BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-049A07
Chromosome9 (Build37)
Map Location 81,765,336 - 81,921,682
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930486G11Rik
Upstream geneEG666534, LOC100039038, Htr1b, LOC671392
Downstream geneLOC100039085, Irak1bp1, Phip
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-049A07.bB6Ng01-049A07.g
ACCDH873398DH873399
length1,052995
definitionDH873398|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049A07, 5' end.DH873399|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049A07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,765,336 - 81,766,396)(81,920,671 - 81,921,682)
sequence
gaattcattccttatttcatttctgattagattgctttcaccttggcaga
actctggacaataaaccctcttatatttaacacatgctttagtttagttg
taatgaatagaataatagaacagcttattagaaactgattttgatggttg
gtgagagagatgtaacattcttaatttttagtatggtagagcatgtattt
aaaaggcctcttcttttcctgtgtcatcctgcttacaggaatacctgtca
ttgcaagatgaaaaacccaaccaaaccttacttcacaccccacagtggtg
actgtttaatccttctcagaacaatggcaggataaacgtactgttccttc
ttcactaatagcatccctgaccagaggcttatcgtccattttctgtttgt
aatttgtttattttcttattctactaattctattgtctcctcttcagatt
aaaagcccagagggaaggaacgtctgtgtctctatagtgtctggtacaac
caattactgattctgaatgcttactgacaatataagactgtttaatattc
tgcttttctataacagtgcatagaatatttaacatagttatggaaacatt
actgcttcccagaactgtatttgtctgatagctatatcctaaataatcca
ttattatgcaagttttatcttttaaaacattcatgactttcatccattaa
tctgatgattaataatatctattgcaactaagatatatatatatatatcc
tagtttgtatatcctagtatatcatatttgcataatatatattatatata
ttgtatatactatgtgaataccagtaggtacagggcagatagcatatgga
acaactggtccttcattgaaggtcactgttaaaagaatggtcaatactag
caaaaaacagtttgcagcctgtctgaaaagatagctgttgcataaaatca
aatcatattgtcagcctcccattttccactctggtagtaaccttaatttc
agtaaaggttaagaaaacaattgaaaataaaaagtccgagtttgtggagt
gt
gaattccagtcatgaaatagagatatttttcttctgactgaaaaaaaaaa
tggtttgattttggagccagccagcataagctatgctcaaatgttttatt
tatttctatgtctaagacttgggaattaactctaatccatgtatggatgt
ctgatcttgatctttgcatgcttaaagacttagagtgctttatcctcagg
aaatgttagtcatattgtctatttttatctatgccacttaaataaatacc
atcaattggaaatctccactagacttcatttattcttaaaaagaaagaaa
gactatttaagtcacacagctgtacatagaagagggtaagtttcccagcc
cagtctcttgtgaatgtcttagatttttatcaagtggcaagataaaacac
ccacacagctgtggcaaatccttcatggtcatggacaatggtagaaagga
accagatcagtgttaggtcctcccagtcatcccagggctgctcaaggtcc
tggctgaatggggcgggggggggacaaaaaggcagcaccacccccacata
aaatgtaaagaatggagagttttaatttttttttccaaagtttaaagcca
gttcattagccagaaactgactacactgggtatttaaagacagtgtaact
cctttctcagagtgagtttttaagcaaaacaaaccatcatattctggatt
gatattaagtaacttacatatctttgaaatattaccaatattaccttttg
ctcccagcagtctctctcagtaaccttcacaccaaccctcagaacatttt
ccccttcaagttgatagcctcttttctttgttattgtacatacatacata
tacatacatacatacatacatacatacatacatacatacatatattcaca
atacactgctgagtctgattgtttgtagtttcagtgaccgctctgtactg
gatatcaatagggcttcaccctggggcaggcaatctacctttctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_81765336_81766396
seq2: B6Ng01-049A07.b_45_1096

seq1  GAATTCATTCCTTATTTCATTTCTGATTAGATTGCTTTCACCTTGGCAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCCTTATTTCATTTCTGATTAGATTGCTTTCACCTTGGCAGA  50

seq1  ACTCTGGACAATAAACCCTCTTATATTTAACACATGCTTTAGTTTAGTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGGACAATAAACCCTCTTATATTTAACACATGCTTTAGTTTAGTTG  100

seq1  TAATGAATAGAATAATAGAACAGCTTATTAGAAACTGATTTTGATGGTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAATAGAATAATAGAACAGCTTATTAGAAACTGATTTTGATGGTTG  150

seq1  GTGAGAGAGATGTAACATTCTTAATTTTTAGTATGGTAGAGCATGTATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAGAGATGTAACATTCTTAATTTTTAGTATGGTAGAGCATGTATTT  200

seq1  AAAAGGCCTCTTCTTTTCCTGTGTCATCCTGCTTACAGGAATACCTGTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGCCTCTTCTTTTCCTGTGTCATCCTGCTTACAGGAATACCTGTCA  250

seq1  TTGCAAGATGAAAAACCCAACCAAACCTTACTTCACACCCCACAGTGGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAAGATGAAAAACCCAACCAAACCTTACTTCACACCCCACAGTGGTG  300

seq1  ACTGTTTAATCCTTCTCAGAACAATGGCAGGATAAACGTACTGTTCCTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTTAATCCTTCTCAGAACAATGGCAGGATAAACGTACTGTTCCTTC  350

seq1  TTCACTAATAGCATCCCTGACCAGAGGCTTATCGTCCATTTTCTGTTTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTAATAGCATCCCTGACCAGAGGCTTATCGTCCATTTTCTGTTTGT  400

seq1  AATTTGTTTATTTTCTTATTCTACTAATTCTATTGTCTCCTCTTCAGATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGTTTATTTTCTTATTCTACTAATTCTATTGTCTCCTCTTCAGATT  450

seq1  AAAAGCCCAGAGGGAAGGAACGTCTGTGTCTCTATAGTGTCTGGTACAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCCCAGAGGGAAGGAACGTCTGTGTCTCTATAGTGTCTGGTACAAC  500

seq1  CAATTACTGATTCTGAATGCTTACTGACAATATAAGACTGTTTAATATTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTACTGATTCTGAATGCTTACTGACAATATAAGACTGTTTAATATTC  550

seq1  TGCTTTTCTATAACAGTGCATAGAATATTTAACATAGTTATGGAAACATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTTCTATAACAGTGCATAGAATATTTAACATAGTTATGGAAACATT  600

seq1  ACTGCTTCCCAGAACTGTATTTGTCTGATAGCTATATCCTAAATAATCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTCCCAGAACTGTATTTGTCTGATAGCTATATCCTAAATAATCCA  650

seq1  TTATTATGCAAGTTTTATCTTTTAAAACATTCATGACTTTCATCCATTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATGCAAGTTTTATCTTTTAAAACATTCATGACTTTCATCCATTAA  700

seq1  TCTGATGATTAATAATATCTATTGCAACTAAGATATATATATATATATCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATGATTAATAATATCTATTGCAACTAAGATATATATATATATATCC  750

seq1  TAGTTTGTATATCCTAGTATATCATATTTGCATAATATATATTATATATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTGTATATCCTAGTATATCATATTTGCATAATATATATTATATATA  800

seq1  TTGTATATACTATGTGAATACCAGTAGGTACAGGGCAGATAGCATATGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATATACTATGTGAATACCAGTAGGTACAGGGCAGATAGCATATGGA  850

seq1  ACAACTGGTCCTTCATTGAAGGTCACTGTTAAAAGAATGGTCAATACTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACAACTGGTCCTTCATTGAAGGTCACTGTTAAAAGAATGGTCAATACTA-  899

seq1  GCAAAAAACAGGTTTGCCAGCCTGTCCTGAAAAAGATGGCTGTTGCATAA  950
      |||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||
seq2  GCAAAAAACA-GTTTG-CAGCCTGT-CTG-AAAAGATAGCTGTTGCATAA  945

seq1  AATCAAATCATA-TGTCAGCCTCCCATTTTTCCACTCGTGGATAGTAACC  999
      |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||
seq2  AATCAAATCATATTGTCAGCCTCCCA-TTTTCCACTC-TGG-TAGTAACC  992

seq1  TTAGTTTCAGTAAAGGGTTAAGAAAACAATTGAAAAATTAAAAGTCCGAG  1049
      ||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
seq2  TTAATTTCAGTAAA-GGTTAAGAAAACAATTG-AAAATAAAAAGTCCGAG  1040

seq1  TTTTGTGAGTGT  1061
      |||   ||||||
seq2  TTTGTGGAGTGT  1052

seq1: chr9_81920671_81921682
seq2: B6Ng01-049A07.g_65_1059 (reverse)

seq1  GAGAAAGGGAGAATTAGCCTGCCCCAGGGGTGAGCCCCCTTATTTGATAT  50
      |||||||| |||  | |||||||||||||   |||||   || |||||||
seq2  GAGAAAGGTAGA--TTGCCTGCCCCAGGGTGAAGCCC---TA-TTGATAT  44

seq1  CCAGTACAGAGCGGTTCACCCTGAAACCTTACAAACAAATCAGACTCAGC  100
      |||||||||||||||   | |||||||  ||||||| |||||||||||| 
seq2  CCAGTACAGAGCGGT---CACTGAAAC--TACAAAC-AATCAGACTCAG-  87

seq1  CAGTGTATTTGTGAATATATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGT  150
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTA-TTGTGAATATATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGT  136

seq1  ATGTATGTATATGTATGTATGTAACAATAACAAAGAAAAAGAGGCTATCA  200
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATGTATGTATATGTATGTATGT-ACAATAACAAAG-AAAAGAGGCTATCA  184

seq1  ACTTGAAGGGGAAAATGTTCTGAGGGTTGGTGTGAAGGTTACTGAGAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAAGGGGAAAATGTTCTGAGGGTTGGTGTGAAGGTTACTGAGAGAG  234

seq1  ACTGCTGGGAGCAAAAGGTAATATTGGTAATATTTCAAAGATATGTAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTGGGAGCAAAAGGTAATATTGGTAATATTTCAAAGATATGTAAGT  284

seq1  TACTTAATATCAATCCAGAATATGATGGTTTGTTTTGCTTAAAAACTCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTAATATCAATCCAGAATATGATGGTTTGTTTTGCTTAAAAACTCAC  334

seq1  TCTGAGAAAGGAGTTACACTGTCATTCTGAATACCCAGTGTAGTCAGTTT  400
      |||||||||||||||||||||||  | | |||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGAAAGGAGTTACACTGTC--TTTAAATACCCAGTGTAGTCAGTTT  382

seq1  CTGGCTAATGAACTGGCTTTAAACTTTGGAAAAAAAAATTAAAACTCTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTAATGAACTGGCTTTAAACTTTGGAAAAAAAAATTAAAACTCTCC  432

seq1  ATTCTTTACATTTTATGTGGGGGTGGTGCTGCCTTTTTGTCCCCCCCCCG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTACATTTTATGTGGGGGTGGTGCTGCCTTTTTGTCCCCCCCCCG  482

seq1  CCCCATTCAGCCAGGACCTTGAGCAGCCCTGGGATGACTGGGAGGACCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATTCAGCCAGGACCTTGAGCAGCCCTGGGATGACTGGGAGGACCTA  532

seq1  ACACTGATCTGG-TCCCTTCTACCATTGTCCATGACCATGAAGGATTTGC  599
      |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGATCTGGTTCCTTTCTACCATTGTCCATGACCATGAAGGATTTGC  582

seq1  CACAGCTGTGTGGGTGTTTTATCTTGCCACTTGATAAAAATCTAAGACAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCTGTGTGGGTGTTTTATCTTGCCACTTGATAAAAATCTAAGACAT  632

seq1  TCACAAGAGACTGGGCTGGGAAACTTACCCTCTTCTATGTACAGCTGTGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAGAGACTGGGCTGGGAAACTTACCCTCTTCTATGTACAGCTGTGT  682

seq1  GACTTAAATAGTCTTTCTTTCTTTTTAAGAATAAATGAAGTCTAGTGGAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTAAATAGTCTTTCTTTCTTTTTAAGAATAAATGAAGTCTAGTGGAG  732

seq1  ATTTCCAATTGATGGTATTTATTTAAGTGGCATAGATAAAAATAGACAAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCAATTGATGGTATTTATTTAAGTGGCATAGATAAAAATAGACAAT  782

seq1  ATGACTAACATTTCCTGAGGATAAAGCACTCTAAGTCTTTAAGCATGCAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTAACATTTCCTGAGGATAAAGCACTCTAAGTCTTTAAGCATGCAA  832

seq1  AGATCAAGATCAGACATCCATACATGGATTAGAGTTAATTCCCAAGTCTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAAGATCAGACATCCATACATGGATTAGAGTTAATTCCCAAGTCTT  882

seq1  AGACATAGAAATAAATAAAACATTTGAGCATAGCTTATGCTGGCTGGCTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATAGAAATAAATAAAACATTTGAGCATAGCTTATGCTGGCTGGCTC  932

seq1  CAAAATCAAACCATTTTTTTTTTCAGTCAGAAGAAAAATATCTCTATTTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATCAAACCATTTTTTTTTTCAGTCAGAAGAAAAATATCTCTATTTC  982

seq1  ATGACTGGAATTC  1012
      |||||||||||||
seq2  ATGACTGGAATTC  995