BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-015J04
Chromosome9 (Build37)
Map Location 73,564,768 - 73,755,423
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUnc13c
Upstream geneNedd4, Prtg, LOC100040694, Pygo1, Dyx1c1, EG546143, Ccpg1, LOC100041896, Pigb, Rab27a, 2410004A20Rik, BC003885, EG436081
Downstream geneWdr72, Nr1h2-ps, LOC100040764, Onecut1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-015J04.bB6Ng01-015J04.g
ACCDH849790DH849791
length546895
definitionDH849790|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015J04, 5' end.DH849791|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015J04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,564,768 - 73,565,318)(73,754,533 - 73,755,423)
sequence
catgagtcatctgggaagcagttagcttccaggaaaggatgctgctccta
agaaaatgtcatgtatggattcagttcagtttgtcttagtcgataagttt
tgttcctatagcttgactcttttataacttagcctagccttattgttgaa
gtggaagattgaaagtgaggactggcaggtgggcttttgaaagcatgtgg
aactaaccatgttcaataaactcaagaaagcattatggtcaggcaggaac
aaagtgccctcgatagacagaaagaccatagcagcaggaaagctttctct
cttgccttcaggcagtaagaccctctcattttaaaagattattttatatt
tatcatgtgcaggtatgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttgcgt
gataagaggaataccttaagaaagtatcagatcctctggggctagagcta
ctgatatctgtgagccacccacattggtgctgggaactgtcttttccttg
taatagaagcaaacacccctttgaccactcctctagctctctctgt
gaattcccatggtgttttattttgactttctgtgacagtataaacttgga
caatctccagtgtttgagaagaccctgggtacagtgtacagaggtgggaa
gataagaatgcttctctctgaatttatcaggctatgaccactctgacccc
ttagagaatagacctagtgagatgtggactctgaatgctcacttaactgt
attatcttgctttgagttgtcacagcgcttcatttcatattgtcccaagt
ggcaggaccatcatgacatagaaagcaatacatggaggaggctggatgtc
tcctgagtctttaattcaacagacataatgccaaagccatgctgctgaca
ggaaacacaatcacaagtcttgctcgcaccctggcttgccagcaagaacc
atgctgcaacaggatccttctgcacacgtttattgggagagcttgattgc
agaggcgaagagaccccaagcccagaactggtgctgcttatataggccta
ggagaggcgtgtctcacacccggattggttatgcatgggttatgcttacc
acctcatttgcatgcctacatctgattggttaacttctctctcatctgat
tggttaacttctctctcatctgattggttaattctcaaaacctcatcttg
gcaaaaaactttactgcctatgtatgcgtggtgggccagaggtagccagc
gccaccctgcaacagcacgtgtggcttcccacacacaagaacgtgaaatc
tctgtcacgggtactcttgactttgagtgtgaacttctggtttcatgtgg
ttgacccagtctagggctgagttcttcgactctttcttttcatttgcact
aacattctttttgcttgctgggactctggcacatggccctataca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_73564768_73565318
seq2: B6Ng01-015J04.b_49_600

seq1  GAATTCCATGAGTCATCTGGGAAGCAGTTAGCTTCCAGGAAAGGATGCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGAGTCATCTGGGAAGCAGTTAGCTTCCAGGAAAGGATGCTG  50

seq1  CTCCTAAGAAAATGTCATGTATGGATTCAGTTCAGTTTGTCTTAGTCGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTAAGAAAATGTCATGTATGGATTCAGTTCAGTTTGTCTTAGTCGAT  100

seq1  AAGTTTTGTTCCTATAGCTTGACTCTTTTATAACTTAGCCTAGCCTTATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTTGTTCCTATAGCTTGACTCTTTTATAACTTAGCCTAGCCTTATT  150

seq1  GTTGAAGTGGAAGATTGAAAGTGAGGACTGGCAGGTGGGCTTTTGAAAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAGTGGAAGATTGAAAGTGAGGACTGGCAGGTGGGCTTTTGAAAGC  200

seq1  ATGTGGAACTAACCATGTTCAATAAACTCAAGAAAGCATTATGGTCAGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGAACTAACCATGTTCAATAAACTCAAGAAAGCATTATGGTCAGGC  250

seq1  AGGAACAAAGTGCCCTCGATAGACAGAAAGACCATAGCAGCAGGAAAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACAAAGTGCCCTCGATAGACAGAAAGACCATAGCAGCAGGAAAGCT  300

seq1  TTCTCTCTTGCCTTCAGGCAGTAAGACCCTCTCATTTTAAAAGATTATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCTTGCCTTCAGGCAGTAAGACCCTCTCATTTTAAAAGATTATTT  350

seq1  TATATTTATCATGTGCAGGTATGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTATCATGTGCAGGTATGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  400

seq1  TTTCCTCATAAGAGTAATACCTTAAGAAAGTATCAGATCCTCTGGGGCTA  450
      || | | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCGTGATAAGAGGAATACCTTAAGAAAGTATCAGATCCTCTGGGGCTA  450

seq1  GAGCTACTGATATCTGTGAGCCACCCACATTGGTGCTGGGAACTGTCTAT  500
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GAGCTACTGATATCTGTGAGCCACCCACATTGGTGCTGGGAACTGTCTTT  500

seq1  TCCTTGCAATAGAAGCAAACACCCC-TTGACCACTCCTCTAGCTCTCTCT  549
      |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTAATAGAAGCAAACACCCCTTTGACCACTCCTCTAGCTCTCTCT  550

seq1  GT  551
      ||
seq2  GT  552

seq1: chr9_73754533_73755423
seq2: B6Ng01-015J04.g_70_964 (reverse)

seq1  TGTATA-GGCCATGTG-CAGAGTCCCAGCAAGCAATAAGATGGTTAGTGC  48
      |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||  ||||||||
seq2  TGTATAGGGCCATGTGCCAGAGTCCCAGCAAGCAAAAAGAATGTTAGTGC  50

seq1  AAATG-AAAGAAAGAGTCGAAGAACTCAGCCCTAGACTGGGTCAACCACA  97
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAAAGAAAGAGTCGAAGAACTCAGCCCTAGACTGGGTCAACCACA  100

seq1  TGAAACCAGAAGTTCACACTCAAAGTCAAGAGTACCCGTGACAGAGATTT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACCAGAAGTTCACACTCAAAGTCAAGAGTACCCGTGACAGAGATTT  150

seq1  CACGTTCTTGTGTGTGGGAAGCCACACGTGCTGTTGCAGGGTGGCGCTGG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTTCTTGTGTGTGGGAAGCCACACGTGCTGTTGCAGGGTGGCGCTGG  200

seq1  CTACCTCTGG-CCACCACGCATACATAGGCAGTAAAGTTTTTTGCCAAGA  246
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTCTGGCCCACCACGCATACATAGGCAGTAAAGTTTTTTGCCAAGA  250

seq1  TGAGGTTTTGAGAATTAACCAATCAGATGAGAGAGAAGTTAACCAATCAG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTTTTGAGAATTAACCAATCAGATGAGAGAGAAGTTAACCAATCAG  300

seq1  ATGAGAGAGAAGTTAACCAATCAGATGTAGGCATGCAAATGAGGTGGTAA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAGAGAAGTTAACCAATCAGATGTAGGCATGCAAATGAGGTGGTAA  350

seq1  GCATAACCCATGCATAACCAATCCGGGTGTGAGACACGCCTCTCCTAGGC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAACCCATGCATAACCAATCCGGGTGTGAGACACGCCTCTCCTAGGC  400

seq1  CTATATAAGCAGCACCAGTTCTGGGCTTGGGGTCTCTTCGCCTCTGCAAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATAAGCAGCACCAGTTCTGGGCTTGGGGTCTCTTCGCCTCTGCAAT  450

seq1  CAAGCTCTCCCAATAAACGTGTGCAGAAGGATCCTGTTGCAGCATGGTTC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTCTCCCAATAAACGTGTGCAGAAGGATCCTGTTGCAGCATGGTTC  500

seq1  TTGCTGGCAAGCCAGGGTGCGAGCAAGACTTGTGATTGTGTTTCCTGTCA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGGCAAGCCAGGGTGCGAGCAAGACTTGTGATTGTGTTTCCTGTCA  550

seq1  GCAGCATGGCTTTGGCATTATGTCTGTTGAATTAAAGACTCAGGAGACAT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCATGGCTTTGGCATTATGTCTGTTGAATTAAAGACTCAGGAGACAT  600

seq1  CCAGCCTCCTCCATGTATTGCTTTCTATGTCATGATGGTCCTGCCACTTG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCTCCTCCATGTATTGCTTTCTATGTCATGATGGTCCTGCCACTTG  650

seq1  GGACAATATGAAATGAAGCGCTGTGACAACTCAAAGCAAGATAATACAGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAATATGAAATGAAGCGCTGTGACAACTCAAAGCAAGATAATACAGT  700

seq1  TAAGTGAGCATTCAGAGTCCACATCTCACTAGGTCTATTCTCTAAGGGGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGAGCATTCAGAGTCCACATCTCACTAGGTCTATTCTCTAAGGGGT  750

seq1  CAGAGTGGTCATAGCCTGATAAATTCAGAGAGAAGCATTCTTATCTTCCC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTGGTCATAGCCTGATAAATTCAGAGAGAAGCATTCTTATCTTCCC  800

seq1  ACCTCTGTACACTGTACCCAGGGTCTTCTCAAACACTGGAGATTGTCCAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTGTACACTGTACCCAGGGTCTTCTCAAACACTGGAGATTGTCCAA  850

seq1  GTTTATACTGTCACAGAAAGTCAAAATAAAACACCATGGGAATTC  891
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATACTGTCACAGAAAGTCAAAATAAAACACCATGGGAATTC  895