BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-018F24
Chromosome9 (Build37)
Map Location 47,161,876 - 47,285,272
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG667890, 2900052N01Rik, D930036J05
Downstream geneCadm1, LOC100043303, D930028F11Rik, 4432416J03Rik, EG640268, EG434401, LOC667933, Rexo2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-018F24.bB6Ng01-018F24.g
ACCDH851796DH851797
length1,0441,058
definitionDH851796|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-018F24, 5' end.DH851797|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-018F24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,284,228 - 47,285,272)(47,161,876 - 47,162,942)
sequence
gaattccctgtgccccaactgcctccttccttgctgacccaaattcaaag
tctgtttcctttgcacatagaactacagctgaccgtcaaagctaagatgc
accatttgtaaaataaggcatgaaactggcatctaagcccttctcagtat
tgaactgtaaggctctgtgcagtgtgctccatcctgctcaacaccaatgc
ctcctcttgacaatctcccacaattccatagtgaaagttttcatcctgag
cgacttctcaatcaattcagctccaacagttcagttcagaaacgtccctg
catttttttaaatgtctgaggaactaagtttcttgcttagagattagaca
aagatgctgttaacaaaggtgaagggttaagttatgcaaatggaagagca
gacctggagagaagagcccaaattcatatttattttatgtgctgtgtgct
tgtaataggtgtggggagagggcctgcttgttgtggtaagtcttaggatc
atcagtgattggagttcagctgtggtgttcataaactggatgatcttaaa
agtgttacttaacctctttctgtctcaatttccttatttgtcaaacaaag
ataccaacagtaactacttcctagggctgtcattttggagagtaaatgag
ctgatctttatatagtgctttaaatattatcatacatagtgttttaagga
cattcttttcaagagtagatgtgctggaatggtcactcgagaagagtcca
ggtaggcatttggattcagggtccatcagactttcactgagatcaaggcc
tggagacaaagacgatttcccgagagattgtgagcatgcagattcatcag
caaagagaaagaaatacaaattttagggaccaccatcatgtaaggagtgg
gcaggagaaaaaaaaatccattttggaaaacgtaggattgtgacccagga
ggaaacaaagtcagaggaaacgtagtagagagccgagaaggagcagcttt
caacacaagtgactgaagggacataggtaatagggaagaaaaca
gaattcatggtctaatgagcacctgacttttgccagcattcccaaactgc
cttgaatcagagtgaagctatctaaatattgcatgaacaatcagaaggct
tgggtcaactccatgaaacctttggccatacctgtcctgagacacaatgc
cttcacctatatggtaggggataattataaactgacccacttcactgatg
atgggcataggaagttatttttaaaaagcctttacaaatgctataagtac
tactatgtgggactgtacctatattacaaagacggtatgaataaatctgc
tcttttggatacatctgagctgcttgttatttggctccacgagctgggga
gaggagcacccacgtgttgtgttgctgggtaactcagcggggcagatggc
actaaaagaggcctattcattgattctaggctaggttcactggttcaaat
ccagccctgggccaacaattactgtaatcactgggtttggaactcggaga
gactgactttcaggagaccttccacttgtctatgacccactgagtttaca
gcttaaacttatgcatgtggttacaagggaagccaagaggctgtggcgcg
tgctgaagccacagtccacacatctgcctacctcccctgcacagatcaat
gcaccctccctctagaccatctttaaaagcaatctagtgactgaggggtg
atgctgttttgctctctgagctgggaaataggtgcagcagacctggccat
atctgacactgtgtcagctaccctagcctccccttcacagctgagaaaga
aagcgaatctccctttacctcaccacatctaagatagttcctcctcccac
caggaagtcaaaccacatctgattagaacaaaggtataaagggagaaatc
agcagacttcataccctagcagtcagagaagcactcacctacccagacac
cccagacttctgtgtgatttgtggtttttcatctacatggcttgggtctg
aaggtcccttgccccacccacggtggcacatcaagtgtgccagtgtttgc
ccggtgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_47284228_47285272
seq2: B6Ng01-018F24.b_43_1086 (reverse)

seq1  TGTTTTCTTCCCCTCTACCCTATGTCCC-TCAGTCACTTGTGTTGAAAGC  49
      ||||||||| |||| |  |||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCTT-CCCTATTACCTATGTCCCTTCAGTCACTTGTGTTGAAAGC  49

seq1  TGCTCCCTTCTCGGCTCTCTACCTACGTGTCCTCTGACTTTGTTTCCTCC  99
      |||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGCT-CCTTCTCGGCTCTCTA-CTACGTTTCCTCTGACTTTGTTTCCTCC  97

seq1  TGTGTCACAATCCTACGTTTTCC-AAATGGATTTTTTTTTCTCCTGCCCA  148
      || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCACAATCCTACGTTTTCCAAAATGGATTTTTTTTTCTCCTGCCCA  147

seq1  CTCCCTACATGATGGTGGTCCCTAAAATTTGTATTTCCTTCCTCTTTGCT  198
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
seq2  CTCCTTACATGATGGTGGTCCCTAAAATTTGTATTT-CTTTCTCTTTGCT  196

seq1  GATGAATCTGC-TGCTCACAATCTCTCGGGAAATCGTCTTTGTCTCCAGG  247
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAATCTGCATGCTCACAATCTCTCGGGAAATCGTCTTTGTCTCCAGG  246

seq1  CCTTGATCTCAGTGAAAGTCTGATGGACCCTGAATCCAAATGCCTACCTG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGATCTCAGTGAAAGTCTGATGGACCCTGAATCCAAATGCCTACCTG  296

seq1  GACTCTTCTCGAGTGACCATTCCAGCACATCTACTCTTGAAAAGAATGTC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTTCTCGAGTGACCATTCCAGCACATCTACTCTTGAAAAGAATGTC  346

seq1  CTTAAAACACTATGTATGATAATATTTAAAGCACTATATAAAGATCAGCT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAACACTATGTATGATAATATTTAAAGCACTATATAAAGATCAGCT  396

seq1  CATTTACTCTCCAAAATGACAGCCCTAGGAAGTAGTTACTGTTGGTATCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTACTCTCCAAAATGACAGCCCTAGGAAGTAGTTACTGTTGGTATCT  446

seq1  TTGTTTGACAAATAAGGAAATTGAGACAGAAAGAGGTTAAGTAACACTTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGACAAATAAGGAAATTGAGACAGAAAGAGGTTAAGTAACACTTT  496

seq1  TAAGATCATCCAGTTTATGAACACCACAGCTGAACTCCAATCACTGATGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATCATCCAGTTTATGAACACCACAGCTGAACTCCAATCACTGATGA  546

seq1  TCCTAAGACTTACCACAACAAGCAGGCCCTCTCCCCACACCTATTACAAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAGACTTACCACAACAAGCAGGCCCTCTCCCCACACCTATTACAAG  596

seq1  CACACAGCACATAAAATAAATATGAATTTGGGCTCTTCTCTCCAGGTCTG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGCACATAAAATAAATATGAATTTGGGCTCTTCTCTCCAGGTCTG  646

seq1  CTCTTCCATTTGCATAACTTAACCCTTCACCTTTGTTAACAGCATCTTTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCCATTTGCATAACTTAACCCTTCACCTTTGTTAACAGCATCTTTG  696

seq1  TCTAATCTCTAAGCAAGAAACTTAGTTCCTCAGACATTTAAAAAAATGCA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATCTCTAAGCAAGAAACTTAGTTCCTCAGACATTTAAAAAAATGCA  746

seq1  GGGACGTTTCTGAACTGAACTGTTGGAGCTGAATTGATTGAGAAGTCGCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACGTTTCTGAACTGAACTGTTGGAGCTGAATTGATTGAGAAGTCGCT  796

seq1  CAGGATGAAAACTTTCACTATGGAATTGTGGGAGATTGTCAAGAGGAGGC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATGAAAACTTTCACTATGGAATTGTGGGAGATTGTCAAGAGGAGGC  846

seq1  ATTGGTGTTGAGCAGGATGGAGCACACTGCACAGAGCCTTACAGTTCAAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTGTTGAGCAGGATGGAGCACACTGCACAGAGCCTTACAGTTCAAT  896

seq1  ACTGAGAAGGGCTTAGATGCCAGTTTCATGCCTTATTTTACAAATGGTGC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGAAGGGCTTAGATGCCAGTTTCATGCCTTATTTTACAAATGGTGC  946

seq1  ATCTTAGCTTTGACGGTCAGCTGTAGTTCTATGTGCAAAGGAAACAGACT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAGCTTTGACGGTCAGCTGTAGTTCTATGTGCAAAGGAAACAGACT  996

seq1  TTGAATTTGGGTCAGCAAGGAAGGAGGCAGTTGGGGCACAGGGAATTC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATTTGGGTCAGCAAGGAAGGAGGCAGTTGGGGCACAGGGAATTC  1044

seq1: chr9_47161876_47162942
seq2: B6Ng01-018F24.g_66_1123

seq1  GAATTCATGGTCTAATGAGCACCTGACTTTTGCCAGCATTCCCAAACTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGGTCTAATGAGCACCTGACTTTTGCCAGCATTCCCAAACTGC  50

seq1  CTTGAATCAGAGTGAAGCTATCTAAATATTGCATGAACAATCAGAAGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAATCAGAGTGAAGCTATCTAAATATTGCATGAACAATCAGAAGGCT  100

seq1  TGGGTCAACTCCATGAAACCTTTGGCCATACCTGTCCTGAGACACAATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCAACTCCATGAAACCTTTGGCCATACCTGTCCTGAGACACAATGC  150

seq1  CTTCACCTATATGGTAGGGGATAATTATAAACTGACCCACTTCACTGATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACCTATATGGTAGGGGATAATTATAAACTGACCCACTTCACTGATG  200

seq1  ATGGGCATAGGAAGTTATTTTTAAAAAGCCTTTACAAATGCTATAAGTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCATAGGAAGTTATTTTTAAAAAGCCTTTACAAATGCTATAAGTAC  250

seq1  TACTATGTGGGACTGTACCTATATTACAAAGACGGTATGAATAAATCTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATGTGGGACTGTACCTATATTACAAAGACGGTATGAATAAATCTGC  300

seq1  TCTTTTGGATACATCTGAGCTGCTTGTTATTTGGCTCCACGAGCTGGGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGGATACATCTGAGCTGCTTGTTATTTGGCTCCACGAGCTGGGGA  350

seq1  GAGGAGCACCCACGTGTTGTGTTGCTGGGTAACTCAGCGGGGCAGATGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGCACCCACGTGTTGTGTTGCTGGGTAACTCAGCGGGGCAGATGGC  400

seq1  ACTAAAAGAGGCCTATTCATTGATTCTAGGCTAGGTTCACTGGTTCAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAAGAGGCCTATTCATTGATTCTAGGCTAGGTTCACTGGTTCAAAT  450

seq1  CCAGCCCTGGGCCAACAATTACTGTAATCACTGGGTTTGGAACTCGGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCTGGGCCAACAATTACTGTAATCACTGGGTTTGGAACTCGGAGA  500

seq1  GACTGACTTTCAGGAGACCTTCCACTTGTCTATGACCCACTGAGTTTACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGACTTTCAGGAGACCTTCCACTTGTCTATGACCCACTGAGTTTACA  550

seq1  GCTTAAACTTATGCATGTGGTTACAAGGGAAGCCAAGAGGCTGTGGCGCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAAACTTATGCATGTGGTTACAAGGGAAGCCAAGAGGCTGTGGCGCG  600

seq1  TGCTGAAGCCACAGTCCACACATCTGCCTACCTCCCCTGCACAGATCAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAAGCCACAGTCCACACATCTGCCTACCTCCCCTGCACAGATCAAT  650

seq1  GCACCCTCCCTCTAGACCATCTTTAAAAGCAATCTAGTGACTGAGGGGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCTCCCTCTAGACCATCTTTAAAAGCAATCTAGTGACTGAGGGGTG  700

seq1  ATGCTG-TTTGCTCTCTGAGCTGGGAAATAGGTGCAGCAGACCTGGCCAT  749
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTTTTGCTCTCTGAGCTGGGAAATAGGTGCAGCAGACCTGGCCAT  750

seq1  ATCTGACACTGTGTCAGCTACCCTAGCCTCCCCTTCACAGCTGAGAAAGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGACACTGTGTCAGCTACCCTAGCCTCCCCTTCACAGCTGAGAAAGA  800

seq1  AAGCGAATCTCCCTTTACCTCACCACATCTAAGATAGTTCCTCCTCCCAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCGAATCTCCCTTTACCTCACCACATCTAAGATAGTTCCTCCTCCCAC  850

seq1  CAGGAAGTCAAACCACATCTGATTAGAACAAAGGTATAAAGGGAGAAATC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGTCAAACCACATCTGATTAGAACAAAGGTATAAAGGGAGAAATC  900

seq1  AGCAGACTTCATACCCTAGCAAGTCAGAGAAGCAACTCACCTACCCAGAA  949
      |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |
seq2  AGCAGACTTCATACCCTAGC-AGTCAGAGAAGC-ACTCACCTACCCAG-A  947

seq1  CACCCCAAGACTTCTGTGTGATTTGTGGGTTTTTCATCTACATGGCTATG  999
      |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  | 
seq2  CACCCC-AGACTTCTGTGTGATTTGT-GGTTTTTCATCTACATGGC--TT  993

seq1  GGGTCTGAGGGTCCCCTGCCCCACCCACGGTGGCACATCAGAGTGTGCCA  1049
      |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGGTCTGAAGGTCCCTTGCCCCACCCACGGTGGCACATCA-AGTGTGCCA  1042

seq1  GTGTGTCTGCCCGTTGCT  1067
        |||| |||||| ||||
seq2  --GTGTTTGCCCGGTGCT  1058