BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-029F09
Chromosome9 (Build37)
Map Location 114,452,342 - 114,614,769
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTrim71, LOC100043808, Cnot10, LOC665772, Dync1li1
Upstream genePdcd6ip, Clasp2, Ubp1, Fbxl2, Susd5, EG665719, 4921528I07Rik, Bcl2a1c, 4930520O04Rik, Crtap, Glb1, Ccr4
Downstream geneCmtm6, Cmtm7, Cmtm8, Gpd1l, LOC100043813, Osbpl10, LOC100043812, Stt3b, LOC100039567, LOC670467, EG546164
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-029F09.bB6Ng01-029F09.g
ACCDH859562DH859563
length1,1501,022
definitionDH859562|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-029F09, 5' end.DH859563|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-029F09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,452,342 - 114,453,501)(114,613,734 - 114,614,769)
sequence
gaattcacagccatgccctgcctcagccaactcattattaaagaggaaac
aagagagggttctgatttaagggatcatactaaccaagaatgtaatacat
atgacaagcatgcaagcaggtagcaattaaaactgctactgtgcctgtaa
cacccgcccccatccgtgggaagtcaaggcaggaggactgctcctgctct
cagtctggtttgtttctctgacaccttatttcgccctggagtactgagta
cttagccagcactccacagcctggagttatttgtacaacattaaaattca
ggaagatggggctagagagatggctcagcggttaagagcaccaactgctc
ttccagaggtcctcagtgggtccagcctggagttatttgtacaacattaa
aattcaggaagatggggctagagagatggctcagcggttaagagcaccaa
ctgctcttccagaggtcctcagtgggtcctcggttcaagtcccagtaacc
acatgatggctcacaaccatctgtaatgggatcggatgtcctcttctggt
gtgtctgaagacagcaacagtgcactcacacacattaaataaataaatag
aattcaggaagatccgaaagagggcaggctagagggggtgcctctttggc
atcagctctcaaacccagcagggtaacaggataagcacacaggtgggcat
taaagccttcttcctgcagaagactgagcacagtcgttaaacactggcag
gaggattagttggcagagaaaaggacctattagcaggacaggtggtgact
gccagggagatcggccctggtgctaatcagccctccgctgaccaatgtcc
acgggcagagcacagcacaggcactcactcatcccagcacctcaacacca
tttggagcttccggagtcctgtaactccaaaggtctttgcaccaaaactc
gggcaccctggagagctgtcaaacaatgcttacgtgcgagcacaagagca
ggctttttttctcattctagtctctacatgccagtccaccatctcctggg
cagatacggtgagctgggagcaggaggcttgaggctgagggtcatgctgt
ctgttctccattctatattcttcctcagcaactgcttggcgaccctgctc

gaattccaggacagccagagctatacagtgaaaccctgtctcgaaaaacc
acaaaaaaacaaaaaacaaaaaacaaaacaaaacagacagagctgtacat
actcagaaaggacagtgtcctatggatgaaaacagggctgtgcaagtgag
agccactgcagggacaattacaattacagaaggaaagggaggaggaagga
tgggcaaaacaatcaccatattaaggaaagggaactcaaaactgaggttg
tttcttaaggctggccggaaggctaacatgccacatgtaaatacactaac
agcttaaaactatactatctgaaactccacttcacaccaacagaagcttg
tctatacctaactagtcactgacccaagtgacattctagaactcctgctg
agcaatgacaaactagacaaaacccaactgtggtggagagcagcagagtc
cctccgagttgacttaggaggccacactcaccatccctgtcttcgtcgtg
cacatttaagtacaggtactccagtcctcttcccttcttgtactcctcta
tgccctgaattcttcttatgaggcttgtcttcccagctccatcttcacct
acatacatacattgtttaaaaaagggcagttttaattgtagtgtggacca
gggacacatcatagcaccatgtgaaggccagctcactggtgtcagctaca
gcagtaatccacagaagactgccaggcagctgcaccctgggggacacaga
ctccacagcagactcccttctcccagtactgctgctacctggctaaagct
tgtccatcccgctataactgctgtcttccatgggacagagtgacaaggtc
agatgccacagcttcgggaagtgccacatttacagcagcctagatagtct
gtaaagtgtgagggctccctctagctctcagtctgagatttcagtatata
gagatacttttgtttgtttaagacagagtacaggcagctacaagtataca
catttcagtgggcaggatggta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_114452342_114453501
seq2: B6Ng01-029F09.b_45_1194

seq1  GAATTCACAGCCATGCCCTGCCTCAGCCAACTCATTATTAAAGAGGAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGCCATGCCCTGCCTCAGCCAACTCATTATTAAAGAGGAAAC  50

seq1  AAGAGAGGGTTCTGATTTAAGGGATCATACTAACCAAGAATGTAATACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAGGGTTCTGATTTAAGGGATCATACTAACCAAGAATGTAATACAT  100

seq1  ATGACAAGCATGCAAGCAGGTAGCAATTAAAACTGCTACTGTGCCTGTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAAGCATGCAAGCAGGTAGCAATTAAAACTGCTACTGTGCCTGTAA  150

seq1  CACCCGCCCCCATCCGTGGGAAGTCAAGGCAGGAGGACTGCTCCTGCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCGCCCCCATCCGTGGGAAGTCAAGGCAGGAGGACTGCTCCTGCTCT  200

seq1  CAGTCTGGTTTGTTTCTCTGACACCTTATTTCGCCCTGGAGTACTGAGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTGGTTTGTTTCTCTGACACCTTATTTCGCCCTGGAGTACTGAGTA  250

seq1  CTTAGCCAGCACTCCACAGCCTGGAGTTATTTGTACAACATTAAAATTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCCAGCACTCCACAGCCTGGAGTTATTTGTACAACATTAAAATTCA  300

seq1  GGAAGATGGGGCTAGAGAGATGGCTCAGCGGTTAAGAGCACCAACTGCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGATGGGGCTAGAGAGATGGCTCAGCGGTTAAGAGCACCAACTGCTC  350

seq1  TTCCAGAGGTCCTCAGTGGGTCCAGCCTGGAGTTATTTGTACAACATTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGAGGTCCTCAGTGGGTCCAGCCTGGAGTTATTTGTACAACATTAA  400

seq1  AATTCAGGAAGATGGGGCTAGAGAGATGGCTCAGCGGTTAAGAGCACCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAGGAAGATGGGGCTAGAGAGATGGCTCAGCGGTTAAGAGCACCAA  450

seq1  CTGCTCTTCCAGAGGTCCTCAGTGGGTCCTCGGTTCAAGTCCCAGTAACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTTCCAGAGGTCCTCAGTGGGTCCTCGGTTCAAGTCCCAGTAACC  500

seq1  ACATGATGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCGGATGTCCTCTTCTGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGATGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCGGATGTCCTCTTCTGGT  550

seq1  GTGTCTGAAGACAGCAACAGTGCACTCACACACATTAAATAAATAAATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTGAAGACAGCAACAGTGCACTCACACACATTAAATAAATAAATAG  600

seq1  AATTCAGGAAGATCCGAAAGAGGGCAGGCTAGAGGGGGTGCCTCTTTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAGGAAGATCCGAAAGAGGGCAGGCTAGAGGGGGTGCCTCTTTGGC  650

seq1  ATCAGCTCTCAAACCCAGCAGGGTAACAGGATAAGCACACAGGTGGGCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCTCTCAAACCCAGCAGGGTAACAGGATAAGCACACAGGTGGGCAT  700

seq1  TAAAGCCTTCTTCCTGCAGAAGACTGAGCACAGTCGTTAAACACTGGCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCCTTCTTCCTGCAGAAGACTGAGCACAGTCGTTAAACACTGGCAG  750

seq1  GAGGATTAGTTGGCAGAGAAAAGGACCTATTAGCAGGACAGGTGGTGACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATTAGTTGGCAGAGAAAAGGACCTATTAGCAGGACAGGTGGTGACT  800

seq1  GCCAGGGAGATCGGCCCTGGTGCTAATCAGCCCTCCGCTGACCAATGTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGGAGATCGGCCCTGGTGCTAATCAGCCCTCCGCTGACCAATGTCC  850

seq1  ACGGGCAGAGCACAGCACAGGCACCCACTCATCCCAGCACCTCAACACCA  900
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGGCAGAGCACAGCACAGGCACTCACTCATCCCAGCACCTCAACACCA  900

seq1  TTTGGAGCCTCCCGGAGTCCTGTAACTCCAAAGGCCCTTTGCACCAAAAC  950
      ||||||| || |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||
seq2  TTTGGAG-CTTCCGGAGTCCTGTAACTCCAAAGG-TCTTTGCACCAAAAC  948

seq1  TCGGGCACCCTGGGAGAGCTGCCAAACAATGCTAACGTGCGGAGCACAAG  1000
      ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||
seq2  TCGGGCACCCT-GGAGAGCTGTCAAACAATGCTTACGTGC-GAGCACAAG  996

seq1  AGCAGGGCTTTTTTCTCATTTCTAGTCTCCTACATGCCAGTCCACCATCT  1050
      ||||||  |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGCTTTTTTTCTCA-TTCTAGTCT-CTACATGCCAGTCCACCATCT  1044

seq1  CTTGGGCCAGATACGGTGAGCTGGGAGCAGAGAGGCTTGGAGGCTGA-GG  1099
      | |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||
seq2  CCTGGG-CAGATACGGTGAGCTGGGAGCAG-GAGGCTT-GAGGCTGAGGG  1091

seq1  TCATGGCTGTCTGTTCCCCATTCATATATCCTCCTCCAGCAACTGCTTGG  1149
      |||| ||||||||||| |||||| ||||| || |  ||||||||||||||
seq2  TCAT-GCTGTCTGTTCTCCATTC-TATATTCTTCCTCAGCAACTGCTTGG  1139

seq1  CGACCCTGCTC  1160
      |||||||||||
seq2  CGACCCTGCTC  1150

seq1: chr9_114613734_114614769
seq2: B6Ng01-029F09.g_68_1089 (reverse)

seq1  TACCATCCTTGCCCACTGAAATTGTGGTATACTTTGTAAGCTTGCCTGTA  50
      |||||||| |||||||||||| ||| |||||| |||| ||| ||||||||
seq2  TACCATCC-TGCCCACTGAAA-TGT-GTATAC-TTGT-AGC-TGCCTGTA  44

seq1  CTCTGGTCTTTAAACAAACAAAAGTATCTCTATATAACTGAAATTCTTCA  100
      |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||
seq2  CTCT-GTC-TTAAACAAACAAAAGTATCTCTATAT-ACTGAAAT--CTCA  89

seq1  GACTGAGGGCTTAGAGGGAGCCCTTCACACTTTACAGACTAATCTAGGCT  150
      ||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||
seq2  GACTGAGAGC-TAGAGGGAGCCC-TCACACTTTACAGACT-ATCTAGGCT  136

seq1  GCTGTAAATGTGGCACTTCCCGAAGCTGTGGCATCTGACCTTGTCACTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTAAATGTGGCACTTCCCGAAGCTGTGGCATCTGACCTTGTCACTCT  186

seq1  GTCCCATGGAAGACAGCAGTTATAGCGGGATGGACAAGCTTTAGCCAGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCATGGAAGACAGCAGTTATAGCGGGATGGACAAGCTTTAGCCAGGT  236

seq1  AGCAGCAGTACTGGGAGAAGGGAGTCTGCTGTGGAGTCTGTGTCCCCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCAGTACTGGGAGAAGGGAGTCTGCTGTGGAGTCTGTGTCCCCCAG  286

seq1  GGTGCAGCTGCCTGGCAGTCTTCTGTGGATTACTGCTGTAGCTGACACCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCAGCTGCCTGGCAGTCTTCTGTGGATTACTGCTGTAGCTGACACCA  336

seq1  GTGAGCTGGCCTTCACATGGTGCTATGATGTGTCCCTGGTCCACACTACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCTGGCCTTCACATGGTGCTATGATGTGTCCCTGGTCCACACTACA  386

seq1  ATTAAAACTGCCCTTTTTTAAACAATGTATGTATGTAGGTGAAGATGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAACTGCCCTTTTTTAAACAATGTATGTATGTAGGTGAAGATGGAG  436

seq1  CTGGGAAGACAAGCCTCATAAGAAGAATTCAGGGCATAGAGGAGTACAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAAGACAAGCCTCATAAGAAGAATTCAGGGCATAGAGGAGTACAAG  486

seq1  AAGGGAAGAGGACTGGAGTACCTGTACTTAAATGTGCACGACGAAGACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAAGAGGACTGGAGTACCTGTACTTAAATGTGCACGACGAAGACAG  536

seq1  GGATGGTGAGTGTGGCCTCCTAAGTCAACTCGGAGGGACTCTGCTGCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGTGAGTGTGGCCTCCTAAGTCAACTCGGAGGGACTCTGCTGCTCT  586

seq1  CCACCACAGTTGGGTTTTGTCTAGTTTGTCATTGCTCAGCAGGAGTTCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCACAGTTGGGTTTTGTCTAGTTTGTCATTGCTCAGCAGGAGTTCTA  636

seq1  GAATGTCACTTGGGTCAGTGACTAGTTAGGTATAGACAAGCTTCTGTTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTCACTTGGGTCAGTGACTAGTTAGGTATAGACAAGCTTCTGTTGG  686

seq1  TGTGAAGTGGAGTTTCAGATAGTATAGTTTTAAGCTGTTAGTGTATTTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAGTGGAGTTTCAGATAGTATAGTTTTAAGCTGTTAGTGTATTTAC  736

seq1  ATGTGGCATGTTAGCCTTCCGGCCAGCCTTAAGAAACAACCTCAGTTTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGCATGTTAGCCTTCCGGCCAGCCTTAAGAAACAACCTCAGTTTTG  786

seq1  AGTTCCCTTTCCTTAATATGGTGATTGTTTTGCCCATCCTTCCTCCTCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCCTTTCCTTAATATGGTGATTGTTTTGCCCATCCTTCCTCCTCCC  836

seq1  TTTCCTTCTGTAATTGTAATTGTCCCTGCAGTGGCTCTCACTTGCACAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTCTGTAATTGTAATTGTCCCTGCAGTGGCTCTCACTTGCACAGC  886

seq1  CCTGTTTTCATCCATAGGACACTGTCCTTTCTGAGTATGTACAGCTCTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTTTCATCCATAGGACACTGTCCTTTCTGAGTATGTACAGCTCTGT  936

seq1  CTGTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTTGTGGTTTTTCGAGACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTTGTGGTTTTTCGAGACA  986

seq1  GGGTTTCACTGTATAGCTCTGGCTGTCCTGGAATTC  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTCACTGTATAGCTCTGGCTGTCCTGGAATTC  1022