BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-023G12
Chromosome9 (Build37)
Map Location 27,044,326 - 27,221,990
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIgsf9b, Spata19
Upstream geneB3gat1, BC038479, Glb1l3, Gm1110, LOC330907, Acad8, Thyn1, Vps26b, Ncapd3, Jam3
Downstream geneLOC666440, LOC100041202, Opcml
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-023G12.bB6Ng01-023G12.g
ACCDH855336DH855337
length597822
definitionDH855336|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-023G12, 5' end.DH855337|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-023G12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,221,393 - 27,221,990)(27,044,326 - 27,045,148)
sequence
gaattcattcccccaggagtcagctcctaaggggccagctgagcagatgc
ctgtgccagagcgcctctccgagccagcaagcagaagactgctggtcgct
gctcctcctacaccctgagtaagcacaggaacttccctcactggaaaggc
aggacagagctggctgtggacacagatgagagcatgctggtggcttgggt
accatctatttgttgggggaaaatctgagcaatttacaccctgggttgga
cgtgtggcaaaggcactcctggatcgacaccgccctctgctggccatatg
cggccatgacaacatcctttggactggaacacaaacccaggaaggccaag
cttcccactatgaaaggtggagaaacagcagccagtccccccagcacctc
tttcaggagcatacaagctggactcaaagaagaggagacacttcctgtac
cttttccaggaaaaccctctgtcttttcatggtttgtattcctgcacaaa
gcatcaggaccaagaaaaaagttggggttcctaggaaagagtttgtttgg
cttacacttccacatttgctgttcatcaccaaaggaattcaggacag
cggaatttgggaagagtgaggattggacacttgctgggacagaggaagtc
agttgcatgaaactgaagaacagatagataaccagccatgtgatgggact
tagaatagaataaacgagataattaaattatgaactagttggggaatggg
cccaagtttatggcctaagcatttattcataattataattaagtctcaga
agtattatttcagggaacaaagaagccaagtgtaaaagcctatggttaca
cacagtaaagactttaagaggttggacttatgtggaagacttatctaggt
tagcaacatagggtaatgggtggatttatttcttctctctctttaacact
cagatgcagggtgaatagtcttcctctatcttgtgctcccaacatatgta
ccatcatgtgcaacagagacaactggactgtgggtccgtgttctgccctg
ccactggggtgtgggatacctagcagaatgcagaggggccagatgtagat
ttgtgctccgccctgccactgggatgtgaagtgcttggctgtgtctccct
gtaccaacatcttcaggaagctctgagacactactcgaggttgggaaaac
acagtctgagatgaggggccaaagttggggttccctgactcctggacacc
cagacacctctggggtgctacacagagaagtcaggaaggaaggatcatgg
gtccatgggaccctcaatgaggccaggactgttgggggtctcctgatggt
tagcctgggccaggggtgaaatgggaattccagctttgctctttggtgat
tgtccttacttggtagagaggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_27221393_27221990
seq2: B6Ng01-023G12.b_42_638 (reverse)

seq1  CTGTCCTGACTTCCTTTGGTGATGAACAGC-AATGTGGAAGTGTAAGCCA  49
      ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTGAATTCCTTTGGTGATGAACAGCAAATGTGGAAGTGTAAGCCA  50

seq1  AACAAACTCTTTCCTAGGAACCCCAACTTTTTTCTTGGTCCTGATGCTTT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACTCTTTCCTAGGAACCCCAACTTTTTTCTTGGTCCTGATGCTTT  100

seq1  GTGCAGGAATACAAACCATGAAAAGACAGAGGGTTTTCCTGGAAAAGGTA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGGAATACAAACCATGAAAAGACAGAGGGTTTTCCTGGAAAAGGTA  150

seq1  CAGGAAGTGTCTCCTCTTCTTTGAGTCCAGCTTGTATGCTCCTGAAAGAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGTGTCTCCTCTTCTTTGAGTCCAGCTTGTATGCTCCTGAAAGAG  200

seq1  GTGCTGGGGGGACTGGCTGCTGTTTCTCCACCTTTCATAGTGGGAAGCTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGGGGGGACTGGCTGCTGTTTCTCCACCTTTCATAGTGGGAAGCTT  250

seq1  GGCCTTCCTGGGTTTGTGTTCCAGTCCAAAGGATGTTGTCATGGCCGCAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTCCTGGGTTTGTGTTCCAGTCCAAAGGATGTTGTCATGGCCGCAT  300

seq1  ATGGCCAGCAGAGGGCGGTGTCGATCCAGGAGTGCCTTTGCCACACGTCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCAGCAGAGGGCGGTGTCGATCCAGGAGTGCCTTTGCCACACGTCC  350

seq1  AACCCAGGGTGTAAATTGCTCAGATTTTCCCCCAACAAATAGATGGTACC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAGGGTGTAAATTGCTCAGATTTTCCCCCAACAAATAGATGGTACC  400

seq1  CAAGCCACCAGCATGCTCTCATCTGTGTCCACAGCCAGCTCTGTCCTGCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCACCAGCATGCTCTCATCTGTGTCCACAGCCAGCTCTGTCCTGCC  450

seq1  TTTCCAGTGAGGGAAGTTCCTGTGCTTACTCAGGGTGTAGGAGGAGCAGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAGTGAGGGAAGTTCCTGTGCTTACTCAGGGTGTAGGAGGAGCAGC  500

seq1  GACCAGCAGTCTTCTGCTTGCTGGCTCGGAGAGGCGCTCTGGCACAGGCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGCAGTCTTCTGCTTGCTGGCTCGGAGAGGCGCTCTGGCACAGGCA  550

seq1  TCTGCTCAGCTGGGCCCTGTGGGGAGCTGACTCCTGGGGGAATGAATTC  598
      ||||||||||||| |||  |  |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTCAGCTGGCCCC--TTAGGAGCTGACTCCTGGGGGAATGAATTC  597

seq1: chr9_27044326_27045148
seq2: B6Ng01-023G12.g_68_887

seq1  GAATTCTGGGATAGAGTGAGGATTGGACACTTGCTGGGACAGAGGAAGTC  50
      ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATT-TGGGA-AGAGTGAGGATTGGACACTTGCTGGGACAGAGGAAGTC  48

seq1  AGTTGCATGAAACTGAAGAACAGATAGATAACCAGCCATGTGATGGGACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCATGAAACTGAAGAACAGATAGATAACCAGCCATGTGATGGGACT  98

seq1  TAGAATAGAATAAACGAGATAATTAAATTATGAACTAGTTGGGGAATGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATAGAATAAACGAGATAATTAAATTATGAACTAGTTGGGGAATGGG  148

seq1  CCCAAGTTTATGGCCTAAGCATTTATTCATAATTATAATTAAGTCTCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGTTTATGGCCTAAGCATTTATTCATAATTATAATTAAGTCTCAGA  198

seq1  AGTATTATTTCAGGGAACAAAGAAGCCAAGTGTAAAAGCCTATGGTTACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTATTTCAGGGAACAAAGAAGCCAAGTGTAAAAGCCTATGGTTACA  248

seq1  CACAGTAAAGACTTTAAGAGGTTGGACTTATGTGGAAGACTTATCTAGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTAAAGACTTTAAGAGGTTGGACTTATGTGGAAGACTTATCTAGGT  298

seq1  TAGCAACATAGGGTAATGGGTGGATTTATTTCTTCTCTCTCTTTAACACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAACATAGGGTAATGGGTGGATTTATTTCTTCTCTCTCTTTAACACT  348

seq1  CAGATGCAGGGTGAATAGTCTTCCTCTATCTTGTGCTCCCAACATATGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGCAGGGTGAATAGTCTTCCTCTATCTTGTGCTCCCAACATATGTA  398

seq1  CCATCATGTGCAACAGAGACAACTGGACTGTGGGTCCGTGTTCTGCCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCATGTGCAACAGAGACAACTGGACTGTGGGTCCGTGTTCTGCCCTG  448

seq1  CCACTGGGGTGTGGGATACCTAGCAGAATGCAGAGGGGCCAGATGTAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGGGGTGTGGGATACCTAGCAGAATGCAGAGGGGCCAGATGTAGAT  498

seq1  TTGTGCTCCGCCCTGCCACTGGGATGTGAAGTGCTTGGCTGTGTCTCCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCTCCGCCCTGCCACTGGGATGTGAAGTGCTTGGCTGTGTCTCCCT  548

seq1  GTACCAACATCTTCAGGAAGCTCTGAGACACTACTCGAGGTTGGGAAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCAACATCTTCAGGAAGCTCTGAGACACTACTCGAGGTTGGGAAAAC  598

seq1  ACAGTCTGAGATGAGGGGCCAAAGTTGGGGTTCCCTGACTCCTGGACACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCTGAGATGAGGGGCCAAAGTTGGGGTTCCCTGACTCCTGGACACC  648

seq1  CAGACACCTCTGGGGTGCTACACAGAGAAGTCAGGAAGGAAGGATCATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACCTCTGGGGTGCTACACAGAGAAGTCAGGAAGGAAGGATCATGG  698

seq1  GTCCATGGGACCCTCAATGAGGCCAGGACTGTTGGGGGTCTCCTGATGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATGGGACCCTCAATGAGGCCAGGACTGTTGGGGGTCTCCTGATGGT  748

seq1  TAGCCTGGGGCCAGGGTGAAATGGGAATTCCAGCTTTGCTCATTGGTGAT  800
      ||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TAGCCTGGGCCAGGGGTGAAATGGGAATTCCAGCTTTGCTCTTTGGTGAT  798

seq1  TGTCCTTAGCTTGGTAGAGAGGC  823
      |||||||| ||||||||||||||
seq2  TGTCCTTA-CTTGGTAGAGAGGC  820