BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-005N10
Chromosome9 (Build37)
Map Location 37,053,340 - 37,212,033
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc37a2, LOC100042561, Ccdc15, Hepacam, Robo4
Upstream geneLOC100042485, EG639025, LOC671003, EG434396, A630095E13Rik, Acrv1, Chek1, Stt3a, Ei24, LOC627681, Fez1, Pknox2, LOC100042545, 1810021J13Rik
Downstream geneRobo3, BC024479, Esam1, Vsig2, Nrgn, Spa17, Siae, Tbrg1, Panx3, LOC666881, EG627798, Olfr160, Olfr151, Olfr874, Olfr875, Olfr876, Olfr877, Olfr145, EG627852, Olfr878, GA_x5J8B7W60AJ-1667802-1666911, Olfr880-ps1, Olfr881, Olfr882-ps1, Olfr883, Olfr884, Olfr1550-ps1, Olfr885, Olfr886-ps1, Olfr887, Olfr888, Olfr889, Olfr890, Olfr891, Olfr892-ps1, Olfr893, Olfr894, Olfr143, Olfr895, Olfr896-ps1, Olfr897-ps1, Olfr25, Olfr898, Olfr899, Olfr900, Olfr147
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-005N10.bB6Ng01-005N10.g
ACCDH842868DH842869
length1,1541,062
definitionDH842868|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005N10, 5' end.DH842869|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005N10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,053,340 - 37,054,519)(37,210,967 - 37,212,033)
sequence
agctgaggactctgagcagggcaggacctgcaggtttcacttctcacaag
cccttccttccctcagaaccaagattccccataggaggcacagggagact
tgtagagccagggcaaggaatggctgccctggtgcagagctggactgggc
aagcagttcaggggccaaggaacatatggggggagactcccagactactc
cacataggctcagctgtcccatgaccctgcaagtcttattaggaagaggt
ggcacttattagagtcccacctcctccactatatgctggttattgaataa
ccaagtcagatagagagggactagctatctcttaagtattagctgacaat
ccaacttattctttcccaagacctcgataatagctttatcaacttcatta
agactttgcactaataatgattctgggcttgaacagggaacaatgtatcc
cacattagcaacagataatgacagacaccacccctaagtacttcattgcc
accaccacaagccaacatgacctccaagagccgactctgatctctggaga
ggtagaaacaggccttcctctttctttgttctacatctacttctctgata
gccttgcccatgacttagagacaatcagggtttaaactctcttaacctgg
gacagcctcaggatgtgacctcaggacgaggctgcaggtgaccttagcac
ttcccctgtggaaacgaacctggcgacctgttcctgggtgtgccgattct
agggtcagcgggttctgaaaaggataagctgggtacggtaacaaccagac
caggatcaatttgggctgtgccaccaccttcaacttctactaagtcgtcc
atcaaccaacactgggagatattctagtgggaaagggccagctaaggaca
gatacccaggggcagagtcctgagtcatgcctgcagcatacagagcagag
ggacagacagctaggaagcttctgaggagaaagctttctggggcaggagc
agcctgtgaatacaggtctctgtccacacttctgacataagctgtattct
gaacgagcacagtggaatgtgtgacagccacatgcctgtgcctcacttga
gataaggatgaatgcttccttctgaccttagagtcttggtctgagcctca
ccct
gaattcatagtcttggccccagtggagacccccaagctttgcactctgca
agccacgcagcagcacctctgtccatggagatccttggtccctgggggac
ctctgagtcctgaacagagctgtgtatgactcagcaggtgcagcagggcc
gctcacctgggaagaagtcagagcaacgataatggactagggagctcatg
gcagccctaatctgagctctgggtgttttctgggacctctgtctcacctt
ccagctgagccacacggatggcccaggcttgggaccttttacaggttcgg
ggtttagcagggtcacattttccagctgaatgcgaacagccagaagctct
agatgttccttgtggtcctgggattctgtggaggaacacaggactgggat
ggagtagtggaacataccttcatcgtggacaaacttggctcccagagttt
tcagctctggagtattcctatgcccatttggcctcatcacttggacccca
aactccatacctggtgaccacactaactggagtctcctaccttaccttga
actttgagtgtggggttaagtgcgtgtttatatgcatgtatgtgagtaag
cgttgacaacagagtcttcccttattattgatctctatcttattttttga
gacaaggtctttcactgaacttggaactcactgtgtagactagactgtct
ggttagcttctgggattcacctgtctgttctccacatcggcactgggatg
atcgacattcactgtcacactctgcttttatatgagtgctggagaacttt
gactcttcacgtatgtgaagccagcaccttacccacagagttctctcctg
agcccttattagattgtagatgactcctgtccttaccctggatagacacc
ctggctgctcggctctcccgttgcccagcattgttggtggccatacacat
ataggtcccgagtcattcttctctgctcttgacaccatcagggaatcccc
agaaacctgtcagtcagatactccatgaagtcttcatttggaagcttaga
tgttgagggtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_37053340_37054519
seq2: B6Ng01-005N10.b_63_1216

seq1  AGCTGAGGACTCTGAGCAGGGCAGGACCTGCAGGTTTCACTTCTCACAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAGGACTCTGAGCAGGGCAGGACCTGCAGGTTTCACTTCTCACAAG  50

seq1  CCCTTCCTTCCCTCAGAACCAAGATTCCCCATAGGAGGCACAGGGAGACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCCTTCCCTCAGAACCAAGATTCCCCATAGGAGGCACAGGGAGACT  100

seq1  TGTAGAGCCAGGGCAAGGAATGGCTGCCCTGGTGCAGAGCTGGACTGGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAGCCAGGGCAAGGAATGGCTGCCCTGGTGCAGAGCTGGACTGGGC  150

seq1  AAGCAGTTCAGGGGCCAAGGAACATATGGGGGGAGACTCCCAGACTACTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGTTCAGGGGCCAAGGAACATATGGGGGGAGACTCCCAGACTACTC  200

seq1  CACATAGGCTCAGCTGTCCCATGACCCTGCAAGTCTTATTAGGAAGAGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAGGCTCAGCTGTCCCATGACCCTGCAAGTCTTATTAGGAAGAGGT  250

seq1  GGCACTTATTAGAGTCCCACCTCCTCCACTATATGCTGGTTATTGAATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTTATTAGAGTCCCACCTCCTCCACTATATGCTGGTTATTGAATAA  300

seq1  CCAAGTCAGATAGAGAGGGACTAGCTATCTCTTAAGTATTAGCTGACAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTCAGATAGAGAGGGACTAGCTATCTCTTAAGTATTAGCTGACAAT  350

seq1  CCAACTTATTCTTTCCCAAGACCTCGATAATAGCTTTATCAACTTCATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTTATTCTTTCCCAAGACCTCGATAATAGCTTTATCAACTTCATTA  400

seq1  AGACTTTGCACTAATAATGATTCTGGGCTTGAACAGGGAACAATGTATCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTGCACTAATAATGATTCTGGGCTTGAACAGGGAACAATGTATCC  450

seq1  CACATTAGCAACAGATAATGACAGACACCACCCCTAAGTACTTCATTGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTAGCAACAGATAATGACAGACACCACCCCTAAGTACTTCATTGCC  500

seq1  ACCACCACAAGCCAACATGACCTCCAAGAGCCGACTCTGATCTCTGGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCACAAGCCAACATGACCTCCAAGAGCCGACTCTGATCTCTGGAGA  550

seq1  GGTAGAAACAGGCCTTCCTCTTTCTTTGTTCTACATCTACTTCTCTGATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAAACAGGCCTTCCTCTTTCTTTGTTCTACATCTACTTCTCTGATA  600

seq1  GCCTTGCCCATGACTTAGAGACAATCAGGGTTTAAACTCTCTTAACCTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGCCCATGACTTAGAGACAATCAGGGTTTAAACTCTCTTAACCTGG  650

seq1  GACAGCCTCAGGATGTGACCTCAGGACGAGGCTGCAGGTGACCTTAGCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCCTCAGGATGTGACCTCAGGACGAGGCTGCAGGTGACCTTAGCAC  700

seq1  TTCCCCTGTGGAAACGAACCTGGCGACCTGTTCCTGGGTGTGCCGATTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCTGTGGAAACGAACCTGGCGACCTGTTCCTGGGTGTGCCGATTCT  750

seq1  AGGGTCAGCGGGTTCTGAAAAGGATAAGGCTGGGTACGGTAACAACCAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCAGCGGGTTCTGAAAAGGATAA-GCTGGGTACGGTAACAACCAGA  799

seq1  CCAGGATCAATTTGGGCTGTGCCACCACCTTCAACTTCTACTAAGTCGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGATCAATTTGGGCTGTGCCACCACCTTCAACTTCTACTAAGTCGTC  849

seq1  CATCAACCAACACTGGGAGATATTCTAGTGGGAAAGGGCCAGCTAAGGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAACCAACACTGGGAGATATTCTAGTGGGAAAGGGCCAGCTAAGGAC  899

seq1  AGATACCCAGGGGCAGAGTCCTGAGTCATGCCTGCAGCATACAAGAGCAA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| 
seq2  AGATACCCAGGGGCAGAGTCCTGAGTCATGCCTGCAGCATAC-AGAGCA-  947

seq1  GGAGGGACAGGACAGGCTAGGAAGGCCTCTGAGGAGAAAGCTTTCTTGGG  1000
       |||||||| |||| |||||||| || |||||||||||||||||| ||||
seq2  -GAGGGACA-GACA-GCTAGGAA-GCTTCTGAGGAGAAAGCTTTC-TGGG  992

seq1  GCAGGGAGCAGGCCTGTGGAATACCAGGTCTCTTGTCCACACTCCTGAAC  1050
      ||| |||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||| ||| ||
seq2  GCA-GGAGCA-GCCTGT-GAATA-CAGGTCTC-TGTCCACACTTCTG-AC  1036

seq1  ATAGGCTGTATTCTGAACAGAGCACAGGTGGGAATGTGGTGACAGCCACA  1100
      ||| |||||||||||||| ||||||||   ||||||| ||||||||||||
seq2  ATAAGCTGTATTCTGAAC-GAGCACAG--TGGAATGT-GTGACAGCCACA  1082

seq1  TAGCTGTAGTCCTACTTTGAGAAATAGGATGATGGCCTTCCTTCTAGGAC  1150
      |  ||||   |||   |||||| | |||||||  | |||||||||  || 
seq2  TGCCTGT--GCCTCACTTGAGATA-AGGATGAATG-CTTCCTTCT--GA-  1125

seq1  CCTTAGGAGTCCTGGTCCTAGCCTCACCCT  1180
      ||||| ||||| |||||  |||||||||||
seq2  CCTTA-GAGTCTTGGTCTGAGCCTCACCCT  1154

seq1: chr9_37210967_37212033
seq2: B6Ng01-005N10.g_70_1131 (reverse)

seq1  CCACCCTCCAACCTCTAAGCTTCTCAAATTGAAGACTTCATGGAGTATCT  50
      ||||||| |||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCT-CAACATCTAAGCTTC-CAAA-TGAAGACTTCATGGAGTATCT  47

seq1  GAACCTGACAGGTATCTGGGGATTCCCTGATGGTGTCAAGAGCAGAGAAG  100
      ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GA--CTGACAGGTTTCTGGGGATTCCCTGATGGTGTCAAGAGCAGAGAAG  95

seq1  AATGACTCGGGGACCTATATGTGTATGGCCACCAACAATGCTGGGCAACG  150
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACTC-GGGACCTATATGTGTATGGCCACCAACAATGCTGGGCAACG  144

seq1  GGAGAGCCGAGCAGCCAGGGTGTCTATCCAGGGTAAGGACAGGAGTCATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGCCGAGCAGCCAGGGTGTCTATCCAGGGTAAGGACAGGAGTCATC  194

seq1  TACAATCTAATAAGGGCTCAGGAGAGAACTCTGTGGGTAAGGTGCTGGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATCTAATAAGGGCTCAGGAGAGAACTCTGTGGGTAAGGTGCTGGCT  244

seq1  TCACATACGTGAAGAGTC-AAGTTCTCCAGCACTCATATAAAAGCAGAGT  299
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATACGTGAAGAGTCAAAGTTCTCCAGCACTCATATAAAAGCAGAGT  294

seq1  GTGACAGTGAATGTCGATCATCCCAGTGCCGATGTGGAGAACAGACAGGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAGTGAATGTCGATCATCCCAGTGCCGATGTGGAGAACAGACAGGT  344

seq1  GAATCCCAGAAGCTAACCAGACAGTCTAGTCTACACAGTGAGTTCCAAGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCCAGAAGCTAACCAGACAGTCTAGTCTACACAGTGAGTTCCAAGT  394

seq1  TCAGTGAAAGACCTTGTCTCAAAAAATAAGATAGAGATCAATAATAAGGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGAAAGACCTTGTCTCAAAAAATAAGATAGAGATCAATAATAAGGG  444

seq1  AAGACTCTGTTGTCAACGCTTACTCACATACATGCATATAAACACGCACT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTCTGTTGTCAACGCTTACTCACATACATGCATATAAACACGCACT  494

seq1  TAACCCCACACTCAAAGTTCAAGGTAAGGTAGGAGACTCCAGTTAGTGTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCCCACACTCAAAGTTCAAGGTAAGGTAGGAGACTCCAGTTAGTGTG  544

seq1  GTCACCAGGTATGGAGTTTGGGGTCCAAGTGATGAGGCCAAATGGGCATA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCAGGTATGGAGTTTGGGGTCCAAGTGATGAGGCCAAATGGGCATA  594

seq1  GGAATACTCCAGAGCTGAAAACTCTGGGAGCCAAGTTTGTCCACGATGAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATACTCCAGAGCTGAAAACTCTGGGAGCCAAGTTTGTCCACGATGAA  644

seq1  GGTATGTTCCACTACTCCATCCCAGTCCTGTGTTCCTCCACAGAATCCCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGTTCCACTACTCCATCCCAGTCCTGTGTTCCTCCACAGAATCCCA  694

seq1  GGACCACAAGGAACATCTAGAGCTTCTGGCTGTTCGCATTCAGCTGGAAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCACAAGGAACATCTAGAGCTTCTGGCTGTTCGCATTCAGCTGGAAA  744

seq1  ATGTGACCCTGCTAAACCCCGAACCTGTAAAAGGTCCCAAGCCTGGGCCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGACCCTGCTAAACCCCGAACCTGTAAAAGGTCCCAAGCCTGGGCCA  794

seq1  TCCGTGTGGCTCAGCTGGAAGGTGAGACAGAGGTCCCAGAAAACACCCAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGTGTGGCTCAGCTGGAAGGTGAGACAGAGGTCCCAGAAAACACCCAG  844

seq1  AGCTCAGATTAGGGCTGCCATGAGCTCCCTAGTCCATTATCGTTGCTCTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAGATTAGGGCTGCCATGAGCTCCCTAGTCCATTATCGTTGCTCTG  894

seq1  ACTTCTTCCCAGGTGAGCGGCCCTGCTGCACCTGCTGAGTCATACACAGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTTCCCAGGTGAGCGGCCCTGCTGCACCTGCTGAGTCATACACAGC  944

seq1  TCTGTTCAGGACTCAGAGGTCCCCCAGGGACCAAGGATCTCCATGGACAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTCAGGACTCAGAGGTCCCCCAGGGACCAAGGATCTCCATGGACAG  994

seq1  AGGTGCTGCTGCGTGGCTTGCAGAGTGCAAAGCTTGGGGGTCTCCACTGG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCTGCTGCGTGGCTTGCAGAGTGCAAAGCTTGGGGGTCTCCACTGG  1044

seq1  GGCCAAGACTATGAATTC  1067
      ||||||||||||||||||
seq2  GGCCAAGACTATGAATTC  1062