BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-019K05
Chromosome9 (Build37)
Map Location 62,768,152 - 62,898,655
singlet/doubletdoublet
Overlap genePias1, LOC100039976
Upstream geneKif23, Paqr5, Glce, Spesp1, LOC100039897, Anp32a, Coro2b, Itga11, EG665478, Fem1b, Cln6, Calml4
Downstream genePpia-ps9_818.1, Lbxcor1, Map2k5, 2300009A05Rik, Iqch, LOC621763, 2310007F21Rik, Smad3, LOC100040009, Smad6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-019K05.bB6Ng01-019K05.g
ACCDH852671DH852672
length1,022788
definitionDH852671|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019K05, 5' end.DH852672|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019K05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(62,768,152 - 62,769,174)(62,897,872 - 62,898,655)
sequence
gaattcagcatctttccaatactaagcaagtactctatcattgaccaagc
atccttagtccccaaaatagtcacctaagaaatgctaattcagaaatgac
ttttagaacttactggaaggctgcaaggttttgtattcacttttacacaa
aggttgggtgggaagtgatcttcttgtggacaactggtttctgataaaca
aaacctagatggcaaagattgagtttatttcttattaaaagataacctct
aacattttaacttgatagataacttgaaagatcatcaattttaaaacaga
aaaagaacaaacaatgaaaaagaatattttacatgaggaataaacatagg
taaacaggcttttaaaacaaagttgaccattgaacagaggtctgaattgc
acaggtctctgtgtgtgtgtgtatgcaaaggtgaacacatgtgcataaat
ttgtgatatcttaaacaaactgaaagaaaaactagttagtctagatgtta
aaaacattaagaatttagatagcttataaatgcataaaatatatgtagat
aatagtactctaagttaccacaaaatatgtataaatctactacttagaaa
tccattaaactccatgcacacagaccaaccacacctggtgccattcccag
tcacagaaaaacaaacacaaagctgagatcttaagggacaactgcacaga
actgtggtccacacatgcttgctgggggactttacagatgtttcctgctt
ctgtgcaatcagacagaccttgagcatgtgctggggacaggaagtaatac
ggaattaagaataacacttatttttcagtgtctgtaagagtgaatagagt
gagaacaaggacttcaaacctgcaccctatttctacagcagtgattgcag
tgcagtgactgcccactccccactgctcggattcaagcaccctcttcgag
cagtccttcaaaactataaacagtcacagtaaaaatgtctcgtggggttc
tgtccattttcatccaatatat
gaattcacactctagactaggctagcctggaactcagagatcctcccgtc
tcagcctactgagaaccgggattaaaggccaccgcctggctatctttgtc
aggaaatcttatttgtaaaaaattaaagcctcttacatcctttattcact
gttactttttgcttgtttgtttgctgctttttgaaataggttctcactgc
tataaaaccttgaagcagtccccttgcctcagcctcccaggtgctgagat
cacaggtgtgacttaccaagcctgactccatcagtttttttttaaaaaag
ctttaatcatcttaacagggtgtggcagcatgtggtgttagtcctagcac
tcagcaggcagaggtaagcacatctttgtgagttcctagcaagccagacc
tacataatcctacataatgagactctgactgagaacaacagcaacaacaa
caacaactgttttcctgtggtgctggatgtggtggtgggggacataccta
aaaatcatgggtactcaggagttccatacttaggctcatgtggagaactt
taagactggtctagagagtcactatttttttttaaaaatgtggtcttcca
tctttaaaatgtggtcttccatctccgccccacattgtctaactttaact
ccctgactattggtacttctcagttgattccctcacatctccacttattt
ttttctaatcactcttttactttcctgtggcacccccagaattccctaaa
aactcatctttcattcccccagtttactctttaactgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_62768152_62769174
seq2: B6Ng01-019K05.b_42_1063

seq1  GAATTCAGCATCTTTCCAATACTAAGCAAGTACTCTATCATTGACCAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCATCTTTCCAATACTAAGCAAGTACTCTATCATTGACCAAGC  50

seq1  ATCCTTAGTCCCCAAAATAGTCACCTAAGAAATGCTAATTCAGAAATGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTAGTCCCCAAAATAGTCACCTAAGAAATGCTAATTCAGAAATGAC  100

seq1  TTTTAGAACTTACTGGAAGGCTGCAAGGTTTTGTATTCACTTTTACACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGAACTTACTGGAAGGCTGCAAGGTTTTGTATTCACTTTTACACAA  150

seq1  AGGTTGGGTGGGAAGTGATCTTCTTGTGGACAACTGGTTTCTGATAAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGGGTGGGAAGTGATCTTCTTGTGGACAACTGGTTTCTGATAAACA  200

seq1  AAACCTAGATGGCAAAGATTGAGTTTATTTCTTATTAAAAGATAACCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTAGATGGCAAAGATTGAGTTTATTTCTTATTAAAAGATAACCTCT  250

seq1  AACATTTTAACTTGATAGATAACTTGAAAGATCATCAATTTTAAAACAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTTTAACTTGATAGATAACTTGAAAGATCATCAATTTTAAAACAGA  300

seq1  AAAAGAACAAACAATGAAAAAGAATATTTTACATGAGGAATAAACATAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAACAAACAATGAAAAAGAATATTTTACATGAGGAATAAACATAGG  350

seq1  TAAACAGGCTTTTAAAACAAAGTTGACCATTGAACAGAGGTCTGAATTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAGGCTTTTAAAACAAAGTTGACCATTGAACAGAGGTCTGAATTGC  400

seq1  ACAGGTCTCTGTGTGTGTGTGTATGCAAAGGTGAACACATGTGCATAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTCTCTGTGTGTGTGTGTATGCAAAGGTGAACACATGTGCATAAAT  450

seq1  TTGTGATATCTTAAACAAACTGAAAGAAAAACTAGTTAGTCTAGATGTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGATATCTTAAACAAACTGAAAGAAAAACTAGTTAGTCTAGATGTTA  500

seq1  AAAACATTAAGAATTTAGATAGCTTATAAATGCATAAAATATATGTAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATTAAGAATTTAGATAGCTTATAAATGCATAAAATATATGTAGAT  550

seq1  AATAGTACTCTAAGTTACCACAAAATATGTATAAATCTACTACTTAGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTACTCTAAGTTACCACAAAATATGTATAAATCTACTACTTAGAAA  600

seq1  TCCATTAAACTCCATGCACACAGACCAACCACACCTGGTGCCATTCCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTAAACTCCATGCACACAGACCAACCACACCTGGTGCCATTCCCAG  650

seq1  TCACAGAAAAACAAACACAAAGCTGAGATCTTAAGGGACAACTGCACAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGAAAAACAAACACAAAGCTGAGATCTTAAGGGACAACTGCACAGA  700

seq1  ACTGTGGTCCACACATGCTTGCTGGGGGACTTTACAGATGTTTCCTGCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGGTCCACACATGCTTGCTGGGGGACTTTACAGATGTTTCCTGCTT  750

seq1  CTGTGCAATCAGACAGACCTTGAGCATGTGCTGGGGACAGGAAGTAATAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCAATCAGACAGACCTTGAGCATGTGCTGGGGACAGGAAGTAATAC  800

seq1  GGAATTAAGAATAACACTTATTTTTCAGTGTCTGTAAGAGTGAATAGAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTAAGAATAACACTTATTTTTCAGTGTCTGTAAGAGTGAATAGAGT  850

seq1  GAGAACAAGGACTTCAAACCTGCACCCTATTTCTACAGCAGTGATTGCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACAAGGACTTCAAACCTGCACCCTATTTCTACAGCAGTGATTGCAG  900

seq1  TGCAGTGACTGCCCACTCCCCACTGCTCGGATTCAGGCA-CCTCTTCGAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
seq2  TGCAGTGACTGCCCACTCCCCACTGCTCGGATTCAAGCACCCTCTTCGAG  950

seq1  CAGTCCTTCAAAACTATAAACAGTCACAGTAAAAATGTCCTCGTGTGGTT  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  CAGTCCTTCAAAACTATAAACAGTCACAGTAAAAATGT-CTCGTGGGGTT  999

seq1  CTTGTTCATTTTCATCAAATATAT  1023
      | ||| |||||||||| |||||||
seq2  C-TGTCCATTTTCATCCAATATAT  1022

seq1: chr9_62897872_62898655
seq2: B6Ng01-019K05.g_70_857 (reverse)

seq1  ACAGTTGAAGAGTAAACTGGGGAAGTGAAAGATGAGTTTT--AGGAATTC  48
      |||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||   |||||||
seq2  ACAGTTAAAGAGTAAACTGGGGGAATGAAAGATGAGTTTTTAGGGAATTC  50

seq1  TTGGGGTGCCACAGG-AAGT-AAAGAGTGATTAGAAAAAAATAAGTGGAG  96
      | ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGTGCCACAGGAAAGTAAAAGAGTGATTAGAAAAAAATAAGTGGAG  100

seq1  ATGTGAGGGAATCAACTGAGAAGTACCAATAGTCAGGGAGTTAAAGTTAG  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAGGGAATCAACTGAGAAGTACCAATAGTCAGGGAGTTAAAGTTAG  150

seq1  ACAATGTGGGGCGGAGATGGAAGACCACATTTTAAAGATGGAAGACCACA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGTGGGGCGGAGATGGAAGACCACATTTTAAAGATGGAAGACCACA  200

seq1  TTTTTAAAAAAAAATAGTGACTCTCTAGACCAGTCTTAAAGTTCTCCACA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAAAAAAAATAGTGACTCTCTAGACCAGTCTTAAAGTTCTCCACA  250

seq1  TGAGCCTAAGTATGGAACTCCTGAGTACCCATGATTTTTAGGTATGTCCC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCTAAGTATGGAACTCCTGAGTACCCATGATTTTTAGGTATGTCCC  300

seq1  CCACCACCACATCCAGCACCACAGGAAAACAGTTGTTGTTGTTGTTGCTG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCACCACATCCAGCACCACAGGAAAACAGTTGTTGTTGTTGTTGCTG  350

seq1  TTGTTCTCAGTCAGAGTCTCATTATGTAGGATTATGTAGGTCTGGCTTGC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTCAGTCAGAGTCTCATTATGTAGGATTATGTAGGTCTGGCTTGC  400

seq1  TAGGAACTCACAAAGATGTGCTTACCTCTGCCTGCTGAGTGCTAGGACTA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAACTCACAAAGATGTGCTTACCTCTGCCTGCTGAGTGCTAGGACTA  450

seq1  ACACCACATGCTGCCACACCCTGTTAAGATGATTAAAGCTTTTTTAAAAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCACATGCTGCCACACCCTGTTAAGATGATTAAAGCTTTTTTAAAAA  500

seq1  AAAACTGATGGAGTCAGGCTTGGTAAGTCACACCTGTGATCTCAGCACCT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTGATGGAGTCAGGCTTGGTAAGTCACACCTGTGATCTCAGCACCT  550

seq1  GGGAGGCTGAGGCAAGGGGACTGCTTCAAGGTTTTATAGCAGTGAGAACC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGCTGAGGCAAGGGGACTGCTTCAAGGTTTTATAGCAGTGAGAACC  600

seq1  TATTTCAAAAAGCAGCAAACAAACAAGCAAAAAGTAACAGTGAATAAAGG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCAAAAAGCAGCAAACAAACAAGCAAAAAGTAACAGTGAATAAAGG  650

seq1  ATGTAAGAGGCTTTAATTTTTTACAAATAAGATTTCCTGACAAAGATAGC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAGAGGCTTTAATTTTTTACAAATAAGATTTCCTGACAAAGATAGC  700

seq1  CAGGCGGTGGCCTTTAATCCCGGTTCTCAGTAGGCTGAGACGGGAGGATC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCGGTGGCCTTTAATCCCGGTTCTCAGTAGGCTGAGACGGGAGGATC  750

seq1  TCTGAGTTCCAGGCTAGCCTAGTCTAGAGTGTGAATTC  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTTCCAGGCTAGCCTAGTCTAGAGTGTGAATTC  788