BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-008I22
Chromosome9 (Build37)
Map Location 89,152,113 - 89,341,292
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG272633, Nt5e, Snx14, LOC100039601, Syncrip, 2810026P18Rik, 4930422I07Rik, EG547109, LOC100039707, LOC100039721, Bcl2a1d, LOC100039674, EG666731, LOC100039741, Bcl2a1a, LOC100039689, EG666747, LOC100039714, 4930579C12Rik, Bcl2a1b, Mthfs
Downstream geneAF529169, Tmed3, B230218L05Rik, Rasgrf1, Ctsh, Morf4l1, LOC621414, Adamts7, Tbc1d2b, LOC100039777
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-008I22.bB6Ng01-008I22.g
ACCDH844775DH844776
length1,086976
definitionDH844775|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008I22, 5' end.DH844776|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008I22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,340,196 - 89,341,292)(89,152,113 - 89,153,095)
sequence
gaattctgtcttggatctggaagctacattgcagatcctgaccttccatc
ccaatagctgatatcagccttactctgctgggatattagttttgttttga
tttttttttaaagtcaagccactcttttactactcttccaccttacccaa
caggacacagtgatgccatgagaccaagcagctttgttgctatcctgacg
tccagaacagaaatttaccttccttacttggttagcaaagctactactca
acccttgctatttcagaagaaatcttgtcattcttgttggaatgatggaa
ccaacttcatgaaacctccaaggtcatccattctagggtctgaaataagc
tctactattagagttattgttaaagtgtatttttattggcttaatgaaag
gtatgtcctctaaggttcccagggcaaatcaagtagaagactatcttcta
caacaactttactttaatgggctcacctttctgtatcttttgatccttgc
cccaatatcttcccaggcaatttcttacatctccacctaattgactacag
gtcatggatgggtcaggtttccaggagccatcccagcagctatttggacc
attccagcagtttatttctaggtcattaagtcttgagtcaatggttttca
tgtcagtaaatcctttctacattcagacaaggcatatttaaccccaccat
attagtgcagaataaacaaaaaaagaaacaatggaaaacattgcttacat
gcttgttcattcatgacgaagaattattataaagaagacactcagtagac
aaaatgactcattcaactaaagtcagttggatttcctctttggactctat
tgcaaggcttatgcaatagtggtcaaaatggtgttgggctttatcatagt
aaagagaatggatatttcatgagccaaagctgtgggttctgcatcatcag
attatcagataatctcattactacttatttctttcccagtcacagaaatc
tttgatacatacagtatgagtcaccaggaaaccagcactggtgtgacctg
cattaattcttccacattagggaaacagtgtcatct
gaattcatcacccaaagacaaataggaactgaaaatcagaccaactgggg
aatagtggaaggcatcatttaggtatagggtatgaactagaaagctgcat
gagaattatgtctttgtagaatacaaaggcaccatcaagacttttgattg
ccattataggcctgttgccagtggactattaaggacagagtcagatggtg
accaaaaacttatgcatgagaggatcttcccctcttggcttcaggattga
gggcatattgagagtacctgggagagaattgggagtttttgattaaaaaa
aattatgaggcttgtaggtagtgatggtttagtgagtgagttgtcccaga
tgccaactagaatggatcaggcagtgtgggaacttgtgtttggaagttaa
ggagtgctgaaatgggtgcctggacaacagtgttagagttgacttttgaa
aagctatcccttcctagcagtgggatgtgaacaccagataatactaggag
tgatcgaccgttctaacgcccatgctagaggaagtgtgaagtggtcctgc
tctatttgcctatcaattccagtgaagattgtggactgcaggtgggtctg
aggaaatacaagcaaaataagcgactgatatggactaaaccttctagctg
ctgttatgcagagccagaaaatataagagtctaaacagcctgtaggctcc
tgtaaatcaagttggggaaggtccccctcatgcatgggctcctctgattc
tagaaacagagtcgaaggtaaccattgatcctctttgacagtcgtcctca
gactttgtcaaaaggatgcttcttccttttggaaacaaagtagactagtc
atatttctgtcatcttttttgtttattacatgggtactggctggactaaa
gcgtcttcctggtcacagttgtagctgctctatgagggtcccaaagaact
agagaggatgtgttaacttcgccctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_89340196_89341292
seq2: B6Ng01-008I22.b_44_1129 (reverse)

seq1  AGATGAACAACTGTTTTCCTAATGTGGGAAGAATTTAATGCAGTTCACAC  50
      ||||||   ||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||||
seq2  AGATGA--CACTGTTTCCCTAATGT-GGAAGAA-TTAATGCAGGTCACAC  46

seq1  CAAGTGCTTGGTTTCCTTGGTGACTCATACTGTATGTATC-AAGATTTCT  99
      | ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  C-AGTGC-TGGTTTCC-TGGTGACTCATACTGTATGTATCAAAGATTTCT  93

seq1  GTGACTGGGAAAGAAATATGTAGTTATTGAGATTATCTGGATAATTCTGA  149
      |||||||||||||||||| |||| || ||||||||||| ||||| |||||
seq2  GTGACTGGGAAAGAAATAAGTAG-TAATGAGATTATCT-GATAA-TCTGA  140

seq1  TGATGCAGAACCCACAGCTTTGGCCTCATG-AATATCCATTCTCTTTACT  198
      ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGATGCAGAACCCACAGCTTTGG-CTCATGAAATATCCATTCTCTTTACT  189

seq1  ATGATAAAGCCCAACACCAATTTTGACCACTATTGCATAAGCCTTGCAAT  248
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAAAGCCCAACACC-ATTTTGACCACTATTGCATAAGCCTTGCAAT  238

seq1  AGAGTCCAAAGAGGAAATCCAACTGACTTTAGTTGAATGAGTCATTTTGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCCAAAGAGGAAATCCAACTGACTTTAGTTGAATGAGTCATTTTGT  288

seq1  CTACTTGAGTGTCTTCTTTATAATAATTCTTCGTCATGAATGAACAAGCA  348
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAC-TGAGTGTCTTCTTTATAATAATTCTTCGTCATGAATGAACAAGCA  337

seq1  TGTAAGCAATGTTTTCCATTGTTTCTTTTTTTGTTTATTCTGCACTAATA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGCAATGTTTTCCATTGTTTCTTTTTTTGTTTATTCTGCACTAATA  387

seq1  TGGTGGGGTTAAATATGCCTTGTCTGAATGTAGAAAGGATTTACTGACAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGGGTTAAATATGCCTTGTCTGAATGTAGAAAGGATTTACTGACAT  437

seq1  GAAAACCATTGACTCAAGACTTAATGACCTAGAAATAAACTGCTGGAATG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACCATTGACTCAAGACTTAATGACCTAGAAATAAACTGCTGGAATG  487

seq1  GTCCAAATAGCTGCTGGGATGGCTCCTGGAAACCTGACCCATCCATGACC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAAATAGCTGCTGGGATGGCTCCTGGAAACCTGACCCATCCATGACC  537

seq1  TGTAGTCAATTAGGTGGAGATGTAAGAAATTGCCTGGGAAGATATTGGGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTCAATTAGGTGGAGATGTAAGAAATTGCCTGGGAAGATATTGGGG  587

seq1  CAAGGATCAAAAGATACAGAAAGGTGAGCCCATTAAAGTAAAGTTGTTGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGATCAAAAGATACAGAAAGGTGAGCCCATTAAAGTAAAGTTGTTGT  637

seq1  AGAAGATAGTCTTCTACTTGATTTGCCCTGGGAACCTTAGAGGACATACC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGATAGTCTTCTACTTGATTTGCCCTGGGAACCTTAGAGGACATACC  687

seq1  TTTCATTAAGCCAATAAAAATACACTTTAACAATAACTCTAATAGTAGAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTAAGCCAATAAAAATACACTTTAACAATAACTCTAATAGTAGAG  737

seq1  CTTATTTCAGACCCTAGAATGGATGACCTTGGAGGTTTCATGAAGTTGGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTTCAGACCCTAGAATGGATGACCTTGGAGGTTTCATGAAGTTGGT  787

seq1  TCCATCATTCCAACAAGAATGACAAGATTTCTTCTGAAATAGCAAGGGTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCATTCCAACAAGAATGACAAGATTTCTTCTGAAATAGCAAGGGTT  837

seq1  GAGTAGTAGCTTTGCTAACCAAGTAAGGAAGGTAAATTTCTGTTCTGGAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGTAGCTTTGCTAACCAAGTAAGGAAGGTAAATTTCTGTTCTGGAC  887

seq1  GTCAGGATAGCAACAAAGCTGCTTGGTCTCATGGCATCACTGTGTCCTGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGATAGCAACAAAGCTGCTTGGTCTCATGGCATCACTGTGTCCTGT  937

seq1  TGGGTAAGGTGGAAGAGTAGTAAAAGAGTGGCTTGACTTTAAAAAAAAAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTAAGGTGGAAGAGTAGTAAAAGAGTGGCTTGACTTTAAAAAAAAAT  987

seq1  CAAAACAAAACTAATATCCCAGCAGAGTAAGGCTGATATCAGCTATTGGG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAAAACTAATATCCCAGCAGAGTAAGGCTGATATCAGCTATTGGG  1037

seq1  ATGGAAGGTCAGGATCTGCAATGTAGCTTCCAGATCCAAGACAGAATTC  1097
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAGGTCAGGATCTGCAATGTAGCTTCCAGATCCAAGACAGAATTC  1086

seq1: chr9_89152113_89153095
seq2: B6Ng01-008I22.g_65_1040

seq1  GAATTCATCACCCAAAGACAAATAGGAACTGAAAATCAGACCAACTGGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCACCCAAAGACAAATAGGAACTGAAAATCAGACCAACTGGGG  50

seq1  AATAGTGGAAGGCATCATTTAGGTATAGGGTATGAACTAGAAAGCTGCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTGGAAGGCATCATTTAGGTATAGGGTATGAACTAGAAAGCTGCAT  100

seq1  GAGAATTATGTCTTTGTAGAATACAAAGGCACCATCAAGACTTTTGATTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATTATGTCTTTGTAGAATACAAAGGCACCATCAAGACTTTTGATTG  150

seq1  CCATTATAGGCCTGTTGCCAGTGGACTATTAAGGACAGAGTCAGATGGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTATAGGCCTGTTGCCAGTGGACTATTAAGGACAGAGTCAGATGGTG  200

seq1  ACCAAAAACTTATGCATGAGAGGATCTTCCCCTCTTGGCTTCAGGATTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAAACTTATGCATGAGAGGATCTTCCCCTCTTGGCTTCAGGATTGA  250

seq1  GGGCATATTGAGAGTACCTGGGAGAGAATTGGGAGTTTTTGATTAAAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATATTGAGAGTACCTGGGAGAGAATTGGGAGTTTTTGATTAAAAAA  300

seq1  AATTATGAGGCTTGTAGGTAGTGATGGTTTAGTGAGTGAGTTGTCCCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATGAGGCTTGTAGGTAGTGATGGTTTAGTGAGTGAGTTGTCCCAGA  350

seq1  TGCCAACTAGAATGGATCAGGCAGTGTGGGAACTTGTGTTTGGAAGTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAACTAGAATGGATCAGGCAGTGTGGGAACTTGTGTTTGGAAGTTAA  400

seq1  GGAGTGCTGAAATGGGTGCCTGGACAACAGTGTTAGAGTTGACTTTTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGCTGAAATGGGTGCCTGGACAACAGTGTTAGAGTTGACTTTTGAA  450

seq1  AAGCTATCCCTTCCTAGCAGTGGGATGTGAACACCAGATAATACTAGGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTATCCCTTCCTAGCAGTGGGATGTGAACACCAGATAATACTAGGAG  500

seq1  TGATCGACCGTTCTAACGCCCATGCTAGAGGAAGTGTGAAGTGGTCCTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCGACCGTTCTAACGCCCATGCTAGAGGAAGTGTGAAGTGGTCCTGC  550

seq1  TCTATTTGCCTATCAATTCCAGTGAAGATTGTGGACTGCAGGTGGGTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTTGCCTATCAATTCCAGTGAAGATTGTGGACTGCAGGTGGGTCTG  600

seq1  AGGAAATACAAGCAAAATAAGCGACTGATATGGACTAAACCTTCTAGCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATACAAGCAAAATAAGCGACTGATATGGACTAAACCTTCTAGCTG  650

seq1  CTGTTATGCAGAGCCAGAAAATATAAGAGTCTAAACAGCCTGTAGGCCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTGTTATGCAGAGCCAGAAAATATAAGAGTCTAAACAGCCTGTAGGCTCC  700

seq1  TGTAAATCAAGTTGGGGAAGGTCCCCCTCATGCATGGGCTCCTCTGATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATCAAGTTGGGGAAGGTCCCCCTCATGCATGGGCTCCTCTGATTC  750

seq1  TAGAAACAGAGTCGAAGGTAACCATTGATCCTCTTTGACAGTCGTCCTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAACAGAGTCGAAGGTAACCATTGATCCTCTTTGACAGTCGTCCTCA  800

seq1  GACTTTTGTCAAAAGGATGCTTCTTCCTTTTGGAAACAAAGTAGACTAGT  850
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAC-TTTGTCAAAAGGATGCTTCTTCCTTTTGGAAACAAAGTAGACTAGT  849

seq1  CATATTTCTGTCATCTTTTTTGTTTATTACATGGGTACTGGCTGGACTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTTCTGTCATCTTTTTTGTTTATTACATGGGTACTGGCTGGACTAA  899

seq1  AGCGTCCTTCCTGGCCACAGTTGTAGCTGCTCTATGAGGGTTCCCAAAGA  950
      ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGCGT-CTTCCTGGTCACAGTTGTAGCTGCTCTATGAGGG-TCCCAAAGA  947

seq1  ACTAGGAGAGGATGTGATTAAACTTCAGCCCTT  983
      |||| |||||||||||  | |||||| ||||||
seq2  ACTA-GAGAGGATGTG--TTAACTTC-GCCCTT  976