BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-027A19
Chromosome9 (Build37)
Map Location 16,921,375 - 17,016,320
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneFat3, EG434373, LOC100040074
Downstream geneLOC100040090, LOC244710, LOC100040508, EG665548, LOC665554
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-027A19.bB6Ng01-027A19.g
ACCDH857905DH857906
length1,0551,049
definitionDH857905|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027A19, 5' end.DH857906|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027A19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,015,255 - 17,016,320)(16,921,375 - 16,922,437)
sequence
gaattcaagaatcagcacaaagagaagtactaatgagataaacttcacaa
aagataagggacagtggctcttacatggctgtgatatgcttgagattgat
cttcaaactatatagggtaacactaactctacagggtaaaactaatacag
gatgaatgtaggaatcagtttaaattaagccatgagactcaaacacacac
acacacacacacacacacacagagagagagagagagagagagagagagag
agagagagagagaggaagaaacatgaaaaaattaaaggaaaattctaagg
ttttgttcccagacttgttatgaaacaatactatttcatcttttgtttcc
atatcatcacccacggggaatacactgactcttttatgctcacaaggaga
aacttaaatcagaacctatctaaaagtggtaaagctatttagcaacttac
catttagagtaacaggccaaacaaaacagtttgttatgacaaacagtgta
tcagcaaatgcaggtttgaatcagaactcatgagaatataaaagtatata
tatacatacttttatataaatgcatacaattttagaaagaccatcatttg
ttgatacatgaggccattagtggcaaccaagatcaaggcttaactactat
aagcagcaggattcagactgatgcctatgctgcttcttatacttctccta
tggttaggattatttctatcttcaaacagttgcatttcttattcagttta
aaccatcaaattcaaagtgttaaggtaaaatttacagagaaaaaatcaga
acctacaagagagaataaagcaaaattattttaggaaaaccccagaggtt
aaattagcataattgaatatctctccctactctttataggagagacacta
tatgaaatatactattcagcaagatatgataacatataattatatacctg
ttggggtatctcttattacttacttaaaaagaagaaatcctgaggcaccg
tagtatcagcgaagttctgcaacaacgaaattctaaagagactggaatgt
gcctg
gaattcttagctgtcagtcataatattatccacaattcaatgatgaagaa
attaaatgcttaaaattttagcaattggcccacagtaatacattcaacaa
gaagtaggatttgtaatctagagagttcaattcaaagctttcactttatg
ctttatttcaactcctattacagatgtcaaattataatctgctgcaactt
tttcactggtagaacaaatatgctggagctacttccccatatgaaatgaa
aaactatcctgccttcatgagagatcattctaagaaagacagttaataaa
attacaaacagattacagtttaaaataaacaaaggaaaatttatttctga
accagaatagtgggaacaacaacaaccaataaaaaagcaacaacaacaac
aaaatacaacaaaatcctgagcaatgagttgacgtaatagctaataaggg
agaaagccatgtttttaattaagatgatgcttgatggttagtttttaaca
ctcaacttgctacaaccaaagtcacctacgcagagagaatctcaaagaca
ctcacagaggttggcttgggcatgtttgtaggtgattgattttactaagc
taattgtttgagaagttccaacccactgtgggcaacactgttccctaaac
aacaagggattctgagctatgttacagaggtgaagctgaggacaggcaag
catgtgtgcatttattttcctttgttcctgattacagatacaatataatg
gggcatctcaaggttttgctgctgtgacagcccaccagttgtaggatata
atatggaataataaactaaattagatctgcctcccctaagttcctttgtg
tcaggacttttatcacagcagcataagtgaaactagaacaatacttggcc
taagtaggatagctgatatgacctacctaatttttaaagtttcttcatct
tctaagagaatcatagatggattgaagaaagcttgtggtccagaccatga
tgtattccaggacaagggttgccatgtgttctgaagtgggatgatagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_17015255_17016320
seq2: B6Ng01-027A19.b_41_1092 (reverse)

seq1  GCACATTCCAGTCTCTCTAGAATTTTCGTTTGTTTGCAGAACTTCTGCTG  50
      |||||||||||||||| ||||| |||||||   |||||||||||| ||||
seq2  GCACATTCCAGTCTCTTTAGAA-TTTCGTT--GTTGCAGAACTTC-GCTG  46

seq1  ATACTACCGTTGCCTCTAGGATATCTTCTGTTTTAAGTAAAGTAATAAGA  100
      |||||| || |||||| ||||| |||||| |||||||| |||||||||||
seq2  ATACTA-CGGTGCCTC-AGGATTTCTTCT-TTTTAAGT-AAGTAATAAGA  92

seq1  GATACCCCAACAGGTATTATAATTATATTGTTATCATAATCTTTGCTGAA  150
      |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| ||||||||
seq2  GATACCCCAACAGGTA-TATAATTATA-TGTTATCAT-ATC-TTGCTGAA  138

seq1  TAGTATATTTCATATAGTGTCTTCTCCTATTAAAGAGTAGGGAGAGATAT  200
      ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATATTTCATATAGTGTC-TCTCCTA-TAAAGAGTAGGGAGAGATAT  186

seq1  TCAATTATGCTAATTTAACCTCTGGGGTTTTCCTAAAATAATTTTGCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTATGCTAATTTAACCTCTGGGGTTTTCCTAAAATAATTTTGCTTT  236

seq1  ATTCTCTCTTGTAGGTTCTGATTTTTTCTCTGTGAATTTTACCTTAACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATTCTCTCTTGTAGGTTCTGATTTTTTCTCTGTAAATTTTACCTTAACAC  286

seq1  TTTGAATTTGATGGTTTAAACTGAATAAGAAATGCAACTGTTTGAAGATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATTTGATGGTTTAAACTGAATAAGAAATGCAACTGTTTGAAGATA  336

seq1  GAAATAATCCTAACCATAGGAGAAGTATAAGAAGCAGCATAGGCATCAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAATCCTAACCATAGGAGAAGTATAAGAAGCAGCATAGGCATCAGT  386

seq1  CTGAATCCTGCTGCTTATAGTAGTTAAGCCTTGATCTTGGTTGCCACTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATCCTGCTGCTTATAGTAGTTAAGCCTTGATCTTGGTTGCCACTAA  436

seq1  TGGCCTCATGTATCAACAAATGATGGTCTTTCTAAAATTGTATGCATTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTCATGTATCAACAAATGATGGTCTTTCTAAAATTGTATGCATTTA  486

seq1  TATAAAAGTATGTATATATATACTTTTATATTCTCATGAGTTCTGATTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAAGTATGTATATATATACTTTTATATTCTCATGAGTTCTGATTCA  536

seq1  AACCTGCATTTGCTGATACACTGTTTGTCATAACAAACTGTTTTGTTTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGCATTTGCTGATACACTGTTTGTCATAACAAACTGTTTTGTTTGG  586

seq1  CCTGTTACTCTAAATGGTAAGTTGCTAAATAGCTTTACCACTTTTAGATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTACTCTAAATGGTAAGTTGCTAAATAGCTTTACCACTTTTAGATA  636

seq1  GGTTCTGATTTAAGTTTCTCCTTGTGAGCATAAAAGAGTCAGTGTATTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTGATTTAAGTTTCTCCTTGTGAGCATAAAAGAGTCAGTGTATTCC  686

seq1  CCGTGGGTGATGATATGGAAACAAAAGATGAAATAGTATTGTTTCATAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGGGTGATGATATGGAAACAAAAGATGAAATAGTATTGTTTCATAAC  736

seq1  AAGTCTGGGAACAAAACCTTAGAATTTTCCTTTAATTTTTTCATGTTTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTGGGAACAAAACCTTAGAATTTTCCTTTAATTTTTTCATGTTTCT  786

seq1  TCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGT  836

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGAGTCTCATGGCTTAATTTAAACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGAGTCTCATGGCTTAATTTAAACT  886

seq1  GATTCCTACATTCATCCTGTATTAGTTTTACCCTGTAGAGTTAGTGTTAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCTACATTCATCCTGTATTAGTTTTACCCTGTAGAGTTAGTGTTAC  936

seq1  CCTATATAGTTTGAAGATCAATCTCAAGCATATCACAGCCATGTAAGAGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATATAGTTTGAAGATCAATCTCAAGCATATCACAGCCATGTAAGAGC  986

seq1  CACTGTCCCTTATCTTTTGTGAAGTTTATCTCATTAGTACTTCTCTTTGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTCCCTTATCTTTTGTGAAGTTTATCTCATTAGTACTTCTCTTTGT  1036

seq1  GCTGATTCTTGAATTC  1066
      ||||||||||||||||
seq2  GCTGATTCTTGAATTC  1052

seq1: chr9_16921375_16922437
seq2: B6Ng01-027A19.g_66_1114

seq1  GAATTCTTAGCTGTCAGTCATAATATTATCCACAATTCAATGATGAAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAGCTGTCAGTCATAATATTATCCACAATTCAATGATGAAGAA  50

seq1  ATTAAATGCTTAAAATTTTAGCAATTGGCCCACAGTAATACATTCAACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATGCTTAAAATTTTAGCAATTGGCCCACAGTAATACATTCAACAA  100

seq1  GAAGTAGGATTTGTAATCTAGAGAGTTCAATTCAAAGCTTTCACTTTATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTAGGATTTGTAATCTAGAGAGTTCAATTCAAAGCTTTCACTTTATG  150

seq1  CTTTATTTCAACTCCTATTACAGATGTCAAATTATAATCTGCTGCAACTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATTTCAACTCCTATTACAGATGTCAAATTATAATCTGCTGCAACTT  200

seq1  TTTCACTGGTAGAACAAATATGCTGGAGCTACTTCCCCATATGAAATGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTGGTAGAACAAATATGCTGGAGCTACTTCCCCATATGAAATGAA  250

seq1  AAACTATCCTGCCTTCATGAGAGATCATTCTAAGAAAGACAGTTAATAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTATCCTGCCTTCATGAGAGATCATTCTAAGAAAGACAGTTAATAAA  300

seq1  ATTACAAACAGATTACAGTTTAAAATAAACAAAGGAAAATTTATTTCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAAACAGATTACAGTTTAAAATAAACAAAGGAAAATTTATTTCTGA  350

seq1  ACCAGAATAGTGGGAACAACAACAACCAATAAAAAAGCAACAACAACAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGAATAGTGGGAACAACAACAACCAATAAAAAAGCAACAACAACAAC  400

seq1  AAAATACAACAAAATCCTGAGCAATGAGTTGACGTAATAGCTAATAAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACAACAAAATCCTGAGCAATGAGTTGACGTAATAGCTAATAAGGG  450

seq1  AGAAAGCCATGTTTTTAATTAAGATGATGCTTGATGGTTAGTTTTTAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGCCATGTTTTTAATTAAGATGATGCTTGATGGTTAGTTTTTAACA  500

seq1  CTCAACTTGCTACAACCAAAGTCACCTACGCAGAGAGAATCTCAAAGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACTTGCTACAACCAAAGTCACCTACGCAGAGAGAATCTCAAAGACA  550

seq1  CTCACAGAGGTTGGCTTGGGCATGTTTGTAGGTGATTGATTTTACTAAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGAGGTTGGCTTGGGCATGTTTGTAGGTGATTGATTTTACTAAGC  600

seq1  TAATTGTTTGAGAAGTTCCAACCCACTGTGGGCAACACTGTTCCCTAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTTTGAGAAGTTCCAACCCACTGTGGGCAACACTGTTCCCTAAAC  650

seq1  AACAAGGGATTCTGAGCTATGTTACAGAGGTGAAGCTGAGGACAGGCAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGGGATTCTGAGCTATGTTACAGAGGTGAAGCTGAGGACAGGCAAG  700

seq1  CATGTGTGCATTTATTTTCCTTTGTTCCTGATTACAGATACAATATAATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTGCATTTATTTTCCTTTGTTCCTGATTACAGATACAATATAATG  750

seq1  GGGCATCTCAAGGTTTTGCTGCTGTGACAGCCCACCAGTTGTAGGATATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATCTCAAGGTTTTGCTGCTGTGACAGCCCACCAGTTGTAGGATATA  800

seq1  ATATGGAATAATAAACTAAATTAGATCTGCCTCCCCTAAGTTCCTTTGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGAATAATAAACTAAATTAGATCTGCCTCCCCTAAGTTCCTTTGTG  850

seq1  TCAGGAACTTTTATCACAGCAGCATAAGTGAAACTAGAACAATACTTGGC  900
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGG-ACTTTTATCACAGCAGCATAAGTGAAACTAGAACAATACTTGGC  899

seq1  CTAAGTAGGAATAGCTGATATGACCTACCTAATTTTTTAAAAGTTTCTTC  950
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||
seq2  CTAAGTAGG-ATAGCTGATATGACCTACCTAATTTTT--AAAGTTTCTTC  946

seq1  ATCTTCTAAAGAGAATCAATAGAATGGAATTGAAGGAAAGGCTTTGTGTT  1000
      ||||||| ||||||||| |||| |||| |||||| |||||   ||||| |
seq2  ATCTTCT-AAGAGAATC-ATAG-ATGG-ATTGAA-GAAAG--CTTGTGGT  989

seq1  CAAGACCATGATTGTATTCCAAGACAAGGTGTTGCCATGTGTTCTGATGT  1050
      | ||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  CCAGACCATGA-TGTATTCCAGGACAAGG-GTTGCCATGTGTTCTGAAGT  1037

seq1  GGTAATGATAGCT  1063
      ||  |||||||||
seq2  GG-GATGATAGCT  1049