BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-018J16
Chromosome9 (Build37)
Map Location 114,433,027 - 114,607,617
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTrim71, LOC100043808, Cnot10, LOC665772, Dync1li1
Upstream geneLOC636680, Pdcd6ip, Clasp2, Ubp1, Fbxl2, Susd5, EG665719, 4921528I07Rik, Bcl2a1c, 4930520O04Rik, Crtap, Glb1, Ccr4
Downstream geneCmtm6, Cmtm7, Cmtm8, Gpd1l, LOC100043813, Osbpl10, LOC100043812, Stt3b, LOC100039567, LOC670467, EG546164
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-018J16.bB6Ng01-018J16.g
ACCDH851955DH851956
length1,110806
definitionDH851955|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-018J16, 5' end.DH851956|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-018J16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,606,502 - 114,607,617)(114,433,027 - 114,433,829)
sequence
gaattcactctgtagaccaggctggcctcgaactcactgagatccacctg
cctctgactctcgagtgctgggattaaaggagtgtactatcaccaccctg
gcaatatactttgtaatattaatctacagatgaagaattcgaacattcag
atgatctctagctgtaacataccatcatcagctgtatgacacatcaggta
acttctacatggagaccagatcccatctccacaatggtggactaaaattc
tgttactatcatcattcactggatgtgtgacatgttagaaatgaaactcc
tctgtaaggccagccgcagtactttagaagagcatcatgaagcatatgaa
agtgagaagtcacactcagcgggtgctataactgctaccatggataccaa
agcactgttcccaggcttcacataagttaatgcacatcagctcacaggat
acaaagagggtagtactgtctggaactcaaagcaacttgaactccaccag
tactcgtgaacacaaagccacaccatgaccgtgtgccggatcagctcccc
catccctcatgataatgtgtcaaattaaacagcactgtgcactctttttt
ctccatcttctcttttgccgagacactgtactcttgcttagcataggttt
ggagccacacaccttctctgcagagctttggctggcatctccacagcccc
atcaatcaaggtatacatcaggataaactgtcaagaaagaattcccaacc
tgtcaccttgaccctgcatgatgtaagatgaaccagcatgttctagtgac
aaaagccacgaggggttttattttgttttgtttttgaaaccgagtctctc
tatggagtcctgattgtcctgaaactccctatgtaaccaggctgaccttg
aactcacagagattcacctgcctctgcatcccaagtactggtgtgcacac
cacaccagcttcgagagcctcagatcttcctttttgtcttctactggttg
tgtagaaatccagagagatggggcttttgatctggccccatctctcatgg
ggcatctccctccttggatggtagaatgggaacagactcagtgcctggag
caaacttctt
gaattccagagttccaggtcaaggggcagtcccctgagctgctgaggcat
tttcaaagaaggctggagagagggctcattgcttaagagcaattcctctt
gcagagaacccagattcgggtccctgtgcctgtatggcaaatttaaaata
tctgtaactcccagttcaggggtgggggatctaatgccctcttctggctt
ccatgggcactgcacacagagacaaacacatgaagtaaactaaaaatctt
aaaaaaaaaatggataaaataaaataccaatcctggtggcaagatctgac
acaccagcaacaaatacaaattctttaacctgtatataaacaacaggctt
tatcaggagggaaaaataaaatccacctgcctctgcctcccgagtgctgg
gattaaaggtgtgcaccaccaccgcccggtgacttaaaaatttcttgctt
gaatattttaaaatgtaaacaagaagcttcccacaggtttcttgtcttaa
aaaaaaacctgtcatgatttcctaagcgcttgacaggtagaatagcaggc
aagaaagacttaacatccatcaactatacataatatacaccgtctgcatt
agcaaatgtgggagagctgcttcagttctcaacggtcatgcatgtcccta
cccaaccattaaaaaaacaaacattcaaattacaaggacttatgaaccat
tgacagtgtcaagacacggaatatcaatgccctgtgttcaggaatcagcc
ttcaaatagtcaatctgagcaccaaattcccaaacggtttaaggagatga
agtgtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_114606502_114607617
seq2: B6Ng01-018J16.b_46_1155 (reverse)

seq1  AAGAAGGTTTGCTCATGGCACTGAGTTCTGTTCCCATTCTAACCATCCAA  50
      ||||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  AAGAA-GTTTGCTCCAGGCACTGAG-TCTGTTCCCATTCT-ACCATCCAA  47

seq1  GGAGGGAGATGCCCACTGAGAGATGGGCGCAGATCAAAAGCCCCATCTCT  100
      ||||||||||||||  |||||||||||  |||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGAGATGCCCCATGAGAGATGGGGCCAGATCAAAAGCCCCATCTCT  97

seq1  CTGGATTTTCTACACAACCAGTAGAAGACAAAAAGGAAGATCTGAGGCTC  150
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGA-TTTCTACACAACCAGTAGAAGACAAAAAGGAAGATCTGAGGCTC  146

seq1  TCGAGGCTGGGTGTGGTGTTGCACACCAGTACTTGGGATGCAGAGGCAGG  200
      |||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAAGCT-GGTGTGGTG-TGCACACCAGTACTTGGGATGCAGAGGCAGG  194

seq1  TGAATCTCTGTGAGTTCAAGGTCAGCCTGGTTACATAGGGAGTTTCAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCTCTGTGAGTTCAAGGTCAGCCTGGTTACATAGGGAGTTTCAGGA  244

seq1  CAATCAGGACTCCATAGAGAGACTCGGTTTCAAAAACAAAACAAAATAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAGGACTCCATAGAGAGACTCGGTTTCAAAAACAAAACAAAATAAA  294

seq1  ACCCCTCGTGGCTTTTGTCACTAGAACATGCTGGTTCATCTTACATCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTCGTGGCTTTTGTCACTAGAACATGCTGGTTCATCTTACATCATG  344

seq1  CAGGGTCAAGGTGACAGGTTGGGAATTCTTTCTTGACAGTTTATCCTGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTCAAGGTGACAGGTTGGGAATTCTTTCTTGACAGTTTATCCTGAT  394

seq1  GTATACCTTGATTGATGGGGCTGTGGAGATGCCAGCCAAAGCTCTGCAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATACCTTGATTGATGGGGCTGTGGAGATGCCAGCCAAAGCTCTGCAGA  444

seq1  GAAGGTGTGTGGCTCCAAACCTATGCTAAGCAAGAGTACAGTGTCTCGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTGTGTGGCTCCAAACCTATGCTAAGCAAGAGTACAGTGTCTCGGC  494

seq1  AAAAGAGAAGATGGAGAAAAAAGAGTGCACAGTGCTGTTTAATTTGACAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGAAGATGGAGAAAAAAGAGTGCACAGTGCTGTTTAATTTGACAC  544

seq1  ATTATCATGAGGGATGGGGGAGCTGATCCGGCACACGGTCATGGTGTGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCATGAGGGATGGGGGAGCTGATCCGGCACACGGTCATGGTGTGGC  594

seq1  TTTGTGTTCACGAGTACTGGTGGAGTTCAAGTTGCTTTGAGTTCCAGACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTTCACGAGTACTGGTGGAGTTCAAGTTGCTTTGAGTTCCAGACA  644

seq1  GTACTACCCTCTTTGTATCCTGTGAGCTGATGTGCATTAACTTATGTGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTACCCTCTTTGTATCCTGTGAGCTGATGTGCATTAACTTATGTGAA  694

seq1  GCCTGGGAACAGTGCTTTGGTATCCATGGTAGCAGTTATAGCACCCGCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGGAACAGTGCTTTGGTATCCATGGTAGCAGTTATAGCACCCGCTG  744

seq1  AGTGTGACTTCTCACTTTCATATGCTTCATGATGCTCTTCTAAAGTACTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGACTTCTCACTTTCATATGCTTCATGATGCTCTTCTAAAGTACTG  794

seq1  CGGCTGGCCTTACAGAGGAGTTTCATTTCTAACATGTCACACATCCAGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTGGCCTTACAGAGGAGTTTCATTTCTAACATGTCACACATCCAGTG  844

seq1  AATGATGATAGTAACAGAATTTTAGTCCACCATTGTGGAGATGGGATCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATGATAGTAACAGAATTTTAGTCCACCATTGTGGAGATGGGATCTG  894

seq1  GTCTCCATGTAGAAGTTACCTGATGTGTCATACAGCTGATGATGGTATGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCATGTAGAAGTTACCTGATGTGTCATACAGCTGATGATGGTATGT  944

seq1  TACAGCTAGAGATCATCTGAATGTTCGAATTCTTCATCTGTAGATTAATA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCTAGAGATCATCTGAATGTTCGAATTCTTCATCTGTAGATTAATA  994

seq1  TTACAAAGTATATTGCCAGGGTGGTGATAGTACACTCCTTTAATCCCAGC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAAGTATATTGCCAGGGTGGTGATAGTACACTCCTTTAATCCCAGC  1044

seq1  ACTCGAGAGTCAGAGGCAGGTGGATCTCAGTGAGTTCGAGGCCAGCCTGG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGAGAGTCAGAGGCAGGTGGATCTCAGTGAGTTCGAGGCCAGCCTGG  1094

seq1  TCTACAGAGTGAATTC  1116
      ||||||||||||||||
seq2  TCTACAGAGTGAATTC  1110

seq1: chr9_114433027_114433829
seq2: B6Ng01-018J16.g_68_873

seq1  GAATTCCAGAGTTCCAGGTCAAGGGGCAGTCCCCTGAGCTGCTGAGGCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAGTTCCAGGTCAAGGGGCAGTCCCCTGAGCTGCTGAGGCAT  50

seq1  TTTCAAAGAAGGCTGGAGAGAGGGCTCATTGCTTAAGAGCAATTCCTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAAGAAGGCTGGAGAGAGGGCTCATTGCTTAAGAGCAATTCCTCTT  100

seq1  GCAGAGAACCCAGATTCGGGTCCCTGTGCCTGTATGGCAAATTTAAAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGAACCCAGATTCGGGTCCCTGTGCCTGTATGGCAAATTTAAAATA  150

seq1  TCTGTAACTCCCAGTTCAGGGGTGGGGGATCTAATGCCCTCTTCTGGCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAACTCCCAGTTCAGGGGTGGGGGATCTAATGCCCTCTTCTGGCTT  200

seq1  CCATGGGCACTGCACACAGAGACAAACACATGAAGTAAACTAAAAATCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGGCACTGCACACAGAGACAAACACATGAAGTAAACTAAAAATCTT  250

seq1  AAAAAAAAAATGGATAAAATAAAATACCAATCCTGGTGGCAAGATCTGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAATGGATAAAATAAAATACCAATCCTGGTGGCAAGATCTGAC  300

seq1  ACACCAGCAACAAATACAAATTCTTTAACCTGTATATAAACAACAGGCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAGCAACAAATACAAATTCTTTAACCTGTATATAAACAACAGGCTT  350

seq1  TATCAGGAGGGAAAAATAAAATCCACCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGGAGGGAAAAATAAAATCCACCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGG  400

seq1  GATTAAAGGTGTGCACCACCACCGCCCGGTGACTTAAAAATTTCTTGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAAGGTGTGCACCACCACCGCCCGGTGACTTAAAAATTTCTTGCTT  450

seq1  GAATATTTTAAAATGTAAACAAGAAGCTTCCCACAGGTTTCTTGTCTTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATTTTAAAATGTAAACAAGAAGCTTCCCACAGGTTTCTTGTCTTAA  500

seq1  AAAAAAACCTGTCATGATTTCCTAAGCGCTTGACAGGTAGAATAGCAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACCTGTCATGATTTCCTAAGCGCTTGACAGGTAGAATAGCAGGC  550

seq1  AAG-AAGACTTAACATCCATCAACTATACATAATATACACCG-CTGCA-T  597
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
seq2  AAGAAAGACTTAACATCCATCAACTATACATAATATACACCGTCTGCATT  600

seq1  AGC-AATGTGGGAGAGCTGCTTCAGTTCTCAAACGGTCATGCATGTCCCT  646
      ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATGTGGGAGAGCTGCTTCAGTTCTC-AACGGTCATGCATGTCCCT  649

seq1  ACCCAACCA-TAAAAGAACAAACATTCAAATTACAAGGACTTATGACCCA  695
      ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACCCAACCATTAAAAAAACAAACATTCAAATTACAAGGACTTATGAACCA  699

seq1  GGGACAGTTGCAAGACACGGAACATCAAATGCCCTGTGTTCAGGACTCAG  745
        ||||||  |||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||
seq2  TTGACAGTGTCAAGACACGGAATATC-AATGCCCTGTGTTCAGGAATCAG  748

seq1  CCTTCAATTAGTCAATCTGTGCACCAAATACCCAAACGGCTAAAGAAGAT  795
      ||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| | ||| ||||
seq2  CCTTCAAATAGTCAATCTGAGCACCAAATTCCCAAACGGTTTAAGGAGAT  798

seq1  GAAGTGTC  803
      ||||||||
seq2  GAAGTGTC  806