BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-043P03
Chromosome4 (Build37)9 (Build37)
Map Location 65,805,475 - 65,806,71551,039,935 - 51,040,946
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap geneAstn2
Upstream genePappa, Trim32
Downstream geneLOC667499, Tlr4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-043P03.bB6Ng01-043P03.g
ACCDH869851DH869852
length1,2251,008
definitionDH869851|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043P03, 5' end.DH869852|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-043P03, 3' end.
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,805,475 - 65,806,715)(51,039,935 - 51,040,946)
sequence
gaattctaggacagtcaaagctgtaaagtgagaccctgtagagggggaga
aaaagagttaccaaggctgtttcattccatagataaaggttatctagtgg
gatgaacacagcttacatggggagcgagccagaggaaggactacattcag
agaaagagtagatgaacacatagaaacatgcatgtatcaaattgcatttg
gaagactcagaagaggaatggtggctcaagaatgggagcaagcctctgag
aagagaggaaagtgtatgtagacaaagagccccgtatgatatctacaagg
ataatggaagtttaaactgtattttacaaatgccaatcagagagctgaat
tactgcatctggttcttttctgacttttacatccactgtagcctagacaa
attaggaacaatagccaaaatggacaggagaaagtgaggcaaaagcgaaa
caaaaaaatcaacagaaaaacccatcaagcttcttgttccttcctcagct
gccaagacagttataggtacagttgaaggagtcttaaaggtggctgactt
tgtatggagggcaaagtactggttataacatgtcacttgacctctctgaa
agaagactgttgtactgtggtaaggaaatatagcctttgttcccttatgc
ttaaagtcagaggaatgccagctgtttatgcagtaactgaggagaagctg
ggagtgcttacctatgcaacaaacacagagaaccttaagagtggataatg
aagatgcttagtgactgcaacccagagctctattggaaaatattctgggc
tacaccttagtaataatacttctttaacatttatttaatactttattgta
ttgatatttatcttttctcaatttagctagactgatttctttctaaactt
tggtggaattatcaccatatatctgaataaaagttactaggcaggatgta
attcatatgacgtcacttcacaactcctgacacatgaaccatttttcaca
ctatgagatactcaaggtctgtatttctgatactaaacaatgatgtcatt
tcttacttaaactgattactactcacatgtcttttttgttctgtcaaatt
ttgtaatttctacacatgtttctgtttttatcattgagtctggcccctgt
atactttttactgcaattagcattaatcttttaaatccagatagacaacc
tattgaaataagtgctattcctcaa
gaattccattgcttacagtggtcagagaagttgcccccagatcagaatta
tgactataaggaatagcaagaaaggtagagaggtgattcacgcaagggta
tgcataggagtgtaacgaggccttcttgctagatccagtttatatagctt
cagaaaaatgagtttctggtacctttgggaagccctgtcacttttagaca
taggagagagggcttaattatttgaatttagtagggccacggaatggttg
gggacagaaggagtcttgggagaaatactctaggaggtctcacagagatt
caagttcaagtacaacttagttagacagtagaggaagtgggcattttgtg
gttgggggtatctgagaagggccacaagttcaagtgacattccccttcat
agccacagctccagagcaagctcctgccccaccaaggccataccagggtg
ttcgagtcaaggagccagtgaaggagctactgagaagaaagcgtggccat
accagcgttggggcagctgggccaccgaccgcggtgaggagctactgtgg
gctgtgtgactgcagtgtgtgtgtgtgtgcaggtggacttggcagggtgg
tcagagggataaggcaagagtgtccttctctgactcatgcaccgtctgtg
gggcatgaaggcggaggattacatggagaaggtggaattggatccaataa
gctggtggtttgttgggtggtcaggggaatagaggagcttcttgctttta
tccataaggaaaaaatctattggtgaggcttcagggagccaattgtacac
atcctagtgtgagttgggagttcataaagtttctccaacgtacagccttc
ttgctaaattgaaatacaaatccttcaaaaatgcaggtgtcgatgactgg
ggtgtggggatggcaggttctttctcatgaatttctatcctgggacccag
agagtccctgagagggcttgctgcaatagataacaccgatcctggtcttc
tgtcccca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_65805475_65806715
seq2: B6Ng01-043P03.b_43_1267

seq1  GAATTCTAGGACAGTCAAAGCTGTAAAGTGAGACCCTGTAGAGGGGGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGACAGTCAAAGCTGTAAAGTGAGACCCTGTAGAGGGGGAGA  50

seq1  AAAAGAGTTACCAAGGCTGTTTCATTCCATAGATAAAGGTTATCTAGTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGTTACCAAGGCTGTTTCATTCCATAGATAAAGGTTATCTAGTGG  100

seq1  GATGAACACAGCTTACATGGGGAGCGAGCCAGAGGAAGGACTACATTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAACACAGCTTACATGGGGAGCGAGCCAGAGGAAGGACTACATTCAG  150

seq1  AGAAAGAGTAGATGAACACATAGAAACATGCATGTATCAAATTGCATTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAGTAGATGAACACATAGAAACATGCATGTATCAAATTGCATTTG  200

seq1  GAAGACTCAGAAGAGGAATGGTGGCTCAAGAATGGGAGCAAGCCTCTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACTCAGAAGAGGAATGGTGGCTCAAGAATGGGAGCAAGCCTCTGAG  250

seq1  AAGAGAGGAAAGTGTATGTAGACAAAGAGCCCCGTATGATATCTACAAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAGGAAAGTGTATGTAGACAAAGAGCCCCGTATGATATCTACAAGG  300

seq1  ATAATGGAAGTTTAAACTGTATTTTACAAATGCCAATCAGAGAGCTGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGGAAGTTTAAACTGTATTTTACAAATGCCAATCAGAGAGCTGAAT  350

seq1  TACTGCATCTGGTTCTTTTCTGACTTTTACATCCACTGTAGCCTAGACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCATCTGGTTCTTTTCTGACTTTTACATCCACTGTAGCCTAGACAA  400

seq1  ATTAGGAACAATAGCCAAAATGGACAGGAGAAAGTGAGGCAAAAGCGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGAACAATAGCCAAAATGGACAGGAGAAAGTGAGGCAAAAGCGAAA  450

seq1  CAAAAAAATCAACAGAAAAACCCATCAAGCTTCTTGTTCCTTCCTCAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAAATCAACAGAAAAACCCATCAAGCTTCTTGTTCCTTCCTCAGCT  500

seq1  GCCAAGACAGTTATAGGTACAGTTGAAGGAGTCTTAAAGGTGGCTGACTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGACAGTTATAGGTACAGTTGAAGGAGTCTTAAAGGTGGCTGACTT  550

seq1  TGTATGGAGGGCAAAGTACTGGTTATAACATGTCACTTGACCTCTCTGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGGAGGGCAAAGTACTGGTTATAACATGTCACTTGACCTCTCTGAA  600

seq1  AGAAGACTGTTGTACTGTGGTAAGGAAATATAGCCTTTGTTCCCTTATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACTGTTGTACTGTGGTAAGGAAATATAGCCTTTGTTCCCTTATGC  650

seq1  TTAAAGTCAGAGGAATGCCAGCTGTTTATGCAGTAACTGAGGAGAAGCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGTCAGAGGAATGCCAGCTGTTTATGCAGTAACTGAGGAGAAGCTG  700

seq1  GGAGTGCTTACCTATGCAACAAACACAGAGAACCTTAAGAGTGGATAATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGCTTACCTATGCAACAAACACAGAGAACCTTAAGAGTGGATAATG  750

seq1  AAGATGCTTAGTGACTGCAACCCAGAGCTCTATTGGAAAATATTCTGGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGCTTAGTGACTGCAACCCAGAGCTCTATTGGAAAATATTCTGGGC  800

seq1  TACACCTTAGTAATAATACTTCTTTAACATTTATTTAATACTTTATTGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCTTAGTAATAATACTTCTTTAACATTTATTTAATACTTTATTGTA  850

seq1  TTGATATTTATCTTTTCTCAATTTAGCTAGACTGATTTCTTTCTAAACTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATATTTATCTTTTCTCAATTTAGCTAGACTGATTTCTTTCTAAACTT  900

seq1  TGGTGGAATTATCACCATATATCTGAATAAAAGTTACTAGGCAGGATGTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGAATTATCACCATATATCTGAATAAAAGTTACTAGGCAGGATGTA  950

seq1  ATTCAATATGACGTCACTTCACAACTCCTGACACATGAACCATTTTTCAC  1000
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTC-ATATGACGTCACTTCACAACTCCTGACACATGAACCATTTTTCAC  999

seq1  ACTATGAGATACTCAAGGTCTGTAATTTCTGATACTAAACAATGATGTCA  1050
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGAGATACTCAAGGTCTGT-ATTTCTGATACTAAACAATGATGTCA  1048

seq1  TTTCCTTTACTTAAAACTTGATTAACTACTCACATGTCTTTTTTGTTCTG  1100
      ||||  |||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTTC--TTACTTAAA--CTGATT-ACTACTCACATGTCTTTTTTGTTCT-  1092

seq1  GTCAAATTTTGT-ATTTCTACAACATGTTTCTGTTTTTATCATTGAGTCT  1149
      |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAATTTTGTAATTTCTAC-ACATGTTTCTGTTTTTATCATTGAGTCT  1141

seq1  TGCCCCTGTAATACTTCTTATCTGCAA-TAGCATTTAATTCTTATAAATC  1198
       |||||||| |||||| ||| |||||| |||||||  | |||| ||||||
seq2  GGCCCCTGT-ATACTTTTTA-CTGCAATTAGCATT--AATCTTTTAAATC  1187

seq1  AAAGATAAAGACCAAACTAATAGAATTTAGTGCTATTCCTCAA  1241
        ||||  ||||  |||  || ||| | |||||||||||||||
seq2  -CAGAT--AGAC--AACCTATTGAAATAAGTGCTATTCCTCAA  1225

seq1: chr9_51039935_51040946
seq2: B6Ng01-043P03.g_66_1073

seq1  GAATTCCATTGCTTACAGTGGTCAGAGAAGTTGCCCCCAGATCAGAATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTGCTTACAGTGGTCAGAGAAGTTGCCCCCAGATCAGAATTA  50

seq1  TGACTATAAGGAATAGCAAGAAAGGTAGAGAGGTGATTCACGCAAGGGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTATAAGGAATAGCAAGAAAGGTAGAGAGGTGATTCACGCAAGGGTA  100

seq1  TGCATAGGAGTGTAACGAGGCCTTCTTGCTAGATCCAGTTTATATAGCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATAGGAGTGTAACGAGGCCTTCTTGCTAGATCCAGTTTATATAGCTT  150

seq1  CAGAAAAATGAGTTTCTGGTACCTTTGGGAAGCCCTGTCACTTTTAGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAAATGAGTTTCTGGTACCTTTGGGAAGCCCTGTCACTTTTAGACA  200

seq1  TAGGAGAGAGGGCTTAATTATTTGAATTTAGTAGGGCCACGGAATGGTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGAGAGGGCTTAATTATTTGAATTTAGTAGGGCCACGGAATGGTTG  250

seq1  GGGACAGAAGGAGTCTTGGGAGAAATACTCTAGGAGGTCTCACAGAGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACAGAAGGAGTCTTGGGAGAAATACTCTAGGAGGTCTCACAGAGATT  300

seq1  CAAGTTCAAGTACAACTTAGTTAGACAGTAGAGGAAGTGGGCATTTTGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTCAAGTACAACTTAGTTAGACAGTAGAGGAAGTGGGCATTTTGTG  350

seq1  GTTGGGGGTATCTGAGAAGGGCCACAAGTTCAAGTGACATTCCCCTTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGGGTATCTGAGAAGGGCCACAAGTTCAAGTGACATTCCCCTTCAT  400

seq1  AGCCACAGCTCCAGAGCAAGCTCCTGCCCCACCAAGGCCATACCAGGGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACAGCTCCAGAGCAAGCTCCTGCCCCACCAAGGCCATACCAGGGTG  450

seq1  TTCGAGTCAAGGAGCCAGTGAAGGAGCTACTGAGAAGAAAGCGTGGCCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGAGTCAAGGAGCCAGTGAAGGAGCTACTGAGAAGAAAGCGTGGCCAT  500

seq1  ACCAGCGTTGGGGCAGCTGGGCCACCGACCGCGGTGAGGAGCTACTGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCGTTGGGGCAGCTGGGCCACCGACCGCGGTGAGGAGCTACTGTGG  550

seq1  GCTGTGTGACTGCAGTGTGTGTGTGTGTGCAGGTGGACTTGGCAGGGTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGTGACTGCAGTGTGTGTGTGTGTGCAGGTGGACTTGGCAGGGTGG  600

seq1  TCAGAGGGATAAGGCAAGAGTGTCCTTCTCTGACTCATGCACCGTCTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGGGATAAGGCAAGAGTGTCCTTCTCTGACTCATGCACCGTCTGTG  650

seq1  GGGCATGAAGGCGGAGGATTACATGGAGAAGGTGGAATTGGATCCAATAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATGAAGGCGGAGGATTACATGGAGAAGGTGGAATTGGATCCAATAA  700

seq1  GCTGGTGGTTTGTTGGGTGGTCAGGGGAATAGAGGAGCTTCTTGCTTTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTGGTTTGTTGGGTGGTCAGGGGAATAGAGGAGCTTCTTGCTTTTA  750

seq1  TCCATAAGGAAAAAATCTATTGGTGAGGCTTCAGGGAGCCAATTGTACAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATAAGGAAAAAATCTATTGGTGAGGCTTCAGGGAGCCAATTGTACAC  800

seq1  ATCCTAGTGTGAGTTGGGAGTTCATAAAGTTTCTCCAACGTACAGCCTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTAGTGTGAGTTGGGAGTTCATAAAGTTTCTCCAACGTACAGCCTTC  850

seq1  TTGCTAAATTGAAATACAAATCCCTCAAAAATGCAGGTGTCGATGACTGG  900
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAAATTGAAATACAAATCCTTCAAAAATGCAGGTGTCGATGACTGG  900

seq1  GGTGT-GGGATGGCAGGTTCTTTCCTCATGATTCTCCTATCCTGGGACCC  949
      ||||| ||||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||
seq2  GGTGTGGGGATGGCAGGTTCTTT-CTCATGAAT-TTCTATCCTGGGACCC  948

seq1  AGAGAGTCCCTGAGAGGGCTTGCTGCAGATAGATAAACACCCATCCTGGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||
seq2  AGAGAGTCCCTGAGAGGGCTTGCTGCA-ATAGAT-AACACCGATCCTGGT  996

seq1  CTTCTTGTCCCCA  1012
      |||| ||||||||
seq2  CTTC-TGTCCCCA  1008