BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-037N02
Chromosome9 (Build37)
Map Location 11,124,746 - 11,271,519
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCntn5, LOC665154, LOC100039970, LOC665178
Downstream geneLOC100039989, LOC622505
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-037N02.bB6Ng01-037N02.g
ACCDH865565DH865566
length1,1091,098
definitionDH865565|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-037N02, 5' end.DH865566|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-037N02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,270,375 - 11,271,519)(11,124,746 - 11,125,858)
sequence
gaattcacacatcgaagaagcaatttctataaaagtgaaatataaattac
aggttaagtcctcaaatggtctatattaaatggtgctttgccatgtctcc
aataaaatttagataattttaaattgtcaaaagtttaacatttaaggaaa
agagcaccaagtttttagattgaatgcaacaatgtggtcatagttatcag
tcagtattacttttctctacatccagtgtatttgggttcaaagaggaaaa
agaaagtgtaaattaactgaaaatgaatatgaagaaaatctacggtattt
ataatttattcaggaaatgcaaaaatgtgagattaaaatttatcagaacg
tcttggaattgaaatgatttgttcctaatcacacatttgcagagtactaa
aagtaaaataatcattagataaaaatagtcaacaattgtgccatatggct
gtacctatgaatatagtattaaaatgtttagcgaagaaatccaagaggga
ttacatcaatggttcttacagtcaattataagaagggaaactctagagat
ctgtgcttcgaatttatcactatcatttaaaatgtgagggtgatacattg
tgcatgtatgtttgcgtgtgtctgtgtatgtttctttttttttaattact
tttagttttttacagcctagctattccttcctcgtggctccctcttcaac
agttccttatcccattcctcttcccctgtctccaaggggatggccctcct
acctgaccaggcctactcactccctggggcctcatgtctctcaacgatta
gacacactttctcccactgaggtgaaaccaggcaatcctttgatatatat
gattcaggagccttggaccaactcatttatgctgcctggttggtggctca
gtgtctgagagatctgaggggtccaggttagttgggactcatggtcttcc
tatagagtcaccatcctcctcagcttcttccagcctttccctaattcaac
cataagggtccctgacttcagtcaatagtgggtgcaagtatctgcatctg
tctcatgagctgctgttaggcctctcagaagacagcatgctaagctccct
ggtgtggtg
gaattccatctccagatgatctaatgtcattttctgacattatatttcac
ctcatatatgcacaaagagagacatataaaaacacaaagttataagtaat
aaaacttaatatctaaaaattatgttcaattaaatgattgtatgatttat
acaatccttttaaagtaggtaaaacaatacaaacaaggatatttgtatta
ttaactgcatgtgtcagggaaaaaaatctcacatgaatagacttggctct
acattaaaacttaggaagttaaagcaaatcaagaaagctacaaatcctaa
acaaagtatatcaaatatatctaggaaaaaaaggagtggtaaaagaaatg
gcataaaataaataaaattgaatgcagatttcaatgatgacaacaaaaca
acaacaacaacaacagaaaaaaaacagaaaaactgaacataagtgttggt
tctttaaagaaaagcagatagacttctaatccatgcaacaaagaacagag
agaacaaaattagaaatattagaaacaaatagagatgatagatagataga
tagatagatagatagatagatagctggcactaacttttttttagatattt
gaggcaatttggcaacctgcacaactgctcagctccttgaagatcagacc
tgtgaaaattcacatcagagataaaacagactatctgaggaaatttatca
aaaggaactgcaccagcaagagtcttccaaataaaaagagcaaaacttct
agatggtccacaggtgaatcacattaggtatttaagaaagagcttcagaa
gtagttctcaacagaaaacaggactaaggaattgccctcactctagctgt
atcctctctagctgaagtgatgagcaaaatgtatcagatctgtacaatgg
ggtttttattcatctctagagattcatatatgcatatatccagcagacat
cacagtaagggctgtggtcatgttaagaaacaaaaaatgtaatcagaaga
tatctcaaacatagtatacaaagaaaactttggataaatttaaacagtga
ctagattataattcggtctttattgtctttatgatcaaataaactgtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_11270375_11271519
seq2: B6Ng01-037N02.b_48_1156 (reverse)

seq1  CACCACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGGAGCTTAG  50
                                   ||| |||||   |||||||||
seq2  -----------------------------CAC-CACACCAGGGAGCTTAG  20

seq1  CATGGCTGTCTTCTGAGAGGCCTAACAAGCAGCTCACTGAGACAGATGCA  100
      ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
seq2  CAT-GCTGTCTTCTGAGAGGCCTAAC-AGCAGCTCA-TGAGACAGATGCA  67

seq1  GATACTTGCACCCAACTATTGGACTGAAGTCAGGGACCCCTATGGTTGAA  150
      ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GATACTTGCACCC-ACTATT-GACTGAAGTCAGGGACCCTTATGGTTGAA  115

seq1  TTAGGGAAAGGCTGGAAGAAGCTGAGGAGGATGGTGACTCTATAGGAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGAAAGGCTGGAAGAAGCTGAGGAGGATGGTGACTCTATAGGAAGA  165

seq1  CCATGAGTCCCAACTAACCTGGACCCCTCAGATCTCTCAGACACTGAGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAGTCCCAACTAACCTGGACCCCTCAGATCTCTCAGACACTGAGCC  215

seq1  ACCAACCAGGCAGCATAAATGAGTTGGTCCAAGGCTCCCTGAATCATATA  300
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ACCAACCAGGCAGCATAAATGAGTTGGTCCAAGGCT-CCTGAATCATATA  264

seq1  TATCAAAGGATTGCCTGGTTTCACCTCAGTGGGAGAAAGTGTGTCTAATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAAGGATTGCCTGGTTTCACCTCAGTGGGAGAAAGTGTGTCTAATC  314

seq1  GTTGAGAGACATGAGGCCCCAGGGAGTGAGTAGGCCTGGTCAGGTAGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGAGACATGAGGCCCCAGGGAGTGAGTAGGCCTGGTCAGGTAGGAG  364

seq1  GGCCATCCCCTTGGAGACAGGGGAAGAGGAATGGGATAAGGAACTGTTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATCCCCTTGGAGACAGGGGAAGAGGAATGGGATAAGGAACTGTTGA  414

seq1  AGAGGGAGCCACGAGGAAGGAATAGCTAGGCTGTAAAAAACTAAAAGTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGAGCCACGAGGAAGGAATAGCTAGGCTGTAAAAAACTAAAAGTAA  464

seq1  TTAAAAAAAAAGAAACATACACAGACACACGCAAACATACATGCACAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAAAAAGAAACATACACAGACACACGCAAACATACATGCACAATG  514

seq1  TATCACCCTCACATTTTAAATGATAGTGATAAATTCGAAGCACAGATCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACCCTCACATTTTAAATGATAGTGATAAATTCGAAGCACAGATCTC  564

seq1  TAGAGTTTCCCTTCTTATAATTGACTGTAAGAACCATTGATGTAATCCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTTTCCCTTCTTATAATTGACTGTAAGAACCATTGATGTAATCCCT  614

seq1  CTTGGATTTCTTCGCTAAACATTTTAATACTATATTCATAGGTACAGCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGATTTCTTCGCTAAACATTTTAATACTATATTCATAGGTACAGCCA  664

seq1  TATGGCACAATTGTTGACTATTTTTATCTAATGATTATTTTACTTTTAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCACAATTGTTGACTATTTTTATCTAATGATTATTTTACTTTTAGT  714

seq1  ACTCTGCAAATGTGTGATTAGGAACAAATCATTTCAATTCCAAGACGTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGCAAATGTGTGATTAGGAACAAATCATTTCAATTCCAAGACGTTC  764

seq1  TGATAAATTTTAATCTCACATTTTTGCATTTCCTGAATAAATTATAAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAATTTTAATCTCACATTTTTGCATTTCCTGAATAAATTATAAATA  814

seq1  CCGTAGATTTTCTTCATATTCATTTTCAGTTAATTTACACTTTCTTTTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTAGATTTTCTTCATATTCATTTTCAGTTAATTTACACTTTCTTTTTC  864

seq1  CTCTTTGAACCCAAATACACTGGATGTAGAGAAAAGTAATACTGACTGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTGAACCCAAATACACTGGATGTAGAGAAAAGTAATACTGACTGAT  914

seq1  AACTATGACCACATTGTTGCATTCAATCTAAAAACTTGGTGCTCTTTTCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATGACCACATTGTTGCATTCAATCTAAAAACTTGGTGCTCTTTTCC  964

seq1  TTAAATGTTAAACTTTTGACAATTTAAAATTATCTAAATTTTATTGGAGA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGTTAAACTTTTGACAATTTAAAATTATCTAAATTTTATTGGAGA  1014

seq1  CATGGCAAAGCACCATTTAATATAGACCATTTGAGGACTTAACCTGTAAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCAAAGCACCATTTAATATAGACCATTTGAGGACTTAACCTGTAAT  1064

seq1  TTATATTTCACTTTTATAGAAATTGCTTCTTCGATGTGTGAATTC  1145
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTTCACTTTTATAGAAATTGCTTCTTCGATGTGTGAATTC  1109

seq1: chr9_11124746_11125858
seq2: B6Ng01-037N02.g_68_1165

seq1  GAATTCCATCTCCAGATGATCTAATGTCATTTTCTGACATTATATTTCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCTCCAGATGATCTAATGTCATTTTCTGACATTATATTTCAC  50

seq1  CTCATATATGCACAAAGAGAGACATATAAAAACACAAAGTTATAAGTAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATATATGCACAAAGAGAGACATATAAAAACACAAAGTTATAAGTAAT  100

seq1  AAAACTTAATATCTAAAAATTATGTTCAATTAAATGATTGTATGATTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTTAATATCTAAAAATTATGTTCAATTAAATGATTGTATGATTTAT  150

seq1  ACAATCCTTTTAAAGTAGGTAAAACAATACAAACAAGGATATTTGTATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCCTTTTAAAGTAGGTAAAACAATACAAACAAGGATATTTGTATTA  200

seq1  TTAACTGCATGTGTCAGGGAAAAAAATCTCACATGAATAGACTTGGCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTGCATGTGTCAGGGAAAAAAATCTCACATGAATAGACTTGGCTCT  250

seq1  ACATTAAAACTTAGGAAGTTAAAGCAAATCAAGAAAGCTACAAATCCTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAAAACTTAGGAAGTTAAAGCAAATCAAGAAAGCTACAAATCCTAA  300

seq1  ACAAAGTATATCAAATATATCTAGGAAAAAAAGGAGTGGTAAAAGAAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTATATCAAATATATCTAGGAAAAAAAGGAGTGGTAAAAGAAATG  350

seq1  GCATAAAATAAATAAAATTGAATGCAGATTTCAATGATGACAACAAAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAAATAAATAAAATTGAATGCAGATTTCAATGATGACAACAAAACA  400

seq1  ACAACAACAACAACAGAAAAAAAACAGAAAAACTGAACATAAGTGTTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAACAACAACAGAAAAAAAACAGAAAAACTGAACATAAGTGTTGGT  450

seq1  TCTTTAAAGAAAAGCAGATAGACTTCTAATCCATGCAACAAAGAACAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAAAGAAAAGCAGATAGACTTCTAATCCATGCAACAAAGAACAGAG  500

seq1  AGAACAAAATTAGAAATATTAGAAACAAATAGAGATGATAGATAGATAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAAAATTAGAAATATTAGAAACAAATAGAGATGATAGATAGATAGA  550

seq1  TAGATAGATAGATAGATAGATAGCTGGCACTAACTTTTTTTTAGATATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGATAGATAGATAGATAGCTGGCACTAACTTTTTTTTAGATATTT  600

seq1  GAGGCAATTTGGCAACCTGCACAACTGCTCAGCTCCTTGAAGATCAGACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAATTTGGCAACCTGCACAACTGCTCAGCTCCTTGAAGATCAGACC  650

seq1  TGTGAAAATTCACATCAGAGATAAAACAGACTATCTGAGGAAATTTATCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAAATTCACATCAGAGATAAAACAGACTATCTGAGGAAATTTATCA  700

seq1  AAAGGAACTGCACCAGCAAGAGTCTTCCAAATAAAAAGAGCAAAACTTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAACTGCACCAGCAAGAGTCTTCCAAATAAAAAGAGCAAAACTTCT  750

seq1  AGATGGTCCACAGGTGAATCACATTAGGTATTTAAGAAAGAGCTTCAGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGTCCACAGGTGAATCACATTAGGTATTTAAGAAAGAGCTTCAGAA  800

seq1  GTAGTTCTCAACAGAAAACAGGACTAAGGAATTGCCCTCACTCTAGCTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTCTCAACAGAAAACAGGACTAAGGAATTGCCCTCACTCTAGCTGT  850

seq1  ATCCTCTCTAGCTGAAGTGATGAGCAAAATGTATCAGATCTGTACAATGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCTCTAGCTGAAGTGATGAGCAAAATGTATCAGATCTGTACAATGG  900

seq1  GG-TTTTATTCATCTCTAAGAAGATTCATATATGCATATATCCAAGCAGA  949
      || |||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GGTTTTTATTCATCTCTA--GAGATTCATATATGCATATATCC-AGCAGA  947

seq1  CATCACAGTAAGGGCTGTGGTCATGTTAAGAAACAAAAAAATGTAATCAA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
seq2  CATCACAGTAAGGGCTGTGGTCATGTTAAGAAAC-AAAAAATGTAATC-A  995

seq1  GAAGATATCTCAAACATAAGTATAACAAAAGAAAACTCTGGATAGAATTT  1049
      ||||||||||||||||| ||||||   |||||||||| |||||| |||||
seq2  GAAGATATCTCAAACAT-AGTATA--CAAAGAAAACTTTGGATA-AATTT  1041

seq1  TAAAACAGTGACTAGATATATAATTCTGTCTTTATTGTCTTTATTGATAC  1099
        ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||| |
seq2  --AAACAGTGACTAGAT-TATAATTCGGTCTTTATTGTCTTTA-TGAT-C  1086

seq1  AAATATAAACTGTC  1113
      ||  ||||||||||
seq2  AA--ATAAACTGTC  1098