BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-015C03
Chromosome9 (Build37)
Map Location 116,534,809 - 116,680,284
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRbms3
Upstream geneGadl1, EG668829, Tgfbr2, LOC100043817, LOC100043819, D730003K21Rik
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-015C03.bB6Ng01-015C03.g
ACCDH849476DH849477
length5311,108
definitionDH849476|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015C03, 5' end.DH849477|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015C03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,534,809 - 116,535,345)(116,679,162 - 116,680,284)
sequence
acttgtatatgggaataaggagaggtcaactttggatatcattcctcggg
atccatccacatattttattgaggtaggctatcacattagtctggggctc
atctttttggctagacaggctggtctctgtctccccaatcatgacattac
tgtgcatctggcttttataatgtgcgtgctgcacattaatgtgaactcaa
ggccttctgtaagtactctaaggactgagacaactcataagccccatatc
ttggaatttaattatcctatatggttttatttcctattccacaaaaacac
acttatatgcttaagtttcttttaaggtatcatatttaacaagttattta
tctgtttgacagttttagtggaatcatatgggaaatcccaaagcaaggca
ttattttctgccaatattgattagtattgattagtatagaggggaacccg
taagcataaacacttccaaccaccagcttgcaattttcattgtgatgtga
tgtgatgtgatgtgatgtgatgtgatgtgat
gaattcactatgcaagcctgcagaacagttcagatctgactcctgtgaag
ttgaatcccgttaagtaagtctgtaatctaagcgctcctgcagagagaag
ggaggtggagacaggagaatctctgtaaccatgggcactaaatagcctgg
catacacagcagggcacaggagacactgctttgaacaaggaagatgctaa
ggatggacatataaggttatcccctgacttctacctgcatgctctggtgt
acatatacttgaatgtgcaaaaattcatgggcacacacatctcacataca
cacacacacacacacacacgcacacacacacacacacacacacacacaca
cacacactgatacataaaaatctagtaagaatgagaaactaagaaactgt
tgacatatgggcttgacgctgaaacatggtagcaagtgtcactgtaagag
taacaaagccaccttctctctcctctctgcgaccaacctccaagctttcc
ttggctgttttcaatggagataaggattctagtgtattaacaaatgagaa
gtatgcttgctgtgaatccctcttagagggtagttttaaactgtattaaa
ttgaaagcgctcagggctggagggagagctccttagctaagagtaggtat
tgtctttcttgaggacccgagttcaatttcctgcactcatgctggatgga
tacatcacatccatctgcaaccgcagcaccaagggtctgatgctcttctc
tgacctctggggacactgtctgcatgagcacacactcacacagacacaca
cagacacataattaaagatgaaaacctttcaaattcagagtatgcataga
gccacattcagggctctgttctgtagaaacaatgggatatggacatacag
atgtgtctacatgatgctcaacaatccaattagtaatataaaactgttgg
ccctgcatctcaaatgaaattccgttagaaatgaccagcgtgtcagctca
gtccccttgtaagaatgccagaaaagcaccatgcagtgtggatggtatcc
aatcatcctctctatctccaaagtcaactgaactctttttttttttaagt
gaacccac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_116534809_116535345
seq2: B6Ng01-015C03.b_47_583

seq1  GAATTCACTTGTATATGGGAATAAGGAGAGGTCAACTTTGGATATCATTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTGTATATGGGAATAAGGAGAGGTCAACTTTGGATATCATTC  50

seq1  CTCGGGATCCATCCACATATTTTATTGAGGTAGGCTATCACATTAGTCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGGATCCATCCACATATTTTATTGAGGTAGGCTATCACATTAGTCTG  100

seq1  GGGCTCATCTTTTTGGCTAGACAGGCTGGTCTCTGTCTCCCCAATCATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCATCTTTTTGGCTAGACAGGCTGGTCTCTGTCTCCCCAATCATGA  150

seq1  CATTACTGTGCATCTGGCTTTTATAATGTGCGTGCTGCACATTAATGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACTGTGCATCTGGCTTTTATAATGTGCGTGCTGCACATTAATGTGA  200

seq1  ACTCAAGGCCTTCTGTAAGTACTCTAAGGACTGAGACAACTCATAAGCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAGGCCTTCTGTAAGTACTCTAAGGACTGAGACAACTCATAAGCCC  250

seq1  CATATCTTGGAATTTAATTATCCTATATGGTTTTATTTCCTATTCCACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCTTGGAATTTAATTATCCTATATGGTTTTATTTCCTATTCCACAA  300

seq1  AAACACACTTATATGCTTAAGTTTCTTTTAAGGTATCATATTTAACAAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACACTTATATGCTTAAGTTTCTTTTAAGGTATCATATTTAACAAGT  350

seq1  TATTTATCTGTTTGACAGTTTTAGTGGAATCATATGGGAAATCCCAAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATCTGTTTGACAGTTTTAGTGGAATCATATGGGAAATCCCAAAGC  400

seq1  AAGGCATTATTTTCTGCCAATATTGATTAGTATTGATTAGTATAGAGGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCATTATTTTCTGCCAATATTGATTAGTATTGATTAGTATAGAGGGG  450

seq1  AACCCGTAAGCATAAACACTTCCAACCACCAGCTTGCAATTTTCATTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCGTAAGCATAAACACTTCCAACCACCAGCTTGCAATTTTCATTGTG  500

seq1  ATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGAT  537
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGATGTGAT  537

seq1: chr9_116679162_116680284
seq2: B6Ng01-015C03.g_66_1173 (reverse)

seq1  GTGGTTTCACTTAAAAAAAAAAAAAGAGTTCACGTCTAGACTTTTGGAGA  50
      |||| |||||||  ||||||||||||||||||    | ||| ||||||||
seq2  GTGGGTTCACTT--AAAAAAAAAAAGAGTTCA---GTTGAC-TTTGGAGA  44

seq1  AAAAGAGGAAGAAAGAAATGTGATACCATCCACACTTGCATGGGTGC-TT  99
       | |||||| |      ||  |||||||||||||| ||||| ||||| ||
seq2  TAGAGAGGATG------ATTGGATACCATCCACAC-TGCAT-GGTGCTTT  86

seq1  TCTGACATTCTTACAGGGGGACTGAGCTGACACCGCTGGTCATTTCTAAC  149
      |||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCTGGCATTCTTACAAGGGGACTGAGCTGACA-CGCTGGTCATTTCTAAC  135

seq1  GGAATTTCATTTGAGATGCAGGGCCAACAGTTTTATATTACTAATTGGAT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTTCATTTGAGATGCAGGGCCAACAGTTTTATATTACTAATTGGAT  185

seq1  TGTTGAGCATCATTGTAGACACATCTGTATGTCCATATCCCATTGTTTCT  249
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGAGCATCA-TGTAGACACATCTGTATGTCCATATCCCATTGTTTCT  234

seq1  ACAGAACAGAGCCCTGAATGTGGCTCTATGCATACTCTGAATTTGAAAGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAACAGAGCCCTGAATGTGGCTCTATGCATACTCTGAATTTGAAAGG  284

seq1  TTTTCATCTTTAATTATGTGTCTGTGTGTGTCTGTGTGAGTGTGTGCTCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATCTTTAATTATGTGTCTGTGTGTGTCTGTGTGAGTGTGTGCTCA  334

seq1  TGCAGACAGTGTCCCCAGAGGTCAGAGAAGAGCATCAGACCCTTGGTGCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGACAGTGTCCCCAGAGGTCAGAGAAGAGCATCAGACCCTTGGTGCT  384

seq1  GCGGTTGCAGATGGATGTGATGTATCCATCCAGCATGAGTGCAGGAAATT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGTTGCAGATGGATGTGATGTATCCATCCAGCATGAGTGCAGGAAATT  434

seq1  GAACTCGGGTCCTCAAGAAAGACAATACCTACTCTTAGCTAAGGAGCTCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCGGGTCCTCAAGAAAGACAATACCTACTCTTAGCTAAGGAGCTCT  484

seq1  CCCTCCAGCCCTGAGCGCTTTCAATTTAATACAGTTTAAAACTACCCTCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCAGCCCTGAGCGCTTTCAATTTAATACAGTTTAAAACTACCCTCT  534

seq1  AAGAGGGATTCACAGCAAGCATACTTCTCATTTGTTAATACACTAGAATC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGGATTCACAGCAAGCATACTTCTCATTTGTTAATACACTAGAATC  584

seq1  CTTATCTCCATTGAAAACAGCCAAGGAAAGCTTGGAGGTTGGTCGCAGAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCTCCATTGAAAACAGCCAAGGAAAGCTTGGAGGTTGGTCGCAGAG  634

seq1  AGGAGAGAGAAGGTGGCTTTGTTACTCTTACAGTGACACTTGCTACCATG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGAGAAGGTGGCTTTGTTACTCTTACAGTGACACTTGCTACCATG  684

seq1  TTTCAGCGTCAAGCCCATATGTCAACAGTTTCTTAGTTTCTCATTCTTAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGCGTCAAGCCCATATGTCAACAGTTTCTTAGTTTCTCATTCTTAC  734

seq1  TAGATTTTTATGTATCAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTTTTATGTATCAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  784

seq1  TGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGAGATGTGTGTGCCCATGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGAGATGTGTGTGCCCATGA  834

seq1  ATTTTTGCACATTCAAGTATATGTACACCAGAGCATGCAGGTAGAAGTCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTGCACATTCAAGTATATGTACACCAGAGCATGCAGGTAGAAGTCA  884

seq1  GGGGATAACCTTATATGTCCATCCTTAGCATCTTCCTTGTTCAAAGCAGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATAACCTTATATGTCCATCCTTAGCATCTTCCTTGTTCAAAGCAGT  934

seq1  GTCTCCTGTGCCCTGCTGTGTATGCCAGGCTATTTAGTGCCCATGGTTAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCTGTGCCCTGCTGTGTATGCCAGGCTATTTAGTGCCCATGGTTAC  984

seq1  AGAGATTCTCCTGTCTCCACCTCCCTTCTCTCTGCAGGAGCGCTTAGATT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATTCTCCTGTCTCCACCTCCCTTCTCTCTGCAGGAGCGCTTAGATT  1034

seq1  ACAGACTTACTTAACGGGATTCAACTTCACAGGAGTCAGATCTGAACTGT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACTTACTTAACGGGATTCAACTTCACAGGAGTCAGATCTGAACTGT  1084

seq1  TCTGCAGGCTTGCATAGTGAATTC  1123
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAGGCTTGCATAGTGAATTC  1108