BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-010L21
Chromosome9 (Build37)
Map Location 116,420,371 - 116,533,326
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRbms3
Upstream geneGadl1, EG668829, Tgfbr2, LOC100043817, LOC100043819, D730003K21Rik
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-010L21.bB6Ng01-010L21.g
ACCDH846322DH846323
length913924
definitionDH846322|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-010L21, 5' end.DH846323|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-010L21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,532,414 - 116,533,326)(116,420,371 - 116,421,294)
sequence
gaattctctaaacatagaagcaaagacacatgggaattaactaggtaaaa
aacaaacaaacaaacaaagaagcaaacaatagagctgagagttacagacc
aaggaaccaacttgtccttgggcttgcatgagcagaggatggaaccatgc
agctgcatgccgatggcttagcagaacacagagacacagagagagatggg
gaggaaggaaattagcttaacaggttggctggctgtagcagcattgtcag
gcatggaaccttgagctctatcctgacgacaatggaaatgtcattgagaa
ttggagaatgacagatgccatgcctataggatggagaatgtctggaaaat
gggcaaacaaacaaaactaaacaccgcaaccctaaaaaaacaaaacaaaa
caaaacaaaaaaaaaaacagaaggggccaaatgcactgaagaatctaggg
aagacatcatggtggcatgtcatcacattctgagaatgaccctgacatta
ctaatgagtttgtcataagtgaagggttaagaataccctggatattataa
tcaattgagtatcaggatagacatcaaattaaggaagcattggtctttaa
ctcccacagctcagtgcccaccattccactgttcaggagctaaactgagg
taggatcacattgatggggagaaggctgatttctctgctgagtgtgttga
ctttaagatgcctacacacacgacagaggggagactgatcactgtttcca
tgtgtttgtctatcttagccactatctttatatggtggtggagtttggag
ttaccatcctggggatttagccccattaccaggatgaatgggctttgaag
caggacaagtcggcagaaccctggaaatagcataagagcatgaaatgaag
tcacaaacacaca
gaattccctttgcttttgcttctcaggtttaaggaaggcaacgtatcaaa
ggcttcatctttcaaatgtccctaggaattaggaagtgcaggcttctgga
agaaataacacggggcagttgtctgcttgaaatgcaagtgagaaggccgg
agcttggaagaggagaaggtgccagaagctgagtgtttgaagtatataat
ttgcctagcaccatccctcagtgagctctagggcctccaggcatggccac
acttaaaccccaacactttcattgtgaactgctgaagaattccccaaaca
ccccccgggaagctcgctcccaccttctaccaaggtccaaggaagggaaa
tgtttcccctcttcaaatatctatggtatgtatgtcaggccaattgggcc
ttgcttttaattcaatcactgtaaaaggcttgctttctccacctagtggc
caagaatgaacccaatgagaggaagaggggaagaaaggctaacccagagg
aggagccacagatggatgcttctgggattagcttgtgctgactctgtacc
aagagcttcatagctgccaccactccctgggtgcatcaggcaacgggaat
gcttcccgatcctactgaagcagaactcaagtgacttgctcaagttcaca
ctggcacaacaggcactctcctctatttcacacttgtttccagaactcag
gatggcgggcattctgttatgcttttgaagtaaagtcatgacaaatatca
gtccctaagcttagagacaggaacaacatcagaggatctgggattgagtg
gtaggaaagactaatccgtgtatgtgtgtgtgtgtatgcatgtgtgtgca
tgtgtctgtgcgcatatgtgtgtgtttatgtgtgtgtgtcagagagagag
agagagaaagagaggagaaagggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_116532414_116533326
seq2: B6Ng01-010L21.b_50_962 (reverse)

seq1  TGTGTGTTTGTGGCTCCATTTCCTGCTCTTATGCTTATTTCCAGGGTTCT  50
      |||||||||||| || |||||| ||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGTGTGTTTGTGACTTCATTTCATGCTCTTATGC-TATTTCCAGGGTTCT  49

seq1  GCCGACTTGTCCTGCCTCAAAGCCCATTCATCCTGGTAATGGGGCTAAAT  100
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGACTTGTCCTGCTTCAAAGCCCATTCATCCTGGTAATGGGGCTAAAT  99

seq1  -CCCATGATGGTAACTCCAAACTCCACCACCATATAAAGATAGTGGCTAA  149
       |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGATGGTAACTCCAAACTCCACCACCATATAAAGATAGTGGCTAA  149

seq1  GATAGACAAACACATGGAAACAGTGATCAGTCTCCCCTCTGTCGTGTGTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGACAAACACATGGAAACAGTGATCAGTCTCCCCTCTGTCGTGTGTG  199

seq1  TAGGCATCTTAAAGTCAACACACTCAGCAGAGAAATCAGCCTTCTCCCCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCATCTTAAAGTCAACACACTCAGCAGAGAAATCAGCCTTCTCCCCA  249

seq1  TCAATGTGATCCTACCTCAGTTTAGCTCCTGAACAGTGGAATGGTGGGCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGTGATCCTACCTCAGTTTAGCTCCTGAACAGTGGAATGGTGGGCA  299

seq1  CTGAGCTGTGGGAGTTAAAGACCAATGCTTCCTTAATTTGATGTCTATCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCTGTGGGAGTTAAAGACCAATGCTTCCTTAATTTGATGTCTATCC  349

seq1  TGATACTCAATTGATTATAATATCCAGGGTATTCTTAACCCTTCACTTAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACTCAATTGATTATAATATCCAGGGTATTCTTAACCCTTCACTTAT  399

seq1  GACAAACTCATTAGTAATGTCAGGGTCATTCTCAGAATGTGATGACATGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAACTCATTAGTAATGTCAGGGTCATTCTCAGAATGTGATGACATGC  449

seq1  CACCATGATGTCTTCCCTAGATTCTTCAGTGCATTTGGCCCCTTCTGTTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATGATGTCTTCCCTAGATTCTTCAGTGCATTTGGCCCCTTCTGTTT  499

seq1  TTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTAGGGTTGCGGTGTTTAGTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTAGGGTTGCGGTGTTTAGTT  549

seq1  TTGTTTGTTTGCCCATTTTCCAGACATTCTCCATCCTATAGGCATGGCAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGTTTGCCCATTTTCCAGACATTCTCCATCCTATAGGCATGGCAT  599

seq1  CTGTCATTCTCCAATTCTCAATGACATTTCCATTGTCGTCAGGATAGAGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCATTCTCCAATTCTCAATGACATTTCCATTGTCGTCAGGATAGAGC  649

seq1  TCAAGGTTCCATGCCTGACAATGCTGCTACAGCCAGCCAACCTGTTAAGC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGTTCCATGCCTGACAATGCTGCTACAGCCAGCCAACCTGTTAAGC  699

seq1  TAATTTCCTTCCTCCCCATCTCTCTCTGTGTCTCTGTGTTCTGCTAAGCC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTCCTTCCTCCCCATCTCTCTCTGTGTCTCTGTGTTCTGCTAAGCC  749

seq1  ATCGGCATGCAGCTGCATGGTTCCATCCTCTGCTCATGCAAGCCCAAGGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGGCATGCAGCTGCATGGTTCCATCCTCTGCTCATGCAAGCCCAAGGA  799

seq1  CAAGTTGGTTCCTTGGTCTGTAACTCTCAGCTCTATTGTTTGCTTCTTTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTGGTTCCTTGGTCTGTAACTCTCAGCTCTATTGTTTGCTTCTTTG  849

seq1  TTTGTTTGTTTGTTTTTTACCTAGTTAATTCCCATGTGTCTTTGCTTCTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGTTTGTTTTTTACCTAGTTAATTCCCATGTGTCTTTGCTTCTA  899

seq1  TGTTTAGAGAATTC  913
      ||||||||||||||
seq2  TGTTTAGAGAATTC  913

seq1: chr9_116420371_116421294
seq2: B6Ng01-010L21.g_67_990

seq1  GAATTCCCTTTGCTTTTGCTTCTCAGGTTTAAGGAAGGCAACGTATCAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTTTGCTTTTGCTTCTCAGGTTTAAGGAAGGCAACGTATCAAA  50

seq1  GGCTTCATCTTTCAAATGTCCCTAGGAATTAGGAAGTGCAGGCTTCTGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCATCTTTCAAATGTCCCTAGGAATTAGGAAGTGCAGGCTTCTGGA  100

seq1  AGAAATAACACGGGGCAGTTGTCTGCTTGAAATGCAAGTGAGAAGGCCGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATAACACGGGGCAGTTGTCTGCTTGAAATGCAAGTGAGAAGGCCGG  150

seq1  AGCTTGGAAGAGGAGAAGGTGCCAGAAGCTGAGTGTTTGAAGTATATAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGGAAGAGGAGAAGGTGCCAGAAGCTGAGTGTTTGAAGTATATAAT  200

seq1  TTGCCTAGCACCATCCCTCAGTGAGCTCTAGGGCCTCCAGGCATGGCCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTAGCACCATCCCTCAGTGAGCTCTAGGGCCTCCAGGCATGGCCAC  250

seq1  ACTTAAACCCCAACACTTTCATTGTGAACTGCTGAAGAATTCCCCAAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAACCCCAACACTTTCATTGTGAACTGCTGAAGAATTCCCCAAACA  300

seq1  CCCCCCGGGAAGCTCGCTCCCACCTTCTACCAAGGTCCAAGGAAGGGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCGGGAAGCTCGCTCCCACCTTCTACCAAGGTCCAAGGAAGGGAAA  350

seq1  TGTTTCCCCTCTTCAAATATCTATGGTATGTATGTCAGGCCAATTGGGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCCCCTCTTCAAATATCTATGGTATGTATGTCAGGCCAATTGGGCC  400

seq1  TTGCTTTTAATTCAATCACTGTAAAAGGCTTGCTTTCTCCACCTAGTGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTTTAATTCAATCACTGTAAAAGGCTTGCTTTCTCCACCTAGTGGC  450

seq1  CAAGAATGAACCCAATGAGAGGAAGAGGGGAAGAAAGGCTAACCCAGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAATGAACCCAATGAGAGGAAGAGGGGAAGAAAGGCTAACCCAGAGG  500

seq1  AGGAGCCACAGATGGATGCTTCTGGGATTAGCTTGTGCTGACTCTGTACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCCACAGATGGATGCTTCTGGGATTAGCTTGTGCTGACTCTGTACC  550

seq1  AAGAGCTTCATAGCTGCCACCACTCCCTGGGTGCATCAGGCAACGGGAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTTCATAGCTGCCACCACTCCCTGGGTGCATCAGGCAACGGGAAT  600

seq1  GCTTCCCGATCCTACTGAAGCAGAACTCAAGTGACTTGCTCAAGTTCACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCCGATCCTACTGAAGCAGAACTCAAGTGACTTGCTCAAGTTCACA  650

seq1  CTGGCACAACAGGCACTCTCCTCTATTTCACACTTGTTTCCAGAACTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCACAACAGGCACTCTCCTCTATTTCACACTTGTTTCCAGAACTCAG  700

seq1  GATGGCGGGCATTCTGTTATGCTTTTGAAGTAAAGTCATGACAAATATCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCGGGCATTCTGTTATGCTTTTGAAGTAAAGTCATGACAAATATCA  750

seq1  GTCCCTAAGCTTAGAGACAGGAACAACATCAGAGGATCTGGGATTGAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTAAGCTTAGAGACAGGAACAACATCAGAGGATCTGGGATTGAGTG  800

seq1  GTAGGAAAGACTAATCCGTGTATGTGTGTGTGTGTATGCATGTGTGTGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAAAGACTAATCCGTGTATGTGTGTGTGTGTATGCATGTGTGTGCA  850

seq1  TGTGTCTGTGCGCATATGTGTGTGTTTATGTGTGTGTGTCAGAGAGAGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTGTGCGCATATGTGTGTGTTTATGTGTGTGTGTCAGAGAGAGAG  900

seq1  AGAGAGAGAGAGAGGAGAAGGGGG  924
      ||||||| ||||||||||| ||||
seq2  AGAGAGAAAGAGAGGAGAAAGGGG  924