BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-034G03
Chromosome9 (Build37)
Map Location 43,094,135 - 43,227,788
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTrim29
Upstream geneTecta, Tbcel, Grik4, Arhgef12, LOC545339, Tmem136, Pou2f3, LOC628726, Oaf, D630033O11Rik
Downstream geneLOC384931, Pvrl1, LOC100042548, Thy1, Usp2, Mfrp, Rnf26, LOC100042569, Mcam, Cbl, BC038167, Pdzd3, Nlrx1, Abcg4, Mizf, Tmem24, Dpagt1, H2afx, Hmbs, Vps11, LOC100043172, Hyou1, LOC100043178, Slc37a4, Trappc4, Rps25, Ccdc84
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-034G03.bB6Ng01-034G03.g
ACCDH863152DH863153
length961696
definitionDH863152|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-034G03, 5' end.DH863153|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-034G03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,226,822 - 43,227,788)(43,094,135 - 43,094,829)
sequence
gaattcagctagggtgtactggagtaaggaagatgcatatttactgagct
cagtgtaaatgttccacacttggtagcattatctcatttaatccatcagt
aggaggttctgaattccctcaggggactcctttggattctgggtagttac
acaaagaagtcctgggattttaaaagctttgaagacatctagtttcctcg
aattccctctccacttcccctctgccactttcctggatgttgaaccccag
gtctcaaagccacctcagccaagtcacctggagggatatttgcataatgg
acagggagatcccaaggtcctggcaagcttgggtaaatctaagcaacctc
aaaagatgctaatgccacctaaaattgagacctctgtagcagcaggtcca
ctcaaaagtcaccatcagcaggaccacgggatcaaagagagagggtagct
gatgcagtccttagcacctgtcaggtcagcaggtcaaatttcctcctcgc
caccttgtaactggcaggcttttaggggatgaataccccccacttcctct
acaccctgccttgtcttttgcctaattctctttcctttttcctccccatc
cagcgccctctcccccactggattttagccccaggctgctgcagaacaca
agagagccaggctcccacatctgcactgcaatcccttgtttaacgcctcc
cccaccccaccccaccccaccccaccccaccccaccccacacacaggcag
agagagaagctatagcttattctggggtgtctgcagagctggcactgact
gacctagttcaaccaggagttgggaagcatttgtctggggactctatgga
gggcctgagtgacagcttcattgcttacttcttaaggctcctgttgattc
aggagttccctagccaaaggcagactttgttaatggaattttaggcatca
tgacttcggga
gaattcttagccagaggttagaggatataagtcctacctccagagagcag
agcccggtggggcacatactacacagatgaccacgacagggttaggaata
gacatatggccaagacagacctatgctcgggcctataagtggtcctatcc
ttcttgcccgctgagagcagtccaccaccttgttcggtgtgccatttcag
atgttgtatttttttcatcatgacaagggtcaagaagatctttcttaggg
cactctgggaattaggggttgaggggtggggtgacattcaatatctaaat
cctgccagccataggaactgcctgccactttagctgctgtccctgcagcc
ttgagcctcaggatccaggcagaagcctgctgttgctacctgcattgctc
tcttgctctgtggtgggtgaggcttgtctgtcagggtggtctctaccctg
gggctagctatttaaagtttctctagttcagggaattgtcagtgtctggc
accctggctcctgttcctcacaagctgactgatcttgggtagttggtctc
ctgggcccttgattcctcactatattgatggtaacagatgcctacctcag
aagacacttggggagtagaaaatgtgcctctgtgccgggctagcaaactc
ttgcttactgattgccagctcggtgagtgctcacggggggtttaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_43226822_43227788
seq2: B6Ng01-034G03.b_47_1007 (reverse)

seq1  TCCTGAAGTCATGATGCCTAAAATTCCATTAACAAAGTCTGCCTTTGGGC  50
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCCCGAAGTCATGATGCCTAAAATTCCATTAACAAAGTCTGCCTTT-GGC  49

seq1  TAGGGAGCTCCTGAAATCAACAGGAGCCTTAAGAAGTAAGCAATGAAGCT  100
      |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAACTCCTG-AATCAACAGGAGCCTTAAGAAGTAAGCAATGAAGCT  98

seq1  GTTCACTCAGGCCCTCCATAGAGTCCCCAGACAAATGCTTCCCAACTCCC  150
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  G-TCACTCAGGCCCTCCATAGAGTCCCCAGACAAATGCTTCCCAACT-CC  146

seq1  TGGTTGAACTAGGTCAGTCAGTGCCAAGCTCTGCAGACACCCCAGGAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
seq2  TGGTTGAACTAGGTCAGTCAGTGCC-AGCTCTGCAGACACCCCA-GAATA  194

seq1  AGCTATAGCTTCTCTCTCTGCCTGTGTGTGGGGTGGGGTGGGGTGGGGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATAGCTTCTCTCTCTGCCTGTGTGTGGGGTGGGGTGGGGTGGGGTG  244

seq1  GGGTGGGGTGGGGTGGGGGAGGCGTTAAACAAGGGATTGCAGTGCAGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGGGTGGGGTGGGGGAGGCGTTAAACAAGGGATTGCAGTGCAGATG  294

seq1  TGGGAGCCTGGCTCTCTTGTGTTCTGCAGCAGCCTGGGGCTAAAATCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGCCTGGCTCTCTTGTGTTCTGCAGCAGCCTGGGGCTAAAATCCAG  344

seq1  TGGGGGAGAGGGCGCTGGATGGGGAGGAAAAAGGAAAGAGAATTAGGCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGAGAGGGCGCTGGATGGGGAGGAAAAAGGAAAGAGAATTAGGCAA  394

seq1  AAGACAAGGCAGGGTGTAGAGGAAGTGGGGGGTATTCATCCCCTAAAAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAAGGCAGGGTGTAGAGGAAGTGGGGGGTATTCATCCCCTAAAAGC  444

seq1  CTGCCAGTTACAAGGTGGCGAGGAGGAAATTTGACCTGCTGACCTGACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAGTTACAAGGTGGCGAGGAGGAAATTTGACCTGCTGACCTGACAG  494

seq1  GTGCTAAGGACTGCATCAGCTACCCTCTCTCTTTGATCCCGTGGTCCTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTAAGGACTGCATCAGCTACCCTCTCTCTTTGATCCCGTGGTCCTGC  544

seq1  TGATGGTGACTTTTGAGTGGACCTGCTGCTACAGAGGTCTCAATTTTAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGTGACTTTTGAGTGGACCTGCTGCTACAGAGGTCTCAATTTTAGG  594

seq1  TGGCATTAGCATCTTTTGAGGTTGCTTAGATTTACCCAAGCTTGCCAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATTAGCATCTTTTGAGGTTGCTTAGATTTACCCAAGCTTGCCAGGA  644

seq1  CCTTGGGATCTCCCTGTCCATTATGCAAATATCCCTCCAGGTGACTTGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGGATCTCCCTGTCCATTATGCAAATATCCCTCCAGGTGACTTGGC  694

seq1  TGAGGTGGCTTTGAGACCTGGGGTTCAACATCCAGGAAAGTGGCAGAGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTGGCTTTGAGACCTGGGGTTCAACATCCAGGAAAGTGGCAGAGGG  744

seq1  GAAGTGGAGAGGGAATTCGAGGAAACTAGATGTCTTCAAAGCTTTTAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGGAGAGGGAATTCGAGGAAACTAGATGTCTTCAAAGCTTTTAAAA  794

seq1  TCCCAGGACTTCTTTGTGTAACTACCCAGAATCCAAAGGAGTCCCCTGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGGACTTCTTTGTGTAACTACCCAGAATCCAAAGGAGTCCCCTGAG  844

seq1  GGAATTCAGAACCTCCTACTGATGGATTAAATGAGATAATGCTACCAAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTCAGAACCTCCTACTGATGGATTAAATGAGATAATGCTACCAAGT  894

seq1  GTGGAACATTTACACTGAGCTCAGTAAATATGCATCTTCCTTACTCCAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAACATTTACACTGAGCTCAGTAAATATGCATCTTCCTTACTCCAGT  944

seq1  ACACCCTAGCTGAATTC  967
      |||||||||||||||||
seq2  ACACCCTAGCTGAATTC  961

seq1: chr9_43094135_43094829
seq2: B6Ng01-034G03.g_66_761

seq1  GAATTCTTAGCCAGAGGTTAGAGGATATAAGTCCTACCTCCAGAGAGCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAGCCAGAGGTTAGAGGATATAAGTCCTACCTCCAGAGAGCAG  50

seq1  AGCCCGGTGGGGCACATACTACACAGATGACCACGACAGGGTTAGGAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCGGTGGGGCACATACTACACAGATGACCACGACAGGGTTAGGAATA  100

seq1  GACATATGGCCAAGACAGACCTATGCTCGGGCCTATAAGTGGTCCTATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATATGGCCAAGACAGACCTATGCTCGGGCCTATAAGTGGTCCTATCC  150

seq1  TTCTTGCCCGCTGAGAGCAGTCCACCACCTTGTTCGGTGTGCCATTTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGCCCGCTGAGAGCAGTCCACCACCTTGTTCGGTGTGCCATTTCAG  200

seq1  ATGTTGTATTTTTTTCATCATGACAAGGGTCAAGAAGATCTTTCTTAGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGTATTTTTTTCATCATGACAAGGGTCAAGAAGATCTTTCTTAGGG  250

seq1  CACTCTGGGAATTAGGGGTTGAGGGGTGGGGTGACATTCAATATCTAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTGGGAATTAGGGGTTGAGGGGTGGGGTGACATTCAATATCTAAAT  300

seq1  CCTGCCAGCCATAGGAACTGCCTGCCACTTTAGCTGCTGTCCCTGCAGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCAGCCATAGGAACTGCCTGCCACTTTAGCTGCTGTCCCTGCAGCC  350

seq1  TTGAGCCTCAGGATCCAGGCAGAAGCCTGCTGTTGCTACCTGCATTGCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCCTCAGGATCCAGGCAGAAGCCTGCTGTTGCTACCTGCATTGCTC  400

seq1  TCTTGCTCTGTGGTGGGTGAGGCTTGTCTGTCAGGGTGGTCTCTACCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCTCTGTGGTGGGTGAGGCTTGTCTGTCAGGGTGGTCTCTACCCTG  450

seq1  GGGCTAGCTATTTAAAGTTCCTCTAGTTCAGGGAATTGTCAGTGTCTGGC  500
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTAGCTATTTAAAGTTTCTCTAGTTCAGGGAATTGTCAGTGTCTGGC  500

seq1  ACCCTGGCTCCTGTTCCTCACAAGCTGACTGATCTTGGGTAGTTGGTCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGGCTCCTGTTCCTCACAAGCTGACTGATCTTGGGTAGTTGGTCTC  550

seq1  CTGGGCCCTTGATTCCTCACCAGATTGATGGTAACAGATGCCTACCTCAG  600
      |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCCCTTGATTCCTCACTATATTGATGGTAACAGATGCCTACCTCAG  600

seq1  AAGACACTT-GGGAGTAGAAAATGTGCCTCTGTGCCGGGCTAGCAAACTC  649
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACACTTGGGGAGTAGAAAATGTGCCTCTGTGCCGGGCTAGCAAACTC  650

seq1  TTGCTTACTGATTGCCTGCTCGGTGAGTGCTCACGGTGGGTTTACA  695
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTGCTTACTGATTGCCAGCTCGGTGAGTGCTCACGGGGGGTTTACA  696