BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-040D11
Chromosome9 (Build37)
Map Location 71,539,652 - 71,684,932
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCgnl1
Upstream geneAdam10, Cycs-ps1, Lipc, LOC100041622, LOC100041628, Aqp9, 1700020I22Rik, LOC100041660, Aldh1a2, Grinl1a, AA407270, LOC547043, LOC100040537
Downstream geneTcf12, EG666001, LOC665959, EG665964, LOC665970, Suhw4, LOC100041760, Mns1, LOC666007, Tex9, 4930509E16Rik, Rfxdc2, Nedd4, EG639396, Prtg
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-040D11.bB6Ng01-040D11.g
ACCDH867254DH867255
length1,080919
definitionDH867254|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-040D11, 5' end.DH867255|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-040D11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,539,652 - 71,540,739)(71,684,014 - 71,684,932)
sequence
gaattcaaaatatatccatgtatgaatttctcataaaggtagcaaaagat
tgtttttaaaggggagaaaagaaaaaagaagggtttttctagaaccacca
atagagtatctatatggccagtgctaagacagctgtgactgccctgggga
agtcacattagcatgagcctcattttctgagcatctctttctcttagctt
caagcctgtattaaaagcatcttcaataaaatccccatctctgcttcatc
ttactagctgaattttctgtcagtaccaaaacctaagtggagaccctaac
agagtagggaactcgtctggctgttgaggttgacggtgtggagctgggtc
tctgtctaaactagagagtttgccttttgtgaaattaactgaatgatgct
ggctcaaactagttcccttgtccggaggtgaccagggcagaaggactttt
tttctccatgtgtgacgctcgctttttcttacacattttcagagtcctga
acacatgactctttctgtacttcaaaactcactaaaccacatctaatcac
ttctcggagcacctatttactgtgtaatgattgccatcggaatccatcca
ccactcacaatgcacctaagtccatccctaccagtccagccccaagatga
atgagcagattatctgcaggattgggagaacttaagatcacttgctaagc
aagcaggaggaactgagcgcaaatccccagagccaacaaaagaagctcac
catggctgtctgtgagcctgtgaccatagcaatgtagagggctgagttgg
gaggatttttgggatttgctggctaccagcctgtctcaagagaataaagc
aaagagcagaagagccagggtcctcttctggccttggcacaggcacctct
atacatatactacactagacacacacacacacttacacattcacactcac
acacacataatcttttgggataaatacacaaatataaataaaccatactg
tctagaataagtcaactgtatagtaattatctactattacataacaactt
cttaaaaccaagcctgctcaacacattttt
gaattcagtgtcctgaaacttgccgagaacccccaaaatggagacgtttc
ctgcagccaggaagtagaaactttgtaacatttttgagctatgcccaact
cttttaccaatggtgatttccggggtgggaggcaactggggtagaaagga
gatgtgatttagcaacccatcagctgaccagactatgagcttcttcaaga
tagctgtgctgactactgaggaggtacgtgacacatagtaggttcatggg
gcatagtaggaacttccaattcctcccctctaaagaaagcaaaccaagga
agtaacatatcagaagatgaattccaagtgatgaattcactagcacatag
ataagagagtgtgtgttaggtgtgtgctgacccaggatttctgcaatcaa
atcacacagtgaacatagatgaagtatacaggctgctggcagtgtaacct
ggggggagacagaggacttggctacagaacacttaggaccctggcctggg
ctcactgccagaccaggggcagacctgagtcctgggtgacattctgtcta
gaaaacagttagaaagcagtgggttgtgggtgtggaaccagtgttaaggt
cactggaaggccttgacataggtaggaagttagagctgtcagaaatgacc
agtatgctctgcccagtgactcacatctccactcacatctccaccaaagc
acgcacagcctctctgtggacacttgatccaaacaaccactgggggcagt
gtggaccctgacctggtggacgcttgaagcgttcagaaattgtaagatgt
catgggggagagcttgtttagctacaagtctggtcttgtacaggtatgga
ctgaagagtctgagacctcgtggtaggaagtgtggaactcatgtatgggg
tggtgttagggatgatgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_71539652_71540739
seq2: B6Ng01-040D11.b_45_1124

seq1  GAATTCAAAATATATCCATGTATGAATTTCTCATAAAGGTAGCAAAAGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAATATATCCATGTATGAATTTCTCATAAAGGTAGCAAAAGAT  50

seq1  TGTTTTTAAAGGGGAGAAAAGAAAAAAGAAGGGTTTTTCTAGAACCACCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTAAAGGGGAGAAAAGAAAAAAGAAGGGTTTTTCTAGAACCACCA  100

seq1  ATAGAGTATCTATATGGCCAGTGCTAAGACAGCTGTGACTGCCCTGGGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGTATCTATATGGCCAGTGCTAAGACAGCTGTGACTGCCCTGGGGA  150

seq1  AGTCACATTAGCATGAGCCTCATTTTCTGAGCATCTCTTTCTCTTAGCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACATTAGCATGAGCCTCATTTTCTGAGCATCTCTTTCTCTTAGCTT  200

seq1  CAAGCCTGTATTAAAAGCATCTTCAATAAAATCCCCATCTCTGCTTCATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCTGTATTAAAAGCATCTTCAATAAAATCCCCATCTCTGCTTCATC  250

seq1  TTACTAGCTGAATTTTCTGTCAGTACCAAAACCTAAGTGGAGACCCTAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTAGCTGAATTTTCTGTCAGTACCAAAACCTAAGTGGAGACCCTAAC  300

seq1  AGAGTAGGGAACTCGTCTGGCTGTTGAGGTTGACGGTGTGGAGCTGGGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAGGGAACTCGTCTGGCTGTTGAGGTTGACGGTGTGGAGCTGGGTC  350

seq1  TCTGTCTAAACTAGAGAGTTTGCCTTTTGTGAAATTAACTGAATGATGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTAAACTAGAGAGTTTGCCTTTTGTGAAATTAACTGAATGATGCT  400

seq1  GGCTCAAACTAGTTCCCTTGTCCGGAGGTGACCAGGGCAGAAGGACTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAAACTAGTTCCCTTGTCCGGAGGTGACCAGGGCAGAAGGACTTTT  450

seq1  TTTCTCCATGTGTGACGCTCGCTTTTTCTTACACATTTTCAGAGTCCTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCATGTGTGACGCTCGCTTTTTCTTACACATTTTCAGAGTCCTGA  500

seq1  ACACATGACTCTTTCTGTACTTCAAAACTCACTAAACCACATCTAATCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGACTCTTTCTGTACTTCAAAACTCACTAAACCACATCTAATCAC  550

seq1  TTCTCGGAGCACCTATTTACTGTGTAATGATTGCCATCGGAATCCATCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCGGAGCACCTATTTACTGTGTAATGATTGCCATCGGAATCCATCCA  600

seq1  CCACTCACAATGCACCTAAGTCCATCCCTACCAGTCCAGCCCCAAGATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCACAATGCACCTAAGTCCATCCCTACCAGTCCAGCCCCAAGATGA  650

seq1  ATGAGCAGATTATCTGCAGGATTGGGAGAACTTAAGATCACTTGCTAAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCAGATTATCTGCAGGATTGGGAGAACTTAAGATCACTTGCTAAGC  700

seq1  AAGCAGGAGGAACTGAGCGCAAATCCCCAGAGCCAACAAAAGAAGCTCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGAGGAACTGAGCGCAAATCCCCAGAGCCAACAAAAGAAGCTCAC  750

seq1  CATGGCTGTCTGTGAGCCTGTGACCATAGCAATGTAGAGGGCTGAGTTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCTGTCTGTGAGCCTGTGACCATAGCAATGTAGAGGGCTGAGTTGG  800

seq1  GAGGATTTTTGGGATTTGCTGGCTACCAGCCTGTCTCAAGAGAATAAAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATTTTTGGGATTTGCTGGCTACCAGCCTGTCTCAAGAGAATAAAGC  850

seq1  AAAGAGCAGAAGAGCCAGGGTCCTCTTCTGGCCTTGGCACAGGCACCTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGCAGAAGAGCCAGGGTCCTCTTCTGGCCTTGGCACAGGCACCTCT  900

seq1  ATACATATACTACACTAGACACACACACACACTTACACATTCACACTCAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATATACTACACTAGACACACACACACACTTACACATTCACACTCAC  950

seq1  ACACACATAATCTTTT-GGATAAATACACAAATATAAATAAAACCATACC  999
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |
seq2  ACACACATAATCTTTTGGGATAAATACACAAATATAAAT-AAACCATA-C  998

seq1  TGTCTAGAATAAGTCAAACTGTTATAGTAATTATCTACTATTACATAACC  1049
      ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGTCTAGAATAAGTC-AACTG-TATAGTAATTATCTACTATTACATAA-C  1045

seq1  AACTTCCTTAAAACCCAGCCTGCTCAAACAACCATTTTT  1088
      ||||| ||||||||| ||||||||| ||||  |||||||
seq2  AACTT-CTTAAAACCAAGCCTGCTC-AACA--CATTTTT  1080

seq1: chr9_71684014_71684932
seq2: B6Ng01-040D11.g_69_987 (reverse)

seq1  TCCATCATCCCTAACACCACCCCATACATGAGTTCCACACTTCCTACCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCATCCCTAACACCACCCCATACATGAGTTCCACACTTCCTACCAC  50

seq1  GAGGTCTTCAGACTCTTCAGTCCATACCTGTACAAGACCAGACTTGTAGC  100
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTC-TCAGACTCTTCAGTCCATACCTGTACAAGACCAGACTTGTAGC  99

seq1  TAAACAAGCTCTCCCCCATGACATCTTACAATTTCTGAACGCTTCAAGCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAAGCTCTCCCCCATGACATCTTACAATTTCTGAACGCTTCAAGCG  149

seq1  TCCACCAGGTCAGGGTCCACACTG-CCCCAGTGGTTGTTTGGATCAAGTG  199
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCAGGTCAGGGTCCACACTGCCCCCAGTGGTTGTTTGGATCAAGTG  199

seq1  TCCACAGAGAGGCTGTGCGTGCTTTGGTGGAGATGTGAGTGGAGATGTGA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAGAGAGGCTGTGCGTGCTTTGGTGGAGATGTGAGTGGAGATGTGA  249

seq1  GTCACTGGGCAGAGCATACTGGTCATTTCTGACAGCTCTAACTTCCTACC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTGGGCAGAGCATACTGGTCATTTCTGACAGCTCTAACTTCCTACC  299

seq1  TATGTCAAGGCCTTCCAGTGACCTTAACACTGGTTCCACACCCACAACCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCAAGGCCTTCCAGTGACCTTAACACTGGTTCCACACCCACAACCC  349

seq1  ACTGCTTTCTAACTGTTTTCTAGACAGAATGTCACCCAGGACTCAGGTCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTTCTAACTGTTTTCTAGACAGAATGTCACCCAGGACTCAGGTCT  399

seq1  GCCCCTGGTCTGGCAGTGAGCCCAGGCCAGGGTCCTAAGTGTTCTGTAGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTGGTCTGGCAGTGAGCCCAGGCCAGGGTCCTAAGTGTTCTGTAGC  449

seq1  CAAGTCCTCTGTCTCCCCCCAGGTTACACTGCCAGCAGCCTGTATACTTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCCTCTGTCTCCCCCCAGGTTACACTGCCAGCAGCCTGTATACTTC  499

seq1  ATCTATGTTCACTGTGTGATTTGATTGCAGAAATCCTGGGTCAGCACACA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATGTTCACTGTGTGATTTGATTGCAGAAATCCTGGGTCAGCACACA  549

seq1  CCTAACACACACTCTCTTATCTATGTGCTAGTGAATTCATCACTTGGAAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAACACACACTCTCTTATCTATGTGCTAGTGAATTCATCACTTGGAAT  599

seq1  TCATCTTCTGATATGTTACTTCCTTGGTTTGCTTTCTTTAGAGGGGAGGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTTCTGATATGTTACTTCCTTGGTTTGCTTTCTTTAGAGGGGAGGA  649

seq1  ATTGGAAGTTCCTACTATGCCCCATGAACCTACTATGTGTCACGTACCTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGAAGTTCCTACTATGCCCCATGAACCTACTATGTGTCACGTACCTC  699

seq1  CTCAGTAGTCAGCACAGCTATCTTGAAGAAGCTCATAGTCTGGTCAGCTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTAGTCAGCACAGCTATCTTGAAGAAGCTCATAGTCTGGTCAGCTG  749

seq1  ATGGGTTGCTAAATCACATCTCCTTTCTACCCCAGTTGCCTCCCACCCCG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTTGCTAAATCACATCTCCTTTCTACCCCAGTTGCCTCCCACCCCG  799

seq1  GAAATCACCATTGGTAAAAGAGTTGGGCATAGCTCAAAAATGTTACAAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCACCATTGGTAAAAGAGTTGGGCATAGCTCAAAAATGTTACAAAG  849

seq1  TTTCTACTTCCTGGCTGCAGGAAACGTCTCCATTTTGGGGGTTCTCGGCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTACTTCCTGGCTGCAGGAAACGTCTCCATTTTGGGGGTTCTCGGCA  899

seq1  AGTTTCAGGACACTGAATTC  919
      ||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCAGGACACTGAATTC  919