BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-051L13
Chromosome9 (Build37)
Map Location 116,915,348 - 117,069,227
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRbms3
Upstream geneGadl1, EG668829, Tgfbr2, LOC100043817, LOC100043819, D730003K21Rik
Downstream geneLOC665840, LOC100039650, LOC100039681, Azi2, 2010110K16Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-051L13.bB6Ng01-051L13.g
ACCDH875280DH875281
length1,193699
definitionDH875280|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-051L13, 5' end.DH875281|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-051L13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,915,348 - 116,916,552)(117,068,532 - 117,069,227)
sequence
gaattccaatcagaaggaaattcaagatattcaacatattagcgctgttt
gttaaaaagttctttactgcatctgtctagataattctgtacatccttga
agcttcagctaaggtttaaagagaacacatgctaaaccccactagtgttt
tgctgaaccgacacactatgaaactgcattgagggccctatctcagtacc
acagcttggttcagtcctcagacatcatcagagaagtgtcctggtgcatc
agatggtggttaacccaaactgacaactctttcaagtccagacaataaat
gagttggaattctcagacacaaatgggacatccatgacacattcctctcc
caaggttcaaggtccacccagagtgtggtgacaaccagagaacagtgggc
ctaaacatcttatagacacacacctgtttcataggtctcacacattcttt
atgactacagcatgcacagaaagctctggaagggacgccagtgtaaacta
gatggccaagcttcatttctgagactgttcccctcagaggaaacttccaa
gaacgatatccagagggtagaagaagttaatcaagagtatttcatgccca
gaggcacaacaaacttattggtgatgccaattcatttcccttttgtcgtt
atcaaagggttttagcagttggcatggaatgaaaagcttccagtgaattc
catatgacaatcctgcaaatgaggtttcagtgtgtatttataaatcatgc
acaaattgtcaagctgaacacaaatgtaaggtggcacgtgtaaaaagcac
tatcttaacatacccatcacacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacttttctctgaataaagaggatgtattttatggcttccatt
caaaagtgcttcgagatccctgcgggaagttagcaaaaacatatgtgttc
cttcctctcacatagaacatccttgacaggcaacttctaggtaaatgatc
ttgaaagtgtgtgctaaattagcccatttattttcgtcagtttcactcac
aggaaaaactatgctttcagtacttagcattgcagctctgttaaatggtt
tgcaacaaatcacttgtcacttgaatttttctttctgcactttgttgcgt
gcgttcttctcaaataattcattaatccagattctccatcatg
gaattcaaagactattgttttatataaaagaaaaatggacagagactaag
aaaatgcccagttaaggagagggggaccacagaggcacacagaagttttg
ggtgtttcaattgactataggtggtatgtacatataattcaattaaagtg
ttaaagggccagagagataactcagatagtacaatgccaagacaggtgag
ctatgtactcctaatcccaccactgggagggaggcagaggcagccaccag
cctagcctaagtcagtgatccccagtcttagtgagaccttgtaaatggct
tctgataaacaatatccaagtttgtcatttggcttctgcacatgtataca
cacatacacagacatgtacacacacacaagtacacacaggagtcaaattg
aaacaaatttagtaaatattcataaataaagtcttacaaaaacattgttt
taattttgtttaaaatgttttaaaattctaatacttgtccactacatttg
tcttcatgatgtccccagcatgtctccatcattccttattatgttcctat
tatgtccccatcatgtcctgtcatgtccccattatgtccccatcatgtcc
tatcatgtcctatcatgtcctatcatatcctaatcatgtccctatcaaga
cccatcatgtcctgttcatgtctttcatcatatccttatcatgtcttat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_116915348_116916552
seq2: B6Ng01-051L13.b_46_1238

seq1  GAATTCCAATCAGAAGGAAATTCAAGATATTCAACATATTAGCGCTGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAATCAGAAGGAAATTCAAGATATTCAACATATTAGCGCTGTTT  50

seq1  GTTAAAAAGTTCTTTACTGCATCTGTCTAGATAATTCTGTACATCCTTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAAAGTTCTTTACTGCATCTGTCTAGATAATTCTGTACATCCTTGA  100

seq1  AGCTTCAGCTAAGGTTTAAAGAGAACACATGCTAAACCCCACTAGTGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCAGCTAAGGTTTAAAGAGAACACATGCTAAACCCCACTAGTGTTT  150

seq1  TGCTGAACCGACACACTATGAAACTGCATTGAGGGCCCTATCTCAGTACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAACCGACACACTATGAAACTGCATTGAGGGCCCTATCTCAGTACC  200

seq1  ACAGCTTGGTTCAGTCCTCAGACATCATCAGAGAAGTGTCCTGGTGCATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTTGGTTCAGTCCTCAGACATCATCAGAGAAGTGTCCTGGTGCATC  250

seq1  AGATGGTGGTTAACCCAAACTGACAACTCTTTCAAGTCCAGACAATAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGTGGTTAACCCAAACTGACAACTCTTTCAAGTCCAGACAATAAAT  300

seq1  GAGTTGGAATTCTCAGACACAAATGGGACATCCATGACACATTCCTCTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGGAATTCTCAGACACAAATGGGACATCCATGACACATTCCTCTCC  350

seq1  CAAGGTTCAAGGTCCACCCAGAGTGTGGTGACAACCAGAGAACAGTGGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTTCAAGGTCCACCCAGAGTGTGGTGACAACCAGAGAACAGTGGGC  400

seq1  CTAAACATCTTATAGACACACACCTGTTTCATAGGTCTCACACATTCTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACATCTTATAGACACACACCTGTTTCATAGGTCTCACACATTCTTT  450

seq1  ATGACTACAGCATGCACAGAAAGCTCTGGAAGGGACGCCAGTGTAAACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTACAGCATGCACAGAAAGCTCTGGAAGGGACGCCAGTGTAAACTA  500

seq1  GATGGCCAAGCTTCATTTCTGAGACTGTTCCCCTCAGAGGAAACTTCCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCCAAGCTTCATTTCTGAGACTGTTCCCCTCAGAGGAAACTTCCAA  550

seq1  GAACGATATCCAGAGGGTAGAAGAAGTTAATCAAGAGTATTTCATGCCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACGATATCCAGAGGGTAGAAGAAGTTAATCAAGAGTATTTCATGCCCA  600

seq1  GAGGCACAACAAACTTATTGGTGATGCCAATTCATTTCCCTTTTGTCGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCACAACAAACTTATTGGTGATGCCAATTCATTTCCCTTTTGTCGTT  650

seq1  ATCAAAGGGTTTTAGCAGTTGGCATGGAATGAAAAGCTTCCAGTGAATTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAGGGTTTTAGCAGTTGGCATGGAATGAAAAGCTTCCAGTGAATTC  700

seq1  CATATGACAATCCTGCAAATGAGGTTTCAGTGTGTATTTATAAATCATGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGACAATCCTGCAAATGAGGTTTCAGTGTGTATTTATAAATCATGC  750

seq1  ACAAATTGTCAAGCTGAACACAAATGTAAGGTGGCACGTGTAAAAAGCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTGTCAAGCTGAACACAAATGTAAGGTGGCACGTGTAAAAAGCAC  800

seq1  TATCTTAACATACCCATCACACACACACACACACACACACACACACACAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTAACATACCCATCACACACACACACACACACACACACACACACAC  850

seq1  ACACACACACTTTTCTCTGAATAAAGAGGATGTATTTTATGGCTTCCATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACTTTTCTCTGAATAAAGAGGATGTATTTTATGGCTTCCATT  900

seq1  CAAAAGTGCTTCGAGATCCCTGCGGGAAGTTAGCAAAAACATATGTGTTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGTGCTTCGAGATCCCTGCGGGAAGTTAGCAAAAACATATGTGTTC  950

seq1  CTTCCTCTCACAATAGAACATCCTTGACAGGCAACTTCTAGGTAAATGAT  1000
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCTCAC-ATAGAACATCCTTGACAGGCAACTTCTAGGTAAATGAT  999

seq1  CTTGAAAGTTGTGTGCTAAATTAGCCCATTATTTTCCGTCAGTTTCACTC  1050
      |||||||| |||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||
seq2  CTTGAAAG-TGTGTGCTAAATTAGCCCATTTATTTTCGTCAGTTTCACTC  1048

seq1  ACAGGGATAAACTATGCTTTCAGTACTTAGCATGGCAGCCTCTGTTAAAT  1100
      ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  ACA-GGAAAAACTATGCTTTCAGTACTTAGCATTGCAG-CTCTGTTAAAT  1096

seq1  GGTTTGCCAACAAATACAC-TGTCAACTTG-ATTTTTCTTTCTGCACTTT  1148
      |||||| |||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||||||||
seq2  GGTTTG-CAACAAAT-CACTTGTC-ACTTGAATTTTTCTTTCTGCACTTT  1143

seq1  GTGCTGTGCGTTCTTTCTTCAAATAATTCCATTTAATCCACAGTTCCCCC  1198
      ||   ||||||||||   |||||||||||   |||||||| | |   | |
seq2  GTTGCGTGCGTTCTT--CTCAAATAATTC--ATTAATCCAGATT---CTC  1186

seq1  CATCATG  1205
      |||||||
seq2  CATCATG  1193

seq1: chr9_117068532_117069227
seq2: B6Ng01-051L13.g_69_767 (reverse)

seq1  ATAAGACATGATAAGGATATGATG-AAGACATG-ACAGGACATGATGGGT  48
      |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATAAGACATGATAAGGATATGATGAAAGACATGAACAGGACATGATGGGT  50

seq1  CTTGATA-GGACATGATTAGGATATGATAGGACATGATAGGACATGATAG  97
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATAGGGACATGATTAGGATATGATAGGACATGATAGGACATGATAG  100

seq1  GACATGATGGGGACATAATGGGGACATGACAGGACATGATGGGGACATAA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGATGGGGACATAATGGGGACATGACAGGACATGATGGGGACATAA  150

seq1  TAGGAACATAATAAGGAATGATGGAGACATGCTGGGGACATCATGAAGAC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAACATAATAAGGAATGATGGAGACATGCTGGGGACATCATGAAGAC  200

seq1  AAATGTAGTGGACAAGTATTAGAATTTTAAAACATTTTAAACAAAATTAA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTAGTGGACAAGTATTAGAATTTTAAAACATTTTAAACAAAATTAA  250

seq1  AACAATGTTTTTGTAAGACTTTATTTATGAATATTTACTAAATTTGTTTC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGTTTTTGTAAGACTTTATTTATGAATATTTACTAAATTTGTTTC  300

seq1  AATTTGACTCCTGTGTGTACTTGTGTGTGTGTACATGTCTGTGTATGTGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGACTCCTGTGTGTACTTGTGTGTGTGTACATGTCTGTGTATGTGT  350

seq1  GTATACATGTGCAGAAGCCAAATGACAAACTTGGATATTGTTTATCAGAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATACATGTGCAGAAGCCAAATGACAAACTTGGATATTGTTTATCAGAA  400

seq1  GCCATTTACAAGGTCTCACTAAGACTGGGGATCACTGACTTAGGCTAGGC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTTACAAGGTCTCACTAAGACTGGGGATCACTGACTTAGGCTAGGC  450

seq1  TGGTGGCTGCCTCTGCCTCCCTCCCAGTGGTGGGATTAGGAGTACATAGC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGCTGCCTCTGCCTCCCTCCCAGTGGTGGGATTAGGAGTACATAGC  500

seq1  TCACCTGTCTTGGCATTGTACTATCTGAGTTATCTCTCTGGCCCTTTAAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTGTCTTGGCATTGTACTATCTGAGTTATCTCTCTGGCCCTTTAAC  550

seq1  ACTTTAATTGAATTATATGTACATACCACCTATAGTCAATTGAAACACCC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTAATTGAATTATATGTACATACCACCTATAGTCAATTGAAACACCC  600

seq1  AAAACTTCTGTGTGCCTCTGTGGTCCCCCTCTCCTTAACTGGGCATTTTC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTTCTGTGTGCCTCTGTGGTCCCCCTCTCCTTAACTGGGCATTTTC  650

seq1  TTAGTCTCTGTCCATTTTTCTTTTATATAAAACAATAGTCTTTGAATTC  696
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCTCTGTCCATTTTTCTTTTATATAAAACAATAGTCTTTGAATTC  699