BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-048P20
Chromosome9 (Build37)
Map Location 43,701,286 - 43,917,742
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042548, Thy1, Usp2, Mfrp
Upstream geneGrik4, Arhgef12, LOC545339, Tmem136, Pou2f3, LOC628726, Oaf, D630033O11Rik, Trim29, LOC384931, Pvrl1
Downstream geneRnf26, LOC100042569, Mcam, Cbl, BC038167, Pdzd3, Nlrx1, Abcg4, Mizf, Tmem24, Dpagt1, H2afx, Hmbs, Vps11, LOC100043172, Hyou1, LOC100043178, Slc37a4, Trappc4, Rps25, Ccdc84, Foxr1, Upk2, Bcl9l, Blr1, Ddx6, LOC667406, LOC100042660, Treh, Phldb1, Arcn1, 1500035H01Rik, Tmem25, BC021608, Mll1, Atp5l, Ube4a, Cd3g, Cd3d, Cd3e, Eva1, A530065I17Rik, Amica1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-048P20.bB6Ng01-048P20.g
ACCDH873381DH873382
length9431,039
definitionDH873381|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048P20, 5' end.DH873382|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048P20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,701,286 - 43,702,231)(43,916,696 - 43,917,742)
sequence
gaattctccctttggtaccttttaaattatgaactagggagttcggggtg
gagggaggctggtcaatgggtgtggtgctagctcggaacaagccttggca
ttctgccacacagtagggtagcatgctaaagaagaacgtacaatacatgc
ccagagaccagaaaaaggactgtggatgcctcactacaaagaaacgataa
atggtttaaaatgagaggtatgttaattaccctgccttgattatacaatg
cgtataaggatgaaaacattacactctaccccataaatgtgcacggttga
ttcaaaataaaataaaaaccaagtcaggaggctgaggcggaggctcagtg
gatgcaatgcgtgctttgtaagcatgaagacccgagctgggctccctggc
atccacatgaaagtcaggcatggtggtccacctatcaaccccacgctgtg
ggagtgaagacgggcattccaggggtccattggctagccagtctacccaa
aacattaaattccagaatcagtgagaaaccctgtctcaaataacaatgat
aaaatgtagaaatgattgaggaaggtacctaacctcaacctctgacctcc
atatgcacaggtgagtcagaccatatacacacatacatacatacatacat
gcatacatacatacatacatacatgcacacacatgccagaataaaataaa
agtgattttttttaaagataaaagggactggggagatggtttaacagtta
cgggctctcacttctcttgcagagccacctataactccagtgtgagggta
tctgacacctctttctggtttccacaggcatttctgcatgccttcagtgc
acactcatgaatacacacacatagacatatataattccttaaaactaaat
gagagggatcaggcatgggatggttgggggagaccactgaact
gaattctttctgcagaccttaatatccattcccctaaccaccttggaagc
ccagcccttaaatcggtgtagtctggagctcggacacccccttgtggtca
tctcaggaactactcatctctggtcgggtggcagcgatagctttctagtt
atctaagaaagtgggtatctttatcactccctggcatgcagccagggcag
ccatgattgaaaggtcctgggtctttgtcagaccagacattggctgcttc
cacttggtttggcttctctgaattagaaaaatgtgtccctttttctgagt
ggccatagcccctaaaccagaagttaagccctggccaggcaggggttcac
atgtatgtggcagctctggggagccagttattctagtctgcttgcttgta
cctctgtatcatggccccatcccccccaggaagcagcctgccctgcatcc
tcagaagaaagggagagaccagtgggaggattttaggtttattaagtgac
ctctgagaaaaaggcctgccctgggagcagcagagatggagtcagggacc
tagaggggacacaggactaggaatggagcatcccaccttggagtcctggg
ccaggacccacagctgccagcctactgcattctaaagtcctgggcagaac
ccagccactgctccacgctgtcttgacctcagacagcctgtctccattca
ttgccagcagtgggactggaagtggctccctctcttcctaagtcattcac
aatattcaagggggccagccctcctggtatgcgctgcgcgggtagtgtca
caaccctccactgaggagcaagttgccaacctcgggttcactgtgtttta
gcgaagactgggggagctgtgccagtagaatagacgagaaatccaagaag
gtactgtctgtctgatgctggcatagatgcaatgtaatcaccacgccacc
ttgcaccacacctgggtcctcaggttcagccttaccatccgcacccctga
gaagcgggctggctttggccaacccctaaatctggaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_43701286_43702231
seq2: B6Ng01-048P20.b_44_986

seq1  GAATTCTCCCTTTGGTACCTTTTAAATTATGAACTAGGGAGTTCGGGGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCCTTTGGTACCTTTTAAATTATGAACTAGGGAGTTCGGGGTG  50

seq1  GAGGGAGGCTGGTCAATGGGTGTGGTGCTAGCTCGGAACAAGCCTTGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGGCTGGTCAATGGGTGTGGTGCTAGCTCGGAACAAGCCTTGGCA  100

seq1  TTCTGCCACACAGTAGGGTAGCATGCTAAAGAAGAACGTACAATACATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCCACACAGTAGGGTAGCATGCTAAAGAAGAACGTACAATACATGC  150

seq1  CCAGAGACCAGAAAAAGGACTGTGGATGCCTCACTACAAAGAAACGATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGACCAGAAAAAGGACTGTGGATGCCTCACTACAAAGAAACGATAA  200

seq1  ATGGTTTAAAATGAGAGGTATGTTAATTACCCTGCCTTGATTATACAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTTAAAATGAGAGGTATGTTAATTACCCTGCCTTGATTATACAATG  250

seq1  CGTATAAGGATGAAAACATTACACTCTACCCCATAAATGTGCACGGTTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTATAAGGATGAAAACATTACACTCTACCCCATAAATGTGCACGGTTGA  300

seq1  TTCAAAATAAAATAAAAACCAAGTCAGGAGGCTGAGGCGGAGGCTCAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAATAAAATAAAAACCAAGTCAGGAGGCTGAGGCGGAGGCTCAGTG  350

seq1  GATGCAATGCGTGCTTTGTAAGCATGAAGACCCGAGCTGGGCTCCCTGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCAATGCGTGCTTTGTAAGCATGAAGACCCGAGCTGGGCTCCCTGGC  400

seq1  ATCCACATGAAAGTCAGGCATGGTGGTCCACCTATCAACCCCACGCTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACATGAAAGTCAGGCATGGTGGTCCACCTATCAACCCCACGCTGTG  450

seq1  GGAGTGAAGACGGGCATTCCAGGGGTCCATTGGCTAGCCAGTCTACCCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGAAGACGGGCATTCCAGGGGTCCATTGGCTAGCCAGTCTACCCAA  500

seq1  AACATTAAATTCCAGAATCAGTGAGAAACCCTGTCTCAAATAACAATGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTAAATTCCAGAATCAGTGAGAAACCCTGTCTCAAATAACAATGAT  550

seq1  AAAATGTAGAAATGATTGAGGAAGGTACCTAACCTCAACCTCTGACCTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTAGAAATGATTGAGGAAGGTACCTAACCTCAACCTCTGACCTCC  600

seq1  ATATGCACAGGTGAGTCAGACCATATACACACATACATACATACATACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCACAGGTGAGTCAGACCATATACACACATACATACATACATACAT  650

seq1  GCATACATACATACATACATACATGCACACACATGCCAGAATAAAATAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACATACATACATACATACATGCACACACATGCCAGAATAAAATAAA  700

seq1  AGTGATTTTTTTTAAAGATAAAAGGGACTGGGGAGATGGTTTAACAGTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATTTTTTTTAAAGATAAAAGGGACTGGGGAGATGGTTTAACAGTTA  750

seq1  CGGGCTCTCACTTCTCTTGCAGAGCCACCTATAACTCCAGTGTGAGGGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGCTCTCACTTCTCTTGCAGAGCCACCTATAACTCCAGTGTGAGGGTA  800

seq1  TCTGACACCCTCTTCTGGTTTCCACAGGCATTTCTGCATGCCTTCAGTGC  850
      |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACACCTCTTTCTGGTTTCCACAGGCATTTCTGCATGCCTTCAGTGC  850

seq1  ACACTCATGAATACACACACATAGACATATATAAATCCTTAAAAACTAAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||
seq2  ACACTCATGAATACACACACATAGACATATATAATTCCTT-AAAACT-AA  898

seq1  ATGAGAGGGATCAGGGCATGGGATGGGT-GGGGAGACCACTGGAACT  946
      ||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| |||||
seq2  ATGAGAGGGATCA-GGCATGGGATGGTTGGGGGAGACCACT-GAACT  943

seq1: chr9_43916696_43917742
seq2: B6Ng01-048P20.g_69_1107 (reverse)

seq1  TCTTCCAGTATTTTGGGGGGTGGCCCAAGCCAGCCTCGC-TCTCAGGGGG  49
      ||||||||   ||| |||| ||||| ||||||||| ||| ||||| ||||
seq2  TCTTCCAG--ATTTAGGGGTTGGCCAAAGCCAGCC-CGCTTCTCA-GGGG  46

seq1  TGC-GATGGTAAGGCTAGAACCTGAGGA-CCAGGTGTGGGTGCAGGTGGG  97
      ||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| |  ||
seq2  TGCGGATGGTAAGGCT-GAACCTGAGGACCCAGGTGT-GGTGCAAGGTGG  94

seq1  CGTGGGTGATTACATTGGCATCTATGCCAGCATCAAGACAGACAGTACCT  147
      ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CGT-GGTGATTACATT-GCATCTATGCCAGCATC-AGACAGACAGTACCT  141

seq1  TCTCTGGATTTCTCGTCTATTCTGACTGGCACAGCT-CCCCAGTCTTCGC  196
      ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCT-TGGATTTCTCGTCTATTCT-ACTGGCACAGCTCCCCCAGTCTTCGC  189

seq1  TTAAAACACAGTGAACCCGGAGCTGGC-ACTTGCTCCTCAGTGGAGGG-T  244
       ||||||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||| |
seq2  -TAAAACACAGTGAACCCGAGGTTGGCAACTTGCTCCTCAGTGGAGGGTT  238

seq1  GTGACACTAACCCGCGCAGCGCATACCAGGAGGGCTGGCCCCCTGGAATA  294
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTGACACT-ACCCGCGCAGCGCATACCAGGAGGGCTGGCCCCCTTGAATA  287

seq1  TTGTGAATGACTTAGGAAGAGAGGGAGCCACTTCCAGTCCCACTGCTGGC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAATGACTTAGGAAGAGAGGGAGCCACTTCCAGTCCCACTGCTGGC  337

seq1  AATGAATGGAGACAGGCTGTCTGAGGTCAAGACAGCGTGGAGCAGTGGCT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATGGAGACAGGCTGTCTGAGGTCAAGACAGCGTGGAGCAGTGGCT  387

seq1  GGGTTTCTGCCCAGGACTTTAGAATGCAGTAGGCTGGCAGCTGTGGGTCC  444
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGG-TTCTGCCCAGGACTTTAGAATGCAGTAGGCTGGCAGCTGTGGGTCC  436

seq1  TGGCCCAGGACTCCAAGGTGGGATGCTCCATTCCTAGTCCTGTGTCCCCT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCAGGACTCCAAGGTGGGATGCTCCATTCCTAGTCCTGTGTCCCCT  486

seq1  CTAGGTCCCTGACTCCATCTCTGCTGCTCCCAGGGCAGGCCTTTTTCTCA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTCCCTGACTCCATCTCTGCTGCTCCCAGGGCAGGCCTTTTTCTCA  536

seq1  GAGGTCACTTAATAAACCTAAAATCCTCCCACTGGTCTCTCCCTTTCTTC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCACTTAATAAACCTAAAATCCTCCCACTGGTCTCTCCCTTTCTTC  586

seq1  TGAGGATGCAGGGCAGGCTGCTTCCTGGGGGGGATGGGGCCATGATACAG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGATGCAGGGCAGGCTGCTTCCTGGGGGGGATGGGGCCATGATACAG  636

seq1  AGGTACAAGCAAGCAGACTAGAATAACTGGCTCCCCAGAGCTGCCACATA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACAAGCAAGCAGACTAGAATAACTGGCTCCCCAGAGCTGCCACATA  686

seq1  CATGTGAACCCCTGCCTGGCCAGGGCTTAACTTCTGGTTTAGGGGCTATG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGAACCCCTGCCTGGCCAGGGCTTAACTTCTGGTTTAGGGGCTATG  736

seq1  GCCACTCAGAAAAAGGGACACATTTTTCTAATTCAGAGAAGCCAAACCAA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTCAGAAAAAGGGACACATTTTTCTAATTCAGAGAAGCCAAACCAA  786

seq1  GTGGAAGCAGCCAATGTCTGGTCTGACAAAGACCCAGGACCTTTCAATCA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAGCAGCCAATGTCTGGTCTGACAAAGACCCAGGACCTTTCAATCA  836

seq1  TGGCTGCCCTGGCTGCATGCCAGGGAGTGATAAAGATACCCACTTTCTTA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGCCCTGGCTGCATGCCAGGGAGTGATAAAGATACCCACTTTCTTA  886

seq1  GATAACTAGAAAGCTATCGCTGCCACCCGACCAGAGATGAGTAGTTCCTG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACTAGAAAGCTATCGCTGCCACCCGACCAGAGATGAGTAGTTCCTG  936

seq1  AGATGACCACAAGGGGGTGTCCGAGCTCCAGACTACACCGATTTAAGGGC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGACCACAAGGGGGTGTCCGAGCTCCAGACTACACCGATTTAAGGGC  986

seq1  TGGGCTTCCAAGGTGGTTAGGGGAATGGATATTAAGGTCTGCAGAAAGAA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTTCCAAGGTGGTTAGGGGAATGGATATTAAGGTCTGCAGAAAGAA  1036

seq1  TTC  1047
      |||
seq2  TTC  1039