BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-046J11
Chromosome9 (Build37)
Map Location 86,567,206 - 86,723,401
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMod1, Prss35, Snap91
Upstream geneIbtk, 4933431K14Rik, EG434426, 9330154J02Rik, Tpbg, 2610018I03Rik, Pgm3, Rwdd2
Downstream geneC030002E08Rik, Cyb5r4, LOC666777, LOC244958, LOC100039510, 4922501C03Rik, LOC671706, Tbx18, LOC671731
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-046J11.bB6Ng01-046J11.g
ACCDH871705DH871706
length9171,091
definitionDH871705|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046J11, 5' end.DH871706|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046J11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,567,206 - 86,568,081)(86,722,302 - 86,723,401)
sequence
gaattcctagtagctgtggtggcagagacttgacctcactcctatttaat
aaaggtcacacacactcgttgtcataaacgcagcacttgacctgctcagg
aaaagaatgatctgaacttgtgattctgcatctccactgtcagtgacaag
cagctttttctaaacaatcgctcaaaagtccactgaagcacagctaaaaa
ccaactcagtctagtttgtttcagagctttgaagaacatccactctcttt
ctaaaagccttaaagcacaaccaatgcaaacaacaaaaacacgaccagtg
cactttctcagcttaatttaaaggtaacaaaacaaatgaacaggagtgct
aaactacagaacctatataaagaaaaaccaacctggagggcatcatcctg
agtgaggtaacccaatcacaaaagaactcacatgacatgtactcactgat
aagtggatattagcccagaaacttaggatatccaagatacaagatacaat
ttgcaaaacacatgaaactcaagaagaacaaagaccaaagtgtggacact
ttgccccttcttagaattgggaacaaaacacccatggaaggagttactga
aacaaagtttggagctgagacgaaaggatggaccatctagagactgccat
acccagggatccatcccataatcagcctccaaatgctgacaccattgcat
acactagcaagattttgctgaaaggacccagatatagctgtctcttgtga
ggctatgccaggggcctagcaaacacagaagtggatgctcacagtcagct
attggatggatcacagggccccaatggagagctagagaaagtatccagag
ctaaagggatctgcacctatagtgaacacatatgactacagtacccgagc
tctgactctagctgcat
gaattcttcagcttgttactctgaatctcttttctccttatgcctttggt
cttttcaacatgccgcccctcagtggtgctcatcttcctggcctctgctg
cctgtcagcagtgatgtgttgttggttctttctcatcctctctcggttag
ctttattcccacttggccatgaatttggtgcccgccattcacttagctga
aaatcaggcaaggtcagccatgtcattcttcccactactggcctgacagc
tgctaagctgacagtctggtttactcggcattatgctgatttcatacata
gttggtatcaagagggtagtttctgtttagactaaaataatagctctttg
agctgttttaatttctaatttgaaaatgttagcttactaattgaatcaaa
tagggggaaattataggaccacagacattgaaccttttttgtattaagga
cttttgggaattagtctaagcatatttcttctgcccttagttttcctgtg
aagccttcattaacattgtctggctagcaggtaggcacaccagacgggga
tcctgattgtcttggggcaagtatgtgttttgcttataggagtgagcctt
atggaaatgtatacaagttgaaatcaaggactttctgactgagtactttg
tgtataaacacaattggaaacaatttgggtgctctcttagtccaggtttc
tattgctgtgatgaaacaccatgaccaaaagcaagttgaagaggaaaagg
tttacttctcacacacttcaatatcaatcgcagtttattctcaaagacaa
tcagggcaagaacgcaaacaggtcagaaactgaaagctggagcggatgga
tgcagatgtcatagagggtgctgcttactgacttgacacttctggcttgc
tcaagctgcttactgacatcccagactccagcccacagtgtaccacccct
aatgtcgagtctactcatcaaccactaattaagaaaatacccttcagttt
gcctacagccccattttatagagttggattttatggggtcattcataaat
aaatgcctccctccctctaagataactggggccttgtgtca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_86567206_86568081
seq2: B6Ng01-046J11.b_44_913

seq1  GAATTCCTAGTAGCTGTGGTGGCAGAGACTTGACCTCACTCCTATTTAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAGTAGCTGTGGTGGCAGAGACTTGACCTCACTCCTATTTAAT  50

seq1  AAAGGTCACACACACTCGTTGTCATAAACGCAGCACTTGACCTGCTCAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTCACACACACTCGTTGTCATAAACGCAGCACTTGACCTGCTCAGG  100

seq1  AAAAGAATGATCTGAACTTGTGATTCTGCATCTCCACTGTCAGTGACAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAATGATCTGAACTTGTGATTCTGCATCTCCACTGTCAGTGACAAG  150

seq1  CAGCTTTTTCTAAACAATCGCTCAAAAGTCCACTGAAGCACAGCTAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTTTTCTAAACAATCGCTCAAAAGTCCACTGAAGCACAGCTAAAAA  200

seq1  CCAACTCAGTCTAGTTTGTTTCAGAGCTTTGAAGAACATCCACTCTCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTCAGTCTAGTTTGTTTCAGAGCTTTGAAGAACATCCACTCTCTTT  250

seq1  CTAAAAGCCTTAAAGCACAACCAATGCAAACAACAAAAACACGACCAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAGCCTTAAAGCACAACCAATGCAAACAACAAAAACACGACCAGTG  300

seq1  CACTTTCTCAGCTTAATTTAAAGGTAACAAAACAAATGAACAGGAGTGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTCTCAGCTTAATTTAAAGGTAACAAAACAAATGAACAGGAGTGCT  350

seq1  AAACTACAGAACCTATATAAAGAAAAACCAACCTGGAGGGCATCATCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTACAGAACCTATATAAAGAAAAACCAACCTGGAGGGCATCATCCTG  400

seq1  AGTGAGGTAACCCAATCACAAAAGAACTCACATGACATGTACTCACTGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGGTAACCCAATCACAAAAGAACTCACATGACATGTACTCACTGAT  450

seq1  AAGTGGATATTAGCCCAGAAACTTAGGATATCCAAGATACAAGATACAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGATATTAGCCCAGAAACTTAGGATATCCAAGATACAAGATACAAT  500

seq1  TTGCAAAACACATGAAACTCAAGAAGAACAAAGACCAAAGTGTGGACACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAAAACACATGAAACTCAAGAAGAACAAAGACCAAAGTGTGGACACT  550

seq1  TTGCCCCTTCTTAGAATTGGGAACAAAACACCCATGGAAGGAGTTACTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCCTTCTTAGAATTGGGAACAAAACACCCATGGAAGGAGTTACTGA  600

seq1  AACAAAGTTTGGAGCTGAGACGAAAGGATGGACCATCTAGAGACTGCCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGTTTGGAGCTGAGACGAAAGGATGGACCATCTAGAGACTGCCAT  650

seq1  ACCCAGGGATCCATCCCATAATCAGCCTCCAAATGCTGACACCATTGCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGGGATCCATCCCATAATCAGCCTCCAAATGCTGACACCATTGCAT  700

seq1  ACACTAGCAAGATTTTGCTGAAAGGACCCAGATATAGCTGTCTCTTGTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAGCAAGATTTTGCTGAAAGGACCCAGATATAGCTGTCTCTTGTGA  750

seq1  GGCTATGCCAGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATGCCAGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCT  800

seq1  ATTGGATGGATCACAGGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTATCCAA  850
      |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  ATTGGATGGATCACAGGG-CCCCAATGGA-GAGCTAGAGAAAGTATCCA-  847

seq1  GGAGCTAAAGGGATCTGCAACCCTAT  876
       ||||||||||||||||||  |||||
seq2  -GAGCTAAAGGGATCTGCA--CCTAT  870

seq1: chr9_86722302_86723401
seq2: B6Ng01-046J11.g_65_1155 (reverse)

seq1  TGACACAA-GCCACAGTTATCTAAGAGG--AGGAAGCA-TTAATTATGAA  46
      |||||||| ||| ||||||||| |||||   ||| ||| ||| ||||| |
seq2  TGACACAAGGCCCCAGTTATCTTAGAGGGAGGGAGGCATTTATTTATG-A  49

seq1  ATGACCCCATAAAATCAGACTCTATAAGATGGGGCTGTAGGCAAACCTGA  96
      ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||| ||||
seq2  ATGACCCCATAAAATCCAACTCTATAAAATGGGGCTGTAGGCAAA-CTGA  98

seq1  AGGGTATTTTCTTAATTAGTGGTTGATGGGGTAGGACTCCGGACATTAGG  146
      ||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||  |||||||||
seq2  AGGGTATTTTCTTAATTAGTGGTTGAT-GAGTA-GACTC--GACATTAGG  144

seq1  GGTGGTACCACCTGTGGGCTGGGAGTTCTGGGGATGTCAGTAAGCAGCTT  196
      ||||||||   ||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTAC--ACTGTGGGCT-GGAG-TCT-GGGATGTCAGTAAGCAGCTT  189

seq1  GAGCAAGCCAGAAGTGTCAAGTCAGTAAGCAGCACCCCTCTATGACATCT  246
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GAGCAAGCCAGAAGTGTCAAGTCAGTAAGCAGCA-CCCTCTATGACATCT  238

seq1  GCATCCATCCGCTCCAGCTTTCAGTTTCCTGACCTGTTTGCGTTCTTGCC  296
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCATCCGCTCCAGCTTTCAGTTT-CTGACCTGTTTGCGTTCTTGCC  287

seq1  CTGATTGTCTTTGAGAATAAACTGCGATTGATATTGAAGTGTGTGAGAAG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTGTCTTTGAGAATAAACTGCGATTGATATTGAAGTGTGTGAGAAG  337

seq1  TAAACCTTTTCCTCTTCAACTTGCTTTTGGTCATGGTGTTTCATCACAGC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCTTTTCCTCTTCAACTTGCTTTTGGTCATGGTGTTTCATCACAGC  387

seq1  AATAGAAACCTGGACTAAGAGAGCACCCAAATTGTTTCCAATTGTGTTTA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAAACCTGGACTAAGAGAGCACCCAAATTGTTTCCAATTGTGTTTA  437

seq1  TACACAAAGTACTCAGTCAGAAAGTCCTTGATTTCAACTTGTATACATTT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAAAGTACTCAGTCAGAAAGTCCTTGATTTCAACTTGTATACATTT  487

seq1  CCATAAGGCTCACTCCTATAAGCAAAACACATACTTGCCCCAAGACAATC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAAGGCTCACTCCTATAAGCAAAACACATACTTGCCCCAAGACAATC  537

seq1  AGGATCCCCGTCTGGTGTGCCTACCTGCTAGCCAGACAATGTTAATGAAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCCCCGTCTGGTGTGCCTACCTGCTAGCCAGACAATGTTAATGAAG  587

seq1  GCTTCACAGGAAAACTAAGGGCAGAAGAAATATGCTTAGACTAATTCCCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCACAGGAAAACTAAGGGCAGAAGAAATATGCTTAGACTAATTCCCA  637

seq1  AAAGTCCTTAATACAAAAAAGGTTCAATGTCTGTGGTCCTATAATTTCCC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCCTTAATACAAAAAAGGTTCAATGTCTGTGGTCCTATAATTTCCC  687

seq1  CCTATTTGATTCAATTAGTAAGCTAACATTTTCAAATTAGAAATTAAAAC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTTGATTCAATTAGTAAGCTAACATTTTCAAATTAGAAATTAAAAC  737

seq1  AGCTCAAAGAGCTATTATTTTAGTCTAAACAGAAACTACCCTCTTGATAC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAAAGAGCTATTATTTTAGTCTAAACAGAAACTACCCTCTTGATAC  787

seq1  CAACTATGTATGAAATCAGCATAATGCCGAGTAAACCAGACTGTCAGCTT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTATGTATGAAATCAGCATAATGCCGAGTAAACCAGACTGTCAGCTT  837

seq1  AGCAGCTGTCAGGCCAGTAGTGGGAAGAATGACATGGCTGACCTTGCCTG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTGTCAGGCCAGTAGTGGGAAGAATGACATGGCTGACCTTGCCTG  887

seq1  ATTTTCAGCTAAGTGAATGGCGGGCACCAAATTCATGGCCAAGTGGGAAT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCAGCTAAGTGAATGGCGGGCACCAAATTCATGGCCAAGTGGGAAT  937

seq1  AAAGCTAACCGAGAGAGGATGAGAAAGAACCAACAACACATCACTGCTGA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTAACCGAGAGAGGATGAGAAAGAACCAACAACACATCACTGCTGA  987

seq1  CAGGCAGCAGAGGCCAGGAAGATGAGCACCACTGAGGGGCGGCATGTTGA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGCAGAGGCCAGGAAGATGAGCACCACTGAGGGGCGGCATGTTGA  1037

seq1  AAAGACCAAAGGCATAAGGAGAAAAGAGATTCAGAGTAACAAGCTGAAGA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACCAAAGGCATAAGGAGAAAAGAGATTCAGAGTAACAAGCTGAAGA  1087

seq1  ATTC  1100
      ||||
seq2  ATTC  1091