BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-012D14
Chromosome9 (Build37)
Map Location 27,089,765 - 27,233,434
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIgsf9b, Spata19
Upstream geneB3gat1, BC038479, Glb1l3, Gm1110, LOC330907, Acad8, Thyn1, Vps26b, Ncapd3, Jam3
Downstream geneLOC666440, LOC100041202, Opcml
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-012D14.bB6Ng01-012D14.g
ACCDH847374DH847375
length1,1841,062
definitionDH847374|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-012D14, 5' end.DH847375|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-012D14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,089,765 - 27,090,942)(27,232,375 - 27,233,434)
sequence
gaattctttcacagactggaagttatctcagactttttcaagatcttcct
tgtaggtacagaaggctgcattcacctgcacaccattccctcagcccaag
cactcacaaacagggtaatgttaaaaaataaagtcttttctttaatcagc
ttcagcaacttcaataagatgacccaccatttagaactctacaatggact
ccctttactttgtgacaattggtaccccacaggcaaaggaagctaacttt
gttttgagagttttctgaagctgcttagccagaggactaactgcttgaca
aatgtctccaatgtctccactgttgggagagatggcccagtgtttaagag
ggcttactgaattgcagaagaaggagttcagttctcagcatctacgtggt
agctcacaatctcctatatatatatagagtgccaatgggtttgatgccct
cttctggactctataaactcatgtaggcacacacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacaaacacacacaaacacacacacattttaaa
aattgaaaaaaatgccattctctgtggtgtctgtgaatatgttgattggc
ttggaaattaattttggagaaggtcattaaggacatttagatactgagag
cgtgtatgacaaggaaggccttaataatctccgagagattttcaatgtat
gatattccttatttctgtggttatggactcaaaggagggcactgcatgtg
catgtggtaagagtaacaaactgaccacagggcacgagcaatttacaggc
aacatccccggcagtactgagcacattcggctgtccctcaatgcttgagt
tccatgtctgtgctgggtgggagtgggctgctggttgttgacccacgttg
gcatctgtaagcttggctactgatctccaactatttgaggtctttttcaa
ggatctcttaatcttggaactgacatgtttctgcctggtgcagaaggtgg
ctgggcataagttccacatgcaccaaagagatgagcaggccagatacatt
ccaagaagaggagggactagagtctaacacattctggcaggaaagccttc
tggctggaggtcagccacagtacgctgggttcattctacccattgaccca
caaatagctcctgtaaggtggaactaggagggta
gaattcaggtgttgatgctagcttgcatttggaactgatatgaagcaagt
acatcagacatctaccaagtacagagggaatgaagaaccaaagaatctac
tgcctgaccggtgagttcctgcaagggaaaagccctcaccaacagaaagc
agacagggtcctcaggtcttcctcagatgtcaccattgaggatgtcagag
atggagtgttcctgagggtaaggcaaagagtgggcaggacattctgtgat
tggaggctgggtccagcccagagagaatctcccttccagacagcacatcc
tcacatgacagttcctgatggtgccatcccttccaggaacccgcctgctg
ggatccccccaagctgttgtttctaatggaagtaaatcttgttcctacta
gtctcttatatcctgaggatagataatgtccatcccagttcttatggtgc
cacacaaagactcaagaggagagactccctgaagagcaggttgtgtgtgt
ctgcatgaaaaggaggagcccagtgtatgggtggtcactaaccaagagct
taccagctgcccaccagcaccctggtacctggctgctttcctttgcttcc
tggatacacaatgaggtcacacaactgtacatcccctacctggaattttg
cattctgtccctttagttgcccattatcaattgacacctaaaaacaataa
ctgcaaattccaaggaggggaagtaactttttaagtttttaataggcttt
attacagaatattggtgtgattgttatgttttattgttgttgtcaatttc
ttacagggcctgatctttcgattggaccatcattggaatacatatgtaag
atccacaaaataaacacagtgtttgctattagcatggcttccaatactgt
aaacttcttagatataggccttgtgaactaagggagccaaatgtattttt
cacactctctgctctggtagcttatgaccacactcatgagcttctcatca
tggaacttggctagaaggtttagaatcctttccagcttcaaaggagctcc
tagctcttccat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_27089765_27090942
seq2: B6Ng01-012D14.b_65_1248

seq1  GAATTCTTTCACAGACTGGAAGTTATCTCAGACTTTTTCAAGATCTTCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCACAGACTGGAAGTTATCTCAGACTTTTTCAAGATCTTCCT  50

seq1  TGTAGGTACAGAAGGCTGCATTCACCTGCACACCATTCCCTCAGCCCAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGTACAGAAGGCTGCATTCACCTGCACACCATTCCCTCAGCCCAAG  100

seq1  CACTCACAAACAGGGTAATGTTAAAAAATAAAGTCTTTTCTTTAATCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCACAAACAGGGTAATGTTAAAAAATAAAGTCTTTTCTTTAATCAGC  150

seq1  TTCAGCAACTTCAATAAGATGACCCACCATTTAGAACTCTACAATGGACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCAACTTCAATAAGATGACCCACCATTTAGAACTCTACAATGGACT  200

seq1  CCCTTTACTTTGTGACAATTGGTACCCCACAGGCAAAGGAAGCTAACTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTACTTTGTGACAATTGGTACCCCACAGGCAAAGGAAGCTAACTTT  250

seq1  GTTTTGAGAGTTTTCTGAAGCTGCTTAGCCAGAGGACTAACTGCTTGACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGAGAGTTTTCTGAAGCTGCTTAGCCAGAGGACTAACTGCTTGACA  300

seq1  AATGTCTCCAATGTCTCCACTGTTGGGAGAGATGGCCCAGTGTTTAAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCTCCAATGTCTCCACTGTTGGGAGAGATGGCCCAGTGTTTAAGAG  350

seq1  GGCTTACTGAATTGCAGAAGAAGGAGTTCAGTTCTCAGCATCTACGTGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTACTGAATTGCAGAAGAAGGAGTTCAGTTCTCAGCATCTACGTGGT  400

seq1  AGCTCACAATCTCCTATATATATATAGAGTGCCAATGGGTTTGATGCCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCACAATCTCCTATATATATATAGAGTGCCAATGGGTTTGATGCCCT  450

seq1  CTTCTGGACTCTATAAACTCATGTAGGCACACACACACACACACACACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGGACTCTATAAACTCATGTAGGCACACACACACACACACACACAC  500

seq1  ACACACACACACACACACACAAACACACACAAACACACACACATTTTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACAAACACACACAAACACACACACATTTTAAA  550

seq1  AATTGAAAAAAATGCCATTCTCTGTGGTGTCTGTGAATATGTTGATTGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAAAAAAATGCCATTCTCTGTGGTGTCTGTGAATATGTTGATTGGC  600

seq1  TTGGAAATTAATTTTGGAGAAGGTCATTAAGGACATTTAGATACTGAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAATTAATTTTGGAGAAGGTCATTAAGGACATTTAGATACTGAGAG  650

seq1  CGTGTATGACAAGGAAGGCCTTAATAATCTCCGAGAGATTTTCAATGTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTATGACAAGGAAGGCCTTAATAATCTCCGAGAGATTTTCAATGTAT  700

seq1  GATATTCCTTATTTCTGTGGTTATGGACTCAAAGGAGGGCACTGCATGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTCCTTATTTCTGTGGTTATGGACTCAAAGGAGGGCACTGCATGTG  750

seq1  CATGTGGTAAGAGTAACAAACTGACCACAGGGCACGAGCAATTTACAGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGGTAAGAGTAACAAACTGACCACAGGGCACGAGCAATTTACAGGC  800

seq1  AACATCCCCGGCAGTACTGAGCACATTCGGCTGTCCCTCAATGCTTGAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCCCCGGCAGTACTGAGCACATTCGGCTGTCCCTCAATGCTTGAGT  850

seq1  TCCATGTCTGTGCTGGGTGGGAGTGGGCTGCTGGTTGTTGACCCACGTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGTCTGTGCTGGGTGGGAGTGGGCTGCTGGTTGTTGACCCACGTTG  900

seq1  GCATCTGTAAGCTTGGCTACTGATCTCCAACTATTTGAGGTCTTTTTCAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTGTAAGCTTGGCTACTGATCTCCAACTATTTGAGGTCTTTTTCAA  950

seq1  GGATCTCTTAATCTTGGAACTGACAATGTTTCTGCCTGGTGCAGAA-GTG  999
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||
seq2  GGATCTCTTAATCTTGGAACTGAC-ATGTTTCTGCCTGGTGCAGAAGGTG  999

seq1  GCTGGGCATAAGTCCAACATGCA-CAAAGAGATGAGCAGGCAAGATACAT  1048
      ||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GCTGGGCATAAGTTCCACATGCACCAAAGAGATGAGCAGGCCAGATACAT  1049

seq1  TCCAAGAAGAGGA-AGACCAGAGTCTACCACA-TCTTGCAGGAAAG-CTT  1095
      |||||||||||||  ||| |||||||| |||| ||| ||||||||| |||
seq2  TCCAAGAAGAGGAGGGACTAGAGTCTAACACATTCTGGCAGGAAAGCCTT  1099

seq1  CTGCTTGGAGGTCAG-CACAGTACGCTGGGTTCATTCTACCCA-TGACCC  1143
      |||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTGGCTGGAGGTCAGCCACAGTACGCTGGGTTCATTCTACCCATTGACCC  1149

seq1  AACAAATAGCTCCTG-AGTGTGAGACTAGGAGGGTA  1178
       |||||||||||||| |  |||  ||||||||||||
seq2  -ACAAATAGCTCCTGTAAGGTGGAACTAGGAGGGTA  1184

seq1: chr9_27232375_27233434
seq2: B6Ng01-012D14.g_64_1125 (reverse)

seq1  ATGG-AGAGCTAGGAGCTCCTTTGAAGCCTGGAAAAGGATTCTAACCCTT  49
      |||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||
seq2  ATGGAAGAGCTAGGAGCTCCTTTGAAG-CTGG-AAAGGATTCTAAACCTT  48

seq1  CTAGCCATGTTCCATGGCTGAG-AGCTCATGTGTGTGGTCATATGCTACC  98
      ||||||| ||||||| | |||| |||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  CTAGCCAAGTTCCAT-GATGAGAAGCTCATGAGTGTGGTCATAAGCTACC  97

seq1  AGGGCAGAGAGTGTGGAAAATACATTTGCCTCCC-TAGTTCACAAGGCCT  147
      || |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||
seq2  AGAGCAGAGAGTGTGAAAAATACATTTGGCTCCCTTAGTTCACAAGGCCT  147

seq1  ATATCTAAG-AGTTTACAGTATTGGAAGCCATGCTAATAGCAAACACTGT  196
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTAAGAAGTTTACAGTATTGGAAGCCATGCTAATAGCAAACACTGT  197

seq1  GTTTATTTTGTGGATCTTACATATGTATTCCAATGATGGTCCAATCGAAA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATTTTGTGGATCTTACATATGTATTCCAATGATGGTCCAATCGAAA  247

seq1  GATCAGGCCCTGTAAGAAATTGACAACAACAATAAAACATAACAATCACA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGGCCCTGTAAGAAATTGACAACAACAATAAAACATAACAATCACA  297

seq1  CCAATATTCTGTAATAAAGCCTATTGAAAACTT-AAAAGTTACTTCCCCT  345
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCAATATTCTGTAATAAAGCCTATTAAAAACTTAAAAAGTTACTTCCCCT  347

seq1  CCTTGGAATTTGCAGTTATTGTTTTTAGGTGTCAATTGATAATGGGCAAC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGAATTTGCAGTTATTGTTTTTAGGTGTCAATTGATAATGGGCAAC  397

seq1  TAAAGGGACAGAATGCAAAATTCCAGGTAGGGGATGTACAGTTGTGTGAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGGACAGAATGCAAAATTCCAGGTAGGGGATGTACAGTTGTGTGAC  447

seq1  CTCATTGTGTATCCAGGAAGCAAAGGAAAGCAGCCAGGTACCAGGGTGCT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTGTGTATCCAGGAAGCAAAGGAAAGCAGCCAGGTACCAGGGTGCT  497

seq1  GGTGGGCAGCTGGTAAGCTCTTGGTTAGTGACCACCCATACACTGGGCTC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGCAGCTGGTAAGCTCTTGGTTAGTGACCACCCATACACTGGGCTC  547

seq1  CTCCTTTTCATGCAGACACACACAACCTGCTCTTCAGGGAGTCTCTCCTC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTTCATGCAGACACACACAACCTGCTCTTCAGGGAGTCTCTCCTC  597

seq1  TTGAGTCTTTGTGTGGCACCATAAGAACTGGGATGGACATTATCTATCCT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTCTTTGTGTGGCACCATAAGAACTGGGATGGACATTATCTATCCT  647

seq1  CAGGATATAAGAGACTAGTAGGAACAAGATTTACTTCCATTAGAAACAAC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATATAAGAGACTAGTAGGAACAAGATTTACTTCCATTAGAAACAAC  697

seq1  AGCTTGGGGGGATCCCAGCAGGCGGGTTCCTGGAAGGGATGGCACCATCA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGGGGGGATCCCAGCAGGCGGGTTCCTGGAAGGGATGGCACCATCA  747

seq1  GGAACTGTCATGTGAGGATGTGCTGTCTGGAAGGGAGATTCTCTCTGGGC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTGTCATGTGAGGATGTGCTGTCTGGAAGGGAGATTCTCTCTGGGC  797

seq1  TGGACCCAGCCTCCAATCACAGAATGTCCTGCCCACTCTTTGCCTTACCC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACCCAGCCTCCAATCACAGAATGTCCTGCCCACTCTTTGCCTTACCC  847

seq1  TCAGGAACACTCCATCTCTGACATCCTCAATGGTGACATCTGAGGAAGAC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAACACTCCATCTCTGACATCCTCAATGGTGACATCTGAGGAAGAC  897

seq1  CTGAGGACCCTGTCTGCTTTCTGTTGGTGAGGGCTTTTCCCTTGCAGGAA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGACCCTGTCTGCTTTCTGTTGGTGAGGGCTTTTCCCTTGCAGGAA  947

seq1  CTCACCGGTCAGGCAGTAGATTCTTTGGTTCTTCATTCCCTCTGTACTTG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCGGTCAGGCAGTAGATTCTTTGGTTCTTCATTCCCTCTGTACTTG  997

seq1  GTAGATGTCTGATGTACTTGCTTCATATCAGTTCCAAATGCAAGCTAGCA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATGTCTGATGTACTTGCTTCATATCAGTTCCAAATGCAAGCTAGCA  1047

seq1  TCAACACCTGAATTC  1060
      |||||||||||||||
seq2  TCAACACCTGAATTC  1062