BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042F18
Chromosome9 (Build37)
Map Location 45,221,630 - 45,357,099
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDscaml1
Upstream geneCcdc84, Foxr1, Upk2, Bcl9l, Blr1, Ddx6, LOC667406, LOC100042660, Treh, Phldb1, Arcn1, 1500035H01Rik, Tmem25, BC021608, Mll1, Atp5l, Ube4a, Cd3g, Cd3d, Cd3e, Eva1, A530065I17Rik, Amica1, Scn2b, Scn4b, Tmprss4, Il10ra, Tmprss13, Fxyd6, Fxyd2
Downstream geneCep164, LOC640094, Bace1, Rnf214, Pcsk7, Tagln, Sidt2, Pafah1b2, 2610005M20Rik, BC033915, Apoa1, Apoc3, Apoa4, Apoa5, Zfp259, Bud13, 4931429L15Rik, LOC100042722
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042F18.bB6Ng01-042F18.g
ACCDH868761DH868762
length1,1351,118
definitionDH868761|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042F18, 5' end.DH868762|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042F18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,221,630 - 45,222,777)(45,355,967 - 45,357,099)
sequence
gaattctctgttaccacccccccaacctcccagaaagtcctgtcaatcaa
taaccaagtctgcactcacacagaaacttctggacctcagcattcctgct
ctgcagtaaacaacagctcaggtctcttgtctgcaaaccaaacattcact
atcaagttaataaagttattcaggagaggcctgaaccctcagacagccac
tcaggagacatgagcaggaacagggggtgcagaatggacctcggctgttc
tggggtccttcctgctaccctgacatactttcttagatcagaatatactc
tcactccagaccccagcggattagctagtccaggatgggaatcatacctc
taagttcatgcacgccccctagtggccatcccagatccagcagaggatgt
actcagtaaacaatagttgagtgaccacactggctgctttagaggaaggc
ataggggtaaggagggctgtgcaggcatggggtctggggcagagtcggtg
gtgtgtaggctcactgaggtggggtgtctttgaggcctttcccagtatta
gccttcagctcatcctctgagtcttggtgtgttggctggttttgtgtcaa
cgtgacacaagctagagtcattgcagagaaaggagccttagttaggaaat
gcctccgtgatatccagctgtaaggcattttctcaattagtgatcagtgg
ggatggcccagcctatggtgggtggtgtcattctgggctggtggtcctgg
gttctataagagcagactgagcaagccatggggagcagccattaatcaga
acccctctatggcctttgcatcagctcctgcacctgggtttgtcccctat
ctgagttccttcagtgatgaacagcaatatggaagtgtagttaaataaac
cctttcctgcccaacttgctttttagtcatggtgtttgtcacacatagaa
agaattctaactagacacttgggaccagcaaaccactgaaaccctggcca
ttgactctgcgataggcattatttccagttaagaagtcaagactaacagc
tttctggaccttccccttaatccatttggggagcgttctgtctcggccct
cttctcaggatacactggaggtcaagatgacaaag
gaattcagcctgcagagggaggtatggttaccctattgaggaggtcagga
agggtccacaaggctgcgggcggagaccactggtggtcatccaataacag
gtacacctgcctgagctacaggacacaaggaaaaatgtgtctctgtgttt
gggttgcatgtggttcttaactcccttgctcccgagatacatgtatgtct
agcacagacattccaaacccataggtcttccaagctccgtcacccttcag
agttcacgaaaggacaccgagaagaaggagtcttctggtgtgattctgca
gatgtcactagtgaaaagagcttgctttcctgacatgccgacatgacaga
aggcagaaacacagaggaagtgtgcaaggaagaattgtggcccaaattcc
tttcatcgtgtttacctatgtggacaccatttgggaatagggcagggtga
ttccctatagcctgtgcccagcacaggggatggcctttaatgccaacact
tcaaagtaccaatctagtccacattttccccagggacacagcctggataa
cctgggcctgaagtagcatttgatatgcaaatatcccatccttttaagtg
agattgtttgtggaaaagaaagttaaagtcataggtaaggaatttgaacc
cttaaagactgtggagccacaacctttgttcagggtggccactgaagcaa
gaaagtgacttctctactaccctctgttggttggctgggtgtgggggcaa
aagcctctaatttcaccactcagaagtagagtctggaggataaaaagttc
aaagccagcctctgctaccttgagagttaaagctacctggggctacctgt
agctgtctcaaaaataaataatcaagtgcttggaccattgtgctggcttt
ccgtgtctgagtccatctgcaggcttacccgctgaactcagcacacacat
aatatgttggaaacataaatacacagataaaagccatttaccagacccaa
tgccttttacagaggctgtgcacccagcatgcttaagcaattaccaagga
ttgtgtcccatacagccagtctcaaaggcaccgtcagcagagatcattag
ttagtatcaatgattgac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_45221630_45222777
seq2: B6Ng01-042F18.b_46_1180

seq1  GAATTCTCTGTTACCACCCCCCCAACCTCCCAGAAAGTCCTGTCAATCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGTTACCACCCCCCCAACCTCCCAGAAAGTCCTGTCAATCAA  50

seq1  TAACCAAGTCTGCACTCACACAGAAACTTCTGGACCTCAGCATTCCTGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCAAGTCTGCACTCACACAGAAACTTCTGGACCTCAGCATTCCTGCT  100

seq1  CTGCAGTAAACAACAGCTCAGGTCTCTTGTCTGCAAACCAAACATTCACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGTAAACAACAGCTCAGGTCTCTTGTCTGCAAACCAAACATTCACT  150

seq1  ATCAAGTTAATAAAGTTATTCAGGAGAGGCCTGAACCCTCAGACAGCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGTTAATAAAGTTATTCAGGAGAGGCCTGAACCCTCAGACAGCCAC  200

seq1  TCAGGAGACATGAGCAGGAACAGGGGGTGCAGAATGGACCTCGGCTGTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAGACATGAGCAGGAACAGGGGGTGCAGAATGGACCTCGGCTGTTC  250

seq1  TGGGGTCCTTCCTGCTACCCTGACATACTTTCTTAGATCAGAATATACTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTCCTTCCTGCTACCCTGACATACTTTCTTAGATCAGAATATACTC  300

seq1  TCACTCCAGACCCCAGCGGATTAGCTAGTCCAGGATGGGAATCATACCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCCAGACCCCAGCGGATTAGCTAGTCCAGGATGGGAATCATACCTC  350

seq1  TAAGTTCATGCACGCCCCCTAGTGGCCATCCCAGATCCAGCAGAGGATGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTCATGCACGCCCCCTAGTGGCCATCCCAGATCCAGCAGAGGATGT  400

seq1  ACTCAGTAAACAATAGTTGAGTGACCACACTGGCTGCTTTAGAGGAAGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGTAAACAATAGTTGAGTGACCACACTGGCTGCTTTAGAGGAAGGC  450

seq1  ATAGGGGTAAGGAGGGCTGTGCAGGCATGGGGTCTGGGGCAGAGTCGGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGGTAAGGAGGGCTGTGCAGGCATGGGGTCTGGGGCAGAGTCGGTG  500

seq1  GTGTGTAGGCTCACTGAGGTGGGGTGTCTTTGAGGCCTTTCCCAGTATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTAGGCTCACTGAGGTGGGGTGTCTTTGAGGCCTTTCCCAGTATTA  550

seq1  GCCTTCAGCTCATCCTCTGAGTCTTGGTGTGTTGGCTGGTTTTGTGTCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCAGCTCATCCTCTGAGTCTTGGTGTGTTGGCTGGTTTTGTGTCAA  600

seq1  CGTGACACAAGCTAGAGTCATTGCAGAGAAAGGAGCCTTAGTTAGGAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGACACAAGCTAGAGTCATTGCAGAGAAAGGAGCCTTAGTTAGGAAAT  650

seq1  GCCTCCGTGATATCCAGCTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAGTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCGTGATATCCAGCTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAGTGG  700

seq1  GGATGGCCCAGCCTATGGTGGGTGGTGTCATTCTGGGCTGGTGGTCCTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGCCCAGCCTATGGTGGGTGGTGTCATTCTGGGCTGGTGGTCCTGG  750

seq1  GTTCTATAAGAGCAGACTGAGCAAGCCATGGGGAGCAGGCCATTAATCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTTCTATAAGAGCAGACTGAGCAAGCCATGGGGAGCA-GCCATTAATCAG  799

seq1  AACCCCTCTATGGCCTTTGCATCAGCTCCTGCACCTGGGTTTGTCCCCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCTCTATGGCCTTTGCATCAGCTCCTGCACCTGGGTTTGTCCCCTA  849

seq1  TCTGAGTTCCTTCAGTGATGAACAGCAATATGGAAGTGTAAGTTAAATAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCTGAGTTCCTTCAGTGATGAACAGCAATATGGAAGTGT-AGTTAAATAA  898

seq1  ACCCTTTCCTGCCCAACTTGCTTTTTAGTCATGGTGTTTTGTCACAACAA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |
seq2  ACCCTTTCCTGCCCAACTTGCTTTTTAGTCATGGTG-TTTGTCACA--CA  945

seq1  TAGAAAGAAATTCTAACTAAGACACTTGGGAACCAGCAAAACCCACTGAA  1000
      ||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||||
seq2  TAGAAAG-AATTCTAACT-AGACACTTGGG-ACCAGCAAA--CCACTGAA  990

seq1  ACCCTGGGCCAGTGACTCTGCGATAGGCATTATTTCCAAGTTAAG-AGTC  1049
      ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  ACCCT-GGCCATTGACTCTGCGATAGGCATTATTTCC-AGTTAAGAAGTC  1038

seq1  AAGACTACCAGCTTTCCTGGACCCCTCCCCTTAAT-CATTT-GGGAGCGT  1097
      ||||||| ||||||| ||||| || |||||||||| ||||| ||||||||
seq2  AAGACTAACAGCTTT-CTGGA-CCTTCCCCTTAATCCATTTGGGGAGCGT  1086

seq1  TCTGTCTCGGCCCCTCTTCTCAGGATACCATGATGTCCAGAGATGACAAA  1147
      |||||||||| |||||||||||||||||  ||  |  || ||||||||||
seq2  TCTGTCTCGG-CCCTCTTCTCAGGATACACTGGAGGTCA-AGATGACAAA  1134

seq1  G  1148
      |
seq2  G  1135

seq1: chr9_45355967_45357099
seq2: B6Ng01-042F18.g_67_1184 (reverse)

seq1  GTCAATCCATTGATTAACTACTTATTGATCCTCTGCTGAC-GTGGCTCTG  49
      |||||| |||||||  ||||  || |||| |||||||||| ||| || ||
seq2  GTCAAT-CATTGAT--ACTAACTAATGAT-CTCTGCTGACGGTGCCTTTG  46

seq1  AGACTGGCTGTACTTGGGAACACAATCCTTTGGTAATTGGCTTAGCATGC  99
      ||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||  | |||||||
seq2  AGACTGGCTGTA--TGGG-ACACAATCC-TTGGTAATTGCTTAAGCATGC  92

seq1  TGGGTGCACAGCCTCTGTTAAAAGGCATTTGGGTCTTGGTAAATGGCTTT  149
      ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||
seq2  TGGGTGCACAGCCTCTG-TAAAAGGCA-TTGGGTC-TGGTAAATGGC-TT  138

seq1  TTATCTGTGTATTTATGTGTCCAACATATTATGTGTGTGCTGAGTTCAGC  199
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTGTGTATTTATGTTTCCAACATATTATGTGTGTGCTGAGTTCAGC  188

seq1  GGGTAAGCCTGCAGATGGACTCAGACACGGAAAGCCAGCACAATGGGTCC  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGGTAAGCCTGCAGATGGACTCAGACACGGAAAGCCAGCACAAT-GGTCC  237

seq1  AAGCACTTGATTATTTAATTTTTGAGACAGCTACAGGTAGCCCCAGGTAG  299
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACTTGATTATTT-ATTTTTGAGACAGCTACAGGTAGCCCCAGGTAG  286

seq1  CTTTAAACTCTCAAGGTAGCAGAGGCTGGCTTTGAACTTTTTATCCTCCA  349
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTT-AACTCTCAAGGTAGCAGAGGCTGGCTTTGAACTTTTTATCCTCCA  335

seq1  GACTCTACTTCCTGAGTGGTGAAATTAGAGGCTTTTGCCCCCACACCCAG  399
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTACTT-CTGAGTGGTGAAATTAGAGGCTTTTGCCCCCACACCCAG  384

seq1  CCAACCAACAGAGGGTAGTAGAGAAGTCACTTTCTTGCTTCAGTGGCCAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCAACAGAGGGTAGTAGAGAAGTCACTTTCTTGCTTCAGTGGCCAC  434

seq1  CCTGAACAAAGGTTGTGGCTCCACAGTCTTTAAGGGTTCAAATTCCTTAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAACAAAGGTTGTGGCTCCACAGTCTTTAAGGGTTCAAATTCCTTAC  484

seq1  CTATGACTTTAACTTTCTTTTCCACAAACAATCTCACTTAAAAGGATGGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGACTTTAACTTTCTTTTCCACAAACAATCTCACTTAAAAGGATGGG  534

seq1  ATATTTGCATATCAAATGCTACTTCAGGCCCAGGTTATCCAGGCTGTGTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGCATATCAAATGCTACTTCAGGCCCAGGTTATCCAGGCTGTGTC  584

seq1  CCTGGGGAAAATGTGGACTAGATTGGTACTTTGAAGTGTTGGCATTAAAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGGAAAATGTGGACTAGATTGGTACTTTGAAGTGTTGGCATTAAAG  634

seq1  GCCATCCCCTGTGCTGGGCACAGGCTATAGGGAATCACCCTGCCCTATTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCCCCTGTGCTGGGCACAGGCTATAGGGAATCACCCTGCCCTATTC  684

seq1  CCAAATGGTGTCCACATAGGTAAACACGATGAAAGGAATTTGGGCCACAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATGGTGTCCACATAGGTAAACACGATGAAAGGAATTTGGGCCACAA  734

seq1  TTCTTCCTTGCACACTTCCTCTGTGTTTCTGCCTTCTGTCATGTCGGCAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCTTGCACACTTCCTCTGTGTTTCTGCCTTCTGTCATGTCGGCAT  784

seq1  GTCAGGAAAGCAAGCTCTTTTCACTAGTGACATCTGCAGAATCACACCAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGAAAGCAAGCTCTTTTCACTAGTGACATCTGCAGAATCACACCAG  834

seq1  AAGACTCCTTCTTCTCGGTGTCCTTTCGTGAACTCTGAAGGGTGACGGAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTCCTTCTTCTCGGTGTCCTTTCGTGAACTCTGAAGGGTGACGGAG  884

seq1  CTTGGAAGACCTATGGGTTTGGAATGTCTGTGCTAGACATACATGTATCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAAGACCTATGGGTTTGGAATGTCTGTGCTAGACATACATGTATCT  934

seq1  CGGGAGCAAGGGAGTTAAGAACCACATGCAACCCAAACACAGAGACACAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGAGCAAGGGAGTTAAGAACCACATGCAACCCAAACACAGAGACACAT  984

seq1  TTTTCCTTGTGTCCTGTAGCTCAGGCAGGTGTACCTGTTATTGGATGACC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTTGTGTCCTGTAGCTCAGGCAGGTGTACCTGTTATTGGATGACC  1034

seq1  ACCAGTGGTCTCCGCCCGCAGCCTTGTGGACCCTTCCTGACCTCCTCAAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTGGTCTCCGCCCGCAGCCTTGTGGACCCTTCCTGACCTCCTCAAT  1084

seq1  AGGGTAACCATACCTCCCTCTGCAGGCTGAATTC  1133
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTAACCATACCTCCCTCTGCAGGCTGAATTC  1118