BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-028P03
Chromosome9 (Build37)
Map Location 97,770,058 - 97,893,652
singlet/doubletdoublet
Overlap geneClstn2
Upstream geneAcpl2, LOC19034, LOC667226, Spsb4, LOC100040254, Slc25a36, EG622727, LOC384971, Trim42
Downstream geneLOC667298, Nmnat3, Rbp1, Rbp2, 4930579K19Rik, Copb2, Mrps22, EG623166, EG623186, 2410012M07Rik, LOC546155, LOC100040370, 7420426K07Rik, LOC100040380, LOC667347, Foxl2os, Foxl2, Faim
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-028P03.bB6Ng01-028P03.g
ACCDH859283DH859284
length1,1341,067
definitionDH859283|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028P03, 5' end.DH859284|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028P03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,892,490 - 97,893,652)(97,770,058 - 97,771,135)
sequence
gaattccctgcagttggggatttatgtgtaggtctgactgggcaaagcaa
agccatctccactgatgggtcatctgcacataggtgggttttactgatgt
gtctcaaaggtgccatctctcttctctcaccttttttgggaaaatgtcat
ttcctcaactgactttttgaaaagatttagtcatgcacttgggaagcaat
gaagcccccattcccaaattgccctctttgtgaaattgatatttaacaaa
acctttttgcatattactgcattcttagctctgttttaggctgtggggag
caaggtggaaccattggtcctgagtttatgcctctttataggggctagag
tgagccaggcaaaagagcacatatctacttggggcaaaggtgcccttttg
aagcaggctctgtgtagcttttatcagtctgcatgtcagggtgattgtgc
caagtccccattacgttgactttcttcttcaccaaatggaaaaccagcca
ttaattaaatgtcaatgactattcctgctagttcaattttctggttctat
ctaattagaattagatgataagagaggttaggcaggctaaatcaaaggaa
caaaaagggttcaggcttccaaactgtgtccttgcatttgctaaatcaat
ttcaattagctgcctaaagccttttgtttggctgccctgagaaacaagat
ggttgcgttttggagagactctttgctgttctcagttacacacattgact
ttggccacccatggccccaagagttctttggactcacactaaagtcacag
atacctaagcgattttgctttcagacagctccgtcctgctcctcagaccc
aggtgcggctgggatggagggctgctgtaatctctgcactgctctccacc
cccatctttcttggcaaagcacagaagacagccttgccagatagaagctt
gccagttcagccaataagattcatttgctaccagaagaagccaaattcac
tgtgggcagatttctaactgaatgagtactcatcacaattaagactacca
cagcttgaacaattaactaatcccagaaatccaatctaaacttttgactc
tatgtgatagatagtagaaattagacattgactt
gaattctttgttcagctctgagccccatcttttaagggggttatttgatt
ttctggagtccaccctcttgagttctttatatatattggatattagtccc
ctatctgatttaagataggtaaagatcctttcccaatctgttggtggcct
ttttgtcttattgacggtgtgctcactttctatgttgtttgagattccct
gggtttgttttgctactaaaacccagtcagcagttccctgtttctacctc
ccatctccccacagacccactgggattacagacaatcatgcttatgtgtc
tgctttctacataggttttgtagagtcaaactcaagtatgtgtaagaagc
aagtgaagatcttagtgattgtttgacatgacccacccaggcccaaggtc
ccagatctagatcgaagggtaattggtaaggccttttcccatagacatca
ggctcaaaattggaaaactcgtcttcctctggtccaagtgcataaggaga
gttgatgaatgtatgcaaaaaatatcatttacagcttcctttttctttgg
tgtttacaggctgagactagtcatcaacagacacttcctaccaaagatag
ttagtggtcaatccctctccctgtgctgtgcatgagaaatatccagatgc
caagttgtcagatgcttgtcatggttctatcggagtgtgtccaactcact
gaccccagcttttatgtatatttgcatgtgtatctgttctttcttcattt
tctcaatgctgccccagttaggtatcctgacccaagatgtaagagtcatg
acagatgttcaaacctatgcagttagtgcttttcttcactgagtcacctt
ctcagatccctgtgccctcaacttgattgtaagtattcaaggacacctgg
taacagccgaaaactattagcttcatggttgttaaggtgaccatgctgct
gctgctgctgctgctgaaatgatgatgatatgacatgatgatgacgatga
tatgatgatgacatgatgatatgatgacaatgaaaatgatgaaaaatgag
gaggagatgggaaggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_97892490_97893652
seq2: B6Ng01-028P03.b_43_1176 (reverse)

seq1  AAGTCATATGGTCTAAATTTTTCTACTTATACTATCACATTAGAGTTCAG  50
      |||||| || ||||||   ||||||| ||| |||||||| ||||||    
seq2  AAGTCA-AT-GTCTAA---TTTCTAC-TAT-CTATCACA-TAGAGT---C  39

seq1  AAAAGTTTTAGATTTGGATATACTTGGGATTAGGTGTTAAATTTGTTCAA  100
      ||||| |||||| |||||| |   ||||||||   |||||  ||||||||
seq2  AAAAG-TTTAGA-TTGGATTT--CTGGGATTA---GTTAA--TTGTTCAA  80

seq1  GCTGTGGTATGTCTTAATTTGTTGATGAGTACTTCATTCAGTTAGGAAAT  150
      ||||||||| |||||||||   |||||||||| ||||||||||||  || 
seq2  GCTGTGGTA-GTCTTAATT--GTGATGAGTAC-TCATTCAGTTAG--AAA  124

seq1  TCTGCCCACAGTGAATTTGGCTTCTTCTGGTTAGCAAATGAATCTTATTG  200
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCCACAGTGAATTTGGCTTCTTCTGG-TAGCAAATGAATCTTATTG  173

seq1  GCTGAACTGGCAAGCTTCCTATCTGGCAAGGCTGTCTTCTGTGCTTTGCC  250
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAACTGGCAAGCTT-CTATCTGGCAAGGCTGTCTTCTGTGCTTTGCC  222

seq1  AAGAAAGATGGGGGTGGGGAGCAGTGCAGAGATTACAGCAGCCCTCCATC  300
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGATGGGGGTGGAGAGCAGTGCAGAGATTACAGCAGCCCTCCATC  272

seq1  CCAGCCGCACCTGGGTCTGAGGGGCAGGACGGAGCTGTCTGAAAGCAAAA  350
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCGCACCTGGGTCTGAGGAGCAGGACGGAGCTGTCTGAAAGCAAAA  322

seq1  TCGCCTTAGGTATCTGTGACTTTAGTGTGAGTCCAAAGAACTCTTGGGGC  400
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCG-CTTAGGTATCTGTGACTTTAGTGTGAGTCCAAAGAACTCTTGGGGC  371

seq1  CATGGGTGGCCAAAGTCAATGTGTGTAACTGAGAACAGCAAAGAGTCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGTGGCCAAAGTCAATGTGTGTAACTGAGAACAGCAAAGAGTCTCT  421

seq1  CCAAAACGCAACCATCTTGTTTCTCAGGGCAGCCAAACAAAAGGCTTTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAACGCAACCATCTTGTTTCTCAGGGCAGCCAAACAAAAGGCTTTAG  471

seq1  GCAGCTAATTGAAATTGATTTAGCAAATGCAAGGACACAGTTTGGAAGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTAATTGAAATTGATTTAGCAAATGCAAGGACACAGTTTGGAAGCC  521

seq1  TGAACCCTTTTTGTTCCTTTGATTTAGCCTGCCTAACCTCTCTTATCATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCCTTTTTGTTCCTTTGATTTAGCCTGCCTAACCTCTCTTATCATC  571

seq1  TAATTCTAATTAGATAGAACCAGAAAATTGAACTAGCAGGAATAGTCATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCTAATTAGATAGAACCAGAAAATTGAACTAGCAGGAATAGTCATT  621

seq1  GACATTTAATTAATGGCTGGTTTTCCATTTGGTGAAGAAGAAAGTCAACG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTTAATTAATGGCTGGTTTTCCATTTGGTGAAGAAGAAAGTCAACG  671

seq1  TAATGGGGACTTGGCACAATCACCCTGACATGCAGACTGATAAAAGCTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGGGACTTGGCACAATCACCCTGACATGCAGACTGATAAAAGCTAC  721

seq1  ACAGAGCCTGCTTCAAAAGGGCACCTTTGCCCCAAGTAGATATGTGCTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGCCTGCTTCAAAAGGGCACCTTTGCCCCAAGTAGATATGTGCTCT  771

seq1  TTTGCCTGGCTCACTCTAGCCCCTATAAAGAGGCATAAACTCAGGACCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTGGCTCACTCTAGCCCCTATAAAGAGGCATAAACTCAGGACCAA  821

seq1  TGGTTCCACCTTGCTCCCCACAGCCTAAAACAGAGCTAAGAATGCAGTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCCACCTTGCTCCCCACAGCCTAAAACAGAGCTAAGAATGCAGTAA  871

seq1  TATGCAAAAAGGTTTTGTTAAATATCAATTTCACAAAGAGGGCAATTTGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAAAAAGGTTTTGTTAAATATCAATTTCACAAAGAGGGCAATTTGG  921

seq1  GAATGGGGGCTTCATTGCTTCCCAAGTGCATGACTAAATCTTTTCAAAAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGGGGCTTCATTGCTTCCCAAGTGCATGACTAAATCTTTTCAAAAA  971

seq1  GTCAGTTGAGGAAATGACATTTTCCCAAAAAAGGTGAGAGAAGAGAGATG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTTGAGGAAATGACATTTTCCCAAAAAAGGTGAGAGAAGAGAGATG  1021

seq1  GCACCTTTGAGACACATCAGTAAAACCCACCTATGTGCAGATGACCCATC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTTTGAGACACATCAGTAAAACCCACCTATGTGCAGATGACCCATC  1071

seq1  AGTGGAGATGGCTTTGCTTTGCCCAGTCAGACCTACACATAAATCCCCAA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAGATGGCTTTGCTTTGCCCAGTCAGACCTACACATAAATCCCCAA  1121

seq1  CTGCAGGGAATTC  1163
      |||||||||||||
seq2  CTGCAGGGAATTC  1134

seq1: chr9_97770058_97771135
seq2: B6Ng01-028P03.g_66_1132

seq1  GAATTCTTTGTTCAGCTCTGAGCCCCATCTTTTAAGGGGGTTATTTGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTCAGCTCTGAGCCCCATCTTTTAAGGGGGTTATTTGATT  50

seq1  TTCTGGAGTCCACCCTCTTGAGTTCTTTATATATATTGGATATTAGTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGAGTCCACCCTCTTGAGTTCTTTATATATATTGGATATTAGTCCC  100

seq1  CTATCTGATTTAAGATAGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTGATTTAAGATAGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGCCT  150

seq1  TTTTGTCTTATTGACGGTGTGCTCACTTTCTATGTTGTTTGAGATTCCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTCTTATTGACGGTGTGCTCACTTTCTATGTTGTTTGAGATTCCCT  200

seq1  GGGTTTGTTTTGCTACTAAAACCCAGTCAGCAGTTCCCTGTTTCTACCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTGTTTTGCTACTAAAACCCAGTCAGCAGTTCCCTGTTTCTACCTC  250

seq1  CCATCTCCCCACAGACCCACTGGGATTACAGACAATCATGCTTATGTGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTCCCCACAGACCCACTGGGATTACAGACAATCATGCTTATGTGTC  300

seq1  TGCTTTCTACATAGGTTTTGTAGAGTCAAACTCAAGTATGTGTAAGAAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTCTACATAGGTTTTGTAGAGTCAAACTCAAGTATGTGTAAGAAGC  350

seq1  AAGTGAAGATCTTAGTGATTGTTTGACATGACCCACCCAGGCCCAAGGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAAGATCTTAGTGATTGTTTGACATGACCCACCCAGGCCCAAGGTC  400

seq1  CCAGATCTAGATCGAAGGGTAATTGGTAAGGCCTTTTCCCATAGACATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATCTAGATCGAAGGGTAATTGGTAAGGCCTTTTCCCATAGACATCA  450

seq1  GGCTCAAAATTGGAAAACTCGTCTTCCTCTGGTCCAAGTGCATAAGGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAAAATTGGAAAACTCGTCTTCCTCTGGTCCAAGTGCATAAGGAGA  500

seq1  GTTGATGAATGTATGCAAAAAATATCATTTACAGCTTCCTTTTTCTTTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATGAATGTATGCAAAAAATATCATTTACAGCTTCCTTTTTCTTTGG  550

seq1  TGTTTACAGGCTGAGACTAGTCATCAACAGACACTTCCTACCAAAGATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTACAGGCTGAGACTAGTCATCAACAGACACTTCCTACCAAAGATAG  600

seq1  TTAGTGGTCAATCCCTCTCCCTGTGCTGTGCATGAGAAATATCCAGATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGGTCAATCCCTCTCCCTGTGCTGTGCATGAGAAATATCCAGATGC  650

seq1  CAAGTTGTCAGATGCTTGTCATGGTTCTATCGGAGTGTGTCCAACTCACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTGTCAGATGCTTGTCATGGTTCTATCGGAGTGTGTCCAACTCACT  700

seq1  GACCCCAGCTTTTATGTATATTTGCATGTGTATCTGTTCTTTCTTCATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCCAGCTTTTATGTATATTTGCATGTGTATCTGTTCTTTCTTCATTT  750

seq1  TCTCAATGCTGCCCCAGTTAGGTATCCTGACCCAAGATGTAAGAGTCATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAATGCTGCCCCAGTTAGGTATCCTGACCCAAGATGTAAGAGTCATG  800

seq1  ACAGATGTTCAAACCTATGCAGTTAGTGCTTTTCTTCACTGAGTCACCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGTTCAAACCTATGCAGTTAGTGCTTTTCTTCACTGAGTCACCTT  850

seq1  CCCAGATCCCTGTGCCCTCAACTTGATTGTAAGGTATTCAAGGACACCTG  900
      | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTCAGATCCCTGTGCCCTCAACTTGATTGTAA-GTATTCAAGGACACCTG  899

seq1  GTAACAGCCGAAAACTATTAGCTTCATGGTTGTTAAGGTTGACCATGCTG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GTAACAGCCGAAAACTATTAGCTTCATGGTTGTTAAGG-TGACCATGCTG  948

seq1  CTGCTGCTGCTGCTGCTGAAAATGATGATGATAATGACAATGATGATGAC  1000
      |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||
seq2  CTGCTGCTGCTGCTGCTG-AAATGATGATGAT-ATGAC-ATGATGATGAC  995

seq1  GATGATAATGATGATGACAATGATGATAATGATGACAATGAAGATGATGA  1050
      |||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  GATGAT-ATGATGATGAC-ATGATGAT-ATGATGACAATGAAAATGATGA  1042

seq1  AGAAGATGAGGAGGAGAAGGGGAAGGAG  1078
        || ||||||||||| | |||||||||
seq2  --AAAATGAGGAGGAG-ATGGGAAGGAG  1067