BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-047D15
Chromosome9 (Build37)
Map Location 52,214,025 - 52,391,383
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042876
Upstream geneLOC100042854, LOC640374, LOC668070, Arhgap20, LOC629554, LOC100043409, Fdx1, EG629557, Rdx, 9830163H01Rik, Zc3h12c
Downstream geneAI593442, Gm1715, Ddx10, Exph5, Kdelc2, 4930550C14Rik, Atm, Npat, Acat1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-047D15.bB6Ng01-047D15.g
ACCDH872148DH872149
length1,081852
definitionDH872148|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047D15, 5' end.DH872149|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047D15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,214,025 - 52,215,146)(52,390,721 - 52,391,383)
sequence
gaattcattccctgaaacatcacaatgtcctttttttaaaagattgattt
attcattatgtatacagcattctgtctgcacatatgcctggaggccagaa
gagggcagcagatctcattataaatggttatgagccatcctgtggttgct
gggaattgaactcaggacctctagaagaacagacagtgctctcaacctct
gagccatctctccagccccactgtccttcttcttattcagttctcagttt
aaatgtcaaatcttgagagagcccttcccttcccagcctatctatctcac
ccaccctctctcatgtccccactactaatttcataacactcactgttgtc
tgaataaaggtaaacttctggagagaggggctctggttggccatgctcac
tactgtgaccccggtcgctgtgattgtaagtttctgataccttctagaca
cacagtaatctctgctggacattactgaggagaaaaagcagaaggaagag
aaaggaatgaactctttataatctctgcattcccagaattccaagtctgc
cctcagtatccagcatatgtggtccccttgttttcagagtcagtaggctc
taggtgagaatgcaaaacaagccagtatatccacagtcttaattgctcct
ttcttaatgttaatacccagcaattttagtggcaatttgaactgcagcct
ttatgagtaggagccaggatctcaatgagaaccaggggaagcagtaatca
ccagcaagctttagtcaaatttaaatatagacctggcagcagaaagcaaa
tccagccacgaagcatggacgtatcggagtagcacatcagtaggctattg
gcttctccaaatgtatgcaagcttctgactgagacttaggtgagcagaca
ctgcatgtgcacagtgctgatagtgtttttgtttatcgtacataatgcat
gcagtactcagctgcttctaccagcatcgagatctactcctagggagagc
tgaaggatgcatcgactaagctgaacaatcagagagagttggatcttccc
cagcaggttctgaacaccgacgattggaagc
gaattctcttcagagaggcagagcctctcttctgtgatttttaaggctag
taatcatggatctagcttgtgggctcaggtagcctttaagaacagaatcc
acagagaggtgtgtctttggctcacaagtccatagaactcttcctaagtt
tttaaacacttacttatatttattgtatatgtatgtgtgcataactgggt
acatgtatatgtaccatgtgagttcagtgcctacagaagctagaagacaa
tactgagtctactggaactggagttgcaggcaggtgtgagccaccatata
ggtgctggagccatgtgattatacccatgttggtcgcaagagcatcaagt
gctcttaacttctgaatcatctctccaaccttaagtttgggtctcagagc
ttctattgcaatgataaaacattgactaaaactttgctgtgagggaaagg
tttatttcaccttttagcttgtaatccatcattcagagaagtcagggcag
gaactcaaggcaggaactcatgcagagaccatggaaggatgctccttagt
ggattactcctcatgatgtggtcaggctgcttgcttatagtacccagaac
caccagtccagatgtagtacctcccacagtgaactgtgctttcccacatc
aatcaccagtcaagaaaatgcaaaatgggagactaattcaaaagagacat
tttctactagggacactttctcatttgaggttcactcttcccaaatgact
ctagcttgtgtcaagttgacatacattaaccaacacaattgagtcctgtc
aacttgacacacaaatatgtcacataagccatagattatctttcaagtcc
ca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_52214025_52215146
seq2: B6Ng01-047D15.b_44_1124

seq1  GAATTCATTCCCTGAAACATCACAATGTCCTTTTTTTAAAAGATTGATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCCCTGAAACATCACAATGTCCTTTTTTTAAAAGATTGATTT  50

seq1  ATTCATTATGTATACAGCATTCTGTCTGCACATATGCCTGGAGGCCAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTATGTATACAGCATTCTGTCTGCACATATGCCTGGAGGCCAGAA  100

seq1  GAGGGCAGCAGATCTCATTATAAATGGTTATGAGCCATCCTGTGGTTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCAGCAGATCTCATTATAAATGGTTATGAGCCATCCTGTGGTTGCT  150

seq1  GGGAATTGAACTCAGGACCTCTAGAAGAACAGACAGTGCTCTCAACCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATTGAACTCAGGACCTCTAGAAGAACAGACAGTGCTCTCAACCTCT  200

seq1  GAGCCATCTCTCCAGCCCCACTGTCCTTCTTCTTATTCAGTTCTCAGTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCATCTCTCCAGCCCCACTGTCCTTCTTCTTATTCAGTTCTCAGTTT  250

seq1  AAATGTCAAATCTTGAGAGAGCCCTTCCCTTCCCAGCCTATCTATCTCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTCAAATCTTGAGAGAGCCCTTCCCTTCCCAGCCTATCTATCTCAC  300

seq1  CCACCCTCTCTCATGTCCCCACTACTAATTTCATAACACTCACTGTTGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCTCTCTCATGTCCCCACTACTAATTTCATAACACTCACTGTTGTC  350

seq1  TGAATAAAGGTAAACTTCTGGAGAGAGGGGCTCTGGTTGGCCATGCTCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAAAGGTAAACTTCTGGAGAGAGGGGCTCTGGTTGGCCATGCTCAC  400

seq1  TACTGTGACCCCGGTCGCTGTGATTGTAAGTTTCTGATACCTTCTAGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTGACCCCGGTCGCTGTGATTGTAAGTTTCTGATACCTTCTAGACA  450

seq1  CACAGTAATCTCTGCTGGACATTACTGAGGAGAAAAAGCAGAAGGAAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTAATCTCTGCTGGACATTACTGAGGAGAAAAAGCAGAAGGAAGAG  500

seq1  AAAGGAATGAACTCTTTATAATCTCTGCATTCCCAGAATTCCAAGTCTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAATGAACTCTTTATAATCTCTGCATTCCCAGAATTCCAAGTCTGC  550

seq1  CCTCAGTATCCAGCATATGTGGTCCCCTTGTTTTCAGAGTCAGTAGGCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGTATCCAGCATATGTGGTCCCCTTGTTTTCAGAGTCAGTAGGCTC  600

seq1  TAGGTGAGAATGCAAAACAAGCCAGTATATCCACAGTCTTAATTGCTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGAGAATGCAAAACAAGCCAGTATATCCACAGTCTTAATTGCTCCT  650

seq1  TTCTTAATGTTAATACCCAGCAATTTTAGTGGCAATTTGAACTGCAGCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAATGTTAATACCCAGCAATTTTAGTGGCAATTTGAACTGCAGCCT  700

seq1  TTATGAGTAGGAGCCAGGATCTCAATGAGAACCAGGGGAAGCAGTAATCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAGTAGGAGCCAGGATCTCAATGAGAACCAGGGGAAGCAGTAATCA  750

seq1  CCAGCAAGCTTTAGTCAAATTTAAATATAGACCTGGCAGCAGAAAGCAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAAGCTTTAGTCAAATTTAAATATAGACCTGGCAGCAGAAAGCAAA  800

seq1  TCCAGCCACGAAGCATGGACGTATCGGAGTAGCACATCAGGTAGGCTATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCCAGCCACGAAGCATGGACGTATCGGAGTAGCACATCA-GTAGGCTATT  849

seq1  GGCTTCTCCAAAATGTATGCAAGCTTTCTGAACTGAGAACTTAGGGTGAG  900
      ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| ||||| ||||||
seq2  GGCTTCTCC-AAATGTATGCAAGC-TTCTG-ACTGAG-ACTTA-GGTGAG  894

seq1  CAGACACCTGCATGTTGCACAAGTGCCTGATAGTGTTTTTTGTTTATCCG  950
      |||||| ||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||  
seq2  CAGACA-CTGCATG-TGCAC-AGTG-CTGATAGTG-TTTTTGTTTATC--  937

seq1  GTACATAAATGCATGGCAGTACTCAGCTGGCTTTCTAACACAGCATCCGA  1000
      |||||| ||||||| ||||||||||||||   |||||   |||||| |||
seq2  GTACAT-AATGCAT-GCAGTACTCAGCTG--CTTCTA--CCAGCAT-CGA  980

seq1  GATCTAACTCCCTAGGGAAGGAGCTGGAAAAGGGATGCATTCGACTTAAG  1050
      ||||| ||| ||||||||  ||||||    | ||||||| ||||| ||||
seq2  GATCT-ACT-CCTAGGGA--GAGCTG----AAGGATGCA-TCGAC-TAAG  1020

seq1  CTGAACAAATCAAGAGAAGAGTCTGTGATCTCCCCCAGGCAGTGTTCTGA  1100
      |||||| |||| |||| ||||| || ||||| ||||| |||| |||||||
seq2  CTGAAC-AATC-AGAG-AGAGT-TG-GATCTTCCCCA-GCAG-GTTCTGA  1063

seq1  ACCATACAGACAGATTGGAAGC  1122
      ||   || ||| ||||||||||
seq2  AC---ACCGAC-GATTGGAAGC  1081

seq1: chr9_52390721_52391383
seq2: B6Ng01-047D15.g_67_729 (reverse)

seq1  TTGACTGGTGATTGATGTGGGAAAGCACAGTTCACTGTGGGAGGTACTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTGGTGATTGATGTGGGAAAGCACAGTTCACTGTGGGAGGTACTAC  50

seq1  ATCTGGACTGGTGGTTCTGGGTACTATAAGCAAGCAGCCTGACCACATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGACTGGTGGTTCTGGGTACTATAAGCAAGCAGCCTGACCACATCA  100

seq1  TGAGGAGTAATCCACTAAGGAGCATCCTTCCATGGTCTCTGCATGAGTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAGTAATCCACTAAGGAGCATCCTTCCATGGTCTCTGCATGAGTTC  150

seq1  CTGCCTTGAGTTCCTGCCCTGACTTCTCTGAATGATGGATTACAAGCTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTGAGTTCCTGCCCTGACTTCTCTGAATGATGGATTACAAGCTAA  200

seq1  AAGGTGAAATAAACCTTTCCCTCACAGCAAAGTTTTAGTCAATGTTTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGAAATAAACCTTTCCCTCACAGCAAAGTTTTAGTCAATGTTTTAT  250

seq1  CATTGCAATAGAAGCTCTGAGACCCAAACTTAAGGTTGGAGAGATGATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCAATAGAAGCTCTGAGACCCAAACTTAAGGTTGGAGAGATGATTC  300

seq1  AGAAGTTAAGAGCACTTGATGCTCTTGCGACCAACATGGGTATAATCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTTAAGAGCACTTGATGCTCTTGCGACCAACATGGGTATAATCACA  350

seq1  TGGCTCCAGCACCTATATGGTGGCTCACACCTGCCTGCAACTCCAGTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCCAGCACCTATATGGTGGCTCACACCTGCCTGCAACTCCAGTTCC  400

seq1  AGTAGACTCAGTATTGTCTTCTAGCTTCTGTAGGCACTGAACTCACATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGACTCAGTATTGTCTTCTAGCTTCTGTAGGCACTGAACTCACATGG  450

seq1  TACATATACATGTACCCAGTTATGCACACATACATATACAATAAATATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATACATGTACCCAGTTATGCACACATACATATACAATAAATATAA  500

seq1  GTAAGTGTTTAAAAACTTAGGAAGAGTTCTATGGACTTGTGAGCCAAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTGTTTAAAAACTTAGGAAGAGTTCTATGGACTTGTGAGCCAAAGA  550

seq1  CACACCTCTCTGTGGATTCTGTTCTTAAAGGCTACCTGAGCCCACAAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCTCTCTGTGGATTCTGTTCTTAAAGGCTACCTGAGCCCACAAGCT  600

seq1  AGATCCATGATTACTAGCCTTAAAAATCACAGAAGAGAGGCTCTGCCTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCATGATTACTAGCCTTAAAAATCACAGAAGAGAGGCTCTGCCTCT  650

seq1  CTGAAGAGAATTC  663
      |||||||||||||
seq2  CTGAAGAGAATTC  663