BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042E17
Chromosome9 (Build37)
Map Location 27,530,713 - 27,664,889
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041202, Opcml
Upstream geneB3gat1, BC038479, Glb1l3, Gm1110, LOC330907, Acad8, Thyn1, Vps26b, Ncapd3, Jam3, Igsf9b, Spata19, LOC666440
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042E17.bB6Ng01-042E17.g
ACCDH868713DH868714
length1,112705
definitionDH868713|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042E17, 5' end.DH868714|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042E17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,530,713 - 27,531,836)(27,664,185 - 27,664,889)
sequence
gaattcttgacgttcaaatatgtaaaagtaaaccccagacatatgaatgc
agtttggctatggaggggaagttggctcctacacttgaagataatgtgtg
gggatcagtggtggtatggcagtgaccctcacaggtttcagtgctaggca
aggatgggacaaacagtcccagctactggacttagaggctcttggctact
cttgttccagataatcctttgagtggctgtttctagcctatgagtgaaag
tagcttataaaccaaggaaaggctatggccagagggtgccttactcctca
gtcatctgactttgcctcaagatcatcttgtttgccatgttgcagtctct
tgggatcacaaaaataatctagcctttcccttcccttctcctatcatctc
tcttctcaaggatcagatatgcatcaaggtatcagacctctccaacattt
ttccttccctctgtgtcttccttcataacctttccatatgaacttcatga
ctttgacttggggaacccaagttactatgagggctattacaaatatgttt
cacccaactgtcgagcttatgtatcctgagcatttctaaagacagggaaa
tggcttttgcctgattctgtgaacccaatgtggcccctaccagccagatt
ttatctatgttatctggctttgcacattttcacccaacaagcatggtcat
gctttgagtctctgaatttcagaatcaacttggaccatgtgaccatcagt
cctcaactatatgagcatttctgttttacgagtgcatagatcctttggga
aagaacttggagatcattatgtctccataatagtgcagctaatttatcac
tcggtggggttggggctgaaattggcccagaatggagagctgagcagggt
cttgtgtgttagtgtgctcacactctgcaactgctcctcccttcttgctg
cttccctgaatattaagaagcatcctgtgggctcatcaaatttatccctg
ggccaaaataatcccataactatcttcatgatctcctgggagactgggtc
ctttgctggcctctggctctgaagtctatgaatgtggcaataagaagggc
acctggctctgt
gaattctggccttcacatatacacatctatacatatgcatatatattcac
acaaacatatgttttctctctcacacacacacacacacatacagagagag
agagagagagagagagagagagagagagagagagattgcttgattaaaga
aaagtcagcaagcaaacagaataaaaaaaaaaagagccaggtatgatgat
gcgtataaagccatcactcaggaggctacacactaaagatcagcatggtg
gacataatgaatgtgatgacaacttggactacctagtcagactgcctctc
aacagcaatcacaaaaggagagattacacagtttgtgctttcacagcttc
tcattactgcagtagttatacactgagtctctaaagtgtccaagcactgg
attaaaaaaaaaaaaatgaaggcaaagaaagaccaagaaagttatcaaaa
agttcatcaaaccaagggtgtggtcataactctgttactgccttatgccc
tatatggcaggattggtaaatgagccaaggtcattcctgggtcctattcg
gtagaactatcaatccatgctgcaccacctcactggctaattgtccaagg
tacctccccacttcccgagactctttaagccaaaataagatggtgaaaag
ctagatgcatgaaaccaatgtgtggatctcagaagtagtatggtgggggg
agggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_27530713_27531836
seq2: B6Ng01-042E17.b_45_1156

seq1  GAATTCTTGACGTTCAAATATGTAAAAGTAAACCCCAGACATATGAATGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGACGTTCAAATATGTAAAAGTAAACCCCAGACATATGAATGC  50

seq1  AGTTTGGCTATGGAGGGGAAGTTGGCTCCTACACTTGAAGATAATGTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGGCTATGGAGGGGAAGTTGGCTCCTACACTTGAAGATAATGTGTG  100

seq1  GGGATCAGTGGTGGTATGGCAGTGACCCTCACAGGTTTCAGTGCTAGGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCAGTGGTGGTATGGCAGTGACCCTCACAGGTTTCAGTGCTAGGCA  150

seq1  AGGATGGGACAAACAGTCCCAGCTACTGGACTTAGAGGCTCTTGGCTACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGGGACAAACAGTCCCAGCTACTGGACTTAGAGGCTCTTGGCTACT  200

seq1  CTTGTTCCAGATAATCCTTTGAGTGGCTGTTTCTAGCCTATGAGTGAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTCCAGATAATCCTTTGAGTGGCTGTTTCTAGCCTATGAGTGAAAG  250

seq1  TAGCTTATAAACCAAGGAAAGGCTATGGCCAGAGGGTGCCTTACTCCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTATAAACCAAGGAAAGGCTATGGCCAGAGGGTGCCTTACTCCTCA  300

seq1  GTCATCTGACTTTGCCTCAAGATCATCTTGTTTGCCATGTTGCAGTCTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCTGACTTTGCCTCAAGATCATCTTGTTTGCCATGTTGCAGTCTCT  350

seq1  TGGGATCACAAAAATAATCTAGCCTTTCCCTTCCCTTCTCCTATCATCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATCACAAAAATAATCTAGCCTTTCCCTTCCCTTCTCCTATCATCTC  400

seq1  TCTTCTCAAGGATCAGATATGCATCAAGGTATCAGACCTCTCCAACATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCAAGGATCAGATATGCATCAAGGTATCAGACCTCTCCAACATTT  450

seq1  TTCCTTCCCTCTGTGTCTTCCTTCATAACCTTTCCATATGAACTTCATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCCCTCTGTGTCTTCCTTCATAACCTTTCCATATGAACTTCATGA  500

seq1  CTTTGACTTGGGGAACCCAAGTTACTATGAGGGCTATTACAAATATGTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGACTTGGGGAACCCAAGTTACTATGAGGGCTATTACAAATATGTTT  550

seq1  CACCCAACTGTCGAGCTTATGTATCCTGAGCATTTCTAAAGACAGGGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAACTGTCGAGCTTATGTATCCTGAGCATTTCTAAAGACAGGGAAA  600

seq1  TGGCTTTTGCCTGATTCTGTGAACCCAATGTGGCCCCTACCAGCCAGATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTTTGCCTGATTCTGTGAACCCAATGTGGCCCCTACCAGCCAGATT  650

seq1  TTATCTATGTTATCTGGCTTTGCACATTTTCACCCAACAAGCATGGTCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTATGTTATCTGGCTTTGCACATTTTCACCCAACAAGCATGGTCAT  700

seq1  GCTTTGAGTCTCTGAATTTCAGAATCAACTTGGACCATGTGACCATCAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGAGTCTCTGAATTTCAGAATCAACTTGGACCATGTGACCATCAGT  750

seq1  CCTCAACTATATGAGCATTTCTGTTTTACGAGTGCATAGATCCTTTGGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAACTATATGAGCATTTCTGTTTTACGAGTGCATAGATCCTTTGGGA  800

seq1  AAGAACTTGGAGATCATTATGTCTCCATAATAGTGCAGCTAATTTATCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACTTGGAGATCATTATGTCTCCATAATAGTGCAGCTAATTTATCAC  850

seq1  TCGGTGGGGTTGGGGCTGAAATTGGCCCAGAATGGAGAGCTGAGCAGGGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTGGGGTTGGGGCTGAAATTGGCCCAGAATGGAGAGCTGAGCAGGGT  900

seq1  CTTGTGTGTTAGTGTGCTCACACTCTGCACCTGCTCCTCCCTTCTTGCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGTGTTAGTGTGCTCACACTCTGCAACTGCTCCTCCCTTCTTGCTG  950

seq1  CTTCCCTGAATATTAAGTAGCATCCTGTTGTGGCTCATCAATTTTATCCC  1000
      ||||||||||||||||| ||||||||||   |||||||||| ||||||||
seq2  CTTCCCTGAATATTAAGAAGCATCCTGT--GGGCTCATCAAATTTATCCC  998

seq1  TGGGCCCAATATAATCCCATAACTATCTTCATGATCTCCTGTGAGACTGG  1050
      |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGGG-CCAAAATAATCCCATAACTATCTTCATGATCTCCTGGGAGACTGG  1047

seq1  GTTCCTTGGCTGGCCCTCTGGCCTCTGAAGTCTTAATGAATTGTGGCAAT  1100
      | ||||| ||||| ||||||| |||||||||||  ||||| |||||||| 
seq2  G-TCCTTTGCTGG-CCTCTGG-CTCTGAAGTCT--ATGAA-TGTGGCAA-  1090

seq1  TAAGCAGGGCCACCTGGCCTCTGT  1124
      |||| |||| ||||||| ||||||
seq2  TAAGAAGGG-CACCTGG-CTCTGT  1112

seq1: chr9_27664185_27664889
seq2: B6Ng01-042E17.g_65_769 (reverse)

seq1  CCCCTCCCCCCACCATACTACTTCTGAGATCCACACATTGGTTTCATGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCCCCCCACCATACTACTTCTGAGATCCACACATTGGTTTCATGCA  50

seq1  TCTAGCTTTTCACCATCTTATTTTGGCTTAAAGAGTCTCGGGAAGTGGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCTTTTCACCATCTTATTTTGGCTTAAAGAGTCTCGGGAAGTGGGG  100

seq1  AGGTACCTTGGACAATTAGCCAGTGAGGTGGTGCAGCATGGATTGATAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACCTTGGACAATTAGCCAGTGAGGTGGTGCAGCATGGATTGATAGT  150

seq1  TCTACCGAATAGGACCCAGGAATGACCTTGGCTCATTTACCAATCCTGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCGAATAGGACCCAGGAATGACCTTGGCTCATTTACCAATCCTGCC  200

seq1  ATATAGGGCATAAGGCAGTAACAGAGTTATGACCACACCCTTGGTTTGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGGGCATAAGGCAGTAACAGAGTTATGACCACACCCTTGGTTTGAT  250

seq1  GAACTTTTTGATAACTTTCTTGGTCTTTCTTTGCCTTCATTTTTTTTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTTTTGATAACTTTCTTGGTCTTTCTTTGCCTTCATTTTTTTTTTT  300

seq1  TTAATCCAGTGCTTGGACACTTTAGAGACTCAGTGTATAACTACTGCAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCCAGTGCTTGGACACTTTAGAGACTCAGTGTATAACTACTGCAGT  350

seq1  AATGAGAAGCTGTGAAAGCACAAACTGTGTAATCTCTCCTTTTGTGATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGAAGCTGTGAAAGCACAAACTGTGTAATCTCTCCTTTTGTGATTG  400

seq1  CTGTTGAGAGGCAGTCTGACTAGGTAGTCCAAGTTGTCATCACATTCATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGAGAGGCAGTCTGACTAGGTAGTCCAAGTTGTCATCACATTCATT  450

seq1  ATGTCCACCATGCTGATCTTTAGTGTGTAGCCTCCTGAGTGATGGCTTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCACCATGCTGATCTTTAGTGTGTAGCCTCCTGAGTGATGGCTTTA  500

seq1  TACGCATCATCATACCTGGCTCTTTTTTTTTTTATTCTGTTTGCTTGCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGCATCATCATACCTGGCTCTTTTTTTTTTTATTCTGTTTGCTTGCTG  550

seq1  ACTTTTCTTTAATCAAGCAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTCTTTAATCAAGCAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  600

seq1  TCTCTCTCTCTCTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAAAACATATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAAAACATATG  650

seq1  TTTGTGTGAATATATATGCATATGTATAGATGTGTATATGTGAAGGCCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTGAATATATATGCATATGTATAGATGTGTATATGTGAAGGCCAG  700

seq1  AATTC  705
      |||||
seq2  AATTC  705