BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-040K15
Chromosome9 (Build37)
Map Location 68,593,871 - 68,708,134
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRora, 9530091C08Rik
Upstream geneLOC665794, 3300001A09Rik, EG244911, Vps13c, LOC100041451
Downstream geneNarg2, EG665815, EG244913, Anxa2, Foxb1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-040K15.bB6Ng01-040K15.g
ACCDH867555DH867556
length1,012975
definitionDH867555|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-040K15, 5' end.DH867556|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-040K15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,593,871 - 68,594,887)(68,707,154 - 68,708,134)
sequence
gaattcttctaccaaccaaagcattgtgtagcatcttggtgaccccaggg
tgccatggaacatagccaaggctatgcagagcaagcccctctgtatgtgc
tccatgatcacactttcctgtgcttgggaggtgtcctgctaatggcagtt
caaagggacctggatttcttgaagtattaaaactcacacacctcatcaaa
ggatttccagagatcactcttaaaaccggcaggcaaggcacacagagccg
tttctggatggtcttctttccctgggggctcacgctggccaacctgcctc
cgtggagtttctgtatgtgtggcgtctaaaaacctctgaaaatcgttatt
cacagctcattcagcacacgaagaaccatctcgctccatcccacgtctat
gtgagtcactttttaaagtgcttttaaaaaaaaaactgtctcatgcacat
agataattagagaggggggaaaaacaagtaaaaataaatcgtgttgttga
atttaaaagcccaaatgaatcttaaataccaaatacatatgtttctcact
ttcttggctcaccaagaactggccacctttgctctaatcctactccaagc
atgggtggtggcagtttccctcaaccataagtggttgatttaggaagagc
atgccaaaaataaagataatctcgtattcaatttcccaaattgctcaatg
taaataaagcccagagaggcctgcagtaggccgatgttgcaggttaccag
cccagtgtatgtctcttttctaggctaataacttgtcatctcggacaatg
atgtcccagtttatatggttctccttgaagactgtcacccccccagaaat
gggatgcctaaagttatttgtttatttttgagtgcatttactgattggta
tttatattggaatgggaacttattatggctattatttcatcattaaattt
attgtatgaaatgtgtgatttatagctatcattaccacgttatttaagca
atgcaattgatt
gaattctttcagggcccacagtaatgttccttgccatgtatttgaattaa
ccaggcccagaggatgaaactttcgaattaaacacattccttaaggattc
caggctcattgtgtatgcaccaaggaaacacaacacatcctaaaaataat
acacacagagagaagcgcatttcccaccaacattaaagtagaatatgagt
tatgacccagctcatgggaatagacgtttgattacatgcaaaacggagct
ttcgtaaatagcatccgtcttggtgagctaccacaatcattaccgaccat
ttaattttactccctagcaacccatccatcatggttagaaaccattcact
ctcaggctcccctcccccagcccaccttaggatcgaggaggcaccagatt
ttatcaggttcgttgttccagtgatggagatgactagcccagcagccaag
gagttcatgagattattagatttgccaaagtggatgtttctttcaacatg
gcattctggagaactgctagaagaggagttacaatggcgggtgttctgtt
tgctctctgtacagaggaattatgaaactatgttttggccttggggacat
gggtttcttggagttaagtggctctcacatatacttgccctttcctgtgt
cccttgtacctagcatttgacactcctgcatgaagcagccttgaggccag
tggctggctgtcctgtttaacgtattgcctcataagaagtgaaatcaggt
aattgtggctcttacaaattcttactacaaaataatgagaaagtgtttgt
ccagaaggcaaaccttcaccttgggctagcaactgtcagaatgtctgtag
tgctattcatagcacttcagagcctggcgagaggggagtgctggattgat
ttggcttcagcatcaacatcagatagctcacacccacctgtacttcagct
cagggagcaaagctctcctgtggct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_68593871_68594887
seq2: B6Ng01-040K15.b_44_1055

seq1  GAATTCTTCTACCAACCAAAGCATTGTGTAGCATCTTGGTGACCCCAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTACCAACCAAAGCATTGTGTAGCATCTTGGTGACCCCAGGG  50

seq1  TGCCATGGAACATAGCCAAGGCTATGCAGAGCAAGCCCCTCTGTATGTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATGGAACATAGCCAAGGCTATGCAGAGCAAGCCCCTCTGTATGTGC  100

seq1  TCCATGATCACACTTTCCTGTGCTTGGGAGGTGTCCTGCTAATGGCAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGATCACACTTTCCTGTGCTTGGGAGGTGTCCTGCTAATGGCAGTT  150

seq1  CAAAGGGACCTGGATTTCTTGAAGTATTAAAACTCACACACCTCATCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGGACCTGGATTTCTTGAAGTATTAAAACTCACACACCTCATCAAA  200

seq1  GGATTTCCAGAGATCACTCTTAAAACCGGCAGGCAAGGCACACAGAGCCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTCCAGAGATCACTCTTAAAACCGGCAGGCAAGGCACACAGAGCCG  250

seq1  TTTCTGGATGGTCTTCTTTCCCTGGGGGCTCACGCTGGCCAACCTGCCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGGATGGTCTTCTTTCCCTGGGGGCTCACGCTGGCCAACCTGCCTC  300

seq1  CGTGGAGTTTCTGTATGTGTGGCGTCTAAAAACCTCTGAAAATCGTTATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGAGTTTCTGTATGTGTGGCGTCTAAAAACCTCTGAAAATCGTTATT  350

seq1  CACAGCTCATTCAGCACACGAAGAACCATCTCGCTCCATCCCACGTCTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCTCATTCAGCACACGAAGAACCATCTCGCTCCATCCCACGTCTAT  400

seq1  GTGAGTCACTTTTTAAAGTGCTTTTAAAAAAAAAACTGTCTCATGCACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTCACTTTTTAAAGTGCTTTTAAAAAAAAAACTGTCTCATGCACAT  450

seq1  AGATAATTAGAGAGGGGGGAAAAACAAGTAAAAATAAATCGTGTTGTTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAATTAGAGAGGGGGGAAAAACAAGTAAAAATAAATCGTGTTGTTGA  500

seq1  ATTTAAAAGCCCAAATGAATCTTAAATACCAAATACATATGTTTCTCACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAAAGCCCAAATGAATCTTAAATACCAAATACATATGTTTCTCACT  550

seq1  TTCTTGGCTCACCAAGAACTGGCCACCTTTGCTCTAATCCTACTCCAAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGCTCACCAAGAACTGGCCACCTTTGCTCTAATCCTACTCCAAGC  600

seq1  ATGGGTGGTGGCAGTTTCCCTCAACCATAAGTGGTTGATTTAGGAAGAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTGGTGGCAGTTTCCCTCAACCATAAGTGGTTGATTTAGGAAGAGC  650

seq1  ATGCCAAAAATAAAGATAATCTCGTATTCAATTTCCCAAATTGCTCAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAAAAATAAAGATAATCTCGTATTCAATTTCCCAAATTGCTCAATG  700

seq1  TAAATAAAGCCCAGAGAGGCCTGCAGTAGGCCGATGTTGCAGGTTACCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAAGCCCAGAGAGGCCTGCAGTAGGCCGATGTTGCAGGTTACCAG  750

seq1  CCCAGTGTATGTCTC-TTTCTAGGCTAATAACTTGTCATCTCGGACAATG  799
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTGTATGTCTCTTTTCTAGGCTAATAACTTGTCATCTCGGACAATG  800

seq1  ATGTCCCAGTTTATATGGTTCTCCTTGAAGACTGTCACCCCCCCAGAAAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCCAGTTTATATGGTTCTCCTTGAAGACTGTCACCCCCCCAGAAAT  850

seq1  GGGATGCCTAAAGTTATTTG-TTATTTTTGAGTGCATTTACTGATTGGTA  898
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGCCTAAAGTTATTTGTTTATTTTTGAGTGCATTTACTGATTGGTA  900

seq1  TTTATATTGGAATGGGAAACTTATTATTGCCTATTATTTCATCATTAAAT  948
      |||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATTGGAATGGG-AACTTATTA-TGGCTATTATTTCATCATTAAAT  948

seq1  TTAATGTATGAAATGTGTGATTTTATAGCTATCCATTACCACGTTAATTT  998
      ||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||
seq2  TTATTGTATGAAATGTGTGA-TTTATAGCTAT-CATTACCACGTT-ATTT  995

seq1  AATGCAATGCAAATTGATT  1017
      || ||||||| ||||||||
seq2  AA-GCAATGC-AATTGATT  1012

seq1: chr9_68707154_68708134
seq2: B6Ng01-040K15.g_68_1042 (reverse)

seq1  AGCCACAGGAGAGCGTTGGCTCCCCTGGAGCTGAAGTTACAGGTTGGTTG  50
      |||||||||||||| || ||||||   ||||||||| |||||| ||| ||
seq2  AGCCACAGGAGAGC-TTTGCTCCC--TGAGCTGAAG-TACAGG-TGGGTG  45

seq1  TGAGCTATCTGATGTTGATGCTCGAAGCCAAACTCAATCCAGCACTCCCC  100
      |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGAGCTATCTGATGTTGATGCT-GAAGCCAAA-TCAATCCAGCACTCCCC  93

seq1  TCTTCGCCAGGCTTCTGAAGTGCTTAGAATAGCACTACAGACATTCTGAC  150
      || ||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||
seq2  TC-TCGCCAGGC-TCTGAAGTGCTATGAATAGCACTACAGACATTCTGAC  141

seq1  AGTTGCTAGCCC-AGGTG-AGGTTTGCCTTCTGGACAAAC-CCTTCTCAT  197
      |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||
seq2  AGTTGCTAGCCCAAGGTGAAGGTTTGCCTTCTGGACAAACACTTTCTCAT  191

seq1  TATTTTGTAGTAAGAATTTGTAAGAGCCACAATTACCTGATTTCACTTCT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGTAGTAAGAATTTGTAAGAGCCACAATTACCTGATTTCACTTCT  241

seq1  TATGAGGCAATACGTTAAACAGGACAGCCAGCCACTGGCCTCAAGGCTGC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGGCAATACGTTAAACAGGACAGCCAGCCACTGGCCTCAAGGCTGC  291

seq1  TTCATGCAGGAGTGTCAAATGCTAGGTACAAGGGACACAGGAAAGGGCAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGCAGGAGTGTCAAATGCTAGGTACAAGGGACACAGGAAAGGGCAA  341

seq1  GTATATGTGAGAGCCACTTAACTCCAAGAAACCCATGTCCCCAAGGCCAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATGTGAGAGCCACTTAACTCCAAGAAACCCATGTCCCCAAGGCCAA  391

seq1  AACATAGTTTCATAATTCCTCTGTACAGAGAGCAAACAGAACACCCGCCA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAGTTTCATAATTCCTCTGTACAGAGAGCAAACAGAACACCCGCCA  441

seq1  TTGTAACTCCTCTTCTAGCAGTTCTCCAGAATGCCATGTTGAAAGAAACA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAACTCCTCTTCTAGCAGTTCTCCAGAATGCCATGTTGAAAGAAACA  491

seq1  TCCACTTTGGCAAATCTAATAATCTCATGAACTCCTTGGCTGCTGGGCTA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTTTGGCAAATCTAATAATCTCATGAACTCCTTGGCTGCTGGGCTA  541

seq1  GTCATCTCCATCACTGGAACAACGAACCTGATAAAATCTGGTGCCTCCTC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCTCCATCACTGGAACAACGAACCTGATAAAATCTGGTGCCTCCTC  591

seq1  GATCCTAAGGTGGGCTGGGGGAGGGGAGCCTGAGAGTGAATGGTTTCTAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTAAGGTGGGCTGGGGGAGGGGAGCCTGAGAGTGAATGGTTTCTAA  641

seq1  CCATGATGGATGGGTTGCTAGGGAGTAAAATTAAATGGTCGGTAATGATT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGATGGATGGGTTGCTAGGGAGTAAAATTAAATGGTCGGTAATGATT  691

seq1  GTGGTAGCTCACCAAGACGGATGCTATTTACGAAAGCTCCGTTTTGCATG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTAGCTCACCAAGACGGATGCTATTTACGAAAGCTCCGTTTTGCATG  741

seq1  TAATCAAACGTCTATTCCCATGAGCTGGGTCATAACTCATATTCTACTTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCAAACGTCTATTCCCATGAGCTGGGTCATAACTCATATTCTACTTT  791

seq1  AATGTTGGTGGGAAATGCGCTTCTCTCTGTGTGTATTATTTTTAGGATGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTGGTGGGAAATGCGCTTCTCTCTGTGTGTATTATTTTTAGGATGT  841

seq1  GTTGTGTTTCCTTGGTGCATACACAATGAGCCTGGAATCCTTAAGGAATG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGTTTCCTTGGTGCATACACAATGAGCCTGGAATCCTTAAGGAATG  891

seq1  TGTTTAATTCGAAAGTTTCATCCTCTGGGCCTGGTTAATTCAAATACATG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAATTCGAAAGTTTCATCCTCTGGGCCTGGTTAATTCAAATACATG  941

seq1  GCAAGGAACATTACTGTGGGCCCTGAAAGAATTC  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGAACATTACTGTGGGCCCTGAAAGAATTC  975