttcactgatgaggccat
gcttcataaaacccatcagtacaagtctttgatggagatgaattatagtt
tgtatgcgattaaaatattgttaatgatcagatggaggtacttgaggctc
tgataaggcgaactttgaaaatgagatgctcccagaacctctgaagtctt
aagcacttgtcagttcatgtatttaaaaagcacattagttctagccagta
tccatataacctttctcctctctcttgctctgtttccctagcaaccattt
aaaagtgatgcaaaaggccgtgctgtctctaagaaagcacagaaaagaaa
aggacaatggtcttatgctctctctctctctctctctctctctctctctc
tctctctctctct
gaattccagtacatctgcctcattgttcctgcgcttcccccagggctttg
tattacaggctccatactttcaacactttaccaattatgtgtagagagca
atggaatgcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacactgcaaaacacataacaaatattgtttgatattggtgctgaatacc
atgtatttcttagaatagatgctccccaggtatctatccatggaatagga
ttaaaacacagagggttccattctgtattggtttagactttggctccaag
gagaagagcctaatcacattaatttcatttacacagaccttctaccactg
agtcatatgaagtgggtgtattgaaatggttctgctgacaccacctagca
cctgcattctcaagtgattccaggccagtgcatgggttgctcagtccact
tgggagccttagatgagtttgtattttctctggatctgcagatgggatgt
gaagtgcttcatgttcagattcttgaaatctactcatgtttcttcctgca
cttgtcactgttgggagaggatgactgctccttccagacctgaaactggt
gttctgataatcctgtgccagatgacccagtcagggttctctagagacag
cacccggttgctctctctctcctgctttctctttctttctctaggctgct
tgatctagctataatctgtccatacattacctatatttgtttacatggta
actatttctctgtacctgtctttatgtaaatgcatggggttgggtatgtg
ttttcagcagtagagtgctttgcctagtaatataacaccccaaattcaat
ccctagtgcttcctggtacacaaaaatagaaaaagcaacaggaatcatct
gtgtaagatgtaggtctctcaatagaaaagaatgtatgtatgtaatgtat
gtatgtatgtttgtatgtat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_28402718_28403479
seq2: B6Ng01-003I10.b_48_809 (reverse)

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCATAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCATAA  50

seq1  GACCATTGTCCTTTTCTTTTCTGTGCTTTCTTAGAGACAGCACGGCCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATTGTCCTTTTCTTTTCTGTGCTTTCTTAGAGACAGCACGGCCTTT  100

seq1  TGCATCACTTTTAAATGGTTGCTAGGGAAACAGAGCAAGAGAGAGGAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCACTTTTAAATGGTTGCTAGGGAAACAGAGCAAGAGAGAGGAGAA  150

seq1  AGGTTATATGGATACTGGCTAGAACTAATGTGCTTTTTAAATACATGAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTATATGGATACTGGCTAGAACTAATGTGCTTTTTAAATACATGAAC  200

seq1  TGACAAGTGCTTAAGACTTCAGAGGTTCTGGGAGCATCTCATTTTCAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAGTGCTTAAGACTTCAGAGGTTCTGGGAGCATCTCATTTTCAAAG  250

seq1  TTCGCCTTATCAGAGCCTCAAGTACCTCCATCTGATCATTAACAATATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGCCTTATCAGAGCCTCAAGTACCTCCATCTGATCATTAACAATATTT  300

seq1  TAATCGCATACAAACTATAATTCATCTCCATCAAAGACTTGTACTGATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCGCATACAAACTATAATTCATCTCCATCAAAGACTTGTACTGATGG  350

seq1  GTTTTATGAAGCATGGCCTCATCAGTGAACTCTCATTGGGTTCTTGGGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTATGAAGCATGGCCTCATCAGTGAACTCTCATTGGGTTCTTGGGAT  400

seq1  GAGGTGTTTGGCATGCTGGACCACAGGTCCCGAGGCTTTGGCATAAAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGTTTGGCATGCTGGACCACAGGTCCCGAGGCTTTGGCATAAAGGA  450

seq1  TCTTGATGCTGCAGGTCTCATCCCCAGTTGCCTTTTTTATTTTATTTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGATGCTGCAGGTCTCATCCCCAGTTGCCTTTTTTATTTTATTTTTT  500

seq1  TGGTAAGTAAATCTGAAATCATTAAACTCAAATGCCATGGGTGCCACTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAAGTAAATCTGAAATCATTAAACTCAAATGCCATGGGTGCCACTCT  550

seq1  GTACTGTAGTGACAACTTTGGAATTTTGGTTTCTTAAAAAAAAAACCCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGTAGTGACAACTTTGGAATTTTGGTTTCTTAAAAAAAAAACCCAC  600

seq1  AGAAATATTATAAGAAAATGTTTTCATTTTAACGCAAGATGTGGGATATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATATTATAAGAAAATGTTTTCATTTTAACGCAAGATGTGGGATATT  650

seq1  GGGCTGCTTCATGTCGTCCACAGCAGTTGACTATGATTTGCCTTGTGCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGCTTCATGTCGTCCACAGCAGTTGACTATGATTTGCCTTGTGCTC  700

seq1  TATTAGGTCCATGATTTTGCTAGTTGCAGATATTTTCTGTGATTGTGTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGGTCCATGATTTTGCTAGTTGCAGATATTTTCTGTGATTGTGTGA  750

seq1  TGCAGGGAATTC  762
      ||||||||||||
seq2  TGCAGGGAATTC  762

seq1: chr9_28268767_28269736
seq2: B6Ng01-003I10.g_67_1036

seq1  GAATTCCAGTACATCTGCCTCATTGTTCCTGCGCTTCCCCCAGGGCTTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTACATCTGCCTCATTGTTCCTGCGCTTCCCCCAGGGCTTTG  50

seq1  TATTACAGGCTCCATACTTTCAACACTTTACCAATTATGTGTAGAGAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACAGGCTCCATACTTTCAACACTTTACCAATTATGTGTAGAGAGCA  100

seq1  ATGGAATGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA  150

seq1  CACACTGCAAAACACATAACAAATATTGTTTGATATTGGTGCTGAATACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGCAAAACACATAACAAATATTGTTTGATATTGGTGCTGAATACC  200

seq1  ATGTATTTCTTAGAATAGATGCTCCCCAGGTATCTATCCATGGAATAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTTCTTAGAATAGATGCTCCCCAGGTATCTATCCATGGAATAGGA  250

seq1  TTAAAACACAGAGGGTTCCATTCTGTATTGGTTTAGACTTTGGCTCCAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACACAGAGGGTTCCATTCTGTATTGGTTTAGACTTTGGCTCCAAG  300

seq1  GAGAAGAGCCTAATCACATTAATTTCATTTACACAGACCTTCTACCACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGAGCCTAATCACATTAATTTCATTTACACAGACCTTCTACCACTG  350

seq1  AGTCATATGAAGTGGGTGTATTGAAATGGTTCTGCTGACACCACCTAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATATGAAGTGGGTGTATTGAAATGGTTCTGCTGACACCACCTAGCA  400

seq1  CCTGCATTCTCAAGTGATTCCAGGCCAGTGCATGGGTTGCTCAGTCCACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCATTCTCAAGTGATTCCAGGCCAGTGCATGGGTTGCTCAGTCCACT  450

seq1  TGGGAGCCTTAGATGAGTTTGTATTTTCTCTGGATCTGCAGATGGGATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGCCTTAGATGAGTTTGTATTTTCTCTGGATCTGCAGATGGGATGT  500

seq1  GAAGTGCTTCATGTTCAGATTCTTGAAATCTACTCATGTTTCTTCCTGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGCTTCATGTTCAGATTCTTGAAATCTACTCATGTTTCTTCCTGCA  550

seq1  CTTGTCACTGTTGGGAGAGGATGACTGCTCCTTCCAGACCTGAAACTGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCACTGTTGGGAGAGGATGACTGCTCCTTCCAGACCTGAAACTGGT  600

seq1  GTTCTGATAATCCTGTGCCAGATGACCCAGTCAGGGTTCTCTAGAGACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGATAATCCTGTGCCAGATGACCCAGTCAGGGTTCTCTAGAGACAG  650

seq1  CACCCGGTTGCTCTCTCTCTCCTGCTTTCTCTTTCTTTCTCTAGGCTGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCGGTTGCTCTCTCTCTCCTGCTTTCTCTTTCTTTCTCTAGGCTGCT  700

seq1  TGATCTAGCTATAATCTGTCCATACATTACCTATATTTGTTTACATGGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTAGCTATAATCTGTCCATACATTACCTATATTTGTTTACATGGTA  750

seq1  ACTATTTCTCTGTACCTGTCTTTATGTAAATGCATGGGGTTGGGTATGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTTCTCTGTACCTGTCTTTATGTAAATGCATGGGGTTGGGTATGTG  800

seq1  -TTTCAGCAGTAGAGTGC-TTGCCTAGTAATTATAACACCCCAAATTCAA  848
       ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAGCAGTAGAGTGCTTTGCCTAGTAA-TATAACACCCCAAATTCAA  849

seq1  TCCCTAGTGCTTCCTGGTACAACAAAAATAGAAAAAGCAACAGGAATCAT  898
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAGTGCTTCCTGGTAC-ACAAAAATAGAAAAAGCAACAGGAATCAT  898

seq1  CTGTGTAAGATGTAGGTCTCTCAATAGAAAAAGAATGTATGTATGT-ATG  947
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
seq2  CTGTGTAAGATGTAGGTCTCTCAATAG-AAAAGAATGTATGTATGTAATG  947

seq1  TATGTATGTATGTATGTATGTAT  970
      ||||||||||||| |||||||||
seq2  TATGTATGTATGTTTGTATGTAT  970