BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-025N10
Chromosome9 (Build37)
Map Location 66,959,906 - 67,088,234
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTln2
Upstream geneSnx1, 5730536A07Rik, Dapk2, Herc1, Fbxl22, Usp3, Car12, Aph1b, LOC623488, Aph1c, Rab8b, Rps27l, Lactb, Tpm1
Downstream geneLOC100041390, LOC100040253, EG640799, LOC665794, 3300001A09Rik, EG244911, Vps13c, LOC100041451
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-025N10.bB6Ng01-025N10.g
ACCDH857059DH857060
length1,0901,050
definitionDH857059|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-025N10, 5' end.DH857060|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-025N10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,959,906 - 66,961,006)(67,087,172 - 67,088,234)
sequence
gaattccttgcccacagaaatcatgagaaatatcaagctggttcctttct
agttagtttattatgtaacaataagctcttactgttatcttacacacttt
gtggggtcataggtggtgtctcccatcccttagaaagcatctcaaaagtt
cgttccaaccaggttgaaaaaatgggccacatgcttagacatcctgtggg
cagagcctgtctcccagagattgatagcatgtgctgtttggcagacagtg
tctgtatgagctttgtgtagagctttcctgatgctgtacttttgtgatgt
aatgttgatgaaagtgaacctgaacagctttgcattgcataattaatgac
attacatttccatgacaacgcctaattaatcatgtctgttcccatgaact
tttagcctgtgggaatcctagctcacatgggacagtaaattatgttggca
tatcttttacatttttttttcttctttgaatgaggatctcatgtagctca
gtctgacatccagcttgctttatagctaaggatgatacggaactccttct
gcctctacttcccagactcctgggattatagacttgtacctttatatcca
gtttacgcagtgttgggaatcaactcagggctccatgcatgaatcactca
atccactgagctaccttgccagccctcacctataatttttggaaggcaga
gatgggtgggtgctgcttttgaagacccctggactataaggtcgacacca
gggtctatcagtcccttaaggttaggggttagcccttttacacttgatcc
ccctttcctagcacagtacctggcacatcacactagctcattaaatattt
gtcgagtacatagaaaatgttgaataatgaatgagcctgtgtttgccttc
ctcctcctcacttgactccaagagttaagacaaaatccatctggaaggtt
cagcctgttggagctctgcatagaagaatggaggaagcatgtcccagagg
tccctatgatgttgtgattgctcacactcttccatctgactcatgaagtc
ggggataagacctcgatctctttaatatctcttcctttga
gaattccaccatggaaagcaagttgtggatagtttctgtcaaaggctcct
gttagtagataggagactgacagccttcagttcatcagtttctactgcac
ctttgatacagaaagaacaatgctgggtatcttgttttcttagaaacaac
aggcctggaaaatggctcagtcagtaaactgcttactggggcgagcacga
agacccgagtatggatttcccagcacccacataaaaagcacacgcggtag
tgtgcgcctttacagctctgaggaaataaaaaacaaaaacaacaacaaca
acaacaaaaaatcaaccaaaaacaatatggtgcttgcagtgggtagaaag
atggctcagtgaagagcacttgcttttgccattccagaggacccaagttc
aattcctagcgcccacagcagctggttcacaaccatctgtaacaccatct
tcaaggaatcccacatcctctctgactccatggatactctacacacacac
acaccatcttcaaggaatcccacatcctctctgactccatggatactcta
cacacacacacacacgtgcacacaaagttatatatatggaagtatcgtag
agaagcaattgagggaaatacttggcatggacctctggcttccacctgtg
catccacacacaaatagagaataatgcacatctcaaagagaaacccagca
ctaggctgtttcagtgtgtacaggagcccgtggctggctagtgtagtttt
cataagagaagtagccaagaagatagattcttttctatggggcagtagga
gctggcccatcttcagggtcaggctcagccttagtaagcagctgcggttc
ctaccccacacttcagccacctttagaagatgtcagaaaggaggaggttt
cattttcttcctacctatgcaagtctttatgggtatctatattcacctcc
caggacccacatacattgggaaagacttgctatttgtatgcccgcccaaa
aagttagaccccagtttagtctgctaatttctacaattttgtcaaattga

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_66959906_66961006
seq2: B6Ng01-025N10.b_49_1138

seq1  GAATTCCTTGCCCACAGAAATCATGAGAAATATCAAGCTGGTTCCTTTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGCCCACAGAAATCATGAGAAATATCAAGCTGGTTCCTTTCT  50

seq1  AGTTAGTTTATTATGTAACAATAAGCTCTTACTGTTATCTTACACACTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGTTTATTATGTAACAATAAGCTCTTACTGTTATCTTACACACTTT  100

seq1  GTGGGGTCATAGGTGGTGTCTCCCATCCCTTAGAAAGCATCTCAAAAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGTCATAGGTGGTGTCTCCCATCCCTTAGAAAGCATCTCAAAAGTT  150

seq1  CGTTCCAACCAGGTTGAAAAAATGGGCCACATGCTTAGACATCCTGTGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTCCAACCAGGTTGAAAAAATGGGCCACATGCTTAGACATCCTGTGGG  200

seq1  CAGAGCCTGTCTCCCAGAGATTGATAGCATGTGCTGTTTGGCAGACAGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCCTGTCTCCCAGAGATTGATAGCATGTGCTGTTTGGCAGACAGTG  250

seq1  TCTGTATGAGCTTTGTGTAGAGCTTTCCTGATGCTGTACTTTTGTGATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTATGAGCTTTGTGTAGAGCTTTCCTGATGCTGTACTTTTGTGATGT  300

seq1  AATGTTGATGAAAGTGAACCTGAACAGCTTTGCATTGCATAATTAATGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTGATGAAAGTGAACCTGAACAGCTTTGCATTGCATAATTAATGAC  350

seq1  ATTACATTTCCATGACAACGCCTAATTAATCATGTCTGTTCCCATGAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACATTTCCATGACAACGCCTAATTAATCATGTCTGTTCCCATGAACT  400

seq1  TTTAGCCTGTGGGAATCCTAGCTCACATGGGACAGTAAATTATGTTGGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCCTGTGGGAATCCTAGCTCACATGGGACAGTAAATTATGTTGGCA  450

seq1  TATCTTTTACATTTTTTTTTCTTCTTTGAATGAGGATCTCATGTAGCTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTTTACATTTTTTTTTCTTCTTTGAATGAGGATCTCATGTAGCTCA  500

seq1  GTCTGACATCCAGCTTGCTTTATAGCTAAGGATGATACGGAACTCCTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGACATCCAGCTTGCTTTATAGCTAAGGATGATACGGAACTCCTTCT  550

seq1  GCCTCTACTTCCCAGACTCCTGGGATTATAGACTTGTACCTTTATATCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTACTTCCCAGACTCCTGGGATTATAGACTTGTACCTTTATATCCA  600

seq1  GTTTACGCAGTGTTGGGAATCAACTCAGGGCTCCATGCATGAATCACTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACGCAGTGTTGGGAATCAACTCAGGGCTCCATGCATGAATCACTCA  650

seq1  ATCCACTGAGCTACCTTGCCAGCCCTCACCTATAATTTTTGGAAGGCAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACTGAGCTACCTTGCCAGCCCTCACCTATAATTTTTGGAAGGCAGA  700

seq1  GATGGGTGGGTGCTGCTTTTGAAGACCCCTGGACTATAAGGTCGACACCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGTGGGTGCTGCTTTTGAAGACCCCTGGACTATAAGGTCGACACCA  750

seq1  GGGTCTATCAGTCCCTTAAGGTTAGGGGTTAGCCCTTTTACACTTGATCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTATCAGTCCCTTAAGGTTAGGGGTTAGCCCTTTTACACTTGATCC  800

seq1  CCCTTTCCTAGCACAGTACCTGGCACATCACACTAGCTCATTAAATATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTCCTAGCACAGTACCTGGCACATCACACTAGCTCATTAAATATTT  850

seq1  GTCGAGTACATAGAAAATGTTGAATAATGAATGAGCCTGTGTTTTGCCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTCGAGTACATAGAAAATGTTGAATAATGAATGAGCCTGTG-TTTGCCTT  899

seq1  -CTCCTCCTCACTTGACTCACAGAGTTAAGACAAAATCCATCTGGAAGGT  949
       ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCCTCACTTGACTCCAAGAGTTAAGACAAAATCCATCTGGAAGGT  949

seq1  TCAGCCTGTTTGAGCTCTGCAGAGAGACATGGAGGAAGCATGTCCCAGAG  999
      |||||||||| |||||||||| |||   ||||||||||||||||||||| 
seq2  TCAGCCTGTTGGAGCTCTGCATAGAAGAATGGAGGAAGCATGTCCCAGA-  998

seq1  GGTCCCTATGATGGTTGTGATTGCTCACACTCTCACATTCTGGACTCATG  1049
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||  || ||| ||||||||
seq2  GGTCCCTATGAT-GTTGTGATTGCTCACACTCTTCCA-TCT-GACTCATG  1045

seq1  AAGTCGGGGGATACAGACCTCAGATCCTCTTTAATATCCCTCTTCCCTTT  1099
      ||||| ||||||| ||||||| ||| |||||||||||  ||||| |||||
seq2  AAGTC-GGGGATA-AGACCTC-GAT-CTCTTTAATAT--CTCTT-CCTTT  1088

seq1  GA  1101
      ||
seq2  GA  1090

seq1: chr9_67087172_67088234
seq2: B6Ng01-025N10.g_65_1114 (reverse)

seq1  TCAATTTGACAAAAATAGGTAGAAATTTAGGCAGACCTAAACTGGGGGTC  50
      |||||||||||||| |  |||||||||   ||||| ||||||| ||||||
seq2  TCAATTTGACAAAATT--GTAGAAATT--AGCAGA-CTAAACT-GGGGTC  44

seq1  TAACTTTTTTGGGGCGGGCATACAAATAGCCAAAGTTCCTTTCCCAATGT  100
      |||||||||  |||||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||
seq2  TAACTTTTT--GGGCGGGCATACAAATAGC--AAGT--CTTTCCCAATGT  88

seq1  ATGTGGGTCCCTGGGAGGTGAATATAGATACCCATAAAGACTTGCATAGG  150
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGGT-CCTGGGAGGTGAATATAGATACCCATAAAGACTTGCATAGG  137

seq1  TAGGAAGAAAATGAAACCTCCTCC-TTCTGACATCTTCCTAAAGGTGGCT  199
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  TAGGAAGAAAATGAAACCTCCTCCTTTCTGACATCTT-CTAAAGGTGGCT  186

seq1  GAAGTGTGGGGTAGGAACCGCAGCTGCTTACTAAGGCTGAGCCTGACCCT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGTGGGGTAGGAACCGCAGCTGCTTACTAAGGCTGAGCCTGACCCT  236

seq1  GAAGATGGGCCAGCTCCTACTGCCCCATAGAAAAGAATCTATCTTCTTGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGGGCCAGCTCCTACTGCCCCATAGAAAAGAATCTATCTTCTTGG  286

seq1  CTACTTCTCTTATGAAAACTACACTAGCCAGCCACGGGCTCCTGTACACA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTCTCTTATGAAAACTACACTAGCCAGCCACGGGCTCCTGTACACA  336

seq1  CTGAAACAGCCTAGTGCTGGGTTTCTCTTTGAGATGTGCATTATTCTCTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAACAGCCTAGTGCTGGGTTTCTCTTTGAGATGTGCATTATTCTCTA  386

seq1  TTTGTGTGTGGATGCACAGGTGGAAGCCAGAGGTCCATGCCAAGTATTTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTGTGGATGCACAGGTGGAAGCCAGAGGTCCATGCCAAGTATTTC  436

seq1  CCTCAATTGCTTCTCTACGATACTTCCATATATATAACTTTGTGTGCACG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAATTGCTTCTCTACGATACTTCCATATATATAACTTTGTGTGCACG  486

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTAGAGTATCCATGGAGTCAGAGAGGATGTGGGATTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTAGAGTATCCATGGAGTCAGAGAGGATGTGGGATTC  536

seq1  CTTGAAGATGGTGTGTGTGTGTGTAGAGTATCCATGGAGTCAGAGAGGAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAGATGGTGTGTGTGTGTGTAGAGTATCCATGGAGTCAGAGAGGAT  586

seq1  GTGGGATTCCTTGAAGATGGTGTTACAGATGGTTGTGAACCAGCTGCTGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGATTCCTTGAAGATGGTGTTACAGATGGTTGTGAACCAGCTGCTGT  636

seq1  GGGCGCTAGGAATTGAACTTGGGTCCTCTGGAATGGCAAAAGCAAGTGCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCGCTAGGAATTGAACTTGGGTCCTCTGGAATGGCAAAAGCAAGTGCT  686

seq1  CTTCACTGAGCCATCTTTCTACCCACTGCAAGCACCATATTGTTTTTGGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACTGAGCCATCTTTCTACCCACTGCAAGCACCATATTGTTTTTGGT  736

seq1  TGATTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTGTTTTTTATTTCCTCAGAGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTGTTTTTTATTTCCTCAGAGC  786

seq1  TGTAAAGGCGCACACTACCGCGTGTGCTTTTTATGTGGGTGCTGGGAAAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAGGCGCACACTACCGCGTGTGCTTTTTATGTGGGTGCTGGGAAAT  836

seq1  CCATACTCGGGTCTTCGTGCTCGCCCCAGTAAGCAGTTTACTGACTGAGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACTCGGGTCTTCGTGCTCGCCCCAGTAAGCAGTTTACTGACTGAGC  886

seq1  CATTTTCCAGGCCTGTTGTTTCTAAGAAAACAAGATACCCAGCATTGTTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCCAGGCCTGTTGTTTCTAAGAAAACAAGATACCCAGCATTGTTC  936

seq1  TTTCTGTATCAAAGGTGCAGTAGAAACTGATGAACTGAAGGCTGTCAGTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTATCAAAGGTGCAGTAGAAACTGATGAACTGAAGGCTGTCAGTC  986

seq1  TCCTATCTACTAACAGGAGCCTTTGACAGAAACTATCCACAACTTGCTTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATCTACTAACAGGAGCCTTTGACAGAAACTATCCACAACTTGCTTT  1036

seq1  CCATGGTGGAATTC  1063
      ||||||||||||||
seq2  CCATGGTGGAATTC  1050