BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-040K24
Chromosome9 (Build37)
Map Location 110,963,912 - 111,060,443
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039275, Lrrfip2
Upstream geneMtap4, Dhx30, Smarcc1, Rn4.5s-ps2, Cspg5, Tmem103, Scap, Ptpn23, Ngp, Klhl18, Kif9, Setd2, Nradd, Nbeal2, Ccdc12, Pthr1, Myl3, 9430025E04Rik, LOC665549, Tessp2, 1700036D21Rik, Tessp3, BC107230, 1700112C13Rik, Tsp50, Tmie, Als2cl, Gm590, Tdgf1, Lrrc2, Rtp3, ENSMUSG00000057802, Ltf, Ccrl2
Downstream geneMlh1, Epm2aip1, Lba1, Dclk3, LOC620615, Stac, 4930545L08Rik, Arpp21
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-040K24.bB6Ng01-040K24.g
ACCDH867573DH867574
length1,1431,042
definitionDH867573|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-040K24, 5' end.DH867574|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-040K24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,059,314 - 111,060,443)(110,963,912 - 110,964,952)
sequence
gaattcaggtgagaagcctcctgtgcactccggagatgctggtggttgtg
ctttgaaatatgaggcacatgaaggctgatgaaggacgtaacaaactaaa
accgtactgtgcacctgtaatcccagcactaaggaggctgaggcagaaga
gctgtaaaacttgaagccagtctgggctacacatccagtttcaagctaac
ttagcctaagtagagactgtctcgaacaataacaacccacactaagtgtt
gtaggatgaacttgtaatctcagttagtttcagttacttagcaggctgag
ggagaaggaccacagcagttcaggtcctacagcatactaggcaacataga
gcgatcatacatacatacatacatacatacattcatgcatacacacacac
acacatacacacatacacacacacacacatacacacacacacacacacac
atacacacacacacacacatacacacacacacacacacacacacacacac
acatacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaagtgg
atttggtaccagaaaaaaaacatcatgaaagtgccctaaacgaaaacaag
aaaggagacccaaccagtatcagtattaatggacatgcagatgcaggcca
gtccagccctactgccagctggtctgcaaatgtagtaggaaaaaaaaaaa
aaacacttaaaattctgtgaactatggccctagagagagctcagtgatta
ggagcactttgctgttcttgcagaggacctgggattcagttccctagcat
ccacacgacggctaacaaccatctgtaactctagttccaggccatctaat
gccctcttctgactttccgtgggcaccagacacacacatgggtgtatcag
acatatgcaagcaaagcactcagacatataaaataaaatgtagaaaacaa
atgtttaagcttatgaagtaggcagctgagctgggcaaggggatcctttt
gaatatggtctgggacttaagaaaaaagtgaaggctgaagcagcgcagct
atccaccatcgacttctccaggtgagcatcttgagaaacggcaaggatta
agtgactagccatcatggtcctagaatcttatataaaagtgca
gaattcacagagacctgcctgcctctgcttatgatgggattgaagatatg
tgccaccattcctggcttaactcagtttaaaaagcaaaggatacagtgtg
ccagccaccttcggagaaggaccctggacatcttccaagtctcctttttt
ggatgttccatgttagcctggaggcgatggctgctccctgcactgccttt
cctgtgttctgtgtctctctccttgctctagtcatagcccatcctctggg
atggtaatttttatatacaatgtctcttgctccagtagctgctgtggttt
ctgactgacactttgtattcagtttgatgacaggatggaggatactaggg
agatgatgccagagggtctcagttttcagggactttttttttttagattt
atttattattattcattagtacactgtagctgtcttcagatgcaccagaa
gagggtgtcagatctcattatgggtggttgtgagtcaccatgtggttgct
gggatttgaactcaggaccttcgaaagagcagtcggtgctcttaaccact
gagccatctcgccagcccgggacttatcttgaaattgagaaataggcatt
agtttcttaagaatactgtaatttgccaggcgtggtggcacacgccttta
atcccagcactcaggaggtagaggcaggcagatttctgagttcgaggcca
gcctggtctacaaagtgagttccaggacagccagggctacacagagaaac
cctgtctcaaaaaacaaaacaaaaaaagaatactgtaatttaatatattc
cctttcaaatatctattttctcatatttatcaatctatcattatctatat
tatcttatctatattatctattacctacacatcttttagatataatcatt
catctatctatcacctatctatgtaactatatttttctctctacttagct
atttattactatgcagcacactggagagcaaacagtcatgatttgttcat
tttcagggtcatttcctttggtgcccagagattggacatgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_111059314_111060443
seq2: B6Ng01-040K24.b_44_1186 (reverse)

seq1  TGCA-TTTTATATAAAAGTCTAGGACACTGAT-GCTAGTCACTTAATCCT  48
      |||| |||||||||| | ||||||||  |||| |||||||||||||||||
seq2  TGCACTTTTATATAAGATTCTAGGACCATGATGGCTAGTCACTTAATCCT  50

seq1  TGCCG-GTCTC-AGATGCTCA-CTGGAGATGTCGATGGT-GATAGCTGCG  94
      |||||  |||| ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  TGCCGTTTCTCAAGATGCTCACCTGGAGAAGTCGATGGTGGATAGCTGCG  100

seq1  CATGC-TCAGCC-TCAC-TCTATCTTAAGTCCCAGA-CATATTC-AAAGG  139
      | ||| |||||| |||| | | |||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  C-TGCTTCAGCCTTCACTTTTTTCTTAAGTCCCAGACCATATTCAAAAGG  149

seq1  ATCCCCTTGCCCAGCTCAGCTGCCTACTTCATAAGCTTAAACATTTGTTT  189
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCTTGCCCAGCTCAGCTGCCTACTTCATAAGCTTAAACATTTGTTT  199

seq1  TCTACATTTTATTTTATATGTCTGAGTGCTTTGCTTGCATATGTCTGATA  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACATTTTATTTTATATGTCTGAGTGCTTTGCTTGCATATGTCTGATA  249

seq1  CA-CCATGTGTGTGTCTGGTGCCCACGG-AAGTCAGAAGAGGGCATTAGA  287
      || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CACCCATGTGTGTGTCTGGTGCCCACGGAAAGTCAGAAGAGGGCATTAGA  299

seq1  TGGCCTGGAACTAGAGTTACAGATGGTTGTTAGCCGTCGTGTGGATGCTA  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTGGAACTAGAGTTACAGATGGTTGTTAGCCGTCGTGTGGATGCTA  349

seq1  -GGAACTGAATCCCAGGTCCTCTGCAAGAACAGCAAAGTGCTCCTAATCA  386
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACTGAATCCCAGGTCCTCTGCAAGAACAGCAAAGTGCTCCTAATCA  399

seq1  CTGAGCTCTCTCTAGGGCCATAGTTCACAGAATTTTAAGTGTTTTTTTTT  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCTCTCTCTAGGGCCATAGTTCACAGAATTTTAAGTGTTTTTTTTT  449

seq1  TTTTTCCTACTACATTTGCAGACCAGCTGGCAGTAGGGCTGGACTGGCCT  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCCTACTACATTTGCAGACCAGCTGGCAGTAGGGCTGGACTGGCCT  499

seq1  GCATCTGCATGTCCATTAATACTGATACTGGTTGGGTCTCCTTTCTTGTT  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTGCATGTCCATTAATACTGATACTGGTTGGGTCTCCTTTCTTGTT  549

seq1  TTCGTTTAGGGCACTTTCATGATGTTTTTTTTCTGGTACCAAATCCACTT  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTTTAGGGCACTTTCATGATGTTTTTTTTCTGGTACCAAATCCACTT  599

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGT  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGT  649

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGT  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGT  699

seq1  GTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTATGTGTGTGTGT  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTATGTGTGTGTGT  749

seq1  GTGTATGCATGAATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGATCGCTCTATG  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATGCATGAATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGATCGCTCTATG  799

seq1  TTGCCTAGTATGCTGTAGGACCTGAACTGCTGTGGTCCTTCTCCCTCAGC  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTAGTATGCTGTAGGACCTGAACTGCTGTGGTCCTTCTCCCTCAGC  849

seq1  CTGCTAAGTAACTGAAACTAACTGAGATTACAAGTTCATCCTACAACACT  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAAGTAACTGAAACTAACTGAGATTACAAGTTCATCCTACAACACT  899

seq1  TAGTGTGGGTTGTTATTGTTCGAGACAGTCTCTACTTAGGCTAAGTTAGC  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTGGGTTGTTATTGTTCGAGACAGTCTCTACTTAGGCTAAGTTAGC  949

seq1  TTGAAACTGGATGTGTAGCCCAGACTGGCTTCAAGTTTTACAGCTCTTCT  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAACTGGATGTGTAGCCCAGACTGGCTTCAAGTTTTACAGCTCTTCT  999

seq1  GCCTCAGCCTCCTTAGTGCTGGGATTACAGGTGCACAGTACGGTTTTAGT  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAGCCTCCTTAGTGCTGGGATTACAGGTGCACAGTACGGTTTTAGT  1049

seq1  TTGTTACGTCCTTCATCAGCCTTCATGTGCCTCATATTTCAAAGCACAAC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTACGTCCTTCATCAGCCTTCATGTGCCTCATATTTCAAAGCACAAC  1099

seq1  CACCAGCATCTCCGGAGTGCACAGGAGGCTTCTCACCTGAATTC  1130
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGCATCTCCGGAGTGCACAGGAGGCTTCTCACCTGAATTC  1143

seq1: chr9_110963912_110964952
seq2: B6Ng01-040K24.g_70_1111

seq1  GAATTCACAGAGACCTGCCTGCCTCTGCTTATGATGGGATTGAAGATATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGAGACCTGCCTGCCTCTGCTTATGATGGGATTGAAGATATG  50

seq1  TGCCACCATTCCTGGCTTAACTCAGTTTAAAAAGCAAAGGATACAGTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACCATTCCTGGCTTAACTCAGTTTAAAAAGCAAAGGATACAGTGTG  100

seq1  CCAGCCACCTTCGGAGAAGGACCCTGGACATCTTCCAAGTCTCCTTTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCACCTTCGGAGAAGGACCCTGGACATCTTCCAAGTCTCCTTTTTT  150

seq1  GGATGTTCCATGTTAGCCTGGAGGCGATGGCTGCTCCCTGCACTGCCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTTCCATGTTAGCCTGGAGGCGATGGCTGCTCCCTGCACTGCCTTT  200

seq1  CCTGTGTTCTGTGTCTCTCTCCTTGCTCTAGTCATAGCCCATCCTCTGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGTTCTGTGTCTCTCTCCTTGCTCTAGTCATAGCCCATCCTCTGGG  250

seq1  ATGGTAATTTTTATATACAATGTCTCTTGCTCCAGTAGCTGCTGTGGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAATTTTTATATACAATGTCTCTTGCTCCAGTAGCTGCTGTGGTTT  300

seq1  CTGACTGACACTTTGTATTCAGTTTGATGACAGGATGGAGGATACTAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTGACACTTTGTATTCAGTTTGATGACAGGATGGAGGATACTAGGG  350

seq1  AGATGATGCCAGAGGGTCTCAGTTTTCAGGGACTTTTTTTTTTTAGATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGATGCCAGAGGGTCTCAGTTTTCAGGGACTTTTTTTTTTTAGATTT  400

seq1  ATTTATTATTATTCATTAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGATGCACCAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTATTATTCATTAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGATGCACCAGAA  450

seq1  GAGGGTGTCAGATCTCATTATGGGTGGTTGTGAGTCACCATGTGGTTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTGTCAGATCTCATTATGGGTGGTTGTGAGTCACCATGTGGTTGCT  500

seq1  GGGATTTGAACTCAGGACCTTCGAAAGAGCAGTCGGTGCTCTTAACCACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTTGAACTCAGGACCTTCGAAAGAGCAGTCGGTGCTCTTAACCACT  550

seq1  GAGCCATCTCGCCAGCCCGGGACTTATCTTGAAATTGAGAAATAGGCATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCATCTCGCCAGCCCGGGACTTATCTTGAAATTGAGAAATAGGCATT  600

seq1  AGTTTCTTAAGAATACTGTAATTTGCCAGGCGTGGTGGCACACGCCTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCTTAAGAATACTGTAATTTGCCAGGCGTGGTGGCACACGCCTTTA  650

seq1  ATCCCAGCACTCAGGAGGTAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCGAGGCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGCACTCAGGAGGTAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCGAGGCCA  700

seq1  GCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAAC  750

seq1  CCTGTCTCAAAAAACAAAACAAAAAAAGAATACTGTAATTTAATATATT-  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCTGTCTCAAAAAACAAAACAAAAAAAGAATACTGTAATTTAATATATTC  800

seq1  CCTTTCAAATATCTATTTTCTCATATTTATCAATCTATCATTATCTATAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCAAATATCTATTTTCTCATATTTATCAATCTATCATTATCTATAT  850

seq1  TATCTTATCTATATTATCTATTACCTACACATCTTTTAGATATTAATCAT  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TATCTTATCTATATTATCTATTACCTACACATCTTTTAGATA-TAATCAT  899

seq1  TCATCTATCTATCACCTATCTATGTAACTATATTTTTCTCTCTACTTAGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTATCTATCACCTATCTATGTAACTATATTTTTCTCTCTACTTAGC  949

seq1  TATTCATTACTATGCAGCACACTGGAAGAGCAAACAGTCATGATTTG-TC  998
      |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
seq2  TATTTATTACTATGCAGCACACTGG-AGAGCAAACAGTCATGATTTGTTC  998

seq1  ATTTTCAGGGTCATTT-CTTTGTGCCCCAGAGATGGGACAAGAT  1041
      |||||||||||||||| |||||   ||||||||| ||||| |||
seq2  ATTTTCAGGGTCATTTCCTTTGGTGCCCAGAGATTGGACATGAT  1042