BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-006B16
Chromosome9 (Build37)
Map Location 121,324,532 - 121,466,998
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTrak1, Cck
Upstream geneMyrip, Eif1b, LOC638068, Entpd3, Rpl14, 5830454E08Rik, LOC100040010, Ctnnb1, Ulk4
Downstream geneLyzl4, Vipr1, LOC100040063, Sec22c, Deb1, Nktr, Kbtbd5, Hhatl, Ccdc13, Higd1a, Ccbp2, Cyp8b1, C730027P07Rik, C85492, LOC100040121, Snrk, Tmem16k, Abhd5, LOC100040193, LOC100040204
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-006B16.bB6Ng01-006B16.g
ACCDH843057DH843058
length1,173860
definitionDH843057|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006B16, 5' end.DH843058|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006B16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(121,465,804 - 121,466,998)(121,324,532 - 121,325,390)
sequence
gaattccaatacttgacttgctcagcctgagtcctgcctgatgctctatc
ctctggcctttataaagtcccttgtgccttgaaaagagtgagtaagtctc
acccacacagtcccaggttggcccaggtcatctagacacagggaaaactg
acttcccacatgatagctggaacccaggaaccaacccagggtctggggga
tccagaacagctgatgacagatgtctagagcctgacctacttctctggat
tccaagggatacttgtgccagctcccagcatttaggtttgatgtcctaat
tctagcccagaatcaaccagaagattgtgaaagctgcatcctagacctcc
caggaccgctgccgcctccacccgtgtagctctggggagaggccctgaga
gtctcctgggtttttacagcttcctcattgggtttgcttcctacctggga
cttaagttttattcacttcctgagtcctctggtcttccctcctctctcca
gaagagagtgcttcaagttggaggaaccagctatataacactgtatgtaa
aaggcaattatcactataagtcaagatgctgtaactctcgggttgattat
accatgacagccagctcagcccacagaggccagcagcaccagtattttaa
gactcctcctgggcagggaccagcagtctgtgtgaatgtggaggttggca
cacgaatggtgtgctgtcctcaccaccaggctgtgtaggaagttggaatg
cagatattcagcttgcaggctgtcctgctggctagccacgatcccccaaa
ctgttgtctcccgataaagattagagaactcaccagctgaaaggtttgac
tttgagtccctcccctcccctctggtgacctcatgggcttggcttcctgt
gttctcatgctgggccttcagcttcacgggttgtatgtactgaatccagg
aacatgggctgacatgatcctgtcacttacacagaaagacggacagatgt
ttcatttgagatttcccagtgatcgttgatcatggcgagtccagatccaa
ctttcattcttggacggagcaaataaaacagtggtcatgttccatccaag
tcaggaaagaagacatttacatgttctataggagccacttgatggacggt
agactcctcccttgttctgtggg
gaattcttcctggatttgtagacagagcttgaaggggaacgtgtataaaa
cacagattaatgaggaaaataacatggctcttgtgccgagaaggtctggg
tggtggtgtttagtcaggtgatggtccctgcacatccttcttcatttgtg
agagaagtcaggatccctgcccctgggtccctgtagtccttggctcctca
cagtctcctcagattcctacgagcacacctacaggaagtctctcagctca
gaggtgttgagcaatgcttcatcagggcaactcctccagccccagccgca
gcgccttcctacagacaggtgcacctgcttgaggcgtggctggtgttttc
ttttgcagttgctatgaaactttcaggacgctaccattcctgttcttctc
aagggggagaaaggccaagagcgtacctcagggcaccgtacattcctgcc
tggctcccctctgtgtgcagggcaattggcagggtgctgctattccaaca
ggtgctctgcctgccgtgctccgcctccgaggtcctgtgagccactctgt
ccttccttctcccagtgatgctgggcgggtggccctgtgcacacccgtcc
actcctgccaagccagggcatgtctgcgaccctggctggagcccagcatg
tgcgcttttgggccccgatggctcctctgggcaggtggccaaaggctctc
ccaaggacagtcccttaggacaatgtttcaaatttggggcgacttcaaca
atgtccctgagagacgtgggaggggaagaggaatgtttttgaatacacta
ccaggatgagaagaggcggccttccccgagcagatgatatcctggaacat
ctttggcagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_121465804_121466998
seq2: B6Ng01-006B16.b_42_1214 (reverse)

seq1  CCCACAGAACAAGGGGAGGGAGTCCTACACCCTTTCCCATCAAAGTGGGC  50
      |||||||||||||||   ||||||    ||| |   ||||| ||||||  
seq2  CCCACAGAACAAGGG--AGGAGTC---TACCGT---CCATC-AAGTGG--  39

seq1  CCTCCTAATAGGAACATTTGTAATTGGTCTTCTGTTTCCTTGACCTTGGA  100
       ||||| ||| |||||  ||||| | ||||||  ||||| ||| ||||||
seq2  -CTCCT-ATA-GAACA--TGTAAAT-GTCTTC--TTTCC-TGA-CTTGGA  79

seq1  TGGGACATGACCACTGTTTTATTTGCTCCGTCCAAGAATG-AAGGTGGGT  149
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |
seq2  TGGAACATGACCACTGTTTTATTTGCTCCGTCCAAGAATGAAAGTTGGAT  129

seq1  CTGGACTCGGCCATGGATCAACGATCACTGGGAAAATCTTCAAATGAAAC  199
      |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
seq2  CTGGACTC-GCCAT-GATCAACGATCACTGGG-AAATC-TCAAATGAAAC  175

seq1  ATCTGTCCGTCTTTCTGTGTAAGTGACAGGATCATGTCAGCCCATGTTCC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTCCGTCTTTCTGTGTAAGTGACAGGATCATGTCAGCCCATGTTCC  225

seq1  TGGATTCAGTACATACAACCCGTGAAGCTGAAGG-CCAGCATGAGAACAC  298
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGGATTCAGTACATACAACCCGTGAAGCTGAAGGCCCAGCATGAGAACAC  275

seq1  AGGAAGCCAAGCCCATGAGGTCACCAGAGGGGAGGGGAGGGACTCAAAGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCCAAGCCCATGAGGTCACCAGAGGGGAGGGGAGGGACTCAAAGT  325

seq1  CAAACC-TTCAGCTGGTGAGTTCTCTAATCTTTATCGGGAGACAACAGTT  397
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCTTTCAGCTGGTGAGTTCTCTAATCTTTATCGGGAGACAACAGTT  375

seq1  TGGGGGATCGTGGCTAGCCAGCAGGACAGCCTGCAAGCTGAATATCTGCA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGATCGTGGCTAGCCAGCAGGACAGCCTGCAAGCTGAATATCTGCA  425

seq1  TTCCAACTTCCTACACAGCCTGGTGGTGAGGACAGCACACCATTCGTGTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAACTTCCTACACAGCCTGGTGGTGAGGACAGCACACCATTCGTGTG  475

seq1  CCAACCTCCACATTCACACAGACTGCTGGTCCCTGCCCAGGAGGAGTCTT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCTCCACATTCACACAGACTGCTGGTCCCTGCCCAGGAGGAGTCTT  525

seq1  AAAATACTGGTGCTGCTGGCCTCTGTGGGCTGAGCTGGCTGTCATGGTAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACTGGTGCTGCTGGCCTCTGTGGGCTGAGCTGGCTGTCATGGTAT  575

seq1  AATCAACCCGAGAGTTACAGCATCTTGACTTATAGTGATAATTGCCTTTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAACCCGAGAGTTACAGCATCTTGACTTATAGTGATAATTGCCTTTT  625

seq1  ACATACAGTGTTATATAGCTGGTTCCTCCAACTTGAAGCACTCTCTTCTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACAGTGTTATATAGCTGGTTCCTCCAACTTGAAGCACTCTCTTCTG  675

seq1  GAGAGAGGAGGGAAGACCAGAGGACTCAGGAAGTGAATAAAACTTAAGTC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGGAGGGAAGACCAGAGGACTCAGGAAGTGAATAAAACTTAAGTC  725

seq1  CCAGGTAGGAAGCAAACCCAATGAGGAAGCTGTAAAAACCCAGGAGACTC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTAGGAAGCAAACCCAATGAGGAAGCTGTAAAAACCCAGGAGACTC  775

seq1  TCAGGGCCTCTCCCCAGAGCTACACGGGTGGAGGCGGCAGCGGTCCTGGG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGCCTCTCCCCAGAGCTACACGGGTGGAGGCGGCAGCGGTCCTGGG  825

seq1  AGGTCTAGGATGCAGCTTTCACAATCTTCTGGTTGATTCTGGGCTAGAAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTAGGATGCAGCTTTCACAATCTTCTGGTTGATTCTGGGCTAGAAT  875

seq1  TAGGACATCAAACCTAAATGCTGGGAGCTGGCACAAGTATCCCTTGGAAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACATCAAACCTAAATGCTGGGAGCTGGCACAAGTATCCCTTGGAAT  925

seq1  CCAGAGAAGTAGGTCAGGCTCTAGACATCTGTCATCAGCTGTTCTGGATC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGAAGTAGGTCAGGCTCTAGACATCTGTCATCAGCTGTTCTGGATC  975

seq1  CCCCAGACCCTGGGTTGGTTCCTGGGTTCCAGCTATCATGTGGGAAGTCA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGACCCTGGGTTGGTTCCTGGGTTCCAGCTATCATGTGGGAAGTCA  1025

seq1  GTTTTCCCTGTGTCTAGATGACCTGGGCCAACCTGGGACTGTGTGGGTGA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCCCTGTGTCTAGATGACCTGGGCCAACCTGGGACTGTGTGGGTGA  1075

seq1  GACTTACTCACTCTTTTCAAGGCACAAGGGACTTTATAAAGGCCAGAGGA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTACTCACTCTTTTCAAGGCACAAGGGACTTTATAAAGGCCAGAGGA  1125

seq1  TAGAGCATCAGGCAGGACTCAGGCTGAGCAAGTCAAGTATTGGAATTC  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCATCAGGCAGGACTCAGGCTGAGCAAGTCAAGTATTGGAATTC  1173

seq1: chr9_121324532_121325390
seq2: B6Ng01-006B16.g_64_923

seq1  GAATTCTTCCTGGATTTGTAGACAGAGCTTGAAGGGGAACGTGTATAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCTGGATTTGTAGACAGAGCTTGAAGGGGAACGTGTATAAAA  50

seq1  CACAGATTAATGAGGAAAATAACATGGCTCTTGTGCCGAGAAGGTCTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGATTAATGAGGAAAATAACATGGCTCTTGTGCCGAGAAGGTCTGGG  100

seq1  TGGTGGTGTTTAGTCAGGTGATGGTCCCTGCACATCCTTCTTCATTTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGTGTTTAGTCAGGTGATGGTCCCTGCACATCCTTCTTCATTTGTG  150

seq1  AGAGAAGTCAGGATCCCTGCCCCTGGGTCCCTGTAGTCCTTGGCTCCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGTCAGGATCCCTGCCCCTGGGTCCCTGTAGTCCTTGGCTCCTCA  200

seq1  CAGTCTCCTCAGATTCCTACGAGCACACCTACAGGAAGTCTCTCAGCTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTCCTCAGATTCCTACGAGCACACCTACAGGAAGTCTCTCAGCTCA  250

seq1  GAGGTGTTGAGCAATGCTTCATCAGGGCAACTCCTCCAGCCCCAGCCGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGTTGAGCAATGCTTCATCAGGGCAACTCCTCCAGCCCCAGCCGCA  300

seq1  GCGCCTTCCTACAGACAGGTGCACCTGCTTGAGGCGTGGCTGGTGTTTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCCTTCCTACAGACAGGTGCACCTGCTTGAGGCGTGGCTGGTGTTTTC  350

seq1  TTTTGCAGTTGCTATGAAACTTTCAGGACGCTACCATTCCTGTTCTTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCAGTTGCTATGAAACTTTCAGGACGCTACCATTCCTGTTCTTCTC  400

seq1  AAGGGGGAGAAAGGCCAAGAGCGTACCTCAGGGCACCGTACATTCCTGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGGAGAAAGGCCAAGAGCGTACCTCAGGGCACCGTACATTCCTGCC  450

seq1  TGGCTCCCCTCTGTGTGCAGGGCAATTGGCAGGGTGCTGCTATTCCAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCCCCTCTGTGTGCAGGGCAATTGGCAGGGTGCTGCTATTCCAACA  500

seq1  GGTGCTCTGCCTGCCGTGCTCCGCCTCCGAGGTCCTGTGAGCCACTCTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTCTGCCTGCCGTGCTCCGCCTCCGAGGTCCTGTGAGCCACTCTGT  550

seq1  CCTTCCTTCTCCCAGTGATGCTGGGCGGGTGGCCCTGTGCACACCCGTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTTCTCCCAGTGATGCTGGGCGGGTGGCCCTGTGCACACCCGTCC  600

seq1  ACTCCTGCCAAGCCAGGGCATGTCTGCGACCCTGGCTGGAGCCCAGCATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTGCCAAGCCAGGGCATGTCTGCGACCCTGGCTGGAGCCCAGCATG  650

seq1  TGCGC-TTTGGGCCCCGATGGCTCCTCTGGGCAGGTGGCCAAAGGCTCTC  699
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGCTTTTGGGCCCCGATGGCTCCTCTGGGCAGGTGGCCAAAGGCTCTC  700

seq1  CCAAGGACAGTCCCTTAGGACAATGTTTCAAATTTGGGGCGACTTCAACA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGACAGTCCCTTAGGACAATGTTTCAAATTTGGGGCGACTTCAACA  750

seq1  ATGTCCCTGAGAGACGTGGGAGGGGAAGAGGAATG-TTTTGAATACAACT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
seq2  ATGTCCCTGAGAGACGTGGGAGGGGAAGAGGAATGTTTTTGAATAC-ACT  799

seq1  ACCAGGATGAAGAGAAGGCGGCCATCCCCGAGCAGCATGATACCCTGG-A  847
      ||||||||| |||  |||||||| ||||||||||| |||||| ||||| |
seq2  ACCAGGATG-AGAAGAGGCGGCCTTCCCCGAGCAG-ATGATATCCTGGAA  847

seq1  CATC-TTGGCAGC  859
      |||| ||||||||
seq2  CATCTTTGGCAGC  860