BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-047J21
Chromosome9 (Build37)
Map Location 106,950,207 - 107,136,802
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDock3
Upstream gene1110001D15Rik, LOC669311, 6230410P16Rik, Wdr82, Ppm1m, Twf2, Tlr9, Alas1, Wdr51a, Dusp7, Rpl29, Acy1, Abhd14a, Abhd14b, Pcbp4, Parp3, Rrp9, Iqcf1, Iqcf5, Iqcf3, Iqcf4, LOC100041096, Grm2, Tex264, Rad54l2, LOC100041128, Vprbp, Armet
Downstream geneMapkapk3, Cish, Hemk1, 6430571L13Rik, Cacna2d2, Tmem115, Cyb561d2, Tusc4, Zmynd10, Rassf1, Tusc2, Hyal2, Hyal1, Nat6, Hyal3, Ifrd2, BY080835, Sema3b, Gnai2, Slc38a3, Gnat1, Sema3f, Rbm5, Rbm6, Mon1a, Mst1r, 4921517D21Rik, Camkv, Traip, Ube1l, D330022A01Rik, 6230427J02Rik, 1700021K14Rik, Ihpk1, Gmppb, Rnf123, Amigo3, Mst1, Apeh, Bsn, LOC100042108, Dag1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-047J21.bB6Ng01-047J21.g
ACCDH872431DH872432
length1,051989
definitionDH872431|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047J21, 5' end.DH872432|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047J21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,950,207 - 106,951,268)(107,135,801 - 107,136,802)
sequence
gaattctgtcctactaacatccataggacgatgtcttcaaaggaagtata
aacatggcagtttgtgagattaaaacccattcaacagacaacacaagaat
aaaattaacaatttccaggaaaacagcatgtcttagtcagggtttctatt
cctggacaaaacatcatgaccaagaaccaagatggggaggaaagggttta
ttcagcttacacttccacattgctgttcatcaccaaaggaagtcaggact
ggatctcaagcaggtcaggaaggagttgatgcagaggccatggagggatg
ttactggcttcccctggcttactcggatcactaccagcccagggatggca
ccacccacaatgggccctccccacttgatcactaattgagaaaatgcctt
acagatggatctcatggaggtacttccttcactgaagctcctttctctgt
gataactctggcctgtgtcaatttgacacacaaaaccagtcagtacacag
catttctacatgagggcagtaaatgccaccaagaatcaaggtgtctggtt
acccttaggagctccaaaacatgtttgactgacaataggactaagaaaga
aaaagaaacaggagactagtaatctttgaaaaccaaactgtctgaatttc
gcatctattgtgatctcctaatagagcacgcttgaattatccaggagttt
gtacaccatgctaagaattatccatgaatgaggcttcttccctgtaatat
gttcaacaaaacacttgaggaatgtgtagagatagcaaatgccgagtgta
aaactgaaatgtttcaaaggctggatccctcagcttctcttatgtttccc
tctgtgcagatgatgagggatctgttagccaccctagtcctgcagttcag
agaggagcagttgttctatcacagacccagcatctgctcttcactttctt
tcttcatgacaccaaacacttgaagaatcttgtgatgatagtccactgga
ggacccagacgactctcctggtcaagaaactgcttgtatgattcagcatc
a
gaattcagatagccctggagggttctaggagagcttgttaggtgataagc
ttagaaattagatcttgaggggccgagaatcaaataaattacattgacat
caaaggacctggggtgcacagttctctttttgaagtcagatggagataag
tggaagaggagtcggtgaggctactgacaagcgggtcttcctggggtggt
aggaacctgtggagcagggcaggctggaaatgggagacagaggcttccaa
agcaagagcaagagcccggctgggtactactggcagggatacaacaaact
gggtaacaagaaggaggaagtcagtgaggattctgagttttcagatgcaa
gcgttgtgtgttgggggttgtcaagtggactaagagcccgaggaagggag
ggcttggatcacatgctatggggacatcacatgctatggggacatcacat
gctatggggacatcacaggttcacagttctgctgaggtctgactctccac
aacatgctgtgtcctttcgtgttattccaagaaaacgacctaaatttagt
gcaaacagctaaatcaaacgagtccagaccataaccaaatgtctccttca
tcctccttggccccctttcttctcttgtcacttgttggaattagtgttct
ctgacctcagagctgagatgggcggcagtacagtggattgtctctgttgg
gaaatgggcacaaacgttgggaaaaccagaccttagctctgtaaccgcca
tcatgtataccagccaagggatggaagtagtggatgaaatgagtttcatg
ggtgttcagaagacctgtgttgcttggctgtgctggctggtcagagctct
ctggagagagcttcatgggacatggctccattctgtggacgcccttcatg
actacatcgactgagtccatgtccctggagaactagctaaataacagggc
atcttctgtgcctgctttggttctgatccccttctactc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_106950207_106951268
seq2: B6Ng01-047J21.b_44_1094

seq1  GAATTCTGTCCTACTAACATCCATAGGACGATGTCTTCAAAGGAAGTATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTCCTACTAACATCCATAGGACGATGTCTTCAAAGGAAGTATA  50

seq1  AACATGGCAGTTTGTGAGATTAAAACCCATTCAACAGACAACACAAGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGGCAGTTTGTGAGATTAAAACCCATTCAACAGACAACACAAGAAT  100

seq1  AAAATTAACAATTTCCAGGAAAACAGCATGTCTTAGTCAGGGTTTCTATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTAACAATTTCCAGGAAAACAGCATGTCTTAGTCAGGGTTTCTATT  150

seq1  CCTGGACAAAACATCATGACCAAGAACCAAGATGGGGAGGAAAGGGTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGACAAAACATCATGACCAAGAACCAAGATGGGGAGGAAAGGGTTTA  200

seq1  TTCAGCTTACACTTCCACATTGCTGTTCATCACCAAAGGAAGTCAGGACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCTTACACTTCCACATTGCTGTTCATCACCAAAGGAAGTCAGGACT  250

seq1  GGATCTCAAGCAGGTCAGGAAGGAGTTGATGCAGAGGCCATGGAGGGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTCAAGCAGGTCAGGAAGGAGTTGATGCAGAGGCCATGGAGGGATG  300

seq1  TTACTGGCTTCCCCTGGCTTACTCGGATCACTACCAGCCCAGGGATGGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGGCTTCCCCTGGCTTACTCGGATCACTACCAGCCCAGGGATGGCA  350

seq1  CCACCCACAATGGGCCCTCCCCACTTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCACAATGGGCCCTCCCCACTTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTT  400

seq1  ACAGATGGATCTCATGGAGGTACTTCCTTCACTGAAGCTCCTTTCTCTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGGATCTCATGGAGGTACTTCCTTCACTGAAGCTCCTTTCTCTGT  450

seq1  GATAACTCTGGCCTGTGTCAATTTGACACACAAAACCAGTCAGTACACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACTCTGGCCTGTGTCAATTTGACACACAAAACCAGTCAGTACACAG  500

seq1  CATTTCTACATGAGGGCAGTAAATGCCACCAAGAATCAAGGTGTCTGGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCTACATGAGGGCAGTAAATGCCACCAAGAATCAAGGTGTCTGGTT  550

seq1  ACCCTTAGGAGCTCCAAAACATGTTTGACTGACAATAGGACTAAGAAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTAGGAGCTCCAAAACATGTTTGACTGACAATAGGACTAAGAAAGA  600

seq1  AAAAGAAACAGGAGACTAGTAATCTTTGAAAACCAAACTGTCTGAATTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAACAGGAGACTAGTAATCTTTGAAAACCAAACTGTCTGAATTTC  650

seq1  GCATCTATTGTGATCTCCTAATAGAGCAGGCTTGAATTATCCAGGAGTTT  700
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTATTGTGATCTCCTAATAGAGCACGCTTGAATTATCCAGGAGTTT  700

seq1  GTACACCATGCTAAGAATTATCCATGAATGAGGCTTCTTCCCTGTAATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACCATGCTAAGAATTATCCATGAATGAGGCTTCTTCCCTGTAATAT  750

seq1  GTTCAACAAAACACTTGAGGAATGTGTAGAGATAGCAAATGCCGAGTGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAACAAAACACTTGAGGAATGTGTAGAGATAGCAAATGCCGAGTGTA  800

seq1  AAACTGAAATGTTTCAAAGGCTGGATCCCTCAGCTTCTCTTATGTTTCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGAAATGTTTCAAAGGCTGGATCCCTCAGCTTCTCTTATGTTTCCC  850

seq1  TCTGTGCAGATGATGAGGGATCTGTTAGCCACCCTAGTTCCTGCAGTTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCTGTGCAGATGATGAGGGATCTGTTAGCCACCCTAG-TCCTGCAGTTCA  899

seq1  GAGAGGAGCAGTTGTTCTATCACAGACCCAGCATCTGCCCTTCACTTTCT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GAGAGGAGCAGTTGTTCTATCACAGACCCAGCATCTGCTCTTCACTTTCT  949

seq1  TTCTCAGTGACACCAAAACACTTGGACAGAATCTTGTGATGATAGTCCAC  1000
      ||||   ||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCATGACACC-AAACACTTG--AAGAATCTTGTGATGATAGTCCAC  996

seq1  TTGAGGACCCAGACAGACCTCTTCACTGTGCAGGAAACATGCTTTGTTAT  1050
      | |||||||||||| || ||||   |||  || ||||| |||||   |||
seq2  TGGAGGACCCAGAC-GA-CTCT--CCTGGTCAAGAAAC-TGCTT--GTAT  1039

seq1  GATTCAGCATCA  1062
      ||||||||||||
seq2  GATTCAGCATCA  1051

seq1: chr9_107135801_107136802
seq2: B6Ng01-047J21.g_68_1056 (reverse)

seq1  GAGTAGAAGGGGGATCAGGAACCAAAAGCAAGACAACAG-AGATGCCCTG  49
      |||||||| |||||||| ||||| |||||| |   |||| ||||||||||
seq2  GAGTAGAA-GGGGATCA-GAACC-AAAGCAGG--CACAGAAGATGCCCTG  45

seq1  GTTTATTTAGCTAGTTCTTCCAGGGACATGGACCTCAGTCCGATGGTAGT  99
        ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| |||||
seq2  --TTATTTAGCTAGTTC-TCCAGGGACATGGA-CTCAGT-CGAT-GTAGT  89

seq1  CATGAAGGGCGTTCCACAGAATGGAGCCATGTTCCCATGAAGCTCTCTCC  149
      ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CATGAAGGGCG-TCCACAGAATGGAGCCATG-TCCCATGAAGCTCTCTCC  137

seq1  AGAGAGCTCTGACCAGCCAGCACAGCCAAGCAACACAGGTCTTCTGAACA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGCTCTGACCAGCCAGCACAGCCAAGCAACACAGGTCTTCTGAACA  187

seq1  CCCATGAAACTCATTTCATCCACTACTTCCATCCCTTGGCTGGTATACAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGAAACTCATTTCATCCACTACTTCCATCCCTTGGCTGGTATACAT  237

seq1  GATGGCGGTTACAGAGCCTAAGGTCTGGTTTTCCCAACGTTTGTGCCCAT  299
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCGGTTACAGAG-CTAAGGTCTGGTTTTCCCAACGTTTGTGCCCAT  286

seq1  TTCCCAACAGAGACAATCCACTGTACTGCCGCCCATCTCAGCTCTGAGGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAACAGAGACAATCCACTGTACTGCCGCCCATCTCAGCTCTGAGGT  336

seq1  CAGAGAACACTAATTCCAACAAGTGACAAGAGAAGAAAGGGGGCCAAGGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAACACTAATTCCAACAAGTGACAAGAGAAGAAAGGGGGCCAAGGA  386

seq1  GGATGAAGGAGACATTTGGTTATGGTCTGGACTCGTTTGATTTAGCTGTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAAGGAGACATTTGGTTATGGTCTGGACTCGTTTGATTTAGCTGTT  436

seq1  TGCACTAAATTTAGGTCGTTTTCTTGGAATAACACGAAAGGACACAGCAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTAAATTTAGGTCGTTTTCTTGGAATAACACGAAAGGACACAGCAT  486

seq1  GTTGTGGAGAGTCAGACCTCAGCAGAACTGTGAACCTGTGATGTCCCCAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGGAGAGTCAGACCTCAGCAGAACTGTGAACCTGTGATGTCCCCAT  536

seq1  AGCATGTGATGTCCCCATAGCATGTGATGTCCCCATAGCATGTGATCCAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGTGATGTCCCCATAGCATGTGATGTCCCCATAGCATGTGATCCAA  586

seq1  GCCCTCCCTTCCTCGGGCTCTTAGTCCACTTGACAACCCCCAACACACAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCCCTTCCTCGGGCTCTTAGTCCACTTGACAACCCCCAACACACAA  636

seq1  CGCTTGCATCTGAAAACTCAGAATCCTCACTGACTTCCTCCTTCTTGTTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTTGCATCTGAAAACTCAGAATCCTCACTGACTTCCTCCTTCTTGTTA  686

seq1  CCCAGTTTGTTGTATCCCTGCCAGTAGTACCCAGCCGGGCTCTTGCTCTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTTTGTTGTATCCCTGCCAGTAGTACCCAGCCGGGCTCTTGCTCTT  736

seq1  GCTTTGGAAGCCTCTGTCTCCCATTTCCAGCCTGCCCTGCTCCACAGGTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGGAAGCCTCTGTCTCCCATTTCCAGCCTGCCCTGCTCCACAGGTT  786

seq1  CCTACCACCCCAGGAAGACCCGCTTGTCAGTAGCCTCACCGACTCCTCTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACCACCCCAGGAAGACCCGCTTGTCAGTAGCCTCACCGACTCCTCTT  836

seq1  CCACTTATCTCCATCTGACTTCAAAAAGAGAACTGTGCACCCCAGGTCCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTATCTCCATCTGACTTCAAAAAGAGAACTGTGCACCCCAGGTCCT  886

seq1  TTGATGTCAATGTAATTTATTTGATTCTCGGCCCCTCAAGATCTAATTTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGTCAATGTAATTTATTTGATTCTCGGCCCCTCAAGATCTAATTTC  936

seq1  TAAGCTTATCACCTAACAAGCTCTCCTAGAACCCTCCAGGGCTATCTGAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTTATCACCTAACAAGCTCTCCTAGAACCCTCCAGGGCTATCTGAA  986

seq1  TTC  1002
      |||
seq2  TTC  989