BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-029M18
Chromosome9 (Build37)
Map Location 54,740,352 - 54,871,773
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIreb2, C630028N24Rik, AY074887, Psma4, Chrna5, Chrna3
Upstream geneElmod1, Tnfaip8l3, Cyp19a1, LOC100039064, Gldn, Dmxl2, 4933412E14Rik, Cib2, Idh3a, Acsbg1, LOC100039151, EG664850, Dnaja4, Wdr61, Crabp1, Rab7-ps1
Downstream geneChrnb4, EG640554, LOC664897, 1700071A11Rik, Ube2q2, Fbxo22, Nrg4, AI118078, Etfa, LOC546133, Isl2, Zfp291, LOC664980, 4930563M21Rik, LOC664995
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-029M18.bB6Ng01-029M18.g
ACCDH859892DH859893
length1,1011,071
definitionDH859892|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-029M18, 5' end.DH859893|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-029M18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,740,352 - 54,741,454)(54,870,695 - 54,871,773)
sequence
gaattcttcagaacctgaatattctcaggtatatgcaagtgactcaccta
ggagtgagtagaaggataagtgcttgtgcatagtcctgtttataagtgtt
tactagctaggtatctttgggcagtgtgccccacagacttcttagattaa
atgcaaatttgtagaacattccagcaatgtactaagtgcttaatgagtga
tagctgttaatcagatggtccatttctgacccattattttgattttataa
tgacatttagatggattctagttgtagtaaaatttgcaacattttgtaaa
atctaccattttgatttatatttaattatgagagcaggtatgtatatata
tatatatatatatatatatatatatacacacatacatgtgtacaggtgcc
cacaggggccaggagagaacatcaggtcccctggagttagagttaatgtg
ggtttgggaacagaatttggatcctataacagagcaatgtagcctcttaa
ccacccgagccatctctccatctcctggtctagctttttaggtatttaat
atcaactctaattttgtctggtttaggatgagcgctgtactgttctcact
gctccacaaattgtaatttttatgatttctgcttctggtttatgattatt
ttgcatcattctattgttatatggtcttaatgttcaaattattttacaac
tctttttctattggatagttttgatgctataggtagaattcacattcagg
aaagttgatatcaatttggtattatggttttgctatgctccccgccccgg
gcaggtattttttttccccacccagttttgtttttcttagcttgtttcta
tctcacataatctgatttgaacatttatgtgtttgtgtttcccctaggct
agaacacaatgatttccgtgtaggaagctttgttttgatgtatgttctag
tttgtagactgcgatagagacagaaaaagatggcagagagagagaagaga
gggaaggacagaatatgagaaaagtgctttcaaaaggtattcgtagtagg
tctcgaatttgagcttgcctgctctctcagtctcttgaatggtgggatta
t
gaattctatccacagcccccttacaaaactgaacaagctgggtgttgtgg
ctcaagcctttgatccctgcactcagaagacagagggaggtagatctttg
tgagttcaatgccagcctgatatatatagcaagtttcaggacagctagag
ctatgtagagggacattagtctcaaaaaaaaaaaaaacaaaaaacaaaaa
aacaaaaccaaaaacaaccaaccaaagctggtttggtctacagaatgagt
tccaggccagccagaaccacacacatacactggacccctgacccccaatt
ctggtaacactcacgaagacatccttcctttctcttgcaaagccagaggt
gggttctcttgcattgtgcatggggcaggagcagagcactggtgttctgt
tcccacatgtcctccctagggaagctttggccagatcttttgggagacat
cacgacatctgccagctcagccagcctagcactcagctcctacaagcctt
tgtttgaagaggctggcgagccaagcgaagcgtcccacctacatgttcct
ctgtggccacagccccatcctgttccttctggtggtctgtgctcaacact
tttatggtcctgtggaatcaaggctccattctgagggggggaactcttat
atttagaaaggattattctgcttttttgagatgggggagggtatcccatg
tatttcatgacagcctcaagctcactgtgtggctgagaaccttgaacttc
tggcccttcatcttcctaatgcttggattataggagtatgtccccatgcc
tggtttaggcgttggatgggactgagcctgttagataagcatcctatcaa
gtaagctaagtctctaccccacatattctgtgtgcgtgtgtgtgtgcgag
tgtgtgtgtgtgtgcatgtgcctaggcacatgtgtgaggtgtgtgtgcat
gaattggaggtcaacgttgatagaggatgtcttcatgatcagtcattgca
tctttgttgaacaaggcatctcactggagctaagctcaatgatctgttgg
tctagggagccatcttaccgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_54740352_54741454
seq2: B6Ng01-029M18.b_51_1151

seq1  GAATTCTTCAGAACCTGAATATTCTCAGGTATATGCAAGTGACTCACCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCAGAACCTGAATATTCTCAGGTATATGCAAGTGACTCACCTA  50

seq1  GGAGTGAGTAGAAGGATAAGTGCTTGTGCATAGTCCTGTTTATAAGTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGAGTAGAAGGATAAGTGCTTGTGCATAGTCCTGTTTATAAGTGTT  100

seq1  TACTAGCTAGGTATCTTTGGGCAGTGTGCCCCACAGACTTCTTAGATTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAGCTAGGTATCTTTGGGCAGTGTGCCCCACAGACTTCTTAGATTAA  150

seq1  ATGCAAATTTGTAGAACATTCCAGCAATGTACTAAGTGCTTAATGAGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAATTTGTAGAACATTCCAGCAATGTACTAAGTGCTTAATGAGTGA  200

seq1  TAGCTGTTAATCAGATGGTCCATTTCTGACCCATTATTTTGATTTTATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGTTAATCAGATGGTCCATTTCTGACCCATTATTTTGATTTTATAA  250

seq1  TGACATTTAGATGGATTCTAGTTGTAGTAAAATTTGCAACATTTTGTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTTAGATGGATTCTAGTTGTAGTAAAATTTGCAACATTTTGTAAA  300

seq1  ATCTACCATTTTGATTTATATTTAATTATGAGAGCAGGTATG--TATATA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||
seq2  ATCTACCATTTTGATTTATATTTAATTATGAGAGCAGGTATGTATATATA  350

seq1  TATATATATATATATATATATATATACACACATACATGTGTACAGGTGCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATATATATATATATATACACACATACATGTGTACAGGTGCC  400

seq1  CACAGGGGCCAGGAGAGAACATCAGGTCCCCTGGAGTTAGAGTTAATGTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGGGCCAGGAGAGAACATCAGGTCCCCTGGAGTTAGAGTTAATGTG  450

seq1  GGTTTGGGAACAGAATTTGGATCCTATAACAGAGCAATGTAGCCTCTTAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGGGAACAGAATTTGGATCCTATAACAGAGCAATGTAGCCTCTTAA  500

seq1  CCACCCGAGCCATCTCTCCATCTCCTGGTCTAGCTTTTTAGGTATTTAAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCGAGCCATCTCTCCATCTCCTGGTCTAGCTTTTTAGGTATTTAAT  550

seq1  ATCAACTCTAATTTTGTCTGGTTTAGGATGAGCGCTGTACTGTTCTCACT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACTCTAATTTTGTCTGGTTTAGGATGAGCGCTGTACTGTTCTCACT  600

seq1  GCTCCACAAATTGTAATTTTTATGATTTCTGCTTCTGGTTTATGATTATT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCACAAATTGTAATTTTTATGATTTCTGCTTCTGGTTTATGATTATT  650

seq1  TTGCATCATTCTATTGTTATATGGTCTTAATGTTCAAATTATTTTACAAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATCATTCTATTGTTATATGGTCTTAATGTTCAAATTATTTTACAAC  700

seq1  TCTTTTTCTATTGGATAGTTTTGATGCTATAGGTAGAATTCACATTCAGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTCTATTGGATAGTTTTGATGCTATAGGTAGAATTCACATTCAGG  750

seq1  AAAGTTGATATCAATTTGGTATTATGGTTTTGCTATGCTCCCCGCCCCGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTGATATCAATTTGGTATTATGGTTTTGCTATGCTCCCCGCCCCGG  800

seq1  GCAGGTATTTTTTTTCCCCACCCAGTTTTGTTTTTCTTAGCTTGTTTCTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTATTTTTTTTCCCCACCCAGTTTTGTTTTTCTTAGCTTGTTTCTA  850

seq1  TCTCACATAATCTGATTTGAACATTTATGTGTTTGTGTTTCCCCTAGGCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACATAATCTGATTTGAACATTTATGTGTTTGTGTTTCCCCTAGGCT  900

seq1  AGAACACAATGATTTCCGTGTAGGAAGCTTTGTTTTGATGTTATGTTTCT  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
seq2  AGAACACAATGATTTCCGTGTAGGAAGCTTTGTTTTGATG-TATG-TTCT  948

seq1  AGTTTGTAGAACTGCGATAGAGACAG-AAAAGATGGCAGAGAGAGAG-AG  996
      ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
seq2  AGTTTGTAG-ACTGCGATAGAGACAGAAAAAGATGGCAGAGAGAGAGAAG  997

seq1  AGAGGGAAGGAACAGAATATGAG-AGAGTGCATTCAAAAGGTTATTCGTA  1045
      |||||||||| |||||||||||| | ||||| ||||||||| ||||||||
seq2  AGAGGGAAGG-ACAGAATATGAGAAAAGTGCTTTCAAAAGG-TATTCGTA  1045

seq1  GTAGGGTCTCAGATTTGAAGCTGTCCTGCTTCCTCAGTCTCTTGAATGTT  1095
      ||| ||||||  ||||| ||||  ||||||  |||||||||||||||| |
seq2  GTA-GGTCTCGAATTTG-AGCTTGCCTGCTCTCTCAGTCTCTTGAATGGT  1093

seq1  GGGATTAT  1103
      ||||||||
seq2  GGGATTAT  1101

seq1: chr9_54870695_54871773
seq2: B6Ng01-029M18.g_68_1138 (reverse)

seq1  GCGGTAAGATGGCTCCCTAGACCAACAGAATCATTGAGCTCTAGGCTCAG  50
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||   |||
seq2  GCGGTAAGATGGCTCCCTAGACCAACAG-ATCATTGAGCT-TAGCTCCAG  48

seq1  TGAGATGCCTTGCTTCAACAAATGATGCAATGACTGATCATGGAAGACAT  100
      |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGAGATGCCTTG-TTCAACAAA-GATGCAATGACTGATCAT-GAAGACAT  95

seq1  CCTCTATCAACGTCTGACCTCCAAATTCATGCACACACACCCTCACACAT  150
      ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCTCTATCAACGT-TGACCTCC-AATTCATGCACACACA-CCTCACACAT  142

seq1  GTGCCTAGGCACATGCACACACACACACACTCGCACACACACACGCACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTAGGCACATGCACACACACACACACTCGCACACACACACGCACAC  192

seq1  AGAATATGTGGGGTAGAGACTTAGCTTACTTGATAGGATGCTTATCTAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATATGTGGGGTAGAGACTTAGCTTACTTGATAGGATGCTTATCTAAC  242

seq1  AGGCTCAGTCCCATCCAACGCCTAAACCAGGCATGGGGACATACTCCTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCAGTCCCATCCAACGCCTAAACCAGGCATGGGGACATACTCCTAT  292

seq1  AATCCAAGCATTAGGAAGATGAAGGGCCAGAAGTTCAAGGTTCTCAGCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAAGCATTAGGAAGATGAAGGGCCAGAAGTTCAAGGTTCTCAGCCA  342

seq1  CACAGTGAGCTTGAGGCTGTCATGAAATACATGGGATACCCTCCCCCATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGAGCTTGAGGCTGTCATGAAATACATGGGATACCCTCCCCCATC  392

seq1  TCAAAAAAGCAGAATAATCCTTTCTAAATATAAGAGTTCCCCCCCTCAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAAAGCAGAATAATCCTTTCTAAATATAAGAGTTCCCCCCCTCAGA  442

seq1  ATGGAGCCTTGATTCCACAGGACCATAAAAGTGTTGAGCACAGACCACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGCCTTGATTCCACAGGACCATAAAAGTGTTGAGCACAGACCACCA  492

seq1  GAAGGAACAGGATGGGGCTGTGGCCACAGAGGAACATGTAGGTGGGACGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAACAGGATGGGGCTGTGGCCACAGAGGAACATGTAGGTGGGACGC  542

seq1  TTCGCTTGGCTCGCCAGCCTCTTCAAACAAAGGCTTGTAGGAGCTGAGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGCTTGGCTCGCCAGCCTCTTCAAACAAAGGCTTGTAGGAGCTGAGTG  592

seq1  CTAGGCTGGCTGAGCTGGCAGATGTCGTGATGTCTCCCAAAAGATCTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCTGGCTGAGCTGGCAGATGTCGTGATGTCTCCCAAAAGATCTGGC  642

seq1  CAAAGCTTCCCTAGGGAGGACATGTGGGAACAGAACACCAGTGCTCTGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCTTCCCTAGGGAGGACATGTGGGAACAGAACACCAGTGCTCTGCT  692

seq1  CCTGCCCCATGCACAATGCAAGAGAACCCACCTCTGGCTTTGCAAGAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCCCATGCACAATGCAAGAGAACCCACCTCTGGCTTTGCAAGAGAA  742

seq1  AGGAAGGATGTCTTCGTGAGTGTTACCAGAATTGGGGGTCAGGGGTCCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGATGTCTTCGTGAGTGTTACCAGAATTGGGGGTCAGGGGTCCAG  792

seq1  TGTATGTGTGTGGTTCTGGCTGGCCTGGAACTCATTCTGTAGACCAAACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTGTGTGGTTCTGGCTGGCCTGGAACTCATTCTGTAGACCAAACC  842

seq1  AGCTTTGGTTGGTTGTTTTTGGTTTTGTTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTGGTTGGTTGTTTTTGGTTTTGTTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTTT  892

seq1  TTTTTTGAGACTAATGTCCCTCTACATAGCTCTAGCTGTCCTGAAACTTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTGAGACTAATGTCCCTCTACATAGCTCTAGCTGTCCTGAAACTTG  942

seq1  CTATATATATCAGGCTGGCATTGAACTCACAAAGATCTACCTCCCTCTGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATATATCAGGCTGGCATTGAACTCACAAAGATCTACCTCCCTCTGT  992

seq1  CTTCTGAGTGCAGGGATCAAAGGCTTGAGCCACAACACCCAGCTTGTTCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGAGTGCAGGGATCAAAGGCTTGAGCCACAACACCCAGCTTGTTCA  1042

seq1  GTTTTGTAAGGGGGCTGTGGATAGAATTC  1079
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTAAGGGGGCTGTGGATAGAATTC  1071