BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-010P19
Chromosome9 (Build37)
Map Location 23,029,478 - 23,193,155
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBmper
Upstream geneZfp809, BC050092, Zfp810, LOC100041826, EG625603, Anln, 9530077C05Rik, rp9, LOC100041870, Bbs9, LOC100040805
Downstream geneLOC100040866, LOC100040878, LOC100040893, Npsr1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-010P19.bB6Ng01-010P19.g
ACCDH846496DH846497
length1,037820
definitionDH846496|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-010P19, 5' end.DH846497|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-010P19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,029,478 - 23,030,518)(23,192,310 - 23,193,155)
sequence
gaattcttatctttgacgtcactgttgtacaagtaaacttgagatggact
ttgtacaacattgttttgggaaagctgcagtttggaatgcatgctactac
aatgaagtcatagatatcatgaccacttagttttctacactggttctatc
ttcccggctcagcagggaaatgctgaatagcattttagatacagaggtca
aggataagatatgggagaagggaggaggtggctgccataaaggacagacc
caggacaagatgtcatcttggattgatttcttgaatttcttggcctgctg
tggctgaagctctgttaaacaagcgtcttttctggctaggaagctcaggt
caggaccagcgatccctccttagtggagagtgtcacttggctatgagatg
cttagtgctgccagtggctagtggattattttagcttaagctaccgataa
ttctgatagacacttggagaagatgaagttgtactaaaaaagactttctg
aaagacatagagttccacaaagagtactatttttgctgaagagtgttcca
catgccatttacttttggcaaaccttggttaaaatcatgcatccataaaa
tccagttggaagtgctctaaggccttcaagggcagactcctgaagtgatg
ggtggatgaaggcttgttatccaatcagcatacagaactacagggtatct
atctctattcagacaaaagctgcgctatctgtatataaaggacgcagact
cctttgtcacaagagatgaggccaacgttaagaagtgataaatgagtctg
tgcttgcatcaaatgattatcaagctctggactgaagaaatcaacagaag
caaatgacaatgtttttcattggctgtgacaataagcattaaagtctaat
aaaaagtgttcttttgtgtctttgagctgctatgttaacatctttactaa
agaacttgcttggaaataagtctgagtttaaaattggccttagttaagat
cacaagtgtagcatgtgaatgtgggtctatcttcctt
gaattctttgtcatgtgtgaaagaagaaaactggtaaatctcatgtattt
agaggcatacctccaaaaacatgagtcaccataccgtcaaaagagaacac
agggttagttatgcttaaagtttgggttctaagttctagcagattacagt
atgagctgacttctctctgtttatcttctctggccttcagatcctttcat
tgatggagctgatggtagcttccacttggcagaaacatcctgagaattaa
atagcagaatgtgtagacagtatgtgctataagccctgctcctctgcagc
atgggcaatggcaccagcaggaggctgagcctctctggtcttatctcact
tgtaggagatgtgacctaagagaggtgcaaacctgcctcagctcggctca
gcacacagggagctccatggagcatgtttttcaggtgcagactggagctt
cgcttactcacttgtcctgatctttggctgtaattttgggggtactaggt
cccaagtatattcagccacaactggatacttgcatttctttaaagattca
gggtggcagtgtgggcatgtcaggtcaaatgtggaattaatttatatgtg
cctccatagtaaaacatccatttatatgtagataaggatgtactttttaa
atttttttttatatgtattttgctcatttacatttccaatgtatcccaaa
gtccccatacctacccccccccactccctaccaccactccacttttgcct
gcattccctgaactggcatataagttgcaagtcatgggctccttttcagt
gatggctactagcacttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_23029478_23030518
seq2: B6Ng01-010P19.b_47_1083

seq1  GAATTCTTATCTTTGACGTCACTGTTGTACAAGTAAACTTGAGATGGACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATCTTTGACGTCACTGTTGTACAAGTAAACTTGAGATGGACT  50

seq1  TTGTACAACATTGTTTTGGGAAAGCTGCAGTTTGGAATGCATGCTACTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACAACATTGTTTTGGGAAAGCTGCAGTTTGGAATGCATGCTACTAC  100

seq1  AATGAAGTCATAGATATCATGACCACTTAGTTTTCTACACTGGTTCTATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGTCATAGATATCATGACCACTTAGTTTTCTACACTGGTTCTATC  150

seq1  TTCCCGGCTCAGCAGGGAAATGCTGAATAGCATTTTAGATACAGAGGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCGGCTCAGCAGGGAAATGCTGAATAGCATTTTAGATACAGAGGTCA  200

seq1  AGGATAAGATATGGGAGAAGGGAGGAGGTGGCTGCCATAAAGGACAGACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAAGATATGGGAGAAGGGAGGAGGTGGCTGCCATAAAGGACAGACC  250

seq1  CAGGACAAGATGTCATCTTGGATTGATTTCTTGAATTTCTTGGCCTGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACAAGATGTCATCTTGGATTGATTTCTTGAATTTCTTGGCCTGCTG  300

seq1  TGGCTGAAGCTCTGTTAAACAAGCGTCTTTTCTGGCTAGGAAGCTCAGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGAAGCTCTGTTAAACAAGCGTCTTTTCTGGCTAGGAAGCTCAGGT  350

seq1  CAGGACCAGCGATCCCTCCTTAGTGGAGAGTGTCACTTGGCTATGAGATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACCAGCGATCCCTCCTTAGTGGAGAGTGTCACTTGGCTATGAGATG  400

seq1  CTTAGTGCTGCCAGTGGCTAGTGGATTATTTTAGCTTAAGCTACCGATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTGCTGCCAGTGGCTAGTGGATTATTTTAGCTTAAGCTACCGATAA  450

seq1  TTCTGATAGACACTTGGAGAAGATGAAGTTGTACTAAAAAAGACTTTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGATAGACACTTGGAGAAGATGAAGTTGTACTAAAAAAGACTTTCTG  500

seq1  AAAGACATAGAGTTCCACAAAGAGTACTATTTTTGCTGAAGAGTGTTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACATAGAGTTCCACAAAGAGTACTATTTTTGCTGAAGAGTGTTCCA  550

seq1  CATGCCATTTACTTTTGGCAAACCTTGGTTAAAATCATGCATCCATAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCATTTACTTTTGGCAAACCTTGGTTAAAATCATGCATCCATAAAA  600

seq1  TCCAGTTGGAAGTGCTCTAAGGCCTTCAAGGGCAGACTCCTGAAGTGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTTGGAAGTGCTCTAAGGCCTTCAAGGGCAGACTCCTGAAGTGATG  650

seq1  GGTGGATGAAGGCTTGTTATCCAATCAGCATACAGAACTACAGGGTATCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGATGAAGGCTTGTTATCCAATCAGCATACAGAACTACAGGGTATCT  700

seq1  ATCTCTATTCAGACAAAAGCTGCGCTATCTGTATATAAAGGACGCAGACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTATTCAGACAAAAGCTGCGCTATCTGTATATAAAGGACGCAGACT  750

seq1  CCTTTGTCACAAGAGATGAGGCCAACGTTAAGAAGTGATAAATGAGTCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGTCACAAGAGATGAGGCCAACGTTAAGAAGTGATAAATGAGTCTG  800

seq1  TGCTTGCATCAAATGATTATCAGGCTCTGGACTGAAGAAATCAACAGAAG  850
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGCATCAAATGATTATCAAGCTCTGGACTGAAGAAATCAACAGAAG  850

seq1  CAAATGACAATGTTTTTCATTGGCTGTGACAATAAGCATTGAAGTCTAAT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CAAATGACAATGTTTTTCATTGGCTGTGACAATAAGCATTAAAGTCTAAT  900

seq1  AAAAAGTGTTCTTTTGTGTCTATGAGCTGCTATGTTAACCATCTTTACTA  950
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AAAAAGTGTTCTTTTGTGTCTTTGAGCTGCTATGTTAA-CATCTTTACTA  949

seq1  AAGAACTTGC-TGGAAATAAGTTCTGAGTTTAAAATTTGCCTTAGTTACA  999
      |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |
seq2  AAGAACTTGCTTGGAAATAAG-TCTGAGTTTAAAATTGGCCTTAGTTA-A  997

seq1  GATTCACAAGTGTAGCATGTGAATGTGGTCTTATCCTTCCTT  1041
      || |||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||
seq2  GA-TCACAAGTGTAGCATGTGAATGTGGGTCTAT-CTTCCTT  1037

seq1: chr9_23192310_23193155
seq2: B6Ng01-010P19.g_66_885 (reverse)

seq1  AAAAAGATGGCCTAGTAGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCATTGGACTT  50
      |||||| ||  |||||| |||||||||| |||| || ||||||  |||||
seq2  AAAAAG-TG--CTAGTA-GCCATCACTGAAAAG-GA-GCCCAT--GACTT  42

seq1  GCAAACTTTATATGCCCAGTACAGGGGAATGCCAGGGCCAAAAAGTGGGA  100
      ||||   ||||||| ||||| || ||||||| ||||    |||||| |||
seq2  GCAA--CTTATATG-CCAGTTCA-GGGAATG-CAGG---CAAAAGT-GGA  83

seq1  GTGGGTGGGTAGGGGAGTGGGGGGGGGTAGGGTATGGGGGACTTTTGGGA  150
      ||||   |||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||
seq2  GTGG--TGGTA-GGGAGTGGGGGGGGGTA-GGTAT-GGGGAC-TTTGGGA  127

seq1  TAACATTGGAAATGTAAATGAGCAAAATACATAATAAAAAAAAAATTTAA  200
      | |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||
seq2  T-ACATTGGAAATGTAAATGAGCAAAATACATA--TAAAAAAAAATTTAA  174

seq1  AAAGTACATCCTTATCTACATATAAATGGATGTTTTACTATGGAGGCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTACATCCTTATCTACATATAAATGGATGTTTTACTATGGAGGCACA  224

seq1  TATAAATTAATTCCACATTTGACCTGACATGCCCACACTGCCACCCTGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATTAATTCCACATTTGACCTGACATGCCCACACTGCCACCCTGAA  274

seq1  TCTTTAAAGAAATGCAAGTATCCAGTTGTGGCTGAATATACTTGGGACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAAAGAAATGCAAGTATCCAGTTGTGGCTGAATATACTTGGGACCT  324

seq1  AGTACCCCCAAAATTACAGCCAAAGATCAGGACAAGTGAGTAAGCGAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCCCCAAAATTACAGCCAAAGATCAGGACAAGTGAGTAAGCGAAGC  374

seq1  TCCAGTCTGCACCTGAAAAACATGCTCCATGGAGCTCCCTGTGTGCTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTCTGCACCTGAAAAACATGCTCCATGGAGCTCCCTGTGTGCTGAG  424

seq1  CCGAGCTGAGGCAGGTTTGCACCTCTCTTAGGTCACATCTCCTACAAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAGCTGAGGCAGGTTTGCACCTCTCTTAGGTCACATCTCCTACAAGTG  474

seq1  AGATAAGACCAGAGAGGCTCAGCCTCCTGCTGGTGCCATTGCCCATGCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAGACCAGAGAGGCTCAGCCTCCTGCTGGTGCCATTGCCCATGCTG  524

seq1  CAGAGGAGCAGGGCTTATAGCACATACTGTCTACACATTCTGCTATTTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGAGCAGGGCTTATAGCACATACTGTCTACACATTCTGCTATTTAA  574

seq1  TTCTCAGGATGTTTCTGCCAAGTGGAAGCTACCATCAGCTCCATCAATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGGATGTTTCTGCCAAGTGGAAGCTACCATCAGCTCCATCAATGA  624

seq1  AAGGATCTGAAGGCCAGAGAAGATAAACAGAGAGAAGTCAGCTCATACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATCTGAAGGCCAGAGAAGATAAACAGAGAGAAGTCAGCTCATACTG  674

seq1  TAATCTGCTAGAACTTAGAACCCAAACTTTAAGCATAACTAACCCTGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTGCTAGAACTTAGAACCCAAACTTTAAGCATAACTAACCCTGTGT  724

seq1  TCTCTTTTGACGGTATGGTGACTCATGTTTTTGGAGGTATGCCTCTAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTTGACGGTATGGTGACTCATGTTTTTGGAGGTATGCCTCTAAAT  774

seq1  ACATGAGATTTACCAGTTTTCTTCTTTCACACATGACAAAGAATTC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAGATTTACCAGTTTTCTTCTTTCACACATGACAAAGAATTC  820