BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-031F04
Chromosome9 (Build37)
Map Location 98,835,262 - 99,057,578
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFoxl2os, Foxl2, Faim, Gm1123, Pik3cb, LOC100040442
Upstream geneClstn2, LOC667298, Nmnat3, Rbp1, Rbp2, 4930579K19Rik, Copb2, Mrps22, EG623166, EG623186, 2410012M07Rik, LOC546155, LOC100040370, 7420426K07Rik, LOC100040380, LOC667347
Downstream geneLOC100040757, EG623459, Cep70, D9Ertd280e, Mras, LOC623534, Armc8, Dbr1, A4gnt, Dzip1l, Cldn18, EG667429, Sox14, LOC667456, 4930519F24Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-031F04.bB6Ng01-031F04.g
ACCDH860977DH860978
length9391,039
definitionDH860977|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-031F04, 5' end.DH860978|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-031F04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,056,634 - 99,057,578)(98,835,262 - 98,836,303)
sequence
gaattcttttcttgaaatgtggatttcttttttaaaggtgtacaccacca
ctcctggtctcataattctttactgaggaatagcttaagatatcagttcc
gttttaaataacagggagctgaagaagtggcccagcagttcagagtactt
gttgctcttgcagaagacccaagttcattaatcggtactccacggccatc
tataactccagtgccagaggctcccgtgccttgtggtctccaagggcact
cttctggaggcttcttggagacgtctggtctccaagagcatgtgatacac
atgtatacatgcaggcaacacagttacatgcataaaataaacacatctaa
aaaacttaaaaaatagaaccgatatctgagcaaggaaatatttgggttat
aaaattgtgctccaatataagttccttaaatagtggtgggtatggcagag
aatacaagaaataaaattaacctaaaagtttattatttacatacatacac
acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaaag
tatccaaagtatgccttgaacttcaacttgctgctagaatcgatgctcca
acacacccaagttgtgaatagatttctttttcttctttgagacagtcatg
ttatatagataaggctggccctaaagtcataaaggcttaattgcctgtgt
ctactactaagtgctggcatcgaagtgtgtgctactatacccattgtgaa
taatttttgcttttcaagacagtttctctatgtaacagccctggctgtgc
ttgaattcattctgtagactacgctggcctcagacacagagatctacctg
cccctgattctgagtgctgggactaaaggatgagcaccactcctggttag
aatttttaaacatgaaaacaataaaaattgaaaatgagc
gaattcaaagccatggttcacggaagacccttcggtgcatcctatgaaat
cctatgccttccttcctccttacactcacaggtatagatgctccactggg
ataacctctggtttaaccaaagtcctcgtggagaccctcccacctgacat
cacacagcttggtggtggtatttccaacaccccaggttgcactcttggaa
ggcatgtctggccattcactcttggggacagacagcatccctctttaacc
tgcacctgctttgcatatgaggtaagctaagtatctgcagggagccagtg
ctcaaagaccttcaaaggcccaacaggtaatacaaacgaggcagagatga
ggcacagagtgcagtggataggagagcctggggcaaacggtagaaccaag
ttgcgcattacatggtttgttgagtgacaaagggaagaggctttgcagag
acagaagtcctgaatcactctctcaacaggtcaccgcacacaactggctc
ccccttctatgcactgcggaggtactgtcggcagaggccattgagcccat
ccagcccgggccagtccctgctgaagatcaaacgcatcagctcttctgaa
agcactttgaaagcctgaggctccagagaccttggggactatgttcagaa
gttctgacgttttcccaaaccagtccccaaatctcagatgatcatgaaca
ggtgtacggtgagggggggcttaaaaggcccctgctaccctgctgggagc
tgcctcctatctcctcgggatctcccacggccctggctctgcaaagagat
ggtaattgggtccctctggaaaacagcagagcggcttagggcagctggga
ggcgcagatactcttatcccctccaaagccctgacagtctcccatcagca
gaggcttgtgcctgcagctcctaagacaactggcctcctgcctccctggt
tcccatggctaccttactgcctcccacacacagcggccagcaagagccag
cggttggagacaccgcctccttccctccagggtctggtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_99056634_99057578
seq2: B6Ng01-031F04.b_46_984 (reverse)

seq1  GCTCTTTTTCTAATTTTTATTGTGTTTCATGTTTTAAAAATTCTAGCCAG  50
      |||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||
seq2  GCTCATTTTC-AATTTTTATTGT-TTTCATG-TTTAAAAATTCTAACCAG  47

seq1  GTAGTGGTGGCTCATGCCTTTAGTCCCAGCACTCAGAATCAGGGGCAGGT  100
      | |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-AGTGGT-GCTCAT-CCTTTAGTCCCAGCACTCAGAATCAGGGGCAGGT  94

seq1  AGATCTCTGTGTCTGAGGCCAGCCTAGTCTACAGAATGAATTCAAGCACA  150
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTCTGTGTCTGAGGCCAGCGTAGTCTACAGAATGAATTCAAGCACA  144

seq1  GCCAGGGCTGTTACATAGAGAAACTGTCTTGAAAAGCAAAAATTATTCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGGCTGTTACATAGAGAAACTGTCTTGAAAAGCAAAAATTATTCAC  194

seq1  AATGGGTATAGTAGCACACACTTCGATGCCAGCACTTAGTAGTAGACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGTATAGTAGCACACACTTCGATGCCAGCACTTAGTAGTAGACACA  244

seq1  GGCAATTAAGCCTTTATGACTTTAGGGCCAGCCTTATCTATATAACATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATTAAGCCTTTATGACTTTAGGGCCAGCCTTATCTATATAACATGA  294

seq1  CTGTCTCAAAGAAGAAAAAGAAATCTATTCACAACTTGGGTGTGTTGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCAAAGAAGAAAAAGAAATCTATTCACAACTTGGGTGTGTTGGAG  344

seq1  CATCGATTCTAGCAGCAAGTTGAAGTTCAAGGCATACTTTGGATACTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGATTCTAGCAGCAAGTTGAAGTTCAAGGCATACTTTGGATACTTTG  394

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTA  444

seq1  TGTATGTAAATAATAAACTTTTAGGTTAATTTTATTTCTTGTATTCTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTAAATAATAAACTTTTAGGTTAATTTTATTTCTTGTATTCTCTG  494

seq1  CCATACCCACCACTATTTAAGGAACTTATATTGGAGCACAATTTTATAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACCCACCACTATTTAAGGAACTTATATTGGAGCACAATTTTATAAC  544

seq1  CCAAATATTTCCTTGCTCAGATATCGGTTCTATTTTTTAAGTTTTTTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATATTTCCTTGCTCAGATATCGGTTCTATTTTTTAAGTTTTTTAGA  594

seq1  TGTGTTTATTTTATGCATGTAACTGTGTTGCCTGCATGTATACATGTGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTATTTTATGCATGTAACTGTGTTGCCTGCATGTATACATGTGTA  644

seq1  TCACATGCTCTTGGAGACCAGACGTCTCCAAGAAGCCTCCAGAAGAGTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATGCTCTTGGAGACCAGACGTCTCCAAGAAGCCTCCAGAAGAGTGC  694

seq1  CCTTGGAGACCACAAGGCACGGGAGCCTCTGGCACTGGAGTTATAGATGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGAGACCACAAGGCACGGGAGCCTCTGGCACTGGAGTTATAGATGG  744

seq1  CCGTGGAGTACCGATTAATGAACTTGGGTCTTCTGCAAGAGCAACAAGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGGAGTACCGATTAATGAACTTGGGTCTTCTGCAAGAGCAACAAGTA  794

seq1  CTCTGAACTGCTGGGCCACTTCTTCAGCTCCCTGTTATTTAAAACGGAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAACTGCTGGGCCACTTCTTCAGCTCCCTGTTATTTAAAACGGAAC  844

seq1  TGATATCTTAAGCTATTCCTCAGTAAAGAATTATGAGACCAGGAGTGGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATCTTAAGCTATTCCTCAGTAAAGAATTATGAGACCAGGAGTGGTG  894

seq1  GTGTACACCTTTAAAAAAGAAATCCACATTTCAAGAAAAGAATTC  945
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACACCTTTAAAAAAGAAATCCACATTTCAAGAAAAGAATTC  939

seq1: chr9_98835262_98836303
seq2: B6Ng01-031F04.g_68_1106

seq1  GAATTCAAAGCCATGGTTCACGGAAGACCCTTCGGTGCATCCTATGAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGCCATGGTTCACGGAAGACCCTTCGGTGCATCCTATGAAAT  50

seq1  CCTATGCCTTCCTTCCTCCTTACACTCACAGGTATAGATGCTCCACTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGCCTTCCTTCCTCCTTACACTCACAGGTATAGATGCTCCACTGGG  100

seq1  ATAACCTCTGGTTTAACCAAAGTCCTCGTGGAGACCCTCCCACCTGACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCTCTGGTTTAACCAAAGTCCTCGTGGAGACCCTCCCACCTGACAT  150

seq1  CACACAGCTTGGTGGTGGTATTTCCAACACCCCAGGTTGCACTCTTGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGCTTGGTGGTGGTATTTCCAACACCCCAGGTTGCACTCTTGGAA  200

seq1  GGCATGTCTGGCCATTCACTCTTGGGGACAGACAGCATCCCTCTTTAACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGTCTGGCCATTCACTCTTGGGGACAGACAGCATCCCTCTTTAACC  250

seq1  TGCACCTGCTTTGCATATGAGGTAAGCTAAGTATCTGCAGGGAGCCAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCTGCTTTGCATATGAGGTAAGCTAAGTATCTGCAGGGAGCCAGTG  300

seq1  CTCAAAGACCTTCAAAGGCCCAACAGGTAATACAAACGAGGCAGAGATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAGACCTTCAAAGGCCCAACAGGTAATACAAACGAGGCAGAGATGA  350

seq1  GGCACAGAGTGCAGTGGATAGGAGAGCCTGGGGCAAACGGTAGAACCAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACAGAGTGCAGTGGATAGGAGAGCCTGGGGCAAACGGTAGAACCAAG  400

seq1  TTGCGCATTACATGGTTTGTTGAGTGACAAAGGGAAGAGGCTTTGCAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCGCATTACATGGTTTGTTGAGTGACAAAGGGAAGAGGCTTTGCAGAG  450

seq1  ACAGAAGTCCTGAATCACTCTCTCAACAGGTCACCGCACACAACTGGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGTCCTGAATCACTCTCTCAACAGGTCACCGCACACAACTGGCTC  500

seq1  CCCCTTCTATGCACTGCGGAGGTACTGTCGGCAGAGGCCATTGAGCCCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTCTATGCACTGCGGAGGTACTGTCGGCAGAGGCCATTGAGCCCAT  550

seq1  CCAGCCCGGGCCAGTCCCTGCTGAAGATCAAACGCATCAGCTCTTCTGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCGGGCCAGTCCCTGCTGAAGATCAAACGCATCAGCTCTTCTGAA  600

seq1  AGCACTTTGAAAGCCTGAGGCTCCAGAGACCTTGGGGACTATGTTCAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTTTGAAAGCCTGAGGCTCCAGAGACCTTGGGGACTATGTTCAGAA  650

seq1  GTTCTGACGTTTTCCCAAACCAGTCCCCAAATCTCAGATGATCATGAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGACGTTTTCCCAAACCAGTCCCCAAATCTCAGATGATCATGAACA  700

seq1  GGTGTACGGTGAGGGGGGGCTTAAAAGGCCCCTGCTACCCTGCTGGGAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTACGGTGAGGGGGGGCTTAAAAGGCCCCTGCTACCCTGCTGGGAGC  750

seq1  TGCCTCCTATCTCCTCGGGATCTCCCACGGCCCTGGCTCTGCAAAGAGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCCTATCTCCTCGGGATCTCCCACGGCCCTGGCTCTGCAAAGAGAT  800

seq1  GGTAATTGGGTCCCTCTGGAAAACAGCAGAAGCGGCTTAGGGCAGCT-GG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  GGTAATTGGGTCCCTCTGGAAAACAGCAG-AGCGGCTTAGGGCAGCTGGG  849

seq1  AGGCGGCAGAAACTC-TATCCCCTCCAAAGCCCTGACAGTCTCCCATCAG  898
      |||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGC-GCAGATACTCTTATCCCCTCCAAAGCCCTGACAGTCTCCCATCAG  898

seq1  CAGA-GCCTGTGCCTGCAGCCTCCTAAGACCACCTGGCCTCCCTGCCCTC  947
      |||| || ||||||||||| ||||||||| || ||||||| |||| ||||
seq2  CAGAGGCTTGTGCCTGCAG-CTCCTAAGA-CAACTGGCCT-CCTG-CCTC  944

seq1  CCT-GTTCCCATGGCT-CCCTACTGCCTTCCCACACACAGCGGCCAGCAG  995
      ||| |||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| 
seq2  CCTGGTTCCCATGGCTACCTTACTGCC-TCCCACACACAGCGGCCAGCAA  993

seq1  AGGCCAGCGGTTGGAGACACCGCCATCTTCCCTCCAAGGTCCTGGTG  1042
        ||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| ||||||
seq2  GAGCCAGCGGTTGGAGACACCGCCTCCTTCCCTCCAGGGT-CTGGTG  1039